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研究分野別サイレントキーワード
「細菌」とサイレントキーワードを含む研究
【情報学】情報学フロンティア：機械学習 ／細菌を含む研究件
❏ナノ空間の高電界を利用した非線形電気インピーダンス応答による細菌1粒子センシング(20H02160)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】山本 貴富喜 東京工業大学, 工学院, 准教授 (20322688)
【キーワード】ナノポア / インピーダンス / ウイルス / バクテリア / ナノデバイス (他23件)
【概要】これまでも度々問題になっていた現象であるが，バクテリア計測時はバッファである生理食塩水の塩濃度が高く導電率も高いため，高電界を印加すると電極エッジ部分に電界が集中して電極反応により電極が電気分解する問題が顕著になった。そこで電極の保護のため，デバイス形状の大幅な見直しを行った。具体的には，これまでのデザインとは逆に電極のエッジは使わずに電極面積をなるべく大きく使うように測定セルの形状を変更した。さ...
❏蛍光画像サイトメトリによる高速腸内細菌叢プロファイリングとディスバイオーシス予測(16K12909)
【研究テーマ】医用システム
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 禎生 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 客員研究員 (70731214)
【キーワード】フローサイトメトリー / １細胞解析 / 腸内細菌 / 環境細菌 / 細菌 (他12件)
【概要】本研究では、最終的には細菌叢解析から個体や環境動態評価・予測を目指すべく、複雑で大量の１細菌集団を光学的に高速プロファイリングする技術群を提案・開発・実証しました。具体的には、マイクロ流体による細菌の底壁面三次元整列技術を開発し、新規光学技術と組み合わせることにより、高速蛍光ハイコンテンツ・フローサイトメトリー（蛍光イメージング・自家蛍光スペクトル）を新開発し、細菌分類実証を行いました。 ...
【環境学】環境解析学：海洋炭素循環 ／細菌を含む研究件
❏海洋における大規模な有機炭素鉛直輸送過程の新規制御機構の解明(15H01725)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋 / 微生物 / 凝集体 / 炭素循環 / 沈降フラックス (他14件)
【概要】海洋表層の基礎生産で生成された有機物（凝集体）の沈降によって媒介される炭素鉛直輸送（生物ポンプ）は、海洋内部での炭素貯留を促進するプロセスとして重要であるが、その変動や制御には不明の点が多い。本研究では、凝集体の形成・沈降過程を、凝集体と海洋細菌群集の相互作用という新たな切り口から追及した。実験的解析の結果、海洋細菌群集には、大型凝集体の形成を顕著に促進する作用があることが示された。また、凝集体形...
❏海洋における高分子溶存有機物の動態を支配する微生物代謝過程(06680489)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】一般研究(C)
【研究期間】1994 - 1995
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 海洋研究所, 助教授 (40183892)
【キーワード】海洋炭素循環 / 微生物 / 溶存有機物 / コロイド / タンパク質 (他12件)
【概要】1.還元的メチル化法により高比活性に放射標識したモデルたんぱく質(BSA,牛血清アルブミン、分子量66kD)を用い、海洋細菌による高分子加水分解速度を高感度かつ比較的簡便に測定する方法論を完成させた。 2.放射標識BSAをポリスチレンの人工微粒子(径0.1-1.5um)に吸着させ、それを、細菌に分解させる実験系を新たに構築した。これにより、粒子の数やサイズを厳密に制御して、分解速度を明らかにするこ...
【環境学】環境解析学：細胞外酵素 ／細菌を含む研究件
❏海洋表層における高分子溶存有機物の分解過程-微生物,地球化学的アプローチ(08458142)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1997
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 海洋研究所, 助教授 (40183892)
【キーワード】海洋 / 溶存有機物 / 細菌 / タンパク質 / 炭素低環 (他12件)
【概要】海洋中の溶存有機物は、陸上植生、土壌有機物と並んで、地球上の3大有機炭素リザバ-のひとつの数えられている。その変動は、グローバルな炭素フラックス、さらには、大気中最大の温室効果気体である二酸化炭素の年-100年スケールでの変動にも影響を及ぼしうる.本研究の目的は、海洋における溶存有機物の蓄積メカニズムを、微生物生態学と地球化学を融合させた学際的なアプローチを用いて実験的に解明することである。生体ポ...
❏海洋における高分子溶存有機物の動態を支配する微生物代謝過程(06680489)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】一般研究(C)
【研究期間】1994 - 1995
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 海洋研究所, 助教授 (40183892)
【キーワード】海洋炭素循環 / 微生物 / 溶存有機物 / コロイド / タンパク質 (他12件)
【概要】1.還元的メチル化法により高比活性に放射標識したモデルたんぱく質(BSA,牛血清アルブミン、分子量66kD)を用い、海洋細菌による高分子加水分解速度を高感度かつ比較的簡便に測定する方法論を完成させた。 2.放射標識BSAをポリスチレンの人工微粒子(径0.1-1.5um)に吸着させ、それを、細菌に分解させる実験系を新たに構築した。これにより、粒子の数やサイズを厳密に制御して、分解速度を明らかにするこ...
【環境学】環境解析学：サブミクロン粒子 ／細菌を含む研究件
❏高プロリン含有成分に着目した新しい海洋有機物動態論の開拓(17H06294)
【研究テーマ】環境解析評価およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋物質循環 / プロリン / コロイド粒子 / アミノ酸 / 海洋微生物 (他12件)
【概要】アミノ酸は重要な生体構成成分であり、海洋物質循環において重要な役割を果たしている。これまで海洋環境中のアミノ酸動態については多くの研究がなされてきたが、たんぱく質を構成する２０種類のアミノ酸のうち唯一の環状２級アミンであるプロリンは、分析方法上の制約から、その分布や変動についての知見が限られてきた。本研究では、この方法的な制約を克服し、海洋試料のアミノ酸組成を、プロリンを含めて高感度に分析する手法...
❏海洋における高分子溶存有機物の動態を支配する微生物代謝過程(06680489)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】一般研究(C)
【研究期間】1994 - 1995
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 海洋研究所, 助教授 (40183892)
【キーワード】海洋炭素循環 / 微生物 / 溶存有機物 / コロイド / タンパク質 (他12件)
【概要】1.還元的メチル化法により高比活性に放射標識したモデルたんぱく質(BSA,牛血清アルブミン、分子量66kD)を用い、海洋細菌による高分子加水分解速度を高感度かつ比較的簡便に測定する方法論を完成させた。 2.放射標識BSAをポリスチレンの人工微粒子(径0.1-1.5um)に吸着させ、それを、細菌に分解させる実験系を新たに構築した。これにより、粒子の数やサイズを厳密に制御して、分解速度を明らかにするこ...
【環境学】環境保全学：炭素循環 ／細菌を含む研究件
❏海洋における大規模な有機炭素鉛直輸送過程の新規制御機構の解明(15H01725)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋 / 微生物 / 凝集体 / 炭素循環 / 沈降フラックス (他14件)
【概要】海洋表層の基礎生産で生成された有機物（凝集体）の沈降によって媒介される炭素鉛直輸送（生物ポンプ）は、海洋内部での炭素貯留を促進するプロセスとして重要であるが、その変動や制御には不明の点が多い。本研究では、凝集体の形成・沈降過程を、凝集体と海洋細菌群集の相互作用という新たな切り口から追及した。実験的解析の結果、海洋細菌群集には、大型凝集体の形成を顕著に促進する作用があることが示された。また、凝集体形...
❏海洋における溶存有機炭素の循環を支配する新しいメカニズム(11694197)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2000
【研究代表者】永田 俊 京都大学, 生態学研究センター, 教授 (40183892)
【キーワード】細菌 / 海洋 / 溶存有機物 / ペプチドグリカン / ポリマー (他12件)
【概要】1.海洋に蓄積している有機ポリマーである細菌細胞壁主成分(ペプチドグリカン)の分離、精製、定量法を検討した。 2.海洋細菌を用いてペプチドグリカンの放射標識標品を調製する方法を検討した。 3.上記の検討に基づき、海洋における高分子有機ポリマーの循環速度を高感度に測定するアッセイ法を新規構築することに成功した。 4.沿岸、外洋海域における培養実験を行い、高分子有機ポリマーの分解速度と、分解過程を詳細...
❏海洋表層における高分子溶存有機物の分解過程-微生物,地球化学的アプローチ(08458142)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1997
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 海洋研究所, 助教授 (40183892)
【キーワード】海洋 / 溶存有機物 / 細菌 / タンパク質 / 炭素低環 (他12件)
【概要】海洋中の溶存有機物は、陸上植生、土壌有機物と並んで、地球上の3大有機炭素リザバ-のひとつの数えられている。その変動は、グローバルな炭素フラックス、さらには、大気中最大の温室効果気体である二酸化炭素の年-100年スケールでの変動にも影響を及ぼしうる.本研究の目的は、海洋における溶存有機物の蓄積メカニズムを、微生物生態学と地球化学を融合させた学際的なアプローチを用いて実験的に解明することである。生体ポ...
【環境学】環境保全学：海洋 ／細菌を含む研究件
❏高プロリン含有成分に着目した新しい海洋有機物動態論の開拓(17H06294)
【研究テーマ】環境解析評価およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋物質循環 / プロリン / コロイド粒子 / アミノ酸 / 海洋微生物 (他12件)
【概要】アミノ酸は重要な生体構成成分であり、海洋物質循環において重要な役割を果たしている。これまで海洋環境中のアミノ酸動態については多くの研究がなされてきたが、たんぱく質を構成する２０種類のアミノ酸のうち唯一の環状２級アミンであるプロリンは、分析方法上の制約から、その分布や変動についての知見が限られてきた。本研究では、この方法的な制約を克服し、海洋試料のアミノ酸組成を、プロリンを含めて高感度に分析する手法...
❏海洋における大規模な有機炭素鉛直輸送過程の新規制御機構の解明(15H01725)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋 / 微生物 / 凝集体 / 炭素循環 / 沈降フラックス (他14件)
【概要】海洋表層の基礎生産で生成された有機物（凝集体）の沈降によって媒介される炭素鉛直輸送（生物ポンプ）は、海洋内部での炭素貯留を促進するプロセスとして重要であるが、その変動や制御には不明の点が多い。本研究では、凝集体の形成・沈降過程を、凝集体と海洋細菌群集の相互作用という新たな切り口から追及した。実験的解析の結果、海洋細菌群集には、大型凝集体の形成を顕著に促進する作用があることが示された。また、凝集体形...
❏北太平洋中緯度海域で発見されたウィルス・ホットスポットの形成機構の解明(22651004)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋 / 微生物 / ウィルス / 空間分布 / 生態系 (他11件)
【概要】外洋域においてウィルス数が局所的極大を示す層、すなわち「ウィルス・ホットスポット(VHS)」、の分布の実態把握と形成機構の究明を行った。観測の結果、VHSは中部および西部北太平洋において広範に見られ、その分布が溶存酸素アノマリーの分布と関連することが明らかになった。観測・実験データを基に、VHSの形成には、宿主依存的なウィルス生産、鉛直混合、紫外線影響の3要因が関与しているという新たな仮説を提案し...
【環境学】環境保全学：微生物群集 ／細菌を含む研究件
❏2020年東京オリンピック前後の都市マイクロバイオームの変動調査(20K10436)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】鈴木 治夫 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40638772)
【キーワード】マイクロバイオーム / 微生物 / 細菌 / ウイルス / 都市 (他19件)
【概要】微生物による感染症の増加要因には、抗菌薬耐性などの病原体要因に加え、都市化による人口の集中、交通機関の発達による人の国際的な移動などの社会的要因が関与している。感染症の国際化に対応するためには、感染症のアウトブレイク（パンデミック）が発生する前の状態を定期的に観測する国際協力体制の構築が必要である。これまでに、国際コンソーシアム MetaSUB (Metagenomics & Metade...
❏高プロリン含有成分に着目した新しい海洋有機物動態論の開拓(17H06294)
【研究テーマ】環境解析評価およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋物質循環 / プロリン / コロイド粒子 / アミノ酸 / 海洋微生物 (他12件)
【概要】アミノ酸は重要な生体構成成分であり、海洋物質循環において重要な役割を果たしている。これまで海洋環境中のアミノ酸動態については多くの研究がなされてきたが、たんぱく質を構成する２０種類のアミノ酸のうち唯一の環状２級アミンであるプロリンは、分析方法上の制約から、その分布や変動についての知見が限られてきた。本研究では、この方法的な制約を克服し、海洋試料のアミノ酸組成を、プロリンを含めて高感度に分析する手法...
❏複数の受容菌候補がいる条件下での遺伝子水平伝播様式の解明(15K14686)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】野尻 秀昭 東京大学, 生物生産工学研究センター, 教授 (90272468)
【キーワード】細菌 / 遺伝子水平伝播 / 接合伝達 / 微生物群集 / Pseudomonas (他7件)
【概要】本研究では、供与菌1種に対し2種の受容菌が存在する接合を行い、受容菌の共存がプラスミドの接合伝達に及ぼす影響の評価および作用因子の探索を目的とした。4種のプラスミドについて、2種のPseudomonas属細菌を宿主とした接合実験を行った結果、受容菌の共存により同種の菌への伝達が優先される場合があることを明らかにした。さらに、本現象の作用因子探索をBACライブラリースクリーニングおよびトランスポゾン...
【環境学】環境保全学：溶存有機物 ／細菌を含む研究件
❏海洋における溶存有機炭素の循環を支配する新しいメカニズム(11694197)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2000
【研究代表者】永田 俊 京都大学, 生態学研究センター, 教授 (40183892)
【キーワード】細菌 / 海洋 / 溶存有機物 / ペプチドグリカン / ポリマー (他12件)
【概要】1.海洋に蓄積している有機ポリマーである細菌細胞壁主成分(ペプチドグリカン)の分離、精製、定量法を検討した。 2.海洋細菌を用いてペプチドグリカンの放射標識標品を調製する方法を検討した。 3.上記の検討に基づき、海洋における高分子有機ポリマーの循環速度を高感度に測定するアッセイ法を新規構築することに成功した。 4.沿岸、外洋海域における培養実験を行い、高分子有機ポリマーの分解速度と、分解過程を詳細...
❏海洋表層における高分子溶存有機物の分解過程-微生物,地球化学的アプローチ(08458142)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1997
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 海洋研究所, 助教授 (40183892)
【キーワード】海洋 / 溶存有機物 / 細菌 / タンパク質 / 炭素低環 (他12件)
【概要】海洋中の溶存有機物は、陸上植生、土壌有機物と並んで、地球上の3大有機炭素リザバ-のひとつの数えられている。その変動は、グローバルな炭素フラックス、さらには、大気中最大の温室効果気体である二酸化炭素の年-100年スケールでの変動にも影響を及ぼしうる.本研究の目的は、海洋における溶存有機物の蓄積メカニズムを、微生物生態学と地球化学を融合させた学際的なアプローチを用いて実験的に解明することである。生体ポ...
❏海洋における高分子溶存有機物の動態を支配する微生物代謝過程(06680489)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】一般研究(C)
【研究期間】1994 - 1995
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 海洋研究所, 助教授 (40183892)
【キーワード】海洋炭素循環 / 微生物 / 溶存有機物 / コロイド / タンパク質 (他12件)
【概要】1.還元的メチル化法により高比活性に放射標識したモデルたんぱく質(BSA,牛血清アルブミン、分子量66kD)を用い、海洋細菌による高分子加水分解速度を高感度かつ比較的簡便に測定する方法論を完成させた。 2.放射標識BSAをポリスチレンの人工微粒子(径0.1-1.5um)に吸着させ、それを、細菌に分解させる実験系を新たに構築した。これにより、粒子の数やサイズを厳密に制御して、分解速度を明らかにするこ...
【数物系科学】地球惑星科学：国際研究者交流 ／細菌を含む研究件
❏フィリピンでの人獣共通感染症のレゼルボアとしての翼手目の総合的評価(25304043)
【研究テーマ】獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】久和 茂 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (30177943)
【キーワード】翼手目 / ウイルス / フィリピン / 国際研究者交流 / 感染症 (他10件)
【概要】翼手目（コウモリ類）は生物学的多様性とその分布・移動域の広さ、巨大なコロニー形成などの特徴をもつ特異な生物である。また、エボラウイルスなどの高病原性病原体の自然宿主と疑われており、病原体レゼルボアとして高いリスクをもつ。本研究はフィリピンにおいて翼手目の保有病原体の疫学調査を実施し、翼手目の人獣共通感染症のレゼルボアとしての評価を行うことを目的とした。 ミンダナオ島、ルソン島中央部、ルソン島北西部...
❏バングラデシュにおける小児結核診断に関する研究(23406034)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】我妻 ゆき子 筑波大学, 医学医療系, 教授 (40400676)
【キーワード】国際研究者交流 / 国際情報交換 / バングラデシュ / 小児科学 / 感染症 (他12件)
【概要】小児結核の蔓延しているバングラデシュで、既存の方法では正確な診断が困難な小児結核に関して、尿や血液による最新の診断法を応用導入し有効性を検証することを目的とした。塗抹、培養、核酸増幅法の全ての検査を実施した結核疑い97例のうち、24例が何らかの検査で陽性であり、塗抹検査のみで陽性である11例に対してMGIT培養にて7例、呼吸器検体の核酸増幅法にてさらに5例、尿のTB-LAMPでさらに1例の追加診断...
【数物系科学】地球惑星科学：バクテリア ／細菌を含む研究件
❏ナノ空間の高電界を利用した非線形電気インピーダンス応答による細菌1粒子センシング(20H02160)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】山本 貴富喜 東京工業大学, 工学院, 准教授 (20322688)
【キーワード】ナノポア / インピーダンス / ウイルス / バクテリア / ナノデバイス (他23件)
【概要】これまでも度々問題になっていた現象であるが，バクテリア計測時はバッファである生理食塩水の塩濃度が高く導電率も高いため，高電界を印加すると電極エッジ部分に電界が集中して電極反応により電極が電気分解する問題が顕著になった。そこで電極の保護のため，デバイス形状の大幅な見直しを行った。具体的には，これまでのデザインとは逆に電極のエッジは使わずに電極面積をなるべく大きく使うように測定セルの形状を変更した。さ...
❏ボロン酸修飾高分子による細菌の簡易迅速識別・分離法の開発(18K14255)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】土戸 優志 早稲田大学, 理工学術院, 講師(任期付) (40737219)
【キーワード】細菌 / 分子認識 / ボロン酸 / デンドリマー / 超分子 (他19件)
【概要】ボロン酸修飾デンドリマーを用いた細菌の検出法を開発した。本手法は、ボロン酸修飾デンドリマーを細菌を含む溶液に添加してボルテックス撹拌するだけの非常に簡易な方法で、細菌凝集を引き起こすことによって検出することができる。その検出感度は、濁度法では約100万 CFU/mL、蛍光法では約1万 CFU/mLである。検出時間は5分～数十分程度であり、従来法に比べて大幅に短い時間での、迅速な細菌検出を達成した。...
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
【化学】複合化学：芳香族化合物 ／細菌を含む研究件
❏芳香環二原子酸素添加酵素における電子伝達コンポーネント選択性の分子基盤の解明(20248010)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】野尻 秀昭 東京大学, 生物産工学研究センター, 准教授 (90272468)
【キーワード】芳香族化合物 / オキシゲナーゼ / 電子伝達 / タンパク質間相互作用 / 結晶構造 (他10件)
【概要】カルバゾール二水酸化酵素の還元型フェレドキシン単体と、酸化型フェレドキシン:還元型酸化酵素複合体の結晶構造を解明した。それらの比較から、酸化酵素のR118,R210とフェレドキシンのE43,E55の各々の問の塩橋・水素結合の酸化酵素の還元に伴う切断が検出された。アラニン置換体を用いた解析の結果、二つのアミノ酸は協調して機能すること、疎水相互作用を駆動力とする結合が周囲の塩橋・水素結合により安定化さ...
❏芳香環二原子酸素添加酵素の基質特異性を決定する基質結合ポケットの構造の解明(17380052)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】野尻 秀昭 東京大学, 生物生産工学研究センター, 准教授 (90272468)
【キーワード】細菌 / 芳香族化合物 / 二原子酸素添加酵素 / 反応機構 / 基質結合ポケット (他8件)
【概要】Carbazole 1,9a-dioxygenaseは、カルバゾールに対し1, 9a位への水酸化(核間二水酸化)を触媒すると共に、多環芳香族炭化水素に対しては分子末端への水酸化(末端二水酸化)を触媒する。さらに、芳香族化合物分子内のメチレン炭素やスルフィド硫黄への一水酸化も触媒する興味深い基質特異性を持つ。この基質特異性の分子メカニズム解明に向けて、基質結合ポケット内で基質分子と直接相互作用する4...
【生物学】生物学：シグナル制御 ／細菌を含む研究件
❏タンパク質の過イオウ化によるシグナル伝達機構の分子基盤(21K15038)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2021-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】清水 隆之 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (90817214)
【キーワード】シグナル制御 / システイン修飾 / 硫化水素 / パースルフィド / 細菌
【概要】本研究では、申請者が光合成細菌から新規に同定した活性イオウ分子種（Reactive sulfur species; RSS）応答性転写因子SqrRのRSS応答機構および本細菌のRSS代謝系の解析を通じ、RSSシグナル伝達の分子機構を理解することを目指している。 本研究は、これまでに申請者が明らかにしたSqrRのRSS応答機構を踏まえて、1）細胞内のSqrRに対するRSSによる安定な修飾の種類の解明...
❏生体機能を制御する活性イオウ分子種のシグナル伝達機構(18K14650)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】清水 隆之 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (90817214)
【キーワード】シグナル制御 / システイン修飾 / 硫化水素 / パースルフィド / 細菌
【概要】多くの生物にとって毒として知られる硫化水素は、ほぼ全ての生物に普遍的な生理活性物質として機能することがわかってきたが、そのシグナル伝達機構には不明な点が多い。本研究では、硫化水素由来の過イオウ化分子である「活性イオウ分子種」に対するセンサータンパク質の生化学的な特性と活性イオウ分子種の代謝系を解析することで、本シグナル伝達機構の解明を目指した。その結果、本センサータンパク質が優先的に検知する活性イ...
【生物学】生物学：システイン修飾 ／細菌を含む研究件
❏タンパク質の過イオウ化によるシグナル伝達機構の分子基盤(21K15038)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2021-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】清水 隆之 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (90817214)
【キーワード】シグナル制御 / システイン修飾 / 硫化水素 / パースルフィド / 細菌
【概要】本研究では、申請者が光合成細菌から新規に同定した活性イオウ分子種（Reactive sulfur species; RSS）応答性転写因子SqrRのRSS応答機構および本細菌のRSS代謝系の解析を通じ、RSSシグナル伝達の分子機構を理解することを目指している。 本研究は、これまでに申請者が明らかにしたSqrRのRSS応答機構を踏まえて、1）細胞内のSqrRに対するRSSによる安定な修飾の種類の解明...
❏生体機能を制御する活性イオウ分子種のシグナル伝達機構(18K14650)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】清水 隆之 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (90817214)
【キーワード】シグナル制御 / システイン修飾 / 硫化水素 / パースルフィド / 細菌
【概要】多くの生物にとって毒として知られる硫化水素は、ほぼ全ての生物に普遍的な生理活性物質として機能することがわかってきたが、そのシグナル伝達機構には不明な点が多い。本研究では、硫化水素由来の過イオウ化分子である「活性イオウ分子種」に対するセンサータンパク質の生化学的な特性と活性イオウ分子種の代謝系を解析することで、本シグナル伝達機構の解明を目指した。その結果、本センサータンパク質が優先的に検知する活性イ...
【生物学】生物学：パースルフィド ／細菌を含む研究件
❏タンパク質の過イオウ化によるシグナル伝達機構の分子基盤(21K15038)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2021-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】清水 隆之 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (90817214)
【キーワード】シグナル制御 / システイン修飾 / 硫化水素 / パースルフィド / 細菌
【概要】本研究では、申請者が光合成細菌から新規に同定した活性イオウ分子種（Reactive sulfur species; RSS）応答性転写因子SqrRのRSS応答機構および本細菌のRSS代謝系の解析を通じ、RSSシグナル伝達の分子機構を理解することを目指している。 本研究は、これまでに申請者が明らかにしたSqrRのRSS応答機構を踏まえて、1）細胞内のSqrRに対するRSSによる安定な修飾の種類の解明...
❏生体機能を制御する活性イオウ分子種のシグナル伝達機構(18K14650)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】清水 隆之 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (90817214)
【キーワード】シグナル制御 / システイン修飾 / 硫化水素 / パースルフィド / 細菌
【概要】多くの生物にとって毒として知られる硫化水素は、ほぼ全ての生物に普遍的な生理活性物質として機能することがわかってきたが、そのシグナル伝達機構には不明な点が多い。本研究では、硫化水素由来の過イオウ化分子である「活性イオウ分子種」に対するセンサータンパク質の生化学的な特性と活性イオウ分子種の代謝系を解析することで、本シグナル伝達機構の解明を目指した。その結果、本センサータンパク質が優先的に検知する活性イ...
【生物学】基礎生物学：抗菌 ／細菌を含む研究件
❏感染症原因菌の悪性化を統御するクオルモン－受容体膜タンパク質複合体の結晶構造解析(25292057)
【研究テーマ】応用生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】永田 宏次 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (30280788)
【キーワード】膜タンパク質 / 結晶構造解析 / 細菌 / 抗菌 / 多剤耐性 (他8件)
【概要】FsrC-GBAP複合体およびFsrC-GBAP拮抗阻害剤複合体の結晶化で得られた結晶について大型放射光施設にてX線回折実験とデータ解析を行った結果、得られた一群の結晶は、FsrC精製試料に微量混在していた宿主大腸菌由来の膜タンパク質AcrBのものであると判明した。2種類の結晶のうち片方は新規の状態の結晶構造であった。AcrBはグラム陰性菌の多剤排出輸送体として機能するため、細菌感染症予防研究に資...
❏整形外科領域の抗菌性生体材料の開発と感染性疾患の治療(23592199)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】石井 賢 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (00276289)
【キーワード】感染症 / 整形外科学 / 細菌 / イメージング / 抗菌 (他11件)
【概要】本研究では過去の報告がない新たな再現性のある、定量的マウス骨髄炎モデルと軟部組織感染症モデルを作成した。 また、整形外科領域における感染性疾患に対する新規抗菌インプラントと抗生物質を用いたドラッグデリバリーシステムを開発した。これらの技術は臨床現場で問題となっている感染症や手術部位感染症に対して極めて有効である。 これらの技術を基に現在複数の企業と提携して、臨床応用へ向けた準備を進めている。 ...
【生物学】基礎生物学：結晶構造解析 ／細菌を含む研究件
❏感染症原因菌の悪性化を統御するクオルモン－受容体膜タンパク質複合体の結晶構造解析(25292057)
【研究テーマ】応用生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】永田 宏次 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (30280788)
【キーワード】膜タンパク質 / 結晶構造解析 / 細菌 / 抗菌 / 多剤耐性 (他8件)
【概要】FsrC-GBAP複合体およびFsrC-GBAP拮抗阻害剤複合体の結晶化で得られた結晶について大型放射光施設にてX線回折実験とデータ解析を行った結果、得られた一群の結晶は、FsrC精製試料に微量混在していた宿主大腸菌由来の膜タンパク質AcrBのものであると判明した。2種類の結晶のうち片方は新規の状態の結晶構造であった。AcrBはグラム陰性菌の多剤排出輸送体として機能するため、細菌感染症予防研究に資...
❏芳香環二原子酸素添加酵素の基質特異性を決定する基質結合ポケットの構造の解明(17380052)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】野尻 秀昭 東京大学, 生物生産工学研究センター, 准教授 (90272468)
【キーワード】細菌 / 芳香族化合物 / 二原子酸素添加酵素 / 反応機構 / 基質結合ポケット (他8件)
【概要】Carbazole 1,9a-dioxygenaseは、カルバゾールに対し1, 9a位への水酸化(核間二水酸化)を触媒すると共に、多環芳香族炭化水素に対しては分子末端への水酸化(末端二水酸化)を触媒する。さらに、芳香族化合物分子内のメチレン炭素やスルフィド硫黄への一水酸化も触媒する興味深い基質特異性を持つ。この基質特異性の分子メカニズム解明に向けて、基質結合ポケット内で基質分子と直接相互作用する4...
【生物学】基礎生物学：タンパク質間相互作用 ／細菌を含む研究件
❏芳香環二原子酸素添加酵素における電子伝達コンポーネント選択性の分子基盤の解明(20248010)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】野尻 秀昭 東京大学, 生物産工学研究センター, 准教授 (90272468)
【キーワード】芳香族化合物 / オキシゲナーゼ / 電子伝達 / タンパク質間相互作用 / 結晶構造 (他10件)
【概要】カルバゾール二水酸化酵素の還元型フェレドキシン単体と、酸化型フェレドキシン:還元型酸化酵素複合体の結晶構造を解明した。それらの比較から、酸化酵素のR118,R210とフェレドキシンのE43,E55の各々の問の塩橋・水素結合の酸化酵素の還元に伴う切断が検出された。アラニン置換体を用いた解析の結果、二つのアミノ酸は協調して機能すること、疎水相互作用を駆動力とする結合が周囲の塩橋・水素結合により安定化さ...
❏多刺激受容型レセプターによるシグナル伝達と適応の分子機構(11480190)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2001
【研究代表者】川岸 郁朗 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (80234037)
【キーワード】大腸菌 / 走化性 / シグナル伝達 / pH / 温度 (他11件)
【概要】大腸菌やサルモネラ菌の走化性は,シグナル伝達機構を分子レベルで解析する上でよいモデル系である.膜貫通型レセプターが,誘引・忌避物質,pH,温度を感知し,ヒスチジンキナーゼCheAの活性を制御する.また,一定の刺激が続くと,レセプターの可逆的メチル化により,菌は適応する.本研究では,走化性レセプターの多刺激受容に着目した解析を行い,以下のような成果を得た.これらは,刺激の受容や適応の機構に迫るばかり...
【生物学】基礎生物学：シアノバクテリア ／細菌を含む研究件
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
❏北太平洋中緯度海域で発見されたウィルス・ホットスポットの形成機構の解明(22651004)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋 / 微生物 / ウィルス / 空間分布 / 生態系 (他11件)
【概要】外洋域においてウィルス数が局所的極大を示す層、すなわち「ウィルス・ホットスポット(VHS)」、の分布の実態把握と形成機構の究明を行った。観測の結果、VHSは中部および西部北太平洋において広範に見られ、その分布が溶存酸素アノマリーの分布と関連することが明らかになった。観測・実験データを基に、VHSの形成には、宿主依存的なウィルス生産、鉛直混合、紫外線影響の3要因が関与しているという新たな仮説を提案し...
【生物学】基礎生物学：藻類 ／細菌を含む研究件
❏土壌生態系における藻類-細菌共存系の相互作用と機能の解明(20580060)
【研究テーマ】植物栄養学・土壌学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】大塚 重人 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (10313074)
【キーワード】土壌生物 / 土壌微生物 / 共存系 / 藻類 / 細菌 (他9件)
【概要】クロレラ属緑藻と土壌細菌の混合培養系から10種の細菌を分離した。ブレブンディモナス属細菌の分離株は、クロレラ培養株の生存期間を有意に延ばした。また、ビタミンB12要求性の緑藻モノマスティクスにビタミンB12を供給する細菌が分離され、そのうちエンシファー属細菌について遺伝子解析を行った。この細菌がビタミンB12合成に関わる全22個の遺伝子を持つことが示され、またそれらの塩基配列全長が解読された。 ...
❏難分解性農薬成分を分解する微細藻類に関する研究-微生物資源として-(15780205)
【研究テーマ】環境農学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2003 - 2005
【研究代表者】大塚 重人 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (10313074)
【キーワード】難分解性農薬成分 / シマジン / ジベンゾフラン / ビフェニル / 藻類 (他15件)
【概要】昨年度までに引き続き、難分解性農薬成分であるシマジンを分解する微細藻類および細菌のスクリーニングを行った。その結果、高濃度のシマジンの存在下で生育する微細藻類が数株得られた。これらは形態からいずれも藍藻類(=藍色細菌)のOscillatoriaと同定された。シマジンは光合成阻害剤であり、これらの培養株が高濃度のシマジン存在下で生育できるということは、光合成を行っていないがシマジンを分解して従属栄養...
【生物学】人類学：多様性 ／細菌を含む研究件
❏サツマイモ窒素固定共生系の分子生態学的解明(15H04620)
【研究テーマ】環境農学(含ランドスケープ科学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】池田 成志 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 北海道農業研究センター 大規模畑作研究領域, 上級研究員 (20396609)
【キーワード】窒素固定 / サツマイモ / 共生細菌 / 多様性 / 16S rRNA遺伝子 (他19件)
【概要】サツマイモの茎、塊根の表面と内部の共生細菌群集について非培養法による多様性解析を行った結果、各組織に共通して他の作物種よりもアルファプロテオバクテリアの優占化が観察された。また、多様性指数は塊根表面、茎、塊根内部、の順番で小さくなることが明らかにされた。上記と対応する組織から共生細菌の網羅的な分離培養を実施した。約2000株の分離菌について16S rRNA遺伝子に基づくクラスタリング解析を行った結...
❏時系列メタゲノミクスでみる西部北太平洋亜寒帯・亜熱帯海域の微生物群集動態(24241002)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】浜崎 恒二 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (80277871)
【キーワード】微生物 / メタゲノム / 西部北太平洋 / 海洋細菌 / 時系列観測 (他9件)
【概要】西部北太平洋海域は，世界でも有数の漁場であり，活発な生物ポンプ作用による二酸化炭素吸収海域でもある．本研究は，西部北太平洋の亜寒帯及び亜熱帯海域に設置された時系列観測点において，微生物群集構造および代謝機能の網羅的解析を行うことにより，亜寒帯及び亜熱帯外洋域における微生物機能の時系列変動を比較解析した初めての例として，貴重なデータと成果を得ることができた．さらに，次世代型のメタゲノム解析・評価シス...
【総合理工】ナノ・マイクロ科学：液体セル ／細菌を含む研究件
❏細菌内無機元素の高分解能動態観測を目指した高機能マイクロ流路液体セルの開発(18H01842)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】石田 忠 東京工業大学, 工学院, 准教授 (80517607)
【キーワード】マイクロ流路 / SEM / 電子線透過膜 / 液中細菌 / 極薄電子線透過膜付きマイクロ流路 (他21件)
【概要】耐性菌の増加が懸念される中、耐性菌の新規治療方法の開発が遅れている。そこで、これまでバイオ分野であまり注目されていなかった無機元素の観点から、液中細菌を高分解能観察するための技術を開発した。高分解能で電子顕微鏡観察するための薄膜技術や細菌搬送技術を開発し、液中細菌の高分解能観察を実現した。これにより数百nm級の構造やウイルスの観察も可能となった。さらに、細菌の無機元素の検出にも成功した。 ...
❏ナノバイオロジーのためのMEMS電子顕微鏡技術の確立と細菌の動態研究への応用(15H05416)
【研究テーマ】ナノマイクロシステム
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】石田 忠 東京工業大学, 工学院, 准教授 (80517607)
【キーワード】MEMS / 電子顕微鏡 / 液体セル / 細菌 / 動態観察 (他11件)
【概要】通常、電子顕微鏡で試料を観察するためには試料を真空に配置する必要があるが、電子顕微鏡の中で液体の中の細菌を観察できる技術をマイクロマシン技術で開発した。「電子顕微鏡の中に細菌の培養環境を構築する試料ホルダ」と「真空と液体を隔離する電子線透過膜を持つマイクロ流路デバイス」を開発した。これらを用いて、気泡や液滴の挙動を観察し、培養環境にあるシアノバクテリアを長時間にわたり観察することに成功した。 ...
【総合理工】複合集積システム：誘電泳動 ／細菌を含む研究件
❏ナノ空間の高電界を利用した非線形電気インピーダンス応答による細菌1粒子センシング(20H02160)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】山本 貴富喜 東京工業大学, 工学院, 准教授 (20322688)
【キーワード】ナノポア / インピーダンス / ウイルス / バクテリア / ナノデバイス (他23件)
【概要】これまでも度々問題になっていた現象であるが，バクテリア計測時はバッファである生理食塩水の塩濃度が高く導電率も高いため，高電界を印加すると電極エッジ部分に電界が集中して電極反応により電極が電気分解する問題が顕著になった。そこで電極の保護のため，デバイス形状の大幅な見直しを行った。具体的には，これまでのデザインとは逆に電極のエッジは使わずに電極面積をなるべく大きく使うように測定セルの形状を変更した。さ...
❏細菌内無機元素の高分解能動態観測を目指した高機能マイクロ流路液体セルの開発(18H01842)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】石田 忠 東京工業大学, 工学院, 准教授 (80517607)
【キーワード】マイクロ流路 / SEM / 電子線透過膜 / 液中細菌 / 極薄電子線透過膜付きマイクロ流路 (他21件)
【概要】耐性菌の増加が懸念される中、耐性菌の新規治療方法の開発が遅れている。そこで、これまでバイオ分野であまり注目されていなかった無機元素の観点から、液中細菌を高分解能観察するための技術を開発した。高分解能で電子顕微鏡観察するための薄膜技術や細菌搬送技術を開発し、液中細菌の高分解能観察を実現した。これにより数百nm級の構造やウイルスの観察も可能となった。さらに、細菌の無機元素の検出にも成功した。 ...
【工学】電気電子工学：集積化MEMS ／細菌を含む研究件
❏エレクトロニクスに創発された細菌行動学の創生(15H03992)
【研究テーマ】電子デバイス・電子機器
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, リーディング大学院教育推進機構, 特任教授 (20506175)
【キーワード】MEMS / 細菌 / レジオネラ / フォトゲート / 蛍光 (他13件)
【概要】細胞内寄生や太陽光存在下での細菌の挙動を知るために集積化MEMS技術を利用した、細菌のストレス応答の観測を行った。レジオネラ属菌を観測対象として、紫外光照射やマイクロ空間における運動規制に対するストレス応答として新たな蛍光物質の産生を見出した。この蛍光物質の蛍光をフォトゲート型光学センサで検出することに成功し、細菌センサチップ実現へ道を開いた。 ...
❏細菌迅速検知チップに関する基礎的研究(23560394)
【研究テーマ】電子デバイス・電子機器
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, テーラーメイド・バトンゾーン教育推進本部, 特任教授 (20506175)
【キーワード】集積化MEMS / 細菌 / レジオネラ / マイクロ流路 / マイクロビーズ (他9件)
【概要】病原細菌であるレジオネラ・ニューモフィラ（レジオネラと略記）をターゲットとする細菌センサーの開発を行った。その中で、この細菌がMEMSなどの狭い空間で運動を制限されると蛍光を発することを見出した。この性質を用いてレジオネラトラップの検討を行い、マイクロビーズとレジオネラの懸濁液を注入するだけでこれをトラップする樹脂製のマイクロ流路チップを開発し、レジオネラの蛍光を確認した。当初の目的であった培養無...
【工学】電気電子工学：レジオネラ属菌 ／細菌を含む研究件
❏細菌ストレス応答の動的過程解明:エレクトロニクスに創発された新細菌同定法への展開(19H02196)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, 研究推進アドミニストレーションセンター, 特任教授 (20506175)
【キーワード】Bio-MEMS / 細菌 / フォトゲート / レジオネラ属菌 / 反応化学 (他11件)
【概要】バイオフィルムなどの環境に常在する病原細菌の一つであるレジオネラ属菌を細菌の動的過程解明のモデル細菌とし、このレジオネラ属菌の紫外光や化学物質に対するストレス応答の動的過程を細胞内の蛍光物質の減少、増加過程として反応化学的に記述した。さらにフォトゲート型細菌センサチップをMEMS流路とハイブリッド化した細菌センサシステム構築を進め、3Dプリンタを用いて作製した筐体にフォトゲート型細菌センサとMEM...
❏エレクトロニクスに創発された細菌行動学の創生(15H03992)
【研究テーマ】電子デバイス・電子機器
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, リーディング大学院教育推進機構, 特任教授 (20506175)
【キーワード】MEMS / 細菌 / レジオネラ / フォトゲート / 蛍光 (他13件)
【概要】細胞内寄生や太陽光存在下での細菌の挙動を知るために集積化MEMS技術を利用した、細菌のストレス応答の観測を行った。レジオネラ属菌を観測対象として、紫外光照射やマイクロ空間における運動規制に対するストレス応答として新たな蛍光物質の産生を見出した。この蛍光物質の蛍光をフォトゲート型光学センサで検出することに成功し、細菌センサチップ実現へ道を開いた。 ...
【工学】電気電子工学：フォトゲート ／細菌を含む研究件
❏細菌ストレス応答の動的過程解明:エレクトロニクスに創発された新細菌同定法への展開(19H02196)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, 研究推進アドミニストレーションセンター, 特任教授 (20506175)
【キーワード】Bio-MEMS / 細菌 / フォトゲート / レジオネラ属菌 / 反応化学 (他11件)
【概要】バイオフィルムなどの環境に常在する病原細菌の一つであるレジオネラ属菌を細菌の動的過程解明のモデル細菌とし、このレジオネラ属菌の紫外光や化学物質に対するストレス応答の動的過程を細胞内の蛍光物質の減少、増加過程として反応化学的に記述した。さらにフォトゲート型細菌センサチップをMEMS流路とハイブリッド化した細菌センサシステム構築を進め、3Dプリンタを用いて作製した筐体にフォトゲート型細菌センサとMEM...
❏エレクトロニクスに創発された細菌行動学の創生(15H03992)
【研究テーマ】電子デバイス・電子機器
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, リーディング大学院教育推進機構, 特任教授 (20506175)
【キーワード】MEMS / 細菌 / レジオネラ / フォトゲート / 蛍光 (他13件)
【概要】細胞内寄生や太陽光存在下での細菌の挙動を知るために集積化MEMS技術を利用した、細菌のストレス応答の観測を行った。レジオネラ属菌を観測対象として、紫外光照射やマイクロ空間における運動規制に対するストレス応答として新たな蛍光物質の産生を見出した。この蛍光物質の蛍光をフォトゲート型光学センサで検出することに成功し、細菌センサチップ実現へ道を開いた。 ...
【工学】電気電子工学：バイオMEMS ／細菌を含む研究件
❏細菌ストレス応答の動的過程解明:エレクトロニクスに創発された新細菌同定法への展開(19H02196)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, 研究推進アドミニストレーションセンター, 特任教授 (20506175)
【キーワード】Bio-MEMS / 細菌 / フォトゲート / レジオネラ属菌 / 反応化学 (他11件)
【概要】バイオフィルムなどの環境に常在する病原細菌の一つであるレジオネラ属菌を細菌の動的過程解明のモデル細菌とし、このレジオネラ属菌の紫外光や化学物質に対するストレス応答の動的過程を細胞内の蛍光物質の減少、増加過程として反応化学的に記述した。さらにフォトゲート型細菌センサチップをMEMS流路とハイブリッド化した細菌センサシステム構築を進め、3Dプリンタを用いて作製した筐体にフォトゲート型細菌センサとMEM...
❏エレクトロニクスに創発された細菌行動学の創生(15H03992)
【研究テーマ】電子デバイス・電子機器
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, リーディング大学院教育推進機構, 特任教授 (20506175)
【キーワード】MEMS / 細菌 / レジオネラ / フォトゲート / 蛍光 (他13件)
【概要】細胞内寄生や太陽光存在下での細菌の挙動を知るために集積化MEMS技術を利用した、細菌のストレス応答の観測を行った。レジオネラ属菌を観測対象として、紫外光照射やマイクロ空間における運動規制に対するストレス応答として新たな蛍光物質の産生を見出した。この蛍光物質の蛍光をフォトゲート型光学センサで検出することに成功し、細菌センサチップ実現へ道を開いた。 ...
【工学】土木工学：レジオネラ ／細菌を含む研究件
❏細菌ストレス応答の動的過程解明:エレクトロニクスに創発された新細菌同定法への展開(19H02196)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, 研究推進アドミニストレーションセンター, 特任教授 (20506175)
【キーワード】Bio-MEMS / 細菌 / フォトゲート / レジオネラ属菌 / 反応化学 (他11件)
【概要】バイオフィルムなどの環境に常在する病原細菌の一つであるレジオネラ属菌を細菌の動的過程解明のモデル細菌とし、このレジオネラ属菌の紫外光や化学物質に対するストレス応答の動的過程を細胞内の蛍光物質の減少、増加過程として反応化学的に記述した。さらにフォトゲート型細菌センサチップをMEMS流路とハイブリッド化した細菌センサシステム構築を進め、3Dプリンタを用いて作製した筐体にフォトゲート型細菌センサとMEM...
❏エレクトロニクスに創発された細菌行動学の創生(15H03992)
【研究テーマ】電子デバイス・電子機器
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, リーディング大学院教育推進機構, 特任教授 (20506175)
【キーワード】MEMS / 細菌 / レジオネラ / フォトゲート / 蛍光 (他13件)
【概要】細胞内寄生や太陽光存在下での細菌の挙動を知るために集積化MEMS技術を利用した、細菌のストレス応答の観測を行った。レジオネラ属菌を観測対象として、紫外光照射やマイクロ空間における運動規制に対するストレス応答として新たな蛍光物質の産生を見出した。この蛍光物質の蛍光をフォトゲート型光学センサで検出することに成功し、細菌センサチップ実現へ道を開いた。 ...
❏細菌迅速検知チップに関する基礎的研究(23560394)
【研究テーマ】電子デバイス・電子機器
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, テーラーメイド・バトンゾーン教育推進本部, 特任教授 (20506175)
【キーワード】集積化MEMS / 細菌 / レジオネラ / マイクロ流路 / マイクロビーズ (他9件)
【概要】病原細菌であるレジオネラ・ニューモフィラ（レジオネラと略記）をターゲットとする細菌センサーの開発を行った。その中で、この細菌がMEMSなどの狭い空間で運動を制限されると蛍光を発することを見出した。この性質を用いてレジオネラトラップの検討を行い、マイクロビーズとレジオネラの懸濁液を注入するだけでこれをトラップする樹脂製のマイクロ流路チップを開発し、レジオネラの蛍光を確認した。当初の目的であった培養無...
【工学】総合工学：電子顕微鏡 ／細菌を含む研究件
❏細菌内無機元素の高分解能動態観測を目指した高機能マイクロ流路液体セルの開発(18H01842)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】石田 忠 東京工業大学, 工学院, 准教授 (80517607)
【キーワード】マイクロ流路 / SEM / 電子線透過膜 / 液中細菌 / 極薄電子線透過膜付きマイクロ流路 (他21件)
【概要】耐性菌の増加が懸念される中、耐性菌の新規治療方法の開発が遅れている。そこで、これまでバイオ分野であまり注目されていなかった無機元素の観点から、液中細菌を高分解能観察するための技術を開発した。高分解能で電子顕微鏡観察するための薄膜技術や細菌搬送技術を開発し、液中細菌の高分解能観察を実現した。これにより数百nm級の構造やウイルスの観察も可能となった。さらに、細菌の無機元素の検出にも成功した。 ...
❏ナノバイオロジーのためのMEMS電子顕微鏡技術の確立と細菌の動態研究への応用(15H05416)
【研究テーマ】ナノマイクロシステム
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】石田 忠 東京工業大学, 工学院, 准教授 (80517607)
【キーワード】MEMS / 電子顕微鏡 / 液体セル / 細菌 / 動態観察 (他11件)
【概要】通常、電子顕微鏡で試料を観察するためには試料を真空に配置する必要があるが、電子顕微鏡の中で液体の中の細菌を観察できる技術をマイクロマシン技術で開発した。「電子顕微鏡の中に細菌の培養環境を構築する試料ホルダ」と「真空と液体を隔離する電子線透過膜を持つマイクロ流路デバイス」を開発した。これらを用いて、気泡や液滴の挙動を観察し、培養環境にあるシアノバクテリアを長時間にわたり観察することに成功した。 ...
【工学】総合工学：有機物 ／細菌を含む研究件
❏高プロリン含有成分に着目した新しい海洋有機物動態論の開拓(17H06294)
【研究テーマ】環境解析評価およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋物質循環 / プロリン / コロイド粒子 / アミノ酸 / 海洋微生物 (他12件)
【概要】アミノ酸は重要な生体構成成分であり、海洋物質循環において重要な役割を果たしている。これまで海洋環境中のアミノ酸動態については多くの研究がなされてきたが、たんぱく質を構成する２０種類のアミノ酸のうち唯一の環状２級アミンであるプロリンは、分析方法上の制約から、その分布や変動についての知見が限られてきた。本研究では、この方法的な制約を克服し、海洋試料のアミノ酸組成を、プロリンを含めて高感度に分析する手法...
❏海洋における大規模な有機炭素鉛直輸送過程の新規制御機構の解明(15H01725)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋 / 微生物 / 凝集体 / 炭素循環 / 沈降フラックス (他14件)
【概要】海洋表層の基礎生産で生成された有機物（凝集体）の沈降によって媒介される炭素鉛直輸送（生物ポンプ）は、海洋内部での炭素貯留を促進するプロセスとして重要であるが、その変動や制御には不明の点が多い。本研究では、凝集体の形成・沈降過程を、凝集体と海洋細菌群集の相互作用という新たな切り口から追及した。実験的解析の結果、海洋細菌群集には、大型凝集体の形成を顕著に促進する作用があることが示された。また、凝集体形...
【工学】総合工学：結晶成長 ／細菌を含む研究件
❏細菌が行う電子・イオンの授受による半導体結晶形成機構の解明と制御(21K18911)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2021-07-09 - 2023-03-31
【研究代表者】富永 依里子 広島大学, 先進理工系科学研究科(先), 准教授 (40634936)
【キーワード】バイオミネラリゼーション / 細菌 / 結晶成長 / 化合物半導体
【概要】本研究は、生物が鉱物を作り出す反応であるバイオミネラリゼーションを用いた化合物半導体の結晶成長に関するもので、その機構の解明を最終目的としている。当該年度、研究代表者と分担者は、主に硫化鉛とGaAs系化合物の合成に取り組んだ。硫化鉛を合成する菌叢においては、継代日数を変化させて複数回継代を行うことで、菌叢を構成している菌の種類の分布を変化させることができ、それによって硫化鉛の薄膜化と球状化の形状の...
❏ランダムな成長パターンの形成機構(18340115)
【研究テーマ】数理物理・物性基礎
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2009
【研究代表者】松下 貢 中央大学, 理工学部, 教授 (20091746)
【キーワード】パターン形成 / バクテリア / コロニー / スケーリング / フラクタル (他13件)
【概要】自然界、社会に見られるランダムなパターンの構造と統計について主として三つの課題を研究した。1.大腸菌と緑膿菌について環境条件を変えるとコロニーパターンがどのように変化するかのダイヤグラムを確立し、そのうちの周期パターンの菌密度変化を詳しく調べた。2.ランダムパターンの成長界面の自己アフィンフラクタル性を、バクテリアコロニー、地形などを例にして詳しく調べた。3.都道府県人口、市町村人口、私たちの身長...
【工学】総合工学：MEMS ／細菌を含む研究件
❏ナノバイオロジーのためのMEMS電子顕微鏡技術の確立と細菌の動態研究への応用(15H05416)
【研究テーマ】ナノマイクロシステム
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】石田 忠 東京工業大学, 工学院, 准教授 (80517607)
【キーワード】MEMS / 電子顕微鏡 / 液体セル / 細菌 / 動態観察 (他11件)
【概要】通常、電子顕微鏡で試料を観察するためには試料を真空に配置する必要があるが、電子顕微鏡の中で液体の中の細菌を観察できる技術をマイクロマシン技術で開発した。「電子顕微鏡の中に細菌の培養環境を構築する試料ホルダ」と「真空と液体を隔離する電子線透過膜を持つマイクロ流路デバイス」を開発した。これらを用いて、気泡や液滴の挙動を観察し、培養環境にあるシアノバクテリアを長時間にわたり観察することに成功した。 ...
❏エレクトロニクスに創発された細菌行動学の創生(15H03992)
【研究テーマ】電子デバイス・電子機器
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, リーディング大学院教育推進機構, 特任教授 (20506175)
【キーワード】MEMS / 細菌 / レジオネラ / フォトゲート / 蛍光 (他13件)
【概要】細胞内寄生や太陽光存在下での細菌の挙動を知るために集積化MEMS技術を利用した、細菌のストレス応答の観測を行った。レジオネラ属菌を観測対象として、紫外光照射やマイクロ空間における運動規制に対するストレス応答として新たな蛍光物質の産生を見出した。この蛍光物質の蛍光をフォトゲート型光学センサで検出することに成功し、細菌センサチップ実現へ道を開いた。 ...
❏細菌迅速検知チップに関する基礎的研究(23560394)
【研究テーマ】電子デバイス・電子機器
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, テーラーメイド・バトンゾーン教育推進本部, 特任教授 (20506175)
【キーワード】集積化MEMS / 細菌 / レジオネラ / マイクロ流路 / マイクロビーズ (他9件)
【概要】病原細菌であるレジオネラ・ニューモフィラ（レジオネラと略記）をターゲットとする細菌センサーの開発を行った。その中で、この細菌がMEMSなどの狭い空間で運動を制限されると蛍光を発することを見出した。この性質を用いてレジオネラトラップの検討を行い、マイクロビーズとレジオネラの懸濁液を注入するだけでこれをトラップする樹脂製のマイクロ流路チップを開発し、レジオネラの蛍光を確認した。当初の目的であった培養無...
【工学】総合工学：マイクロ・ナノデバイス ／細菌を含む研究件
❏蛍光画像サイトメトリによる高速腸内細菌叢プロファイリングとディスバイオーシス予測(16K12909)
【研究テーマ】医用システム
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 禎生 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 客員研究員 (70731214)
【キーワード】フローサイトメトリー / １細胞解析 / 腸内細菌 / 環境細菌 / 細菌 (他12件)
【概要】本研究では、最終的には細菌叢解析から個体や環境動態評価・予測を目指すべく、複雑で大量の１細菌集団を光学的に高速プロファイリングする技術群を提案・開発・実証しました。具体的には、マイクロ流体による細菌の底壁面三次元整列技術を開発し、新規光学技術と組み合わせることにより、高速蛍光ハイコンテンツ・フローサイトメトリー（蛍光イメージング・自家蛍光スペクトル）を新開発し、細菌分類実証を行いました。 ...
❏ナノバイオロジーのためのMEMS電子顕微鏡技術の確立と細菌の動態研究への応用(15H05416)
【研究テーマ】ナノマイクロシステム
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】石田 忠 東京工業大学, 工学院, 准教授 (80517607)
【キーワード】MEMS / 電子顕微鏡 / 液体セル / 細菌 / 動態観察 (他11件)
【概要】通常、電子顕微鏡で試料を観察するためには試料を真空に配置する必要があるが、電子顕微鏡の中で液体の中の細菌を観察できる技術をマイクロマシン技術で開発した。「電子顕微鏡の中に細菌の培養環境を構築する試料ホルダ」と「真空と液体を隔離する電子線透過膜を持つマイクロ流路デバイス」を開発した。これらを用いて、気泡や液滴の挙動を観察し、培養環境にあるシアノバクテリアを長時間にわたり観察することに成功した。 ...
【工学】総合工学：マイクロ流路 ／細菌を含む研究件
❏細菌内無機元素の高分解能動態観測を目指した高機能マイクロ流路液体セルの開発(18H01842)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】石田 忠 東京工業大学, 工学院, 准教授 (80517607)
【キーワード】マイクロ流路 / SEM / 電子線透過膜 / 液中細菌 / 極薄電子線透過膜付きマイクロ流路 (他21件)
【概要】耐性菌の増加が懸念される中、耐性菌の新規治療方法の開発が遅れている。そこで、これまでバイオ分野であまり注目されていなかった無機元素の観点から、液中細菌を高分解能観察するための技術を開発した。高分解能で電子顕微鏡観察するための薄膜技術や細菌搬送技術を開発し、液中細菌の高分解能観察を実現した。これにより数百nm級の構造やウイルスの観察も可能となった。さらに、細菌の無機元素の検出にも成功した。 ...
❏ナノバイオロジーのためのMEMS電子顕微鏡技術の確立と細菌の動態研究への応用(15H05416)
【研究テーマ】ナノマイクロシステム
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】石田 忠 東京工業大学, 工学院, 准教授 (80517607)
【キーワード】MEMS / 電子顕微鏡 / 液体セル / 細菌 / 動態観察 (他11件)
【概要】通常、電子顕微鏡で試料を観察するためには試料を真空に配置する必要があるが、電子顕微鏡の中で液体の中の細菌を観察できる技術をマイクロマシン技術で開発した。「電子顕微鏡の中に細菌の培養環境を構築する試料ホルダ」と「真空と液体を隔離する電子線透過膜を持つマイクロ流路デバイス」を開発した。これらを用いて、気泡や液滴の挙動を観察し、培養環境にあるシアノバクテリアを長時間にわたり観察することに成功した。 ...
❏細菌迅速検知チップに関する基礎的研究(23560394)
【研究テーマ】電子デバイス・電子機器
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, テーラーメイド・バトンゾーン教育推進本部, 特任教授 (20506175)
【キーワード】集積化MEMS / 細菌 / レジオネラ / マイクロ流路 / マイクロビーズ (他9件)
【概要】病原細菌であるレジオネラ・ニューモフィラ（レジオネラと略記）をターゲットとする細菌センサーの開発を行った。その中で、この細菌がMEMSなどの狭い空間で運動を制限されると蛍光を発することを見出した。この性質を用いてレジオネラトラップの検討を行い、マイクロビーズとレジオネラの懸濁液を注入するだけでこれをトラップする樹脂製のマイクロ流路チップを開発し、レジオネラの蛍光を確認した。当初の目的であった培養無...
【工学】総合工学：ナノ材料 ／細菌を含む研究件
❏ボロン酸修飾高分子による細菌の簡易迅速識別・分離法の開発(18K14255)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】土戸 優志 早稲田大学, 理工学術院, 講師(任期付) (40737219)
【キーワード】細菌 / 分子認識 / ボロン酸 / デンドリマー / 超分子 (他19件)
【概要】ボロン酸修飾デンドリマーを用いた細菌の検出法を開発した。本手法は、ボロン酸修飾デンドリマーを細菌を含む溶液に添加してボルテックス撹拌するだけの非常に簡易な方法で、細菌凝集を引き起こすことによって検出することができる。その検出感度は、濁度法では約100万 CFU/mL、蛍光法では約1万 CFU/mLである。検出時間は5分～数十分程度であり、従来法に比べて大幅に短い時間での、迅速な細菌検出を達成した。...
❏細菌接着・バイオフィルム形成を阻害する抗菌性チタン合金表面の創出(23659711)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2011
【研究代表者】田中 健之 東京大学, 医学部・附属病院, 助教 (00583121)
【キーワード】医療・福祉 / 細菌 / ナノ材料
【概要】人工関節の感染は、その予後、耐久性を制限する深刻な合併症である。この合併症の阻止を目指し、細胞・タンパク質の吸着を制御する生体適合性ポリマーでチタン合金表面を処理する技術を確立した。また、この表面では、細菌の付着が顕著に抑制されることを明らかにした。以上の結果により、「細菌の接着・バイオフィルム形成を阻害する抗菌性金属表面」を創出することができた、今後は本研究成果の実用化へ向けた検討を推進する予定...
【農学】生産環境農学：海洋細菌 ／細菌を含む研究件
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
❏海洋生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの構築(15H02800)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / ロドプシン / 微生物生態 / 光エネルギー / 海洋細菌 (他8件)
【概要】本研究では、ゲノムやメタゲノムデータ解析を通して、以下の成果を挙げた。 1. PR遺伝子を持つ海洋細菌の光適応戦略を明らかにした。2. 海洋細菌から見つかったNa+やCl-輸送型ロドプシンの立体構造解析から、イオン輸送機構を明らかにした。3. 様々な環境に存在する未知微生物型ロドプシンを見出し、その機能を明らかにした。 ...
❏時系列メタゲノミクスでみる西部北太平洋亜寒帯・亜熱帯海域の微生物群集動態(24241002)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】浜崎 恒二 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (80277871)
【キーワード】微生物 / メタゲノム / 西部北太平洋 / 海洋細菌 / 時系列観測 (他9件)
【概要】西部北太平洋海域は，世界でも有数の漁場であり，活発な生物ポンプ作用による二酸化炭素吸収海域でもある．本研究は，西部北太平洋の亜寒帯及び亜熱帯海域に設置された時系列観測点において，微生物群集構造および代謝機能の網羅的解析を行うことにより，亜寒帯及び亜熱帯外洋域における微生物機能の時系列変動を比較解析した初めての例として，貴重なデータと成果を得ることができた．さらに，次世代型のメタゲノム解析・評価シス...
【農学】境界農学：プラスミド ／細菌を含む研究件
❏2020年東京オリンピック前後の都市マイクロバイオームの変動調査(20K10436)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】鈴木 治夫 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40638772)
【キーワード】マイクロバイオーム / 微生物 / 細菌 / ウイルス / 都市 (他19件)
【概要】微生物による感染症の増加要因には、抗菌薬耐性などの病原体要因に加え、都市化による人口の集中、交通機関の発達による人の国際的な移動などの社会的要因が関与している。感染症の国際化に対応するためには、感染症のアウトブレイク（パンデミック）が発生する前の状態を定期的に観測する国際協力体制の構築が必要である。これまでに、国際コンソーシアム MetaSUB (Metagenomics & Metade...
❏細菌におけるプラスミド非感受性の分子基盤(18H02121)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】野尻 秀昭 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (90272468)
【キーワード】細菌 / プラスミド / 遺伝子 / 水平伝播 / fitness (他6件)
【概要】一部の細菌は、各種のプラスミドを保持する場合でも非保持株との競合培養で淘汰されない性質（プラスミド非感受性）を示す。本研究では、この発現に、従来、硫黄代謝系の主要転写制御因子として知られていたCysBを起点とする転写制御系の起動が重要であることを明らかにした。この代謝制御系の下流にはTCAサイクルやエネルギー代謝系が配置されており、細胞内の代謝の調節がプラスミド非感受性の鍵になることが強く示唆され...
❏複数の受容菌候補がいる条件下での遺伝子水平伝播様式の解明(15K14686)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】野尻 秀昭 東京大学, 生物生産工学研究センター, 教授 (90272468)
【キーワード】細菌 / 遺伝子水平伝播 / 接合伝達 / 微生物群集 / Pseudomonas (他7件)
【概要】本研究では、供与菌1種に対し2種の受容菌が存在する接合を行い、受容菌の共存がプラスミドの接合伝達に及ぼす影響の評価および作用因子の探索を目的とした。4種のプラスミドについて、2種のPseudomonas属細菌を宿主とした接合実験を行った結果、受容菌の共存により同種の菌への伝達が優先される場合があることを明らかにした。さらに、本現象の作用因子探索をBACライブラリースクリーニングおよびトランスポゾン...
【農学】境界農学：生物分解 ／細菌を含む研究件
❏芳香環二原子酸素添加酵素における電子伝達コンポーネント選択性の分子基盤の解明(20248010)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】野尻 秀昭 東京大学, 生物産工学研究センター, 准教授 (90272468)
【キーワード】芳香族化合物 / オキシゲナーゼ / 電子伝達 / タンパク質間相互作用 / 結晶構造 (他10件)
【概要】カルバゾール二水酸化酵素の還元型フェレドキシン単体と、酸化型フェレドキシン:還元型酸化酵素複合体の結晶構造を解明した。それらの比較から、酸化酵素のR118,R210とフェレドキシンのE43,E55の各々の問の塩橋・水素結合の酸化酵素の還元に伴う切断が検出された。アラニン置換体を用いた解析の結果、二つのアミノ酸は協調して機能すること、疎水相互作用を駆動力とする結合が周囲の塩橋・水素結合により安定化さ...
❏芳香環二原子酸素添加酵素の基質特異性を決定する基質結合ポケットの構造の解明(17380052)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】野尻 秀昭 東京大学, 生物生産工学研究センター, 准教授 (90272468)
【キーワード】細菌 / 芳香族化合物 / 二原子酸素添加酵素 / 反応機構 / 基質結合ポケット (他8件)
【概要】Carbazole 1,9a-dioxygenaseは、カルバゾールに対し1, 9a位への水酸化(核間二水酸化)を触媒すると共に、多環芳香族炭化水素に対しては分子末端への水酸化(末端二水酸化)を触媒する。さらに、芳香族化合物分子内のメチレン炭素やスルフィド硫黄への一水酸化も触媒する興味深い基質特異性を持つ。この基質特異性の分子メカニズム解明に向けて、基質結合ポケット内で基質分子と直接相互作用する4...
【農学】森林圏科学：応用微生物 ／細菌を含む研究件
❏サツマイモ窒素固定共生系の分子生態学的解明(15H04620)
【研究テーマ】環境農学(含ランドスケープ科学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】池田 成志 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 北海道農業研究センター 大規模畑作研究領域, 上級研究員 (20396609)
【キーワード】窒素固定 / サツマイモ / 共生細菌 / 多様性 / 16S rRNA遺伝子 (他19件)
【概要】サツマイモの茎、塊根の表面と内部の共生細菌群集について非培養法による多様性解析を行った結果、各組織に共通して他の作物種よりもアルファプロテオバクテリアの優占化が観察された。また、多様性指数は塊根表面、茎、塊根内部、の順番で小さくなることが明らかにされた。上記と対応する組織から共生細菌の網羅的な分離培養を実施した。約2000株の分離菌について16S rRNA遺伝子に基づくクラスタリング解析を行った結...
❏有価物回収型排水処理技術の基盤となる細菌硫黄飢餓応答機構の解析(19780068)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2007 - 2009
【研究代表者】羽部 浩 独立行政法人産業技術総合研究所, 環境化学技術研究部門, 研究員 (20313075)
【キーワード】応用微生物 / 細菌 / 環境 / 硫酸飢餓応答 / 有機硫黄化合物代謝 (他8件)
【概要】細菌は通常は最も利用しやすい無機硫酸イオン(SO^<2->_4)を硫黄源とする。しかし「硫酸飢餓」と呼ばれる硫黄欠乏状態に陥ると、その環境に存在する様々な有機化合物を分解して硫黄源とする。我々は、細菌が有する硫黄飢餓応答のメカニズムを上手く制御することで、近年成長著しい電子工業分野において洗浄剤として使用されているジメチルスルホキシドを含有する排水から、メタンスルホン酸を高効率で生産可...
【農学】森林圏科学：共生 ／細菌を含む研究件
❏サツマイモ窒素固定共生系の分子生態学的解明(15H04620)
【研究テーマ】環境農学(含ランドスケープ科学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】池田 成志 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 北海道農業研究センター 大規模畑作研究領域, 上級研究員 (20396609)
【キーワード】窒素固定 / サツマイモ / 共生細菌 / 多様性 / 16S rRNA遺伝子 (他19件)
【概要】サツマイモの茎、塊根の表面と内部の共生細菌群集について非培養法による多様性解析を行った結果、各組織に共通して他の作物種よりもアルファプロテオバクテリアの優占化が観察された。また、多様性指数は塊根表面、茎、塊根内部、の順番で小さくなることが明らかにされた。上記と対応する組織から共生細菌の網羅的な分離培養を実施した。約2000株の分離菌について16S rRNA遺伝子に基づくクラスタリング解析を行った結...
❏培養不能微生物のゲノム解析(18687002)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】本郷 裕一 独立行政法人理化学研究所, 前田バイオ工学研究室, 協力研究員 (90392117)
【キーワード】難培養 / 微生物 / 細菌 / 共生 / ゲノム (他12件)
【概要】地球上の99%以上の微生物種は培養法が不明であり、その生理・生態はほとんど未知である。本研究では、シロアリ腸内に共生する培養不能細菌の1種の少数細胞から、DNA合成酵素を使用することで全遺伝子情報を1千万倍に増幅して完全解読する手法の確立を試み、世界で初めて成功した。これにより、これまで詳細が不明であったシロアリと腸内原生生物、腸内細菌の複雑な3者共生機構を世界で初めて明らかにした。 ...
❏マツ林における外生菌根共生系の維持機構の分子生態学的解明(17380089)
【研究テーマ】林学・森林工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】松下 範久 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 講師 (00282567)
【キーワード】外生菌根 / マツ林 / 共生 / 分子生態学 / マイクロサテライトマーカー (他14件)
【概要】本研究は,マツ林における外生菌根共生系の維持機構に関わる生物間のそうごさ用を分子生態学的手法により解明することを目指し,以下の成果が得られた。 1.dual-suppression PCR法を用いて9遺伝子座のアミタケのSSRマーカーを作製し,そのうちの3遺伝子座のマーカーで多型が見られた。 2.培地の活性炭処理とアカマツ無菌苗との二員培養の組み合わせにより,アミタケの胞子を効率良く発芽させること...
【農学】森林圏科学：海洋微生物 ／細菌を含む研究件
❏高プロリン含有成分に着目した新しい海洋有機物動態論の開拓(17H06294)
【研究テーマ】環境解析評価およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋物質循環 / プロリン / コロイド粒子 / アミノ酸 / 海洋微生物 (他12件)
【概要】アミノ酸は重要な生体構成成分であり、海洋物質循環において重要な役割を果たしている。これまで海洋環境中のアミノ酸動態については多くの研究がなされてきたが、たんぱく質を構成する２０種類のアミノ酸のうち唯一の環状２級アミンであるプロリンは、分析方法上の制約から、その分布や変動についての知見が限られてきた。本研究では、この方法的な制約を克服し、海洋試料のアミノ酸組成を、プロリンを含めて高感度に分析する手法...
❏海洋生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの構築(15H02800)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / ロドプシン / 微生物生態 / 光エネルギー / 海洋細菌 (他8件)
【概要】本研究では、ゲノムやメタゲノムデータ解析を通して、以下の成果を挙げた。 1. PR遺伝子を持つ海洋細菌の光適応戦略を明らかにした。2. 海洋細菌から見つかったNa+やCl-輸送型ロドプシンの立体構造解析から、イオン輸送機構を明らかにした。3. 様々な環境に存在する未知微生物型ロドプシンを見出し、その機能を明らかにした。 ...
【農学】森林圏科学：微生物生態 ／細菌を含む研究件
❏サツマイモ窒素固定共生系の分子生態学的解明(15H04620)
【研究テーマ】環境農学(含ランドスケープ科学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】池田 成志 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 北海道農業研究センター 大規模畑作研究領域, 上級研究員 (20396609)
【キーワード】窒素固定 / サツマイモ / 共生細菌 / 多様性 / 16S rRNA遺伝子 (他19件)
【概要】サツマイモの茎、塊根の表面と内部の共生細菌群集について非培養法による多様性解析を行った結果、各組織に共通して他の作物種よりもアルファプロテオバクテリアの優占化が観察された。また、多様性指数は塊根表面、茎、塊根内部、の順番で小さくなることが明らかにされた。上記と対応する組織から共生細菌の網羅的な分離培養を実施した。約2000株の分離菌について16S rRNA遺伝子に基づくクラスタリング解析を行った結...
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
❏海洋生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの構築(15H02800)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / ロドプシン / 微生物生態 / 光エネルギー / 海洋細菌 (他8件)
【概要】本研究では、ゲノムやメタゲノムデータ解析を通して、以下の成果を挙げた。 1. PR遺伝子を持つ海洋細菌の光適応戦略を明らかにした。2. 海洋細菌から見つかったNa+やCl-輸送型ロドプシンの立体構造解析から、イオン輸送機構を明らかにした。3. 様々な環境に存在する未知微生物型ロドプシンを見出し、その機能を明らかにした。 ...
【農学】水圏応用科学：海洋生態 ／細菌を含む研究件
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
❏海洋生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの構築(15H02800)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / ロドプシン / 微生物生態 / 光エネルギー / 海洋細菌 (他8件)
【概要】本研究では、ゲノムやメタゲノムデータ解析を通して、以下の成果を挙げた。 1. PR遺伝子を持つ海洋細菌の光適応戦略を明らかにした。2. 海洋細菌から見つかったNa+やCl-輸送型ロドプシンの立体構造解析から、イオン輸送機構を明らかにした。3. 様々な環境に存在する未知微生物型ロドプシンを見出し、その機能を明らかにした。 ...
【農学】水圏応用科学：微生物 ／細菌を含む研究件
❏2020年東京オリンピック前後の都市マイクロバイオームの変動調査(20K10436)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】鈴木 治夫 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40638772)
【キーワード】マイクロバイオーム / 微生物 / 細菌 / ウイルス / 都市 (他19件)
【概要】微生物による感染症の増加要因には、抗菌薬耐性などの病原体要因に加え、都市化による人口の集中、交通機関の発達による人の国際的な移動などの社会的要因が関与している。感染症の国際化に対応するためには、感染症のアウトブレイク（パンデミック）が発生する前の状態を定期的に観測する国際協力体制の構築が必要である。これまでに、国際コンソーシアム MetaSUB (Metagenomics & Metade...
❏高プロリン含有成分に着目した新しい海洋有機物動態論の開拓(17H06294)
【研究テーマ】環境解析評価およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋物質循環 / プロリン / コロイド粒子 / アミノ酸 / 海洋微生物 (他12件)
【概要】アミノ酸は重要な生体構成成分であり、海洋物質循環において重要な役割を果たしている。これまで海洋環境中のアミノ酸動態については多くの研究がなされてきたが、たんぱく質を構成する２０種類のアミノ酸のうち唯一の環状２級アミンであるプロリンは、分析方法上の制約から、その分布や変動についての知見が限られてきた。本研究では、この方法的な制約を克服し、海洋試料のアミノ酸組成を、プロリンを含めて高感度に分析する手法...
❏サツマイモ窒素固定共生系の分子生態学的解明(15H04620)
【研究テーマ】環境農学(含ランドスケープ科学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】池田 成志 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 北海道農業研究センター 大規模畑作研究領域, 上級研究員 (20396609)
【キーワード】窒素固定 / サツマイモ / 共生細菌 / 多様性 / 16S rRNA遺伝子 (他19件)
【概要】サツマイモの茎、塊根の表面と内部の共生細菌群集について非培養法による多様性解析を行った結果、各組織に共通して他の作物種よりもアルファプロテオバクテリアの優占化が観察された。また、多様性指数は塊根表面、茎、塊根内部、の順番で小さくなることが明らかにされた。上記と対応する組織から共生細菌の網羅的な分離培養を実施した。約2000株の分離菌について16S rRNA遺伝子に基づくクラスタリング解析を行った結...
【農学】水圏応用科学：海洋物質循環 ／細菌を含む研究件
❏高プロリン含有成分に着目した新しい海洋有機物動態論の開拓(17H06294)
【研究テーマ】環境解析評価およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋物質循環 / プロリン / コロイド粒子 / アミノ酸 / 海洋微生物 (他12件)
【概要】アミノ酸は重要な生体構成成分であり、海洋物質循環において重要な役割を果たしている。これまで海洋環境中のアミノ酸動態については多くの研究がなされてきたが、たんぱく質を構成する２０種類のアミノ酸のうち唯一の環状２級アミンであるプロリンは、分析方法上の制約から、その分布や変動についての知見が限られてきた。本研究では、この方法的な制約を克服し、海洋試料のアミノ酸組成を、プロリンを含めて高感度に分析する手法...
❏海洋における高分子溶存有機物の動態を支配する微生物代謝過程(06680489)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】一般研究(C)
【研究期間】1994 - 1995
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 海洋研究所, 助教授 (40183892)
【キーワード】海洋炭素循環 / 微生物 / 溶存有機物 / コロイド / タンパク質 (他12件)
【概要】1.還元的メチル化法により高比活性に放射標識したモデルたんぱく質(BSA,牛血清アルブミン、分子量66kD)を用い、海洋細菌による高分子加水分解速度を高感度かつ比較的簡便に測定する方法論を完成させた。 2.放射標識BSAをポリスチレンの人工微粒子(径0.1-1.5um)に吸着させ、それを、細菌に分解させる実験系を新たに構築した。これにより、粒子の数やサイズを厳密に制御して、分解速度を明らかにするこ...
【医歯薬学】外科系臨床医学：炎症性腸疾患 ／細菌を含む研究件
❏炎症・発癌過程におけるDysbiosisが腸上皮幹細胞に与える影響の解明(17K09347)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】神宝 隆行 東京大学, 医学部附属病院, 登録研究員 (90791591)
【キーワード】炎症性腸疾患 / Dysbiosis / Notch / 消化管幹細胞 / E-cadherin (他15件)
【概要】pks(+)E.coliの存在量を疾患別に比較し、健常者に比べて大腸腺腫・癌患者においては、pks(+)E.coli量が増加し、一方炎症性腸疾患患者ではpks(+)E.coliは逆に減少していた。 Tgfbr2欠損樹状細胞中ではCdh1遺伝子の発現が亢進していた。樹状細胞は上皮とカドヘリンタンパクを介して直接結合し、Notchの活性化を誘導することで腸炎の病態に関与していた。 Notchの恒常的活...
❏原因腸内細菌抗原特異的自己免疫慢性大腸炎モデルと発症抑制プロバイオティクスの開発(17390215)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】金井 隆典 東京医科歯科大学, 医学部附属病院, 講師 (40245478)
【キーワード】細菌 / 生体分子 / トランスレーショナルリサーチ / 免疫学 / 炎症性腸疾患 (他10件)
【概要】炎症性腸疾患慢性化永続化における腸内細菌の関与を追究する目的にてCD4^+CD45RB^<high>細胞を免疫不全マウス(Rag-1^<-/->マウス)へ移入する慢性大腸炎モデルを用いて追究した。 (1)炎症大腸局所には腸炎惹起性CD4^+ CD44^<high> CD62L^-IL-7R^<high>メモリー細胞が存在し、再びSPF-Rag-1^&...
【医歯薬学】社会医学：メタゲノム ／細菌を含む研究件
❏2020年東京オリンピック前後の都市マイクロバイオームの変動調査(20K10436)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】鈴木 治夫 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40638772)
【キーワード】マイクロバイオーム / 微生物 / 細菌 / ウイルス / 都市 (他19件)
【概要】微生物による感染症の増加要因には、抗菌薬耐性などの病原体要因に加え、都市化による人口の集中、交通機関の発達による人の国際的な移動などの社会的要因が関与している。感染症の国際化に対応するためには、感染症のアウトブレイク（パンデミック）が発生する前の状態を定期的に観測する国際協力体制の構築が必要である。これまでに、国際コンソーシアム MetaSUB (Metagenomics & Metade...
❏時系列メタゲノミクスでみる西部北太平洋亜寒帯・亜熱帯海域の微生物群集動態(24241002)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】浜崎 恒二 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (80277871)
【キーワード】微生物 / メタゲノム / 西部北太平洋 / 海洋細菌 / 時系列観測 (他9件)
【概要】西部北太平洋海域は，世界でも有数の漁場であり，活発な生物ポンプ作用による二酸化炭素吸収海域でもある．本研究は，西部北太平洋の亜寒帯及び亜熱帯海域に設置された時系列観測点において，微生物群集構造および代謝機能の網羅的解析を行うことにより，亜寒帯及び亜熱帯外洋域における微生物機能の時系列変動を比較解析した初めての例として，貴重なデータと成果を得ることができた．さらに，次世代型のメタゲノム解析・評価シス...
【医歯薬学】薬学：ストレス応答 ／細菌を含む研究件
❏細菌ストレス応答の動的過程解明:エレクトロニクスに創発された新細菌同定法への展開(19H02196)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, 研究推進アドミニストレーションセンター, 特任教授 (20506175)
【キーワード】Bio-MEMS / 細菌 / フォトゲート / レジオネラ属菌 / 反応化学 (他11件)
【概要】バイオフィルムなどの環境に常在する病原細菌の一つであるレジオネラ属菌を細菌の動的過程解明のモデル細菌とし、このレジオネラ属菌の紫外光や化学物質に対するストレス応答の動的過程を細胞内の蛍光物質の減少、増加過程として反応化学的に記述した。さらにフォトゲート型細菌センサチップをMEMS流路とハイブリッド化した細菌センサシステム構築を進め、3Dプリンタを用いて作製した筐体にフォトゲート型細菌センサとMEM...
❏エレクトロニクスに創発された細菌行動学の創生(15H03992)
【研究テーマ】電子デバイス・電子機器
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, リーディング大学院教育推進機構, 特任教授 (20506175)
【キーワード】MEMS / 細菌 / レジオネラ / フォトゲート / 蛍光 (他13件)
【概要】細胞内寄生や太陽光存在下での細菌の挙動を知るために集積化MEMS技術を利用した、細菌のストレス応答の観測を行った。レジオネラ属菌を観測対象として、紫外光照射やマイクロ空間における運動規制に対するストレス応答として新たな蛍光物質の産生を見出した。この蛍光物質の蛍光をフォトゲート型光学センサで検出することに成功し、細菌センサチップ実現へ道を開いた。 ...
【医歯薬学】薬学：分解 ／細菌を含む研究件
❏難分解性農薬成分を分解する微細藻類に関する研究-微生物資源として-(15780205)
【研究テーマ】環境農学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2003 - 2005
【研究代表者】大塚 重人 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (10313074)
【キーワード】難分解性農薬成分 / シマジン / ジベンゾフラン / ビフェニル / 藻類 (他15件)
【概要】昨年度までに引き続き、難分解性農薬成分であるシマジンを分解する微細藻類および細菌のスクリーニングを行った。その結果、高濃度のシマジンの存在下で生育する微細藻類が数株得られた。これらは形態からいずれも藍藻類(=藍色細菌)のOscillatoriaと同定された。シマジンは光合成阻害剤であり、これらの培養株が高濃度のシマジン存在下で生育できるということは、光合成を行っていないがシマジンを分解して従属栄養...
❏海洋における溶存有機炭素の循環を支配する新しいメカニズム(11694197)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2000
【研究代表者】永田 俊 京都大学, 生態学研究センター, 教授 (40183892)
【キーワード】細菌 / 海洋 / 溶存有機物 / ペプチドグリカン / ポリマー (他12件)
【概要】1.海洋に蓄積している有機ポリマーである細菌細胞壁主成分(ペプチドグリカン)の分離、精製、定量法を検討した。 2.海洋細菌を用いてペプチドグリカンの放射標識標品を調製する方法を検討した。 3.上記の検討に基づき、海洋における高分子有機ポリマーの循環速度を高感度に測定するアッセイ法を新規構築することに成功した。 4.沿岸、外洋海域における培養実験を行い、高分子有機ポリマーの分解速度と、分解過程を詳細...
❏海洋表層における高分子溶存有機物の分解過程-微生物,地球化学的アプローチ(08458142)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1997
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 海洋研究所, 助教授 (40183892)
【キーワード】海洋 / 溶存有機物 / 細菌 / タンパク質 / 炭素低環 (他12件)
【概要】海洋中の溶存有機物は、陸上植生、土壌有機物と並んで、地球上の3大有機炭素リザバ-のひとつの数えられている。その変動は、グローバルな炭素フラックス、さらには、大気中最大の温室効果気体である二酸化炭素の年-100年スケールでの変動にも影響を及ぼしうる.本研究の目的は、海洋における溶存有機物の蓄積メカニズムを、微生物生態学と地球化学を融合させた学際的なアプローチを用いて実験的に解明することである。生体ポ...
【医歯薬学】薬学：細胞・組織 ／細菌を含む研究件
❏腸内代謝産物によるT細胞非依存的IgA産生誘導機構の解明(17H04089)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】長谷 耕二 慶應義塾大学, 薬学部(芝共立), 教授 (20359714)
【キーワード】IgA抗体 / 腸内細菌 / 酪酸 / IgA / 粘膜免疫 (他10件)
【概要】腸管の粘膜固有層では、ヘルパーT細胞が介在することなくIgAへのクラススイッチが誘導されるT細胞非依存的IgAクラススイッチと呼ばれる仕組みが存在する。本研究では腸内細菌由来の酪酸が、樹状細胞の活性制御を行うことで、T細胞非依存的IgAクラススイッチを促進し、粘膜面のバリア機能を高めることを明らかにした。 ...
❏炎症・発癌過程におけるDysbiosisが腸上皮幹細胞に与える影響の解明(17K09347)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】神宝 隆行 東京大学, 医学部附属病院, 登録研究員 (90791591)
【キーワード】炎症性腸疾患 / Dysbiosis / Notch / 消化管幹細胞 / E-cadherin (他15件)
【概要】pks(+)E.coliの存在量を疾患別に比較し、健常者に比べて大腸腺腫・癌患者においては、pks(+)E.coli量が増加し、一方炎症性腸疾患患者ではpks(+)E.coliは逆に減少していた。 Tgfbr2欠損樹状細胞中ではCdh1遺伝子の発現が亢進していた。樹状細胞は上皮とカドヘリンタンパクを介して直接結合し、Notchの活性化を誘導することで腸炎の病態に関与していた。 Notchの恒常的活...
【医歯薬学】薬学：大腸菌 ／細菌を含む研究件
❏細菌型sRNAにおけるHfq結合領域の構造原理の解明(17KK0146)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化)
【研究期間】2017 - 2021
【研究代表者】森田 鉄兵 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任講師 (10444366)
【キーワード】小分子RNA / 遺伝子発現 / 転写終結 / Hfq / 細菌 (他10件)
【概要】sRNAの機能構造や合成機構の原理の解明を目的として、sRNAの転写終結の解析や転写終結を制御する遺伝因子の探索を行った。sRNAの1つであるSgrSの転写終結を用いたスクリーニングにより、sRNAの転写終結やその制御系を破綻させる新規因子を同定した。これにより、sRNAの転写終結がsRNA制御系の新たな調節階層であるという概念を提示する。さらに、新規因子の1つであるCspDの過剰発現下で、転写伸...
❏多刺激受容型レセプターによるシグナル伝達と適応の分子機構(11480190)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2001
【研究代表者】川岸 郁朗 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (80234037)
【キーワード】大腸菌 / 走化性 / シグナル伝達 / pH / 温度 (他11件)
【概要】大腸菌やサルモネラ菌の走化性は,シグナル伝達機構を分子レベルで解析する上でよいモデル系である.膜貫通型レセプターが,誘引・忌避物質,pH,温度を感知し,ヒスチジンキナーゼCheAの活性を制御する.また,一定の刺激が続くと,レセプターの可逆的メチル化により,菌は適応する.本研究では,走化性レセプターの多刺激受容に着目した解析を行い,以下のような成果を得た.これらは,刺激の受容や適応の機構に迫るばかり...
【医歯薬学】薬学：ロドプシン ／細菌を含む研究件
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
❏海洋生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの構築(15H02800)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / ロドプシン / 微生物生態 / 光エネルギー / 海洋細菌 (他8件)
【概要】本研究では、ゲノムやメタゲノムデータ解析を通して、以下の成果を挙げた。 1. PR遺伝子を持つ海洋細菌の光適応戦略を明らかにした。2. 海洋細菌から見つかったNa+やCl-輸送型ロドプシンの立体構造解析から、イオン輸送機構を明らかにした。3. 様々な環境に存在する未知微生物型ロドプシンを見出し、その機能を明らかにした。 ...
【医歯薬学】薬学：自然免疫 ／細菌を含む研究件
❏炎症抑制と組織修復を促す細胞シグナルの解明(25221305)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2013-05-31 - 2018-03-31
【研究代表者】吉村 昭彦 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (90182815)
【キーワード】サイトカイン / シグナル伝達 / 炎症 / マクロファージ / 制御性T細胞 (他23件)
【概要】免疫システムは正負のシグナルがバランスを保って進行することで恒常性が維持され、この破綻がアレルギー疾患などの免疫疾患につながる。本研究はこのような免疫応答の恒常性を支えるサイトカインとそのシグナル制御の基本原理の解明し、疾患治療に応用することを目的とする。本研究では免疫を負に制御し炎症応答を収束させる3つの重要な因子を見出した。第一は核内オーファン受容体NR4aで制御性T細胞の発生維持に必要である...
❏自然免疫系活性化につながる新規核酸認識機構の解析(24590574)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】柳井 秀元 東京大学, 生産技術研究所, 准教授 (70431765)
【キーワード】自然免疫 / シグナル伝達 / サイトカイン / 核酸 / ノックアウトマウス (他11件)
【概要】ウイルスや細菌などの感染に際し、病原体由来核酸は自然免疫受容体によって認識され、免疫応答を強く活性化する。この応答は感染防御に必須であり、その詳細を明らかにすることは重要である。我々は、病原体由来核酸を模した核酸アナログと結合する分子（NAS1及びNAS2）を同定した。これらの分子についてコンディショナルノックアウトマウスを作製し、NAS1が核酸による刺激時のI型IFNやIL-12p40の産生に関...
❏原因腸内細菌抗原特異的自己免疫慢性大腸炎モデルと発症抑制プロバイオティクスの開発(17390215)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】金井 隆典 東京医科歯科大学, 医学部附属病院, 講師 (40245478)
【キーワード】細菌 / 生体分子 / トランスレーショナルリサーチ / 免疫学 / 炎症性腸疾患 (他10件)
【概要】炎症性腸疾患慢性化永続化における腸内細菌の関与を追究する目的にてCD4^+CD45RB^<high>細胞を免疫不全マウス(Rag-1^<-/->マウス)へ移入する慢性大腸炎モデルを用いて追究した。 (1)炎症大腸局所には腸炎惹起性CD4^+ CD44^<high> CD62L^-IL-7R^<high>メモリー細胞が存在し、再びSPF-Rag-1^&...
【医歯薬学】薬学：アミノ酸 ／細菌を含む研究件
❏高プロリン含有成分に着目した新しい海洋有機物動態論の開拓(17H06294)
【研究テーマ】環境解析評価およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (40183892)
【キーワード】海洋物質循環 / プロリン / コロイド粒子 / アミノ酸 / 海洋微生物 (他12件)
【概要】アミノ酸は重要な生体構成成分であり、海洋物質循環において重要な役割を果たしている。これまで海洋環境中のアミノ酸動態については多くの研究がなされてきたが、たんぱく質を構成する２０種類のアミノ酸のうち唯一の環状２級アミンであるプロリンは、分析方法上の制約から、その分布や変動についての知見が限られてきた。本研究では、この方法的な制約を克服し、海洋試料のアミノ酸組成を、プロリンを含めて高感度に分析する手法...
❏海洋表層における高分子溶存有機物の分解過程-微生物,地球化学的アプローチ(08458142)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1997
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 海洋研究所, 助教授 (40183892)
【キーワード】海洋 / 溶存有機物 / 細菌 / タンパク質 / 炭素低環 (他12件)
【概要】海洋中の溶存有機物は、陸上植生、土壌有機物と並んで、地球上の3大有機炭素リザバ-のひとつの数えられている。その変動は、グローバルな炭素フラックス、さらには、大気中最大の温室効果気体である二酸化炭素の年-100年スケールでの変動にも影響を及ぼしうる.本研究の目的は、海洋における溶存有機物の蓄積メカニズムを、微生物生態学と地球化学を融合させた学際的なアプローチを用いて実験的に解明することである。生体ポ...
【医歯薬学】薬学：硫化水素 ／細菌を含む研究件
❏タンパク質の過イオウ化によるシグナル伝達機構の分子基盤(21K15038)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2021-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】清水 隆之 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (90817214)
【キーワード】シグナル制御 / システイン修飾 / 硫化水素 / パースルフィド / 細菌
【概要】本研究では、申請者が光合成細菌から新規に同定した活性イオウ分子種（Reactive sulfur species; RSS）応答性転写因子SqrRのRSS応答機構および本細菌のRSS代謝系の解析を通じ、RSSシグナル伝達の分子機構を理解することを目指している。 本研究は、これまでに申請者が明らかにしたSqrRのRSS応答機構を踏まえて、1）細胞内のSqrRに対するRSSによる安定な修飾の種類の解明...
❏生体機能を制御する活性イオウ分子種のシグナル伝達機構(18K14650)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】清水 隆之 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (90817214)
【キーワード】シグナル制御 / システイン修飾 / 硫化水素 / パースルフィド / 細菌
【概要】多くの生物にとって毒として知られる硫化水素は、ほぼ全ての生物に普遍的な生理活性物質として機能することがわかってきたが、そのシグナル伝達機構には不明な点が多い。本研究では、硫化水素由来の過イオウ化分子である「活性イオウ分子種」に対するセンサータンパク質の生化学的な特性と活性イオウ分子種の代謝系を解析することで、本シグナル伝達機構の解明を目指した。その結果、本センサータンパク質が優先的に検知する活性イ...
【医歯薬学】薬学：蛍光 ／細菌を含む研究件
❏細菌ストレス応答の動的過程解明:エレクトロニクスに創発された新細菌同定法への展開(19H02196)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, 研究推進アドミニストレーションセンター, 特任教授 (20506175)
【キーワード】Bio-MEMS / 細菌 / フォトゲート / レジオネラ属菌 / 反応化学 (他11件)
【概要】バイオフィルムなどの環境に常在する病原細菌の一つであるレジオネラ属菌を細菌の動的過程解明のモデル細菌とし、このレジオネラ属菌の紫外光や化学物質に対するストレス応答の動的過程を細胞内の蛍光物質の減少、増加過程として反応化学的に記述した。さらにフォトゲート型細菌センサチップをMEMS流路とハイブリッド化した細菌センサシステム構築を進め、3Dプリンタを用いて作製した筐体にフォトゲート型細菌センサとMEM...
❏ボロン酸修飾高分子による細菌の簡易迅速識別・分離法の開発(18K14255)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】土戸 優志 早稲田大学, 理工学術院, 講師(任期付) (40737219)
【キーワード】細菌 / 分子認識 / ボロン酸 / デンドリマー / 超分子 (他19件)
【概要】ボロン酸修飾デンドリマーを用いた細菌の検出法を開発した。本手法は、ボロン酸修飾デンドリマーを細菌を含む溶液に添加してボルテックス撹拌するだけの非常に簡易な方法で、細菌凝集を引き起こすことによって検出することができる。その検出感度は、濁度法では約100万 CFU/mL、蛍光法では約1万 CFU/mLである。検出時間は5分～数十分程度であり、従来法に比べて大幅に短い時間での、迅速な細菌検出を達成した。...
❏エレクトロニクスに創発された細菌行動学の創生(15H03992)
【研究テーマ】電子デバイス・電子機器
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, リーディング大学院教育推進機構, 特任教授 (20506175)
【キーワード】MEMS / 細菌 / レジオネラ / フォトゲート / 蛍光 (他13件)
【概要】細胞内寄生や太陽光存在下での細菌の挙動を知るために集積化MEMS技術を利用した、細菌のストレス応答の観測を行った。レジオネラ属菌を観測対象として、紫外光照射やマイクロ空間における運動規制に対するストレス応答として新たな蛍光物質の産生を見出した。この蛍光物質の蛍光をフォトゲート型光学センサで検出することに成功し、細菌センサチップ実現へ道を開いた。 ...
【医歯薬学】薬学：分子認識 ／細菌を含む研究件
❏ボロン酸修飾高分子による細菌の簡易迅速識別・分離法の開発(18K14255)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】土戸 優志 早稲田大学, 理工学術院, 講師(任期付) (40737219)
【キーワード】細菌 / 分子認識 / ボロン酸 / デンドリマー / 超分子 (他19件)
【概要】ボロン酸修飾デンドリマーを用いた細菌の検出法を開発した。本手法は、ボロン酸修飾デンドリマーを細菌を含む溶液に添加してボルテックス撹拌するだけの非常に簡易な方法で、細菌凝集を引き起こすことによって検出することができる。その検出感度は、濁度法では約100万 CFU/mL、蛍光法では約1万 CFU/mLである。検出時間は5分～数十分程度であり、従来法に比べて大幅に短い時間での、迅速な細菌検出を達成した。...
❏多刺激受容型レセプターによるシグナル伝達と適応の分子機構(11480190)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2001
【研究代表者】川岸 郁朗 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (80234037)
【キーワード】大腸菌 / 走化性 / シグナル伝達 / pH / 温度 (他11件)
【概要】大腸菌やサルモネラ菌の走化性は,シグナル伝達機構を分子レベルで解析する上でよいモデル系である.膜貫通型レセプターが,誘引・忌避物質,pH,温度を感知し,ヒスチジンキナーゼCheAの活性を制御する.また,一定の刺激が続くと,レセプターの可逆的メチル化により,菌は適応する.本研究では,走化性レセプターの多刺激受容に着目した解析を行い,以下のような成果を得た.これらは,刺激の受容や適応の機構に迫るばかり...
【医歯薬学】薬学：タンパク質 ／細菌を含む研究件
❏海洋表層における高分子溶存有機物の分解過程-微生物,地球化学的アプローチ(08458142)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1997
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 海洋研究所, 助教授 (40183892)
【キーワード】海洋 / 溶存有機物 / 細菌 / タンパク質 / 炭素低環 (他12件)
【概要】海洋中の溶存有機物は、陸上植生、土壌有機物と並んで、地球上の3大有機炭素リザバ-のひとつの数えられている。その変動は、グローバルな炭素フラックス、さらには、大気中最大の温室効果気体である二酸化炭素の年-100年スケールでの変動にも影響を及ぼしうる.本研究の目的は、海洋における溶存有機物の蓄積メカニズムを、微生物生態学と地球化学を融合させた学際的なアプローチを用いて実験的に解明することである。生体ポ...
❏海洋における高分子溶存有機物の動態を支配する微生物代謝過程(06680489)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】一般研究(C)
【研究期間】1994 - 1995
【研究代表者】永田 俊 東京大学, 海洋研究所, 助教授 (40183892)
【キーワード】海洋炭素循環 / 微生物 / 溶存有機物 / コロイド / タンパク質 (他12件)
【概要】1.還元的メチル化法により高比活性に放射標識したモデルたんぱく質(BSA,牛血清アルブミン、分子量66kD)を用い、海洋細菌による高分子加水分解速度を高感度かつ比較的簡便に測定する方法論を完成させた。 2.放射標識BSAをポリスチレンの人工微粒子(径0.1-1.5um)に吸着させ、それを、細菌に分解させる実験系を新たに構築した。これにより、粒子の数やサイズを厳密に制御して、分解速度を明らかにするこ...
【医歯薬学】薬学：免疫学 ／細菌を含む研究件
❏腸内代謝産物によるT細胞非依存的IgA産生誘導機構の解明(17H04089)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】長谷 耕二 慶應義塾大学, 薬学部(芝共立), 教授 (20359714)
【キーワード】IgA抗体 / 腸内細菌 / 酪酸 / IgA / 粘膜免疫 (他10件)
【概要】腸管の粘膜固有層では、ヘルパーT細胞が介在することなくIgAへのクラススイッチが誘導されるT細胞非依存的IgAクラススイッチと呼ばれる仕組みが存在する。本研究では腸内細菌由来の酪酸が、樹状細胞の活性制御を行うことで、T細胞非依存的IgAクラススイッチを促進し、粘膜面のバリア機能を高めることを明らかにした。 ...
❏炎症・発癌過程におけるDysbiosisが腸上皮幹細胞に与える影響の解明(17K09347)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】神宝 隆行 東京大学, 医学部附属病院, 登録研究員 (90791591)
【キーワード】炎症性腸疾患 / Dysbiosis / Notch / 消化管幹細胞 / E-cadherin (他15件)
【概要】pks(+)E.coliの存在量を疾患別に比較し、健常者に比べて大腸腺腫・癌患者においては、pks(+)E.coli量が増加し、一方炎症性腸疾患患者ではpks(+)E.coliは逆に減少していた。 Tgfbr2欠損樹状細胞中ではCdh1遺伝子の発現が亢進していた。樹状細胞は上皮とカドヘリンタンパクを介して直接結合し、Notchの活性化を誘導することで腸炎の病態に関与していた。 Notchの恒常的活...
❏炎症抑制と組織修復を促す細胞シグナルの解明(25221305)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2013-05-31 - 2018-03-31
【研究代表者】吉村 昭彦 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (90182815)
【キーワード】サイトカイン / シグナル伝達 / 炎症 / マクロファージ / 制御性T細胞 (他23件)
【概要】免疫システムは正負のシグナルがバランスを保って進行することで恒常性が維持され、この破綻がアレルギー疾患などの免疫疾患につながる。本研究はこのような免疫応答の恒常性を支えるサイトカインとそのシグナル制御の基本原理の解明し、疾患治療に応用することを目的とする。本研究では免疫を負に制御し炎症応答を収束させる3つの重要な因子を見出した。第一は核内オーファン受容体NR4aで制御性T細胞の発生維持に必要である...
【医歯薬学】薬学：構造生物学 ／細菌を含む研究件
❏グルコース感受性に関わる細菌型mitoNEETシステムの網羅的解析(26670215)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】岩崎 俊雄 日本医科大学, 医学部, 講師 (40277497)
【キーワード】mitoNEET / 鉄硫黄クラスター / 構造生物学 / オミックス解析 / 構造機能 (他13件)
【概要】好熱菌Thermus thermophilusの「細菌型mitoNEET（TthNEET）」は、II型糖尿病改善薬ピオグリタゾン標的候補として発見された哺乳類mitoNEET鉄硫黄蛋白質のホモログであり、クラスター近傍残基も保存されている。先の研究でTthNEET遺伝子完全破壊株につき、「グルコース感受性」が増強され増殖阻害されることを見出した。本研究では、変異導入株の構造解析、表現型解析等を行い...
❏感染症原因菌の悪性化を統御するクオルモン－受容体膜タンパク質複合体の結晶構造解析(25292057)
【研究テーマ】応用生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】永田 宏次 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (30280788)
【キーワード】膜タンパク質 / 結晶構造解析 / 細菌 / 抗菌 / 多剤耐性 (他8件)
【概要】FsrC-GBAP複合体およびFsrC-GBAP拮抗阻害剤複合体の結晶化で得られた結晶について大型放射光施設にてX線回折実験とデータ解析を行った結果、得られた一群の結晶は、FsrC精製試料に微量混在していた宿主大腸菌由来の膜タンパク質AcrBのものであると判明した。2種類の結晶のうち片方は新規の状態の結晶構造であった。AcrBはグラム陰性菌の多剤排出輸送体として機能するため、細菌感染症予防研究に資...
【医歯薬学】薬学：制御性T細胞 ／細菌を含む研究件
❏炎症抑制と組織修復を促す細胞シグナルの解明(25221305)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2013-05-31 - 2018-03-31
【研究代表者】吉村 昭彦 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (90182815)
【キーワード】サイトカイン / シグナル伝達 / 炎症 / マクロファージ / 制御性T細胞 (他23件)
【概要】免疫システムは正負のシグナルがバランスを保って進行することで恒常性が維持され、この破綻がアレルギー疾患などの免疫疾患につながる。本研究はこのような免疫応答の恒常性を支えるサイトカインとそのシグナル制御の基本原理の解明し、疾患治療に応用することを目的とする。本研究では免疫を負に制御し炎症応答を収束させる3つの重要な因子を見出した。第一は核内オーファン受容体NR4aで制御性T細胞の発生維持に必要である...
❏原因腸内細菌抗原特異的自己免疫慢性大腸炎モデルと発症抑制プロバイオティクスの開発(17390215)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】金井 隆典 東京医科歯科大学, 医学部附属病院, 講師 (40245478)
【キーワード】細菌 / 生体分子 / トランスレーショナルリサーチ / 免疫学 / 炎症性腸疾患 (他10件)
【概要】炎症性腸疾患慢性化永続化における腸内細菌の関与を追究する目的にてCD4^+CD45RB^<high>細胞を免疫不全マウス(Rag-1^<-/->マウス)へ移入する慢性大腸炎モデルを用いて追究した。 (1)炎症大腸局所には腸炎惹起性CD4^+ CD44^<high> CD62L^-IL-7R^<high>メモリー細胞が存在し、再びSPF-Rag-1^&...
【医歯薬学】看護学：失禁関連皮膚炎 ／細菌を含む研究件
❏尿のオミックス解析による失禁関連皮膚炎発生メカニズムの解明と予防ケアの開発(20K19019)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2021-02-01 - 2024-03-31
【研究代表者】麦田 裕子 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教 (00804874)
【キーワード】失禁関連皮膚炎 / 細菌 / 尿 / オムツ / 真菌 (他7件)
【概要】【背景】 失禁を有する高齢者における深刻な問題の一つに、尿便の皮膚付着により発生する失禁関連皮膚炎（incontinence-associated dermatitis, IAD）がある。IADは激しい疼痛や掻痒感から患者のquality of lifeを低下させるため予防が重要である。 IADの発生・悪化の主要因は細菌・真菌が尿素を分解しアンモニアを発生することによる皮膚pH上昇であると考えられ...
❏高齢者の失禁関連皮膚炎に対する新たな予防法の開発―細菌による尿素分解に着目して(19K20756)
【研究テーマ】高齢看護学
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】麦田 裕子 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教 (00804874)
【キーワード】失禁関連皮膚炎 / アンモニア / 尿素分解酵素 / 細菌 / 尿素 (他9件)
【概要】細菌による尿素分解に着目した新たな失禁関連皮膚炎予防法の確立を目指した。 1. 抗菌剤およびウレアーゼ阻害剤添加が細菌による尿素分解の抑制する効果を検証した（in vitro実験）。結果、抗菌剤とウレアーゼ阻害剤の両者を一定濃度以上添加することで、尿素分解によるアンモニア産生が抑制され、皮膚およびパッドpHの上昇抑制に貢献する可能性が示唆された。 2. 細菌による尿素分解抑制をコンセプトとし試作し...
【医歯薬学】看護学：ウイルス ／細菌を含む研究件
❏中区分58:社会医学、看護学およびその関連分野(0)
【研究テーマ】2019
【研究種目】コウモリ
【研究期間】疫学解析
【研究代表者】ウイルス
【キーワード】細菌
【概要】これまでも度々問題になっていた現象であるが，バクテリア計測時はバッファである生理食塩水の塩濃度が高く導電率も高いため，高電界を印加すると電極エッジ部分に電界が集中して電極反応により電極が電気分解する問題が顕著になった。そこで電極の保護のため，デバイス形状の大幅な見直しを行った。具体的には，これまでのデザインとは逆に電極のエッジは使わずに電極面積をなるべく大きく使うように測定セルの形状を変更した。さ...
❏2020年東京オリンピック前後の都市マイクロバイオームの変動調査(20K10436)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】鈴木 治夫 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40638772)
【キーワード】マイクロバイオーム / 微生物 / 細菌 / ウイルス / 都市 (他19件)
【概要】微生物による感染症の増加要因には、抗菌薬耐性などの病原体要因に加え、都市化による人口の集中、交通機関の発達による人の国際的な移動などの社会的要因が関与している。感染症の国際化に対応するためには、感染症のアウトブレイク（パンデミック）が発生する前の状態を定期的に観測する国際協力体制の構築が必要である。これまでに、国際コンソーシアム MetaSUB (Metagenomics & Metade...
❏疫学と数理モデルを融合したコウモリ由来感染症のリスク分析(19KK0242)
【研究テーマ】
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
【研究期間】2019-10-07 - 2023-03-31
【研究代表者】大松 勉 東京農工大学, 農学部, 准教授 (60455392)
【キーワード】コウモリ / 疫学解析 / ウイルス / 細菌 / 寄生虫 (他14件)
【概要】コロナウイルスやエボラウイルス、ニパウイルスなど、世界的に問題となっているウイルスの自然宿主としてコウモリは知られている。今後も、コウモリから新たなウイルス感染症が発生する可能性は否定できない。また、コウモリを介した細菌や寄生虫の拡散リスクについては情報が少ない。コロナウイルスについては、SARS-CoV-2関連ウイルスが日本を含む東南アジアに生息するコウモリから検出されていることから、令和3年度...
【医歯薬学】看護学：細菌叢 ／細菌を含む研究件
❏細菌ストレス応答の動的過程解明:エレクトロニクスに創発された新細菌同定法への展開(19H02196)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】石井 仁 豊橋技術科学大学, 研究推進アドミニストレーションセンター, 特任教授 (20506175)
【キーワード】Bio-MEMS / 細菌 / フォトゲート / レジオネラ属菌 / 反応化学 (他11件)
【概要】バイオフィルムなどの環境に常在する病原細菌の一つであるレジオネラ属菌を細菌の動的過程解明のモデル細菌とし、このレジオネラ属菌の紫外光や化学物質に対するストレス応答の動的過程を細胞内の蛍光物質の減少、増加過程として反応化学的に記述した。さらにフォトゲート型細菌センサチップをMEMS流路とハイブリッド化した細菌センサシステム構築を進め、3Dプリンタを用いて作製した筐体にフォトゲート型細菌センサとMEM...
❏プラーク細菌によるインプラント周囲炎の発現機構に関する研究(08457511)
【研究テーマ】保存治療系歯学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1998
【研究代表者】山田 了 東京歯科大学, 医学部, 教授 (20103351)
【キーワード】インプラント / プラーク / peri-implantitis / 病理組織 / イヌ (他12件)
【概要】イヌの顎骨内に植立したオッセオインテグレイテッドインプラントの周囲組織に長期間プラークを自然に蓄積させ、その影響を臨床的、細菌学的に検索する目的で行った。成犬4頭を用い、下顎左右前臼歯の抜去3ヶ月後にBranemark implant(BR)、Integral implant(IN)を8本埋入した。3ヶ月にアバットメントを連結し、プラークコントロールを1ヶ月行い上部構造を装着した。対照歯として左右...
【医歯薬学】看護学：腸内細菌 ／細菌を含む研究件
❏腸内代謝産物によるT細胞非依存的IgA産生誘導機構の解明(17H04089)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】長谷 耕二 慶應義塾大学, 薬学部(芝共立), 教授 (20359714)
【キーワード】IgA抗体 / 腸内細菌 / 酪酸 / IgA / 粘膜免疫 (他10件)
【概要】腸管の粘膜固有層では、ヘルパーT細胞が介在することなくIgAへのクラススイッチが誘導されるT細胞非依存的IgAクラススイッチと呼ばれる仕組みが存在する。本研究では腸内細菌由来の酪酸が、樹状細胞の活性制御を行うことで、T細胞非依存的IgAクラススイッチを促進し、粘膜面のバリア機能を高めることを明らかにした。 ...
❏蛍光画像サイトメトリによる高速腸内細菌叢プロファイリングとディスバイオーシス予測(16K12909)
【研究テーマ】医用システム
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 禎生 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 客員研究員 (70731214)
【キーワード】フローサイトメトリー / １細胞解析 / 腸内細菌 / 環境細菌 / 細菌 (他12件)
【概要】本研究では、最終的には細菌叢解析から個体や環境動態評価・予測を目指すべく、複雑で大量の１細菌集団を光学的に高速プロファイリングする技術群を提案・開発・実証しました。具体的には、マイクロ流体による細菌の底壁面三次元整列技術を開発し、新規光学技術と組み合わせることにより、高速蛍光ハイコンテンツ・フローサイトメトリー（蛍光イメージング・自家蛍光スペクトル）を新開発し、細菌分類実証を行いました。 ...
❏一般住民において腸内細菌叢が潜在性動脈硬化の進展におよぼす影響(15H04773)
【研究テーマ】疫学・予防医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】有馬 久富 福岡大学, 医学部, 教授 (20437784)
【キーワード】腸内細菌 / 潜在性動脈硬化 / コホート研究 / 腸内細菌叢 / 循環器・高血圧 (他7件)
【概要】本研究では、滋賀県草津市の一般住民男性を対象とした前向きコホート研究において、669名の対象者の便検体から腸内細菌を同定した。胸部CT画像をもちいて標準的な方法でAgaston Scoreを算出し、10点以上を冠動脈石灰化と定義した。腸内細菌と冠動脈石灰化との関連を検討したところ、Lactobacillusは、冠動脈石灰化の有病リスク低下と関連していた（腸内細菌割合1標準偏差（9%）上昇あたりの多...
【医歯薬学】看護学：感染症 ／細菌を含む研究件
❏ホタテガイのフランシセラ感染症の総合的対策にむけた基盤的研究(20H03058)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】伊藤 直樹 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (30502736)
【キーワード】ホタテガイ / 感染症 / 細菌 / Francisella halioticida / 養殖 (他12件)
【概要】ホタテガイに生産被害をもたらす新興性疾病であるフランシセラ感染症については知見が乏しく、有効な対策がたてられていない。そこで本研究では対策の策定に必要となるであろう基盤的知見の収集が目的である。研究年度１年目には疫学情報、改良飼育法、簡便検査法および病理学研究に有用となる抗フランシセラ血清を実施している。 研究年度２年目は昨年度に引き続き疫学調査を実施したところ、調査海域である噴火湾西部海域では過...
❏疫学と数理モデルを融合したコウモリ由来感染症のリスク分析(19KK0242)
【研究テーマ】
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
【研究期間】2019-10-07 - 2023-03-31
【研究代表者】大松 勉 東京農工大学, 農学部, 准教授 (60455392)
【キーワード】コウモリ / 疫学解析 / ウイルス / 細菌 / 寄生虫 (他14件)
【概要】コロナウイルスやエボラウイルス、ニパウイルスなど、世界的に問題となっているウイルスの自然宿主としてコウモリは知られている。今後も、コウモリから新たなウイルス感染症が発生する可能性は否定できない。また、コウモリを介した細菌や寄生虫の拡散リスクについては情報が少ない。コロナウイルスについては、SARS-CoV-2関連ウイルスが日本を含む東南アジアに生息するコウモリから検出されていることから、令和3年度...
❏フィリピンでの人獣共通感染症のレゼルボアとしての翼手目の総合的評価(25304043)
【研究テーマ】獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】久和 茂 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (30177943)
【キーワード】翼手目 / ウイルス / フィリピン / 国際研究者交流 / 感染症 (他10件)
【概要】翼手目（コウモリ類）は生物学的多様性とその分布・移動域の広さ、巨大なコロニー形成などの特徴をもつ特異な生物である。また、エボラウイルスなどの高病原性病原体の自然宿主と疑われており、病原体レゼルボアとして高いリスクをもつ。本研究はフィリピンにおいて翼手目の保有病原体の疫学調査を実施し、翼手目の人獣共通感染症のレゼルボアとしての評価を行うことを目的とした。 ミンダナオ島、ルソン島中央部、ルソン島北西部...
【医歯薬学】看護学：遺伝子 ／細菌を含む研究件
❏疫学と数理モデルを融合したコウモリ由来感染症のリスク分析(19KK0242)
【研究テーマ】
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
【研究期間】2019-10-07 - 2023-03-31
【研究代表者】大松 勉 東京農工大学, 農学部, 准教授 (60455392)
【キーワード】コウモリ / 疫学解析 / ウイルス / 細菌 / 寄生虫 (他14件)
【概要】コロナウイルスやエボラウイルス、ニパウイルスなど、世界的に問題となっているウイルスの自然宿主としてコウモリは知られている。今後も、コウモリから新たなウイルス感染症が発生する可能性は否定できない。また、コウモリを介した細菌や寄生虫の拡散リスクについては情報が少ない。コロナウイルスについては、SARS-CoV-2関連ウイルスが日本を含む東南アジアに生息するコウモリから検出されていることから、令和3年度...
❏細菌におけるプラスミド非感受性の分子基盤(18H02121)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】野尻 秀昭 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (90272468)
【キーワード】細菌 / プラスミド / 遺伝子 / 水平伝播 / fitness (他6件)
【概要】一部の細菌は、各種のプラスミドを保持する場合でも非保持株との競合培養で淘汰されない性質（プラスミド非感受性）を示す。本研究では、この発現に、従来、硫黄代謝系の主要転写制御因子として知られていたCysBを起点とする転写制御系の起動が重要であることを明らかにした。この代謝制御系の下流にはTCAサイクルやエネルギー代謝系が配置されており、細胞内の代謝の調節がプラスミド非感受性の鍵になることが強く示唆され...
【医歯薬学】看護学：マイクロバイオーム ／細菌を含む研究件
❏2020年東京オリンピック前後の都市マイクロバイオームの変動調査(20K10436)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】鈴木 治夫 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40638772)
【キーワード】マイクロバイオーム / 微生物 / 細菌 / ウイルス / 都市 (他19件)
【概要】微生物による感染症の増加要因には、抗菌薬耐性などの病原体要因に加え、都市化による人口の集中、交通機関の発達による人の国際的な移動などの社会的要因が関与している。感染症の国際化に対応するためには、感染症のアウトブレイク（パンデミック）が発生する前の状態を定期的に観測する国際協力体制の構築が必要である。これまでに、国際コンソーシアム MetaSUB (Metagenomics & Metade...
❏頭頸部扁平上皮癌の発癌機構におけるmicrobiomeの関与に関する研究(18K09316)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】齊藤 祐毅 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (40611009)
【キーワード】咽頭癌 / ウィルス / 細菌 / microbiomr / Fusobacterium (他12件)
【概要】HPV-HNSCC全ゲノムデータを用いて新しいプライマー/プローブセットを設計した。設計されたセットは、CaSki 細胞株DNAを用いてスクリーニングし、HPV-HNSCC患者の咽頭うがい液サンプルで確認した。結果、HPV-16ゲノムのうち、 E5領域とL2領域の間で最もリード数が多く、E1領域に普遍的に存在する領域が存在した。CLIA認定の実験室環境において、2つのセットとE7セットの組み合わせ...
【医歯薬学】看護学：ゲノム ／細菌を含む研究件
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
❏海洋生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの構築(15H02800)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / ロドプシン / 微生物生態 / 光エネルギー / 海洋細菌 (他8件)
【概要】本研究では、ゲノムやメタゲノムデータ解析を通して、以下の成果を挙げた。 1. PR遺伝子を持つ海洋細菌の光適応戦略を明らかにした。2. 海洋細菌から見つかったNa+やCl-輸送型ロドプシンの立体構造解析から、イオン輸送機構を明らかにした。3. 様々な環境に存在する未知微生物型ロドプシンを見出し、その機能を明らかにした。 ...
❏培養不能微生物のゲノム解析(18687002)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】本郷 裕一 独立行政法人理化学研究所, 前田バイオ工学研究室, 協力研究員 (90392117)
【キーワード】難培養 / 微生物 / 細菌 / 共生 / ゲノム (他12件)
【概要】地球上の99%以上の微生物種は培養法が不明であり、その生理・生態はほとんど未知である。本研究では、シロアリ腸内に共生する培養不能細菌の1種の少数細胞から、DNA合成酵素を使用することで全遺伝子情報を1千万倍に増幅して完全解読する手法の確立を試み、世界で初めて成功した。これにより、これまで詳細が不明であったシロアリと腸内原生生物、腸内細菌の複雑な3者共生機構を世界で初めて明らかにした。 ...
【医歯薬学】看護学：メタボローム解析 ／細菌を含む研究件
❏尿のオミックス解析による失禁関連皮膚炎発生メカニズムの解明と予防ケアの開発(20K19019)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2021-02-01 - 2024-03-31
【研究代表者】麦田 裕子 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教 (00804874)
【キーワード】失禁関連皮膚炎 / 細菌 / 尿 / オムツ / 真菌 (他7件)
【概要】【背景】 失禁を有する高齢者における深刻な問題の一つに、尿便の皮膚付着により発生する失禁関連皮膚炎（incontinence-associated dermatitis, IAD）がある。IADは激しい疼痛や掻痒感から患者のquality of lifeを低下させるため予防が重要である。 IADの発生・悪化の主要因は細菌・真菌が尿素を分解しアンモニアを発生することによる皮膚pH上昇であると考えられ...
❏サツマイモ窒素固定共生系の分子生態学的解明(15H04620)
【研究テーマ】環境農学(含ランドスケープ科学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】池田 成志 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 北海道農業研究センター 大規模畑作研究領域, 上級研究員 (20396609)
【キーワード】窒素固定 / サツマイモ / 共生細菌 / 多様性 / 16S rRNA遺伝子 (他19件)
【概要】サツマイモの茎、塊根の表面と内部の共生細菌群集について非培養法による多様性解析を行った結果、各組織に共通して他の作物種よりもアルファプロテオバクテリアの優占化が観察された。また、多様性指数は塊根表面、茎、塊根内部、の順番で小さくなることが明らかにされた。上記と対応する組織から共生細菌の網羅的な分離培養を実施した。約2000株の分離菌について16S rRNA遺伝子に基づくクラスタリング解析を行った結...
【医歯薬学】看護学：サイトカイン ／細菌を含む研究件
❏炎症抑制と組織修復を促す細胞シグナルの解明(25221305)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2013-05-31 - 2018-03-31
【研究代表者】吉村 昭彦 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (90182815)
【キーワード】サイトカイン / シグナル伝達 / 炎症 / マクロファージ / 制御性T細胞 (他23件)
【概要】免疫システムは正負のシグナルがバランスを保って進行することで恒常性が維持され、この破綻がアレルギー疾患などの免疫疾患につながる。本研究はこのような免疫応答の恒常性を支えるサイトカインとそのシグナル制御の基本原理の解明し、疾患治療に応用することを目的とする。本研究では免疫を負に制御し炎症応答を収束させる3つの重要な因子を見出した。第一は核内オーファン受容体NR4aで制御性T細胞の発生維持に必要である...
❏自然免疫系活性化につながる新規核酸認識機構の解析(24590574)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】柳井 秀元 東京大学, 生産技術研究所, 准教授 (70431765)
【キーワード】自然免疫 / シグナル伝達 / サイトカイン / 核酸 / ノックアウトマウス (他11件)
【概要】ウイルスや細菌などの感染に際し、病原体由来核酸は自然免疫受容体によって認識され、免疫応答を強く活性化する。この応答は感染防御に必須であり、その詳細を明らかにすることは重要である。我々は、病原体由来核酸を模した核酸アナログと結合する分子（NAS1及びNAS2）を同定した。これらの分子についてコンディショナルノックアウトマウスを作製し、NAS1が核酸による刺激時のI型IFNやIL-12p40の産生に関...
【医歯薬学】看護学：シグナル伝達 ／細菌を含む研究件
❏アディポカインによる腸内細菌叢制御の生活習慣病における病態生理的意義の解明(26253058)
【研究テーマ】代謝学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2014-06-27 - 2017-03-31
【研究代表者】山内 敏正 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (40372370)
【キーワード】糖尿病 / 細菌 / シグナル伝達 / 脂質 / 食品
【概要】高脂肪食により生活習慣病が発症するメカニズムを免疫細胞と実質細胞の相互作用レベル、さらに腸内細菌叢、腸内代謝産物にも着目して、解明することを試みた。高脂肪食、アディポネクチンとその受容体AdipoRの低下、AdipoRの活性化、AdipoR欠損マウスの腸内細菌叢の無菌マウスへの移植等の影響の解析を行った。AdipoRの低下で炎症、酸化ストレス等が増加し、腸内細菌叢、腸内代謝産物を変化させ、脂肪肝、...
❏炎症抑制と組織修復を促す細胞シグナルの解明(25221305)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2013-05-31 - 2018-03-31
【研究代表者】吉村 昭彦 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (90182815)
【キーワード】サイトカイン / シグナル伝達 / 炎症 / マクロファージ / 制御性T細胞 (他23件)
【概要】免疫システムは正負のシグナルがバランスを保って進行することで恒常性が維持され、この破綻がアレルギー疾患などの免疫疾患につながる。本研究はこのような免疫応答の恒常性を支えるサイトカインとそのシグナル制御の基本原理の解明し、疾患治療に応用することを目的とする。本研究では免疫を負に制御し炎症応答を収束させる3つの重要な因子を見出した。第一は核内オーファン受容体NR4aで制御性T細胞の発生維持に必要である...
❏自然免疫系活性化につながる新規核酸認識機構の解析(24590574)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】柳井 秀元 東京大学, 生産技術研究所, 准教授 (70431765)
【キーワード】自然免疫 / シグナル伝達 / サイトカイン / 核酸 / ノックアウトマウス (他11件)
【概要】ウイルスや細菌などの感染に際し、病原体由来核酸は自然免疫受容体によって認識され、免疫応答を強く活性化する。この応答は感染防御に必須であり、その詳細を明らかにすることは重要である。我々は、病原体由来核酸を模した核酸アナログと結合する分子（NAS1及びNAS2）を同定した。これらの分子についてコンディショナルノックアウトマウスを作製し、NAS1が核酸による刺激時のI型IFNやIL-12p40の産生に関...
【医歯薬学】看護学：感染 ／細菌を含む研究件
❏自然免疫系活性化につながる新規核酸認識機構の解析(24590574)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】柳井 秀元 東京大学, 生産技術研究所, 准教授 (70431765)
【キーワード】自然免疫 / シグナル伝達 / サイトカイン / 核酸 / ノックアウトマウス (他11件)
【概要】ウイルスや細菌などの感染に際し、病原体由来核酸は自然免疫受容体によって認識され、免疫応答を強く活性化する。この応答は感染防御に必須であり、その詳細を明らかにすることは重要である。我々は、病原体由来核酸を模した核酸アナログと結合する分子（NAS1及びNAS2）を同定した。これらの分子についてコンディショナルノックアウトマウスを作製し、NAS1が核酸による刺激時のI型IFNやIL-12p40の産生に関...
❏整形外科領域の抗菌性生体材料の開発と感染性疾患の治療(23592199)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】石井 賢 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (00276289)
【キーワード】感染症 / 整形外科学 / 細菌 / イメージング / 抗菌 (他11件)
【概要】本研究では過去の報告がない新たな再現性のある、定量的マウス骨髄炎モデルと軟部組織感染症モデルを作成した。 また、整形外科領域における感染性疾患に対する新規抗菌インプラントと抗生物質を用いたドラッグデリバリーシステムを開発した。これらの技術は臨床現場で問題となっている感染症や手術部位感染症に対して極めて有効である。 これらの技術を基に現在複数の企業と提携して、臨床応用へ向けた準備を進めている。 ...
【医歯薬学】看護学：医療・福祉 ／細菌を含む研究件
❏細菌接着・バイオフィルム形成を阻害する抗菌性チタン合金表面の創出(23659711)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2011
【研究代表者】田中 健之 東京大学, 医学部・附属病院, 助教 (00583121)
【キーワード】医療・福祉 / 細菌 / ナノ材料
【概要】人工関節の感染は、その予後、耐久性を制限する深刻な合併症である。この合併症の阻止を目指し、細胞・タンパク質の吸着を制御する生体適合性ポリマーでチタン合金表面を処理する技術を確立した。また、この表面では、細菌の付着が顕著に抑制されることを明らかにした。以上の結果により、「細菌の接着・バイオフィルム形成を阻害する抗菌性金属表面」を創出することができた、今後は本研究成果の実用化へ向けた検討を推進する予定...
❏バングラデシュにおける小児結核診断に関する研究(23406034)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】我妻 ゆき子 筑波大学, 医学医療系, 教授 (40400676)
【キーワード】国際研究者交流 / 国際情報交換 / バングラデシュ / 小児科学 / 感染症 (他12件)
【概要】小児結核の蔓延しているバングラデシュで、既存の方法では正確な診断が困難な小児結核に関して、尿や血液による最新の診断法を応用導入し有効性を検証することを目的とした。塗抹、培養、核酸増幅法の全ての検査を実施した結核疑い97例のうち、24例が何らかの検査で陽性であり、塗抹検査のみで陽性である11例に対してMGIT培養にて7例、呼吸器検体の核酸増幅法にてさらに5例、尿のTB-LAMPでさらに1例の追加診断...
【医歯薬学】看護学：疫学 ／細菌を含む研究件
❏疫学と数理モデルを融合したコウモリ由来感染症のリスク分析(19KK0242)
【研究テーマ】
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
【研究期間】2019-10-07 - 2023-03-31
【研究代表者】大松 勉 東京農工大学, 農学部, 准教授 (60455392)
【キーワード】コウモリ / 疫学解析 / ウイルス / 細菌 / 寄生虫 (他14件)
【概要】コロナウイルスやエボラウイルス、ニパウイルスなど、世界的に問題となっているウイルスの自然宿主としてコウモリは知られている。今後も、コウモリから新たなウイルス感染症が発生する可能性は否定できない。また、コウモリを介した細菌や寄生虫の拡散リスクについては情報が少ない。コロナウイルスについては、SARS-CoV-2関連ウイルスが日本を含む東南アジアに生息するコウモリから検出されていることから、令和3年度...
❏フィリピンでの人獣共通感染症のレゼルボアとしての翼手目の総合的評価(25304043)
【研究テーマ】獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】久和 茂 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (30177943)
【キーワード】翼手目 / ウイルス / フィリピン / 国際研究者交流 / 感染症 (他10件)
【概要】翼手目（コウモリ類）は生物学的多様性とその分布・移動域の広さ、巨大なコロニー形成などの特徴をもつ特異な生物である。また、エボラウイルスなどの高病原性病原体の自然宿主と疑われており、病原体レゼルボアとして高いリスクをもつ。本研究はフィリピンにおいて翼手目の保有病原体の疫学調査を実施し、翼手目の人獣共通感染症のレゼルボアとしての評価を行うことを目的とした。 ミンダナオ島、ルソン島中央部、ルソン島北西部...
【医歯薬学】看護学：トランスレーショナルリサーチ ／細菌を含む研究件
❏炎症・発癌過程におけるDysbiosisが腸上皮幹細胞に与える影響の解明(17K09347)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】神宝 隆行 東京大学, 医学部附属病院, 登録研究員 (90791591)
【キーワード】炎症性腸疾患 / Dysbiosis / Notch / 消化管幹細胞 / E-cadherin (他15件)
【概要】pks(+)E.coliの存在量を疾患別に比較し、健常者に比べて大腸腺腫・癌患者においては、pks(+)E.coli量が増加し、一方炎症性腸疾患患者ではpks(+)E.coliは逆に減少していた。 Tgfbr2欠損樹状細胞中ではCdh1遺伝子の発現が亢進していた。樹状細胞は上皮とカドヘリンタンパクを介して直接結合し、Notchの活性化を誘導することで腸炎の病態に関与していた。 Notchの恒常的活...
❏原因腸内細菌抗原特異的自己免疫慢性大腸炎モデルと発症抑制プロバイオティクスの開発(17390215)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】金井 隆典 東京医科歯科大学, 医学部附属病院, 講師 (40245478)
【キーワード】細菌 / 生体分子 / トランスレーショナルリサーチ / 免疫学 / 炎症性腸疾患 (他10件)
【概要】炎症性腸疾患慢性化永続化における腸内細菌の関与を追究する目的にてCD4^+CD45RB^<high>細胞を免疫不全マウス(Rag-1^<-/->マウス)へ移入する慢性大腸炎モデルを用いて追究した。 (1)炎症大腸局所には腸炎惹起性CD4^+ CD44^<high> CD62L^-IL-7R^<high>メモリー細胞が存在し、再びSPF-Rag-1^&...
【医歯薬学】看護学：社会医学 ／細菌を含む研究件
❏一般住民において腸内細菌叢が潜在性動脈硬化の進展におよぼす影響(15H04773)
【研究テーマ】疫学・予防医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】有馬 久富 福岡大学, 医学部, 教授 (20437784)
【キーワード】腸内細菌 / 潜在性動脈硬化 / コホート研究 / 腸内細菌叢 / 循環器・高血圧 (他7件)
【概要】本研究では、滋賀県草津市の一般住民男性を対象とした前向きコホート研究において、669名の対象者の便検体から腸内細菌を同定した。胸部CT画像をもちいて標準的な方法でAgaston Scoreを算出し、10点以上を冠動脈石灰化と定義した。腸内細菌と冠動脈石灰化との関連を検討したところ、Lactobacillusは、冠動脈石灰化の有病リスク低下と関連していた（腸内細菌割合1標準偏差（9%）上昇あたりの多...
❏バングラデシュにおける小児結核診断に関する研究(23406034)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】我妻 ゆき子 筑波大学, 医学医療系, 教授 (40400676)
【キーワード】国際研究者交流 / 国際情報交換 / バングラデシュ / 小児科学 / 感染症 (他12件)
【概要】小児結核の蔓延しているバングラデシュで、既存の方法では正確な診断が困難な小児結核に関して、尿や血液による最新の診断法を応用導入し有効性を検証することを目的とした。塗抹、培養、核酸増幅法の全ての検査を実施した結核疑い97例のうち、24例が何らかの検査で陽性であり、塗抹検査のみで陽性である11例に対してMGIT培養にて7例、呼吸器検体の核酸増幅法にてさらに5例、尿のTB-LAMPでさらに1例の追加診断...
【医歯薬学】看護学：環境 ／細菌を含む研究件
❏サツマイモ窒素固定共生系の分子生態学的解明(15H04620)
【研究テーマ】環境農学(含ランドスケープ科学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】池田 成志 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 北海道農業研究センター 大規模畑作研究領域, 上級研究員 (20396609)
【キーワード】窒素固定 / サツマイモ / 共生細菌 / 多様性 / 16S rRNA遺伝子 (他19件)
【概要】サツマイモの茎、塊根の表面と内部の共生細菌群集について非培養法による多様性解析を行った結果、各組織に共通して他の作物種よりもアルファプロテオバクテリアの優占化が観察された。また、多様性指数は塊根表面、茎、塊根内部、の順番で小さくなることが明らかにされた。上記と対応する組織から共生細菌の網羅的な分離培養を実施した。約2000株の分離菌について16S rRNA遺伝子に基づくクラスタリング解析を行った結...
❏フィリピンでの人獣共通感染症のレゼルボアとしての翼手目の総合的評価(25304043)
【研究テーマ】獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】久和 茂 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (30177943)
【キーワード】翼手目 / ウイルス / フィリピン / 国際研究者交流 / 感染症 (他10件)
【概要】翼手目（コウモリ類）は生物学的多様性とその分布・移動域の広さ、巨大なコロニー形成などの特徴をもつ特異な生物である。また、エボラウイルスなどの高病原性病原体の自然宿主と疑われており、病原体レゼルボアとして高いリスクをもつ。本研究はフィリピンにおいて翼手目の保有病原体の疫学調査を実施し、翼手目の人獣共通感染症のレゼルボアとしての評価を行うことを目的とした。 ミンダナオ島、ルソン島中央部、ルソン島北西部...
❏有価物回収型排水処理技術の基盤となる細菌硫黄飢餓応答機構の解析(19780068)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2007 - 2009
【研究代表者】羽部 浩 独立行政法人産業技術総合研究所, 環境化学技術研究部門, 研究員 (20313075)
【キーワード】応用微生物 / 細菌 / 環境 / 硫酸飢餓応答 / 有機硫黄化合物代謝 (他8件)
【概要】細菌は通常は最も利用しやすい無機硫酸イオン(SO^<2->_4)を硫黄源とする。しかし「硫酸飢餓」と呼ばれる硫黄欠乏状態に陥ると、その環境に存在する様々な有機化合物を分解して硫黄源とする。我々は、細菌が有する硫黄飢餓応答のメカニズムを上手く制御することで、近年成長著しい電子工業分野において洗浄剤として使用されているジメチルスルホキシドを含有する排水から、メタンスルホン酸を高効率で生産可...
【医歯薬学】看護学：バイオフィルム ／細菌を含む研究件
❏細菌内無機元素の高分解能動態観測を目指した高機能マイクロ流路液体セルの開発(18H01842)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】石田 忠 東京工業大学, 工学院, 准教授 (80517607)
【キーワード】マイクロ流路 / SEM / 電子線透過膜 / 液中細菌 / 極薄電子線透過膜付きマイクロ流路 (他21件)
【概要】耐性菌の増加が懸念される中、耐性菌の新規治療方法の開発が遅れている。そこで、これまでバイオ分野であまり注目されていなかった無機元素の観点から、液中細菌を高分解能観察するための技術を開発した。高分解能で電子顕微鏡観察するための薄膜技術や細菌搬送技術を開発し、液中細菌の高分解能観察を実現した。これにより数百nm級の構造やウイルスの観察も可能となった。さらに、細菌の無機元素の検出にも成功した。 ...
❏多剤耐性アシネトバクター対策としての抗バイオフィルム剤探索とその基盤技術の開発(23659759)
【研究テーマ】泌尿器科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2011 - 2012
【研究代表者】公文 裕巳 岡山大学, 大学院・医歯薬学総合研究科, 教授 (30144760)
【キーワード】細菌 / 感染症 / アシネトバクター / 多剤耐性菌 / アウトブレイク (他8件)
【概要】多剤耐性アシネトバクターに対する院内感染対策は喫緊の課題となっている。本研究ではAcinetobacter baumannii を対象として新規の抗バイオフィルム剤を探索することにより、本感染症に対する予防法・治療法の確立を目指した。リアルタイムイメージングによる新規実験モデル系を確立するためには更なる基盤研究を必要とするが、バイオフィルム形成阻害効果を示す抗菌薬、各種抗菌薬の抗菌活性を増強するク...
❏膜分離活性汚泥法の膜の目詰まりを抑制する酵素固定化型ろ過膜の開発(22656116)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】細見 正明 東京農工大学, 大学院・工学研究院, 教授 (90132860)
【キーワード】バイオフィルム / 固定化酵素 / クオラムセンシング / アシラーゼ / 微生物付着 (他10件)
【概要】本研究は膜分離活性汚泥法における微生物由来のろ過膜の目詰まりを抑制するため、酵素を固定化したろ過膜を開発した。放射線グラフト重合法を適用し、ポリエチレン製精密ろ過膜をグラフトし、グラフト鎖に親水性の高い官能基を導入した。これにより、元のポリエチレンと変わらない高い透水性を確保することができた。次に、微生物が産生する微生物細胞間情報伝達物質を分解可能な酵素を固定化した。微生物細胞間情報伝達物質を介し...
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