【研究テーマ】広領域

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】佐藤 能雅 東京大学, 薬学部, 教授 (30150014)

【キーワード】蛋白質 / X線結晶解析 / 蛋蛋白質 / 糖蛋白質 / 抗体 (他15件)

【概要】蛋白質の機能の解明と応用の研究を進展させるため、蛋白質の三次元構造の研究の分担を通じ、X線結晶解析の方法の新展開と、蛋白質の機能構造の迅速な研究体制の構築を本研究の目的とした。 平成6〜7年度の計画として、1 アミノ酸改変蛋白質、2 各種プロテアーゼとその阻害剤との複合体、3 アミラーゼ等とその阻害蛋白質、4 核酸および核酸を認識する蛋白質、5 抗原を認識する抗体と抗原複合体 6 膜蛋白質、結晶化...

【研究テーマ】有機化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1995

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 理学部, 助手 (60242260)

【キーワード】結晶相反応 / 固相反応 / X線結晶解析 / 迅速測定 / 四員環開裂反応 (他8件)

【概要】本研究は、近年注目されている結晶相反応の動的過程について、特に反応部位周りの環境つまり反応場の形状が反応におよぼす影響を調べる事を目的とした。結晶相反応には反応速度が速かったり、反応の進行にしたがって結晶状態が悪くなるものもあるため、通常の4軸型のX線回折計では反応過程の分子構造を観測することが困難である。そこで、本研究では低分子結晶用に開発された、イメージングプレート・ワイセンベルグカメラを使い...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】佐藤 能雅 東京大学, 薬学部, 教授 (30150014)

【キーワード】蛋白質 / X線結晶解析 / 蛋蛋白質 / 糖蛋白質 / 抗体 (他15件)

【概要】蛋白質の機能の解明と応用の研究を進展させるため、蛋白質の三次元構造の研究の分担を通じ、X線結晶解析の方法の新展開と、蛋白質の機能構造の迅速な研究体制の構築を本研究の目的とした。 平成6〜7年度の計画として、1 アミノ酸改変蛋白質、2 各種プロテアーゼとその阻害剤との複合体、3 アミラーゼ等とその阻害蛋白質、4 核酸および核酸を認識する蛋白質、5 抗原を認識する抗体と抗原複合体 6 膜蛋白質、結晶化...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)

【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)

【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】佐藤 能雅 東京大学, 薬学部, 教授 (30150014)

【キーワード】蛋白質 / X線結晶解析 / 蛋蛋白質 / 糖蛋白質 / 抗体 (他15件)

【概要】蛋白質の機能の解明と応用の研究を進展させるため、蛋白質の三次元構造の研究の分担を通じ、X線結晶解析の方法の新展開と、蛋白質の機能構造の迅速な研究体制の構築を本研究の目的とした。 平成6〜7年度の計画として、1 アミノ酸改変蛋白質、2 各種プロテアーゼとその阻害剤との複合体、3 アミラーゼ等とその阻害蛋白質、4 核酸および核酸を認識する蛋白質、5 抗原を認識する抗体と抗原複合体 6 膜蛋白質、結晶化...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】一般研究(A)

【研究期間】1989 - 1992

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (50032024)

【キーワード】キメラ酵素 / 立体構造 / 結晶解析 / 耐熱性酵素 / 脱水素酵素 (他11件)

【概要】本研究は酵素の熱安定性を構造化学的に研究し、蛋白質工学等の手法により有用な分子を作り工業的に利用するための基本的原理を明らかにすることを目的とした。このため、3-イソプロピルリンゴ酸脱水素酵素を対象として選び、高度好熱菌由来の分子及び種々の割合で常温菌由来の分子と融合したキメラ酵素とこれらの変異体の立体構造を高分解能で精密に決定した。いづれもデータは1.9A分解能まで測定し精密化は2.1A分解能で...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】村木 則文 分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 助教 (20723828)

【キーワード】X線結晶解析 / 光センサー / 光受容体 / 結晶構造解析 / ビタミンB12 (他9件)

【概要】本研究では、ビタミンB12を利用する新規な光受容体CarHとAerRにおける光応答の分子機構を解明するために、これらの構造機能解析を行なった。暗所において、アデノシルコバラミン (補酵素型ビタミンB12) が結合したCarHを調製、結晶化することで、光応答前のCarHの結晶構造解析に成功した。CarHはN末端側のDNA結合ドメインとC末端側のセンサードメインから構成されていた。センサードメインに結...

【研究テーマ】機能生物化学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】大戸 梅治 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 准教授 (90451856)

【キーワード】ダイオキシン / 環境ホルモン / 構造生物学 / Ｘ線結晶構造解析 / Ｘ線結晶解析

【概要】ダイオキシン受容体として知られる芳香族炭化水素受容体（AhR）の構造生物学的研究を進めた。核移行前複合体の調製を試みたが成功しなかった。AhR抑制複合体であるAhRR/ARNT複合体の結晶化を進め、その結晶構造を明らかにした。転写活性化複合体であるAhR/ARNT複合体の構造解析に向けて、種々の生物種由来のAhR/ARNT複合体の調製や、様々な変異体の発現と精製を試みた。 ...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】若槻 壮市 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 研究員 (00332114)

【キーワード】ピクセル検出器 / タンパク質結晶構造解析 / タンパク質溶液散乱 / DEPFET検出器 / 構造生物学 (他8件)

【概要】タンパク質のＸ線構造解析用に、素粒子実験向けに開発された最新のピクセル型検出器DEPFET（DEpleted P-channel Field Effect Transistor）を応用した高精細高速読み出し検出器を制作した。放射光Ｘ線を用いた評価実験を行い、DEPFETが既存のＸ線検出器を上回る位置測定精度でタンパク質結晶や溶液からの回折像を撮影でき、しかも高速なヒット情報の取り出しが可能なことを...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 大学院・理工学研究科, 助教授 (60242260)

【キーワード】液体化合物 / 結晶構造解析 / 分子間相互作用 / 水素結合 / 結晶融点 (他9件)

【概要】常温で液体である低分子量化合物は、工業材料として、また物性への興味から多数の研究が行われている。しかし、その分子構造はスペクトル的手段でしか調べられなかったため、物性を分子の三次元構造の面から議論することができなかった。 本研究では、これまで開発してきたin situ crystallization法と迅速X線回折測定法を組み合わせることにより、液体化合物を低温下で単結晶化し結晶構造解析により三次...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 大学院・理工学研究科, 助教授 (60242260)

【キーワード】液体化合物 / 結晶構造解析 / 分子間相互作用 / 水素結合 / 結晶融点 (他9件)

【概要】常温で液体である低分子量化合物は、工業材料として、また物性への興味から多数の研究が行われている。しかし、その分子構造はスペクトル的手段でしか調べられなかったため、物性を分子の三次元構造の面から議論することができなかった。 本研究では、これまで開発してきたin situ crystallization法と迅速X線回折測定法を組み合わせることにより、液体化合物を低温下で単結晶化し結晶構造解析により三次...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 大学院・理工学研究科, 助教授 (60242260)

【キーワード】液体化合物 / 結晶構造解析 / 分子間相互作用 / 水素結合 / 結晶融点 (他9件)

【概要】常温で液体である低分子量化合物は、工業材料として、また物性への興味から多数の研究が行われている。しかし、その分子構造はスペクトル的手段でしか調べられなかったため、物性を分子の三次元構造の面から議論することができなかった。 本研究では、これまで開発してきたin situ crystallization法と迅速X線回折測定法を組み合わせることにより、液体化合物を低温下で単結晶化し結晶構造解析により三次...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 大学院・理工学研究科, 助教授 (60242260)

【キーワード】液体化合物 / 結晶構造解析 / 分子間相互作用 / 水素結合 / 結晶融点 (他9件)

【概要】常温で液体である低分子量化合物は、工業材料として、また物性への興味から多数の研究が行われている。しかし、その分子構造はスペクトル的手段でしか調べられなかったため、物性を分子の三次元構造の面から議論することができなかった。 本研究では、これまで開発してきたin situ crystallization法と迅速X線回折測定法を組み合わせることにより、液体化合物を低温下で単結晶化し結晶構造解析により三次...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 大学院・理工学研究科, 助教授 (60242260)

【キーワード】液体化合物 / 結晶構造解析 / 分子間相互作用 / 水素結合 / 結晶融点 (他9件)

【概要】常温で液体である低分子量化合物は、工業材料として、また物性への興味から多数の研究が行われている。しかし、その分子構造はスペクトル的手段でしか調べられなかったため、物性を分子の三次元構造の面から議論することができなかった。 本研究では、これまで開発してきたin situ crystallization法と迅速X線回折測定法を組み合わせることにより、液体化合物を低温下で単結晶化し結晶構造解析により三次...

【研究テーマ】無機化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1994

【研究代表者】山口 正 東北大学, 理学部, 助手 (40230362)

【キーワード】白金クラスター錯体 / 正方形型四核錯体 / 配位構造 / X線結晶解析

【概要】1.[Pt_4(CH_3COO)_8]の面内配位座に種々のテトラミンを導入した錯体を合成し,そのX線結晶構造解析を行った。窒素間炭素数が2,2,2(既知),2,3,2のテトラミンを用いた場合,面内に配位子が2個,架橋-キ-レート架橋型で配位した錯体が,3,2,3のテトラミンを用いた場合,面内に配位子が1個,キレート-架橋-キレート型に配位し架橋酢酸イオンが2個残った錯体が得られた。以上のことから窒...

【研究テーマ】無機化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1994

【研究代表者】山口 正 東北大学, 理学部, 助手 (40230362)

【キーワード】白金クラスター錯体 / 正方形型四核錯体 / 配位構造 / X線結晶解析

【概要】1.[Pt_4(CH_3COO)_8]の面内配位座に種々のテトラミンを導入した錯体を合成し,そのX線結晶構造解析を行った。窒素間炭素数が2,2,2(既知),2,3,2のテトラミンを用いた場合,面内に配位子が2個,架橋-キ-レート架橋型で配位した錯体が,3,2,3のテトラミンを用いた場合,面内に配位子が1個,キレート-架橋-キレート型に配位し架橋酢酸イオンが2個残った錯体が得られた。以上のことから窒...

【研究テーマ】無機化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1994

【研究代表者】山口 正 東北大学, 理学部, 助手 (40230362)

【キーワード】白金クラスター錯体 / 正方形型四核錯体 / 配位構造 / X線結晶解析

【概要】1.[Pt_4(CH_3COO)_8]の面内配位座に種々のテトラミンを導入した錯体を合成し,そのX線結晶構造解析を行った。窒素間炭素数が2,2,2(既知),2,3,2のテトラミンを用いた場合,面内に配位子が2個,架橋-キ-レート架橋型で配位した錯体が,3,2,3のテトラミンを用いた場合,面内に配位子が1個,キレート-架橋-キレート型に配位し架橋酢酸イオンが2個残った錯体が得られた。以上のことから窒...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】物質変換

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】岡崎 廉治 東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (70011567)

【キーワード】分子キャビティ / シクロファン / カリックスアレーン / スルフェン酸 / 分子力場計算 (他10件)

【概要】本研究では,カリックス[6]アレーンおよびシクロファン骨格を用いてbowl型分子を設計・合成し,そのbowl内にいくつかの官能基を有する分子の反応性を検討した。まず,中央架橋部にオルシノールベンジルエーテルユニットを,側環部にジフェニルメタンユニット持つ新規な二環性シクロファンをいくつか合成した。その構造をNMRおよびX線結晶解析により検討し,それらが直径約14Åの底の浅いbowl型分子であること...

【研究テーマ】物質変換

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】岡崎 廉治 東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (70011567)

【キーワード】分子キャビティ / シクロファン / カリックスアレーン / スルフェン酸 / 分子力場計算 (他10件)

【概要】本研究では,カリックス[6]アレーンおよびシクロファン骨格を用いてbowl型分子を設計・合成し,そのbowl内にいくつかの官能基を有する分子の反応性を検討した。まず,中央架橋部にオルシノールベンジルエーテルユニットを,側環部にジフェニルメタンユニット持つ新規な二環性シクロファンをいくつか合成した。その構造をNMRおよびX線結晶解析により検討し,それらが直径約14Åの底の浅いbowl型分子であること...

【研究テーマ】物質変換

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】岡崎 廉治 東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (70011567)

【キーワード】分子キャビティ / シクロファン / カリックスアレーン / スルフェン酸 / 分子力場計算 (他10件)

【概要】本研究では,カリックス[6]アレーンおよびシクロファン骨格を用いてbowl型分子を設計・合成し,そのbowl内にいくつかの官能基を有する分子の反応性を検討した。まず,中央架橋部にオルシノールベンジルエーテルユニットを,側環部にジフェニルメタンユニット持つ新規な二環性シクロファンをいくつか合成した。その構造をNMRおよびX線結晶解析により検討し,それらが直径約14Åの底の浅いbowl型分子であること...

【研究テーマ】有機化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1995

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 理学部, 助手 (60242260)

【キーワード】結晶相反応 / 固相反応 / X線結晶解析 / 迅速測定 / 四員環開裂反応 (他8件)

【概要】本研究は、近年注目されている結晶相反応の動的過程について、特に反応部位周りの環境つまり反応場の形状が反応におよぼす影響を調べる事を目的とした。結晶相反応には反応速度が速かったり、反応の進行にしたがって結晶状態が悪くなるものもあるため、通常の4軸型のX線回折計では反応過程の分子構造を観測することが困難である。そこで、本研究では低分子結晶用に開発された、イメージングプレート・ワイセンベルグカメラを使い...

【研究テーマ】有機化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1995

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 理学部, 助手 (60242260)

【キーワード】結晶相反応 / 固相反応 / X線結晶解析 / 迅速測定 / 四員環開裂反応 (他8件)

【概要】本研究は、近年注目されている結晶相反応の動的過程について、特に反応部位周りの環境つまり反応場の形状が反応におよぼす影響を調べる事を目的とした。結晶相反応には反応速度が速かったり、反応の進行にしたがって結晶状態が悪くなるものもあるため、通常の4軸型のX線回折計では反応過程の分子構造を観測することが困難である。そこで、本研究では低分子結晶用に開発された、イメージングプレート・ワイセンベルグカメラを使い...

【研究テーマ】有機化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1995

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 理学部, 助手 (60242260)

【キーワード】結晶相反応 / 固相反応 / X線結晶解析 / 迅速測定 / 四員環開裂反応 (他8件)

【概要】本研究は、近年注目されている結晶相反応の動的過程について、特に反応部位周りの環境つまり反応場の形状が反応におよぼす影響を調べる事を目的とした。結晶相反応には反応速度が速かったり、反応の進行にしたがって結晶状態が悪くなるものもあるため、通常の4軸型のX線回折計では反応過程の分子構造を観測することが困難である。そこで、本研究では低分子結晶用に開発された、イメージングプレート・ワイセンベルグカメラを使い...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / X線結晶構造解析 / Nod様受容体 / Toll様受容体 / TLR (他9件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院・薬学系研究科, 教授 (30273858)

【キーワード】相同組み換え / メディエーター / リコンビナーゼ / X線結晶構造解析 / Ｘ線結晶解析

【概要】リコンビナーゼであるRad51は相同組み換えにおいて中心的な働きをする。生体内で組換えが起こるときはRad51に加え、メディエーターと呼ばれる補助因子を必要とする。Swi5-Sfr1複合体はメディエーターとして同定され、その後の研究によってリコンビナーゼの活性化因子として働くことが示された。この因子の構造科学的な知見を得るためX線結晶解析により構造決定したところ、ブーメラン様の構造をとっており、R...

【研究テーマ】工業物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】山元 公寿 早稲田大学, 理工学総合研究センター, 助教授 (80220458)

【キーワード】バナジウム錯体 / 多核錯体 / 酸素4電子還元 / 一段階多電子移動 / X線結晶解析 (他10件)

【概要】バナジルサレン多核錯体を電子移動担体として作動させると、酸素の多電子還元が可能となる。酸化還元電位を配位子を変えて制御し、酸素4電子還元の熱力学電位に調節することにより、これを電子移動担体とする分子状酸素の多電子還元系確立を研究目的とする。これと同時に連続反応による基質分子の酸化触媒としても作動させ、新しい物質変換系の確立を実証するのが本研究のねらいである。 初年度は置換不活性な平面配位子を選択、...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】工業物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】山元 公寿 早稲田大学, 理工学総合研究センター, 助教授 (80220458)

【キーワード】バナジウム錯体 / 多核錯体 / 酸素4電子還元 / 一段階多電子移動 / X線結晶解析 (他10件)

【概要】バナジルサレン多核錯体を電子移動担体として作動させると、酸素の多電子還元が可能となる。酸化還元電位を配位子を変えて制御し、酸素4電子還元の熱力学電位に調節することにより、これを電子移動担体とする分子状酸素の多電子還元系確立を研究目的とする。これと同時に連続反応による基質分子の酸化触媒としても作動させ、新しい物質変換系の確立を実証するのが本研究のねらいである。 初年度は置換不活性な平面配位子を選択、...

【研究テーマ】工業物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】山元 公寿 早稲田大学, 理工学総合研究センター, 助教授 (80220458)

【キーワード】バナジウム錯体 / 多核錯体 / 酸素4電子還元 / 一段階多電子移動 / X線結晶解析 (他10件)

【概要】バナジルサレン多核錯体を電子移動担体として作動させると、酸素の多電子還元が可能となる。酸化還元電位を配位子を変えて制御し、酸素4電子還元の熱力学電位に調節することにより、これを電子移動担体とする分子状酸素の多電子還元系確立を研究目的とする。これと同時に連続反応による基質分子の酸化触媒としても作動させ、新しい物質変換系の確立を実証するのが本研究のねらいである。 初年度は置換不活性な平面配位子を選択、...

【研究テーマ】工業物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】山元 公寿 早稲田大学, 理工学総合研究センター, 助教授 (80220458)

【キーワード】バナジウム錯体 / 多核錯体 / 酸素4電子還元 / 一段階多電子移動 / X線結晶解析 (他10件)

【概要】バナジルサレン多核錯体を電子移動担体として作動させると、酸素の多電子還元が可能となる。酸化還元電位を配位子を変えて制御し、酸素4電子還元の熱力学電位に調節することにより、これを電子移動担体とする分子状酸素の多電子還元系確立を研究目的とする。これと同時に連続反応による基質分子の酸化触媒としても作動させ、新しい物質変換系の確立を実証するのが本研究のねらいである。 初年度は置換不活性な平面配位子を選択、...

【研究テーマ】物質変換

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】岡崎 廉治 東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (70011567)

【キーワード】分子キャビティ / シクロファン / カリックスアレーン / スルフェン酸 / 分子力場計算 (他10件)

【概要】本研究では,カリックス[6]アレーンおよびシクロファン骨格を用いてbowl型分子を設計・合成し,そのbowl内にいくつかの官能基を有する分子の反応性を検討した。まず,中央架橋部にオルシノールベンジルエーテルユニットを,側環部にジフェニルメタンユニット持つ新規な二環性シクロファンをいくつか合成した。その構造をNMRおよびX線結晶解析により検討し,それらが直径約14Åの底の浅いbowl型分子であること...

【研究テーマ】工業物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】山元 公寿 早稲田大学, 理工学総合研究センター, 助教授 (80220458)

【キーワード】バナジウム錯体 / 多核錯体 / 酸素4電子還元 / 一段階多電子移動 / X線結晶解析 (他10件)

【概要】バナジルサレン多核錯体を電子移動担体として作動させると、酸素の多電子還元が可能となる。酸化還元電位を配位子を変えて制御し、酸素4電子還元の熱力学電位に調節することにより、これを電子移動担体とする分子状酸素の多電子還元系確立を研究目的とする。これと同時に連続反応による基質分子の酸化触媒としても作動させ、新しい物質変換系の確立を実証するのが本研究のねらいである。 初年度は置換不活性な平面配位子を選択、...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】工業物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】山元 公寿 早稲田大学, 理工学総合研究センター, 助教授 (80220458)

【キーワード】バナジウム錯体 / 多核錯体 / 酸素4電子還元 / 一段階多電子移動 / X線結晶解析 (他10件)

【概要】バナジルサレン多核錯体を電子移動担体として作動させると、酸素の多電子還元が可能となる。酸化還元電位を配位子を変えて制御し、酸素4電子還元の熱力学電位に調節することにより、これを電子移動担体とする分子状酸素の多電子還元系確立を研究目的とする。これと同時に連続反応による基質分子の酸化触媒としても作動させ、新しい物質変換系の確立を実証するのが本研究のねらいである。 初年度は置換不活性な平面配位子を選択、...

【研究テーマ】有機化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1995

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 理学部, 助手 (60242260)

【キーワード】結晶相反応 / 固相反応 / X線結晶解析 / 迅速測定 / 四員環開裂反応 (他8件)

【概要】本研究は、近年注目されている結晶相反応の動的過程について、特に反応部位周りの環境つまり反応場の形状が反応におよぼす影響を調べる事を目的とした。結晶相反応には反応速度が速かったり、反応の進行にしたがって結晶状態が悪くなるものもあるため、通常の4軸型のX線回折計では反応過程の分子構造を観測することが困難である。そこで、本研究では低分子結晶用に開発された、イメージングプレート・ワイセンベルグカメラを使い...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)

【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)

【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)

【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)

【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)

【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)

【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)

【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)

【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (30273858)

【キーワード】Toll様受容体 / 自然免疫 / X線結晶解析 / 一本鎖核酸 / １本鎖核酸 (他7件)

【概要】Toll様受容体(TLR)は細菌やウイルスなど病原体の分子パターンを認識するセンサーとして働く。TLR7/8は一本鎖RNA、TLR9はCpG配列を含む一本鎖DNAによって活性化されるが本研究はこれらのTLRに注目してその構造科学的な研究を行いリガンド認識機構や活性化機構を明らかにすることを目的とする。本研究により、TLR8は一本鎖RNAの分解産物であるウリジンおよび短鎖ssRNAによる協調的な効果...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院・薬学系研究科, 教授 (30273858)

【キーワード】相同組み換え / メディエーター / リコンビナーゼ / X線結晶構造解析 / Ｘ線結晶解析

【概要】リコンビナーゼであるRad51は相同組み換えにおいて中心的な働きをする。生体内で組換えが起こるときはRad51に加え、メディエーターと呼ばれる補助因子を必要とする。Swi5-Sfr1複合体はメディエーターとして同定され、その後の研究によってリコンビナーゼの活性化因子として働くことが示された。この因子の構造科学的な知見を得るためX線結晶解析により構造決定したところ、ブーメラン様の構造をとっており、R...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1998 - 2000

【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)

【キーワード】異物排出蛋白 / 薬剤耐性 / 部位特異変異導入 / 排出 / 排出蛋白 (他14件)

【概要】(1)テトラサイクリン排出タンパク構造機能解析では、タンパク質を構成する全400アミノ酸残基すべてを一つずつCysに置換する完全Cys走査変異体セットを構築し、おのおのの残基の役割、所在場所(膜の内外表面または二重層内)などを正確に決定したマップを分子全体に渡って作成できた。その結果、テトラサイクリン排出蛋白は内側6本、外側6本のへリックスが環状に束ねられ、中央に水で満たされたチャネルがあること、...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】岡田 有意 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (20507181)

【キーワード】構造生物化学 / X線結晶構造解析 / ABC輸送体 / 膜蛋白質 / 薬剤耐性 (他9件)

【概要】本研究では、ATPを利用して基質を能動輸送するATP-binding cassette（ABC）輸送体のうち、外膜チャネルと膜融合蛋白質と複合体を形成して基質の輸送を行う三者複合体形成型輸送体MacBについて、その基質輸送機構を解明することを目的とした。2017年に我々は分解能3.4オングストロームでMacBの結晶構造を明らかにしたが、本研究では新たに別のMacBホモログで分解能2.0オングストロ...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1998 - 2000

【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)

【キーワード】異物排出蛋白 / 薬剤耐性 / 部位特異変異導入 / 排出 / 排出蛋白 (他14件)

【概要】(1)テトラサイクリン排出タンパク構造機能解析では、タンパク質を構成する全400アミノ酸残基すべてを一つずつCysに置換する完全Cys走査変異体セットを構築し、おのおのの残基の役割、所在場所(膜の内外表面または二重層内)などを正確に決定したマップを分子全体に渡って作成できた。その結果、テトラサイクリン排出蛋白は内側6本、外側6本のへリックスが環状に束ねられ、中央に水で満たされたチャネルがあること、...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 准教授 (30273858)

【キーワード】CHP / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / NHE1 (他7件)

【概要】細胞内pH環境や浸透圧の維持は細胞の正常な活動にとって非常に重要で、H^+, Na^+に関するイオン代謝を行うNa^+/H^+交換輸送体(NHE)が主にこの役割を担う。NHEは、N末端側に12回膜貫通領域からなる活性部位とC末端細胞質側に活性制御領域をもっ。高等動物のNHEはその一次構造や発現する組織の違いから、様々なアイソフォームが存在する。なかでも普遍的な発現パターンを示すNHE1は細胞内pH...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / X線結晶構造解析 / Nod様受容体 / Toll様受容体 / TLR (他9件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / 構造生物学 / Toll様受容体 / クライオ電子顕微鏡 / 構造生物 (他8件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / X線結晶構造解析 / Nod様受容体 / Toll様受容体 / TLR (他9件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 助教授 (30273858)

【キーワード】CBL2 / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / CIPK (他10件)

【概要】植物においては光、塩など様々なストレス因子がシグナルとなり細胞内のカルシウム濃度が上昇する。カルシウムセンサー蛋白質は細胞内のカルシウム濃度の上昇に伴い活性化されシグナルを下流へと伝える。最近CBLという新規な蛋白質が同定され、引き続きCBLの標的蛋白質としてCIPKが同定された。CBL/CIPK経路は塩ストレスなどで深く関与していることが示されており、生理学的な重要性も次々と解明されてきている。...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】遺伝情報再編 / 生体高分子構造・機能 / 遺伝子及び染色体 / タンパク質と酵素 / 核酸 (他8件)

【概要】ゲノムDNAは細胞内において常に損傷を受けている。中でも二重鎖切断損傷は、染色体異常の直接的な原因となる。二重鎖切断は、相同組換えを経由したDNA修復経路によって速やかに修復されるが、そのメカニズムについては生化学的にも構造生物学的にも解析が進んでおらず、その分子機構の理解は不十分である。相同組換え反応の要の反応は相同的対合反応である。相同的対合反応の分子機構を明らかにするために、減数分裂期での相...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 准教授 (30273858)

【キーワード】CHP / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / NHE1 (他7件)

【概要】細胞内pH環境や浸透圧の維持は細胞の正常な活動にとって非常に重要で、H^+, Na^+に関するイオン代謝を行うNa^+/H^+交換輸送体(NHE)が主にこの役割を担う。NHEは、N末端側に12回膜貫通領域からなる活性部位とC末端細胞質側に活性制御領域をもっ。高等動物のNHEはその一次構造や発現する組織の違いから、様々なアイソフォームが存在する。なかでも普遍的な発現パターンを示すNHE1は細胞内pH...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 助教授 (30273858)

【キーワード】CBL2 / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / CIPK (他10件)

【概要】植物においては光、塩など様々なストレス因子がシグナルとなり細胞内のカルシウム濃度が上昇する。カルシウムセンサー蛋白質は細胞内のカルシウム濃度の上昇に伴い活性化されシグナルを下流へと伝える。最近CBLという新規な蛋白質が同定され、引き続きCBLの標的蛋白質としてCIPKが同定された。CBL/CIPK経路は塩ストレスなどで深く関与していることが示されており、生理学的な重要性も次々と解明されてきている。...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1998 - 2000

【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)

【キーワード】異物排出蛋白 / 薬剤耐性 / 部位特異変異導入 / 排出 / 排出蛋白 (他14件)

【概要】(1)テトラサイクリン排出タンパク構造機能解析では、タンパク質を構成する全400アミノ酸残基すべてを一つずつCysに置換する完全Cys走査変異体セットを構築し、おのおのの残基の役割、所在場所(膜の内外表面または二重層内)などを正確に決定したマップを分子全体に渡って作成できた。その結果、テトラサイクリン排出蛋白は内側6本、外側6本のへリックスが環状に束ねられ、中央に水で満たされたチャネルがあること、...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】遺伝情報再編 / 生体高分子構造・機能 / 遺伝子及び染色体 / タンパク質と酵素 / 核酸 (他8件)

【概要】ゲノムDNAは細胞内において常に損傷を受けている。中でも二重鎖切断損傷は、染色体異常の直接的な原因となる。二重鎖切断は、相同組換えを経由したDNA修復経路によって速やかに修復されるが、そのメカニズムについては生化学的にも構造生物学的にも解析が進んでおらず、その分子機構の理解は不十分である。相同組換え反応の要の反応は相同的対合反応である。相同的対合反応の分子機構を明らかにするために、減数分裂期での相...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】遺伝情報再編 / 生体高分子構造・機能 / 遺伝子及び染色体 / タンパク質と酵素 / 核酸 (他8件)

【概要】ゲノムDNAは細胞内において常に損傷を受けている。中でも二重鎖切断損傷は、染色体異常の直接的な原因となる。二重鎖切断は、相同組換えを経由したDNA修復経路によって速やかに修復されるが、そのメカニズムについては生化学的にも構造生物学的にも解析が進んでおらず、その分子機構の理解は不十分である。相同組換え反応の要の反応は相同的対合反応である。相同的対合反応の分子機構を明らかにするために、減数分裂期での相...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】若槻 壮市 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 研究員 (00332114)

【キーワード】ピクセル検出器 / タンパク質結晶構造解析 / タンパク質溶液散乱 / DEPFET検出器 / 構造生物学 (他8件)

【概要】タンパク質のＸ線構造解析用に、素粒子実験向けに開発された最新のピクセル型検出器DEPFET（DEpleted P-channel Field Effect Transistor）を応用した高精細高速読み出し検出器を制作した。放射光Ｘ線を用いた評価実験を行い、DEPFETが既存のＸ線検出器を上回る位置測定精度でタンパク質結晶や溶液からの回折像を撮影でき、しかも高速なヒット情報の取り出しが可能なことを...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】若槻 壮市 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 研究員 (00332114)

【キーワード】ピクセル検出器 / タンパク質結晶構造解析 / タンパク質溶液散乱 / DEPFET検出器 / 構造生物学 (他8件)

【概要】タンパク質のＸ線構造解析用に、素粒子実験向けに開発された最新のピクセル型検出器DEPFET（DEpleted P-channel Field Effect Transistor）を応用した高精細高速読み出し検出器を制作した。放射光Ｘ線を用いた評価実験を行い、DEPFETが既存のＸ線検出器を上回る位置測定精度でタンパク質結晶や溶液からの回折像を撮影でき、しかも高速なヒット情報の取り出しが可能なことを...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1998 - 2000

【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)

【キーワード】異物排出蛋白 / 薬剤耐性 / 部位特異変異導入 / 排出 / 排出蛋白 (他14件)

【概要】(1)テトラサイクリン排出タンパク構造機能解析では、タンパク質を構成する全400アミノ酸残基すべてを一つずつCysに置換する完全Cys走査変異体セットを構築し、おのおのの残基の役割、所在場所(膜の内外表面または二重層内)などを正確に決定したマップを分子全体に渡って作成できた。その結果、テトラサイクリン排出蛋白は内側6本、外側6本のへリックスが環状に束ねられ、中央に水で満たされたチャネルがあること、...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1998 - 2000

【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)

【キーワード】異物排出蛋白 / 薬剤耐性 / 部位特異変異導入 / 排出 / 排出蛋白 (他14件)

【概要】(1)テトラサイクリン排出タンパク構造機能解析では、タンパク質を構成する全400アミノ酸残基すべてを一つずつCysに置換する完全Cys走査変異体セットを構築し、おのおのの残基の役割、所在場所(膜の内外表面または二重層内)などを正確に決定したマップを分子全体に渡って作成できた。その結果、テトラサイクリン排出蛋白は内側6本、外側6本のへリックスが環状に束ねられ、中央に水で満たされたチャネルがあること、...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (30273858)

【キーワード】Toll様受容体 / 自然免疫 / X線結晶解析 / 一本鎖核酸 / １本鎖核酸 (他7件)

【概要】Toll様受容体(TLR)は細菌やウイルスなど病原体の分子パターンを認識するセンサーとして働く。TLR7/8は一本鎖RNA、TLR9はCpG配列を含む一本鎖DNAによって活性化されるが本研究はこれらのTLRに注目してその構造科学的な研究を行いリガンド認識機構や活性化機構を明らかにすることを目的とする。本研究により、TLR8は一本鎖RNAの分解産物であるウリジンおよび短鎖ssRNAによる協調的な効果...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】若槻 壮市 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 研究員 (00332114)

【キーワード】ピクセル検出器 / タンパク質結晶構造解析 / タンパク質溶液散乱 / DEPFET検出器 / 構造生物学 (他8件)

【概要】タンパク質のＸ線構造解析用に、素粒子実験向けに開発された最新のピクセル型検出器DEPFET（DEpleted P-channel Field Effect Transistor）を応用した高精細高速読み出し検出器を制作した。放射光Ｘ線を用いた評価実験を行い、DEPFETが既存のＸ線検出器を上回る位置測定精度でタンパク質結晶や溶液からの回折像を撮影でき、しかも高速なヒット情報の取り出しが可能なことを...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 助教授 (30273858)

【キーワード】CBL2 / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / CIPK (他10件)

【概要】植物においては光、塩など様々なストレス因子がシグナルとなり細胞内のカルシウム濃度が上昇する。カルシウムセンサー蛋白質は細胞内のカルシウム濃度の上昇に伴い活性化されシグナルを下流へと伝える。最近CBLという新規な蛋白質が同定され、引き続きCBLの標的蛋白質としてCIPKが同定された。CBL/CIPK経路は塩ストレスなどで深く関与していることが示されており、生理学的な重要性も次々と解明されてきている。...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 准教授 (30273858)

【キーワード】CHP / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / NHE1 (他7件)

【概要】細胞内pH環境や浸透圧の維持は細胞の正常な活動にとって非常に重要で、H^+, Na^+に関するイオン代謝を行うNa^+/H^+交換輸送体(NHE)が主にこの役割を担う。NHEは、N末端側に12回膜貫通領域からなる活性部位とC末端細胞質側に活性制御領域をもっ。高等動物のNHEはその一次構造や発現する組織の違いから、様々なアイソフォームが存在する。なかでも普遍的な発現パターンを示すNHE1は細胞内pH...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 准教授 (30273858)

【キーワード】CHP / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / NHE1 (他7件)

【概要】細胞内pH環境や浸透圧の維持は細胞の正常な活動にとって非常に重要で、H^+, Na^+に関するイオン代謝を行うNa^+/H^+交換輸送体(NHE)が主にこの役割を担う。NHEは、N末端側に12回膜貫通領域からなる活性部位とC末端細胞質側に活性制御領域をもっ。高等動物のNHEはその一次構造や発現する組織の違いから、様々なアイソフォームが存在する。なかでも普遍的な発現パターンを示すNHE1は細胞内pH...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 助教授 (30273858)

【キーワード】CBL2 / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / CIPK (他10件)

【概要】植物においては光、塩など様々なストレス因子がシグナルとなり細胞内のカルシウム濃度が上昇する。カルシウムセンサー蛋白質は細胞内のカルシウム濃度の上昇に伴い活性化されシグナルを下流へと伝える。最近CBLという新規な蛋白質が同定され、引き続きCBLの標的蛋白質としてCIPKが同定された。CBL/CIPK経路は塩ストレスなどで深く関与していることが示されており、生理学的な重要性も次々と解明されてきている。...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1998 - 2000

【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)

【キーワード】異物排出蛋白 / 薬剤耐性 / 部位特異変異導入 / 排出 / 排出蛋白 (他14件)

【概要】(1)テトラサイクリン排出タンパク構造機能解析では、タンパク質を構成する全400アミノ酸残基すべてを一つずつCysに置換する完全Cys走査変異体セットを構築し、おのおのの残基の役割、所在場所(膜の内外表面または二重層内)などを正確に決定したマップを分子全体に渡って作成できた。その結果、テトラサイクリン排出蛋白は内側6本、外側6本のへリックスが環状に束ねられ、中央に水で満たされたチャネルがあること、...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】岡田 有意 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (20507181)

【キーワード】構造生物化学 / X線結晶構造解析 / ABC輸送体 / 膜蛋白質 / 薬剤耐性 (他9件)

【概要】本研究では、ATPを利用して基質を能動輸送するATP-binding cassette（ABC）輸送体のうち、外膜チャネルと膜融合蛋白質と複合体を形成して基質の輸送を行う三者複合体形成型輸送体MacBについて、その基質輸送機構を解明することを目的とした。2017年に我々は分解能3.4オングストロームでMacBの結晶構造を明らかにしたが、本研究では新たに別のMacBホモログで分解能2.0オングストロ...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】若槻 壮市 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 研究員 (00332114)

【キーワード】ピクセル検出器 / タンパク質結晶構造解析 / タンパク質溶液散乱 / DEPFET検出器 / 構造生物学 (他8件)

【概要】タンパク質のＸ線構造解析用に、素粒子実験向けに開発された最新のピクセル型検出器DEPFET（DEpleted P-channel Field Effect Transistor）を応用した高精細高速読み出し検出器を制作した。放射光Ｘ線を用いた評価実験を行い、DEPFETが既存のＸ線検出器を上回る位置測定精度でタンパク質結晶や溶液からの回折像を撮影でき、しかも高速なヒット情報の取り出しが可能なことを...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】

【研究種目】挑戦的研究(開拓)

【研究期間】2020-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 定量生命科学研究所, 特任教授 (70172210)

【キーワード】脂質二重膜 / X線結晶解析 / 膜蛋白質 / 結晶 / 結晶解析 (他7件)

【概要】膜蛋白質の真の構造生物学を目指し、「脂質二重膜からプロトンまで」の全てを可視化する技術の開発に取り組んでいる。第一の目標は膜蛋白質結晶中の脂質二重膜の可視化であり、具体的課題は分解能10Åよりも低角の反射点の位相決定である。溶媒コントラスト変調法の拡張と多重同型置換法、その両者の組み合わせの適用を考え、技術開発とデータ収集を行った。さらに、中性子回折への発展を考え、膜蛋白質の大型結晶の作製技術の開...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】一般研究(A)

【研究期間】1989 - 1992

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (50032024)

【キーワード】キメラ酵素 / 立体構造 / 結晶解析 / 耐熱性酵素 / 脱水素酵素 (他11件)

【概要】本研究は酵素の熱安定性を構造化学的に研究し、蛋白質工学等の手法により有用な分子を作り工業的に利用するための基本的原理を明らかにすることを目的とした。このため、3-イソプロピルリンゴ酸脱水素酵素を対象として選び、高度好熱菌由来の分子及び種々の割合で常温菌由来の分子と融合したキメラ酵素とこれらの変異体の立体構造を高分解能で精密に決定した。いづれもデータは1.9A分解能まで測定し精密化は2.1A分解能で...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 電子線結晶解析 (他7件)

【概要】本研究の目標は筋小胞体カルシウムATPaseの三次元構造をまずは、既に薄いながらもX線レベルの三次元結晶が得られていたカルシウム結合状態(ElCa^<2+>)の結晶を用いて、原子分解能で決定し、さらに他の生理的状態に関しても結晶化を進めることであった。本研究は我々の期待を上回る速度で進行し、3つの状態について原子モデルを構築でき、さらに他の2つのカルシウム結合状態(E1ATPとE1Pの...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 大量発現 (他8件)

【概要】本研究の目的はP型イオンポンプによる能動輸送のメカニズムを構造面から理解しようとするものであった。計画立案時には、結晶が小さく、電子顕微鏡による解析しか不可能であったが、X線結晶解析に適用しうる三次元結晶の作製に成功したため、将来の発展を考え、部位特異的変異体の構造解析のための準備に重点を置くことにした。そのため、アデノウイルスによる発現系を用いてカルシウムATPaseの大量生産に成功している、米...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / 構造生物学 / Toll様受容体 / クライオ電子顕微鏡 / 構造生物 (他8件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / X線結晶構造解析 / Nod様受容体 / Toll様受容体 / TLR (他9件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 大量発現 (他8件)

【概要】本研究の目的はP型イオンポンプによる能動輸送のメカニズムを構造面から理解しようとするものであった。計画立案時には、結晶が小さく、電子顕微鏡による解析しか不可能であったが、X線結晶解析に適用しうる三次元結晶の作製に成功したため、将来の発展を考え、部位特異的変異体の構造解析のための準備に重点を置くことにした。そのため、アデノウイルスによる発現系を用いてカルシウムATPaseの大量生産に成功している、米...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院・薬学系研究科, 教授 (30273858)

【キーワード】相同組み換え / メディエーター / リコンビナーゼ / X線結晶構造解析 / Ｘ線結晶解析

【概要】リコンビナーゼであるRad51は相同組み換えにおいて中心的な働きをする。生体内で組換えが起こるときはRad51に加え、メディエーターと呼ばれる補助因子を必要とする。Swi5-Sfr1複合体はメディエーターとして同定され、その後の研究によってリコンビナーゼの活性化因子として働くことが示された。この因子の構造科学的な知見を得るためX線結晶解析により構造決定したところ、ブーメラン様の構造をとっており、R...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】岡田 有意 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (20507181)

【キーワード】構造生物化学 / X線結晶構造解析 / ABC輸送体 / 膜蛋白質 / 薬剤耐性 (他9件)

【概要】本研究では、ATPを利用して基質を能動輸送するATP-binding cassette（ABC）輸送体のうち、外膜チャネルと膜融合蛋白質と複合体を形成して基質の輸送を行う三者複合体形成型輸送体MacBについて、その基質輸送機構を解明することを目的とした。2017年に我々は分解能3.4オングストロームでMacBの結晶構造を明らかにしたが、本研究では新たに別のMacBホモログで分解能2.0オングストロ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2022-04-01 - 2025-03-31

【研究代表者】岡田 有意 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (20507181)

【キーワード】構造生物学 / 輸送タンパク質 / X線結晶解析

【概要】

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】岡田 有意 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (20507181)

【キーワード】構造生物化学 / X線結晶構造解析 / ABC輸送体 / 膜蛋白質 / 薬剤耐性 (他9件)

【概要】本研究では、ATPを利用して基質を能動輸送するATP-binding cassette（ABC）輸送体のうち、外膜チャネルと膜融合蛋白質と複合体を形成して基質の輸送を行う三者複合体形成型輸送体MacBについて、その基質輸送機構を解明することを目的とした。2017年に我々は分解能3.4オングストロームでMacBの結晶構造を明らかにしたが、本研究では新たに別のMacBホモログで分解能2.0オングストロ...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】村木 則文 分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 助教 (20723828)

【キーワード】X線結晶解析 / 光センサー / 光受容体 / 結晶構造解析 / ビタミンB12 (他9件)

【概要】本研究では、ビタミンB12を利用する新規な光受容体CarHとAerRにおける光応答の分子機構を解明するために、これらの構造機能解析を行なった。暗所において、アデノシルコバラミン (補酵素型ビタミンB12) が結合したCarHを調製、結晶化することで、光応答前のCarHの結晶構造解析に成功した。CarHはN末端側のDNA結合ドメインとC末端側のセンサードメインから構成されていた。センサードメインに結...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 大学院・理工学研究科, 助教授 (60242260)

【キーワード】液体化合物 / 結晶構造解析 / 分子間相互作用 / 水素結合 / 結晶融点 (他9件)

【概要】常温で液体である低分子量化合物は、工業材料として、また物性への興味から多数の研究が行われている。しかし、その分子構造はスペクトル的手段でしか調べられなかったため、物性を分子の三次元構造の面から議論することができなかった。 本研究では、これまで開発してきたin situ crystallization法と迅速X線回折測定法を組み合わせることにより、液体化合物を低温下で単結晶化し結晶構造解析により三次...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】岡田 有意 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (20507181)

【キーワード】構造生物化学 / X線結晶構造解析 / ABC輸送体 / 膜蛋白質 / 薬剤耐性 (他9件)

【概要】本研究では、ATPを利用して基質を能動輸送するATP-binding cassette（ABC）輸送体のうち、外膜チャネルと膜融合蛋白質と複合体を形成して基質の輸送を行う三者複合体形成型輸送体MacBについて、その基質輸送機構を解明することを目的とした。2017年に我々は分解能3.4オングストロームでMacBの結晶構造を明らかにしたが、本研究では新たに別のMacBホモログで分解能2.0オングストロ...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / X線結晶構造解析 / Nod様受容体 / Toll様受容体 / TLR (他9件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】村木 則文 分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 助教 (20723828)

【キーワード】X線結晶解析 / 光センサー / 光受容体 / 結晶構造解析 / ビタミンB12 (他9件)

【概要】本研究では、ビタミンB12を利用する新規な光受容体CarHとAerRにおける光応答の分子機構を解明するために、これらの構造機能解析を行なった。暗所において、アデノシルコバラミン (補酵素型ビタミンB12) が結合したCarHを調製、結晶化することで、光応答前のCarHの結晶構造解析に成功した。CarHはN末端側のDNA結合ドメインとC末端側のセンサードメインから構成されていた。センサードメインに結...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】村木 則文 分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 助教 (20723828)

【キーワード】X線結晶解析 / 光センサー / 光受容体 / 結晶構造解析 / ビタミンB12 (他9件)

【概要】本研究では、ビタミンB12を利用する新規な光受容体CarHとAerRにおける光応答の分子機構を解明するために、これらの構造機能解析を行なった。暗所において、アデノシルコバラミン (補酵素型ビタミンB12) が結合したCarHを調製、結晶化することで、光応答前のCarHの結晶構造解析に成功した。CarHはN末端側のDNA結合ドメインとC末端側のセンサードメインから構成されていた。センサードメインに結...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】一般研究(A)

【研究期間】1989 - 1992

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (50032024)

【キーワード】キメラ酵素 / 立体構造 / 結晶解析 / 耐熱性酵素 / 脱水素酵素 (他11件)

【概要】本研究は酵素の熱安定性を構造化学的に研究し、蛋白質工学等の手法により有用な分子を作り工業的に利用するための基本的原理を明らかにすることを目的とした。このため、3-イソプロピルリンゴ酸脱水素酵素を対象として選び、高度好熱菌由来の分子及び種々の割合で常温菌由来の分子と融合したキメラ酵素とこれらの変異体の立体構造を高分解能で精密に決定した。いづれもデータは1.9A分解能まで測定し精密化は2.1A分解能で...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1986 - 1988

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 理学部, 教授 (50032024)

【キーワード】蛋白質の結晶化 / X線結晶解析 / 精密回析データの測定 / 精密回折データの測定

【概要】我国での蛋白質構造研究は年毎に活発になってきており昨年の日本結晶学会での報告が30件を数えるようになった。本研究の開始以来多くの蛋白質の構造研究が各班員によって開始されようやく構造情報が得られるようになってきた。田中(信)らは合成ヘムによって再構成されたミオグロビンについて透析法、蒸気拡散法によって結晶化を試みたが、後者の方法では表面変性のため小さな結晶しか得られなかった。温度についても検討し20...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1986 - 1988

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 理学部, 教授 (50032024)

【キーワード】蛋白質の結晶化 / X線結晶解析 / 精密回析データの測定 / 精密回折データの測定

【概要】我国での蛋白質構造研究は年毎に活発になってきており昨年の日本結晶学会での報告が30件を数えるようになった。本研究の開始以来多くの蛋白質の構造研究が各班員によって開始されようやく構造情報が得られるようになってきた。田中(信)らは合成ヘムによって再構成されたミオグロビンについて透析法、蒸気拡散法によって結晶化を試みたが、後者の方法では表面変性のため小さな結晶しか得られなかった。温度についても検討し20...

【研究テーマ】有機化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1995

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 理学部, 助手 (60242260)

【キーワード】結晶相反応 / 固相反応 / X線結晶解析 / 迅速測定 / 四員環開裂反応 (他8件)

【概要】本研究は、近年注目されている結晶相反応の動的過程について、特に反応部位周りの環境つまり反応場の形状が反応におよぼす影響を調べる事を目的とした。結晶相反応には反応速度が速かったり、反応の進行にしたがって結晶状態が悪くなるものもあるため、通常の4軸型のX線回折計では反応過程の分子構造を観測することが困難である。そこで、本研究では低分子結晶用に開発された、イメージングプレート・ワイセンベルグカメラを使い...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1986 - 1988

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 理学部, 教授 (50032024)

【キーワード】蛋白質の結晶化 / X線結晶解析 / 精密回析データの測定 / 精密回折データの測定

【概要】我国での蛋白質構造研究は年毎に活発になってきており昨年の日本結晶学会での報告が30件を数えるようになった。本研究の開始以来多くの蛋白質の構造研究が各班員によって開始されようやく構造情報が得られるようになってきた。田中(信)らは合成ヘムによって再構成されたミオグロビンについて透析法、蒸気拡散法によって結晶化を試みたが、後者の方法では表面変性のため小さな結晶しか得られなかった。温度についても検討し20...

【研究テーマ】工業物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】山元 公寿 早稲田大学, 理工学総合研究センター, 助教授 (80220458)

【キーワード】バナジウム錯体 / 多核錯体 / 酸素4電子還元 / 一段階多電子移動 / X線結晶解析 (他10件)

【概要】バナジルサレン多核錯体を電子移動担体として作動させると、酸素の多電子還元が可能となる。酸化還元電位を配位子を変えて制御し、酸素4電子還元の熱力学電位に調節することにより、これを電子移動担体とする分子状酸素の多電子還元系確立を研究目的とする。これと同時に連続反応による基質分子の酸化触媒としても作動させ、新しい物質変換系の確立を実証するのが本研究のねらいである。 初年度は置換不活性な平面配位子を選択、...

【研究テーマ】物質変換

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】岡崎 廉治 東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (70011567)

【キーワード】分子キャビティ / シクロファン / カリックスアレーン / スルフェン酸 / 分子力場計算 (他10件)

【概要】本研究では,カリックス[6]アレーンおよびシクロファン骨格を用いてbowl型分子を設計・合成し,そのbowl内にいくつかの官能基を有する分子の反応性を検討した。まず,中央架橋部にオルシノールベンジルエーテルユニットを,側環部にジフェニルメタンユニット持つ新規な二環性シクロファンをいくつか合成した。その構造をNMRおよびX線結晶解析により検討し,それらが直径約14Åの底の浅いbowl型分子であること...

【研究テーマ】物質変換

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】岡崎 廉治 東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (70011567)

【キーワード】分子キャビティ / シクロファン / カリックスアレーン / スルフェン酸 / 分子力場計算 (他10件)

【概要】本研究では,カリックス[6]アレーンおよびシクロファン骨格を用いてbowl型分子を設計・合成し,そのbowl内にいくつかの官能基を有する分子の反応性を検討した。まず,中央架橋部にオルシノールベンジルエーテルユニットを,側環部にジフェニルメタンユニット持つ新規な二環性シクロファンをいくつか合成した。その構造をNMRおよびX線結晶解析により検討し,それらが直径約14Åの底の浅いbowl型分子であること...

【研究テーマ】物質変換

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】岡崎 廉治 東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (70011567)

【キーワード】分子キャビティ / シクロファン / カリックスアレーン / スルフェン酸 / 分子力場計算 (他10件)

【概要】本研究では,カリックス[6]アレーンおよびシクロファン骨格を用いてbowl型分子を設計・合成し,そのbowl内にいくつかの官能基を有する分子の反応性を検討した。まず,中央架橋部にオルシノールベンジルエーテルユニットを,側環部にジフェニルメタンユニット持つ新規な二環性シクロファンをいくつか合成した。その構造をNMRおよびX線結晶解析により検討し,それらが直径約14Åの底の浅いbowl型分子であること...

【研究テーマ】物質変換

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】岡崎 廉治 東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (70011567)

【キーワード】分子キャビティ / シクロファン / カリックスアレーン / スルフェン酸 / 分子力場計算 (他10件)

【概要】本研究では,カリックス[6]アレーンおよびシクロファン骨格を用いてbowl型分子を設計・合成し,そのbowl内にいくつかの官能基を有する分子の反応性を検討した。まず,中央架橋部にオルシノールベンジルエーテルユニットを,側環部にジフェニルメタンユニット持つ新規な二環性シクロファンをいくつか合成した。その構造をNMRおよびX線結晶解析により検討し,それらが直径約14Åの底の浅いbowl型分子であること...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】工業物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】山元 公寿 早稲田大学, 理工学総合研究センター, 助教授 (80220458)

【キーワード】バナジウム錯体 / 多核錯体 / 酸素4電子還元 / 一段階多電子移動 / X線結晶解析 (他10件)

【概要】バナジルサレン多核錯体を電子移動担体として作動させると、酸素の多電子還元が可能となる。酸化還元電位を配位子を変えて制御し、酸素4電子還元の熱力学電位に調節することにより、これを電子移動担体とする分子状酸素の多電子還元系確立を研究目的とする。これと同時に連続反応による基質分子の酸化触媒としても作動させ、新しい物質変換系の確立を実証するのが本研究のねらいである。 初年度は置換不活性な平面配位子を選択、...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】一般研究(A)

【研究期間】1989 - 1992

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (50032024)

【キーワード】キメラ酵素 / 立体構造 / 結晶解析 / 耐熱性酵素 / 脱水素酵素 (他11件)

【概要】本研究は酵素の熱安定性を構造化学的に研究し、蛋白質工学等の手法により有用な分子を作り工業的に利用するための基本的原理を明らかにすることを目的とした。このため、3-イソプロピルリンゴ酸脱水素酵素を対象として選び、高度好熱菌由来の分子及び種々の割合で常温菌由来の分子と融合したキメラ酵素とこれらの変異体の立体構造を高分解能で精密に決定した。いづれもデータは1.9A分解能まで測定し精密化は2.1A分解能で...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】工業物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】山元 公寿 早稲田大学, 理工学総合研究センター, 助教授 (80220458)

【キーワード】バナジウム錯体 / 多核錯体 / 酸素4電子還元 / 一段階多電子移動 / X線結晶解析 (他10件)

【概要】バナジルサレン多核錯体を電子移動担体として作動させると、酸素の多電子還元が可能となる。酸化還元電位を配位子を変えて制御し、酸素4電子還元の熱力学電位に調節することにより、これを電子移動担体とする分子状酸素の多電子還元系確立を研究目的とする。これと同時に連続反応による基質分子の酸化触媒としても作動させ、新しい物質変換系の確立を実証するのが本研究のねらいである。 初年度は置換不活性な平面配位子を選択、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】佐藤 能雅 東京大学, 薬学部, 教授 (30150014)

【キーワード】蛋白質 / X線結晶解析 / 蛋蛋白質 / 糖蛋白質 / 抗体 (他15件)

【概要】蛋白質の機能の解明と応用の研究を進展させるため、蛋白質の三次元構造の研究の分担を通じ、X線結晶解析の方法の新展開と、蛋白質の機能構造の迅速な研究体制の構築を本研究の目的とした。 平成6〜7年度の計画として、1 アミノ酸改変蛋白質、2 各種プロテアーゼとその阻害剤との複合体、3 アミラーゼ等とその阻害蛋白質、4 核酸および核酸を認識する蛋白質、5 抗原を認識する抗体と抗原複合体 6 膜蛋白質、結晶化...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1997 - 1998

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】イオンポンプ / 筋小胞体 / 能動輸送 / 三次元構造 / 電子顕微鏡 (他8件)

【概要】本研究では能動輸送の構造的基盤を解明するために、P型イオンポンプを代表する筋小胞体カルシウムATPaseを対象として、電子線・X線構造解析を行った。この膜蛋白質は本研究を開始した時点で、電子線で解析可能な2つの形態の結晶を作ることが知られていた。すなわち、カルシウムイオン非存在下小胞体膜そのものが変形してつくるチューブ状結晶と高濃度カルシウムイオン存在下で再構成膜がつくる三次元微結晶である。チュー...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1997 - 1998

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】イオンポンプ / 筋小胞体 / 能動輸送 / 三次元構造 / 電子顕微鏡 (他8件)

【概要】本研究では能動輸送の構造的基盤を解明するために、P型イオンポンプを代表する筋小胞体カルシウムATPaseを対象として、電子線・X線構造解析を行った。この膜蛋白質は本研究を開始した時点で、電子線で解析可能な2つの形態の結晶を作ることが知られていた。すなわち、カルシウムイオン非存在下小胞体膜そのものが変形してつくるチューブ状結晶と高濃度カルシウムイオン存在下で再構成膜がつくる三次元微結晶である。チュー...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】佐藤 能雅 東京大学, 薬学部, 教授 (30150014)

【キーワード】蛋白質 / X線結晶解析 / 蛋蛋白質 / 糖蛋白質 / 抗体 (他15件)

【概要】蛋白質の機能の解明と応用の研究を進展させるため、蛋白質の三次元構造の研究の分担を通じ、X線結晶解析の方法の新展開と、蛋白質の機能構造の迅速な研究体制の構築を本研究の目的とした。 平成6〜7年度の計画として、1 アミノ酸改変蛋白質、2 各種プロテアーゼとその阻害剤との複合体、3 アミラーゼ等とその阻害蛋白質、4 核酸および核酸を認識する蛋白質、5 抗原を認識する抗体と抗原複合体 6 膜蛋白質、結晶化...

【研究テーマ】

【研究種目】挑戦的研究(開拓)

【研究期間】2020-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 定量生命科学研究所, 特任教授 (70172210)

【キーワード】脂質二重膜 / X線結晶解析 / 膜蛋白質 / 結晶 / 結晶解析 (他7件)

【概要】膜蛋白質の真の構造生物学を目指し、「脂質二重膜からプロトンまで」の全てを可視化する技術の開発に取り組んでいる。第一の目標は膜蛋白質結晶中の脂質二重膜の可視化であり、具体的課題は分解能10Åよりも低角の反射点の位相決定である。溶媒コントラスト変調法の拡張と多重同型置換法、その両者の組み合わせの適用を考え、技術開発とデータ収集を行った。さらに、中性子回折への発展を考え、膜蛋白質の大型結晶の作製技術の開...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】村木 則文 分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 助教 (20723828)

【キーワード】X線結晶解析 / 光センサー / 光受容体 / 結晶構造解析 / ビタミンB12 (他9件)

【概要】本研究では、ビタミンB12を利用する新規な光受容体CarHとAerRにおける光応答の分子機構を解明するために、これらの構造機能解析を行なった。暗所において、アデノシルコバラミン (補酵素型ビタミンB12) が結合したCarHを調製、結晶化することで、光応答前のCarHの結晶構造解析に成功した。CarHはN末端側のDNA結合ドメインとC末端側のセンサードメインから構成されていた。センサードメインに結...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1997 - 1998

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】イオンポンプ / 筋小胞体 / 能動輸送 / 三次元構造 / 電子顕微鏡 (他8件)

【概要】本研究では能動輸送の構造的基盤を解明するために、P型イオンポンプを代表する筋小胞体カルシウムATPaseを対象として、電子線・X線構造解析を行った。この膜蛋白質は本研究を開始した時点で、電子線で解析可能な2つの形態の結晶を作ることが知られていた。すなわち、カルシウムイオン非存在下小胞体膜そのものが変形してつくるチューブ状結晶と高濃度カルシウムイオン存在下で再構成膜がつくる三次元微結晶である。チュー...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】遺伝情報再編 / 生体高分子構造・機能 / 遺伝子及び染色体 / タンパク質と酵素 / 核酸 (他8件)

【概要】ゲノムDNAは細胞内において常に損傷を受けている。中でも二重鎖切断損傷は、染色体異常の直接的な原因となる。二重鎖切断は、相同組換えを経由したDNA修復経路によって速やかに修復されるが、そのメカニズムについては生化学的にも構造生物学的にも解析が進んでおらず、その分子機構の理解は不十分である。相同組換え反応の要の反応は相同的対合反応である。相同的対合反応の分子機構を明らかにするために、減数分裂期での相...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】遺伝情報再編 / 生体高分子構造・機能 / 遺伝子及び染色体 / タンパク質と酵素 / 核酸 (他8件)

【概要】ゲノムDNAは細胞内において常に損傷を受けている。中でも二重鎖切断損傷は、染色体異常の直接的な原因となる。二重鎖切断は、相同組換えを経由したDNA修復経路によって速やかに修復されるが、そのメカニズムについては生化学的にも構造生物学的にも解析が進んでおらず、その分子機構の理解は不十分である。相同組換え反応の要の反応は相同的対合反応である。相同的対合反応の分子機構を明らかにするために、減数分裂期での相...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】一般研究(A)

【研究期間】1989 - 1992

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (50032024)

【キーワード】キメラ酵素 / 立体構造 / 結晶解析 / 耐熱性酵素 / 脱水素酵素 (他11件)

【概要】本研究は酵素の熱安定性を構造化学的に研究し、蛋白質工学等の手法により有用な分子を作り工業的に利用するための基本的原理を明らかにすることを目的とした。このため、3-イソプロピルリンゴ酸脱水素酵素を対象として選び、高度好熱菌由来の分子及び種々の割合で常温菌由来の分子と融合したキメラ酵素とこれらの変異体の立体構造を高分解能で精密に決定した。いづれもデータは1.9A分解能まで測定し精密化は2.1A分解能で...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】一般研究(A)

【研究期間】1989 - 1992

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (50032024)

【キーワード】キメラ酵素 / 立体構造 / 結晶解析 / 耐熱性酵素 / 脱水素酵素 (他11件)

【概要】本研究は酵素の熱安定性を構造化学的に研究し、蛋白質工学等の手法により有用な分子を作り工業的に利用するための基本的原理を明らかにすることを目的とした。このため、3-イソプロピルリンゴ酸脱水素酵素を対象として選び、高度好熱菌由来の分子及び種々の割合で常温菌由来の分子と融合したキメラ酵素とこれらの変異体の立体構造を高分解能で精密に決定した。いづれもデータは1.9A分解能まで測定し精密化は2.1A分解能で...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】

【研究種目】挑戦的研究(開拓)

【研究期間】2020-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 定量生命科学研究所, 特任教授 (70172210)

【キーワード】脂質二重膜 / X線結晶解析 / 膜蛋白質 / 結晶 / 結晶解析 (他7件)

【概要】膜蛋白質の真の構造生物学を目指し、「脂質二重膜からプロトンまで」の全てを可視化する技術の開発に取り組んでいる。第一の目標は膜蛋白質結晶中の脂質二重膜の可視化であり、具体的課題は分解能10Åよりも低角の反射点の位相決定である。溶媒コントラスト変調法の拡張と多重同型置換法、その両者の組み合わせの適用を考え、技術開発とデータ収集を行った。さらに、中性子回折への発展を考え、膜蛋白質の大型結晶の作製技術の開...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 電子線結晶解析 (他7件)

【概要】本研究の目標は筋小胞体カルシウムATPaseの三次元構造をまずは、既に薄いながらもX線レベルの三次元結晶が得られていたカルシウム結合状態(ElCa^<2+>)の結晶を用いて、原子分解能で決定し、さらに他の生理的状態に関しても結晶化を進めることであった。本研究は我々の期待を上回る速度で進行し、3つの状態について原子モデルを構築でき、さらに他の2つのカルシウム結合状態(E1ATPとE1Pの...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 大量発現 (他8件)

【概要】本研究の目的はP型イオンポンプによる能動輸送のメカニズムを構造面から理解しようとするものであった。計画立案時には、結晶が小さく、電子顕微鏡による解析しか不可能であったが、X線結晶解析に適用しうる三次元結晶の作製に成功したため、将来の発展を考え、部位特異的変異体の構造解析のための準備に重点を置くことにした。そのため、アデノウイルスによる発現系を用いてカルシウムATPaseの大量生産に成功している、米...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1998 - 2000

【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)

【キーワード】異物排出蛋白 / 薬剤耐性 / 部位特異変異導入 / 排出 / 排出蛋白 (他14件)

【概要】(1)テトラサイクリン排出タンパク構造機能解析では、タンパク質を構成する全400アミノ酸残基すべてを一つずつCysに置換する完全Cys走査変異体セットを構築し、おのおのの残基の役割、所在場所(膜の内外表面または二重層内)などを正確に決定したマップを分子全体に渡って作成できた。その結果、テトラサイクリン排出蛋白は内側6本、外側6本のへリックスが環状に束ねられ、中央に水で満たされたチャネルがあること、...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】松沢 洋 青森大学, 工学部, 教授 (00011966)

【キーワード】糖転移酵素 / 遺伝子発現 / コドン使用頻度 / 耐熱性酵素 / 結晶構造解析 (他14件)

【概要】Thermococcus litoralisの4-α-グルカン転移酵素は、オリゴマルトースならびにアミロースを基質にして、糖転移反応によりα-1,4-結合をもつ直鎖糖ならびに環状糖(サイクロアミロース)を生成する。本研究により以下のことが明らかになった。 1.本酵素遺伝子の大腸菌発現系では、可溶性酵素の生産量は低く、大量の封入体が蓄積する。本酵素遺伝子は大腸菌のアルギニンRare codonである...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】松沢 洋 青森大学, 工学部, 教授 (00011966)

【キーワード】糖転移酵素 / 遺伝子発現 / コドン使用頻度 / 耐熱性酵素 / 結晶構造解析 (他14件)

【概要】Thermococcus litoralisの4-α-グルカン転移酵素は、オリゴマルトースならびにアミロースを基質にして、糖転移反応によりα-1,4-結合をもつ直鎖糖ならびに環状糖(サイクロアミロース)を生成する。本研究により以下のことが明らかになった。 1.本酵素遺伝子の大腸菌発現系では、可溶性酵素の生産量は低く、大量の封入体が蓄積する。本酵素遺伝子は大腸菌のアルギニンRare codonである...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】松沢 洋 青森大学, 工学部, 教授 (00011966)

【キーワード】糖転移酵素 / 遺伝子発現 / コドン使用頻度 / 耐熱性酵素 / 結晶構造解析 (他14件)

【概要】Thermococcus litoralisの4-α-グルカン転移酵素は、オリゴマルトースならびにアミロースを基質にして、糖転移反応によりα-1,4-結合をもつ直鎖糖ならびに環状糖(サイクロアミロース)を生成する。本研究により以下のことが明らかになった。 1.本酵素遺伝子の大腸菌発現系では、可溶性酵素の生産量は低く、大量の封入体が蓄積する。本酵素遺伝子は大腸菌のアルギニンRare codonである...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 助教授 (80300870)

【キーワード】相同組換え / 二重鎖切断修復 / 遺伝的組換え / Rad51 / Dmc1 (他16件)

【概要】相同組換えは、DNAの二重鎖切断損傷の修復や減数分裂期での遺伝的組換えにおいて重要な役割を果たしている。相同組換えの要の反応である相同的対合は、バクテリアRecAおよび2種類の真核生物型RecAホモログであるRad51とDmc1によって触媒されることが知られている。これらの相同的対合タンパク質(RecA、Rad51、およびDmc1)は、WalkerタイプのATPaseモチーフを持ち、単量体としては...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 電子線結晶解析 (他7件)

【概要】本研究の目標は筋小胞体カルシウムATPaseの三次元構造をまずは、既に薄いながらもX線レベルの三次元結晶が得られていたカルシウム結合状態(ElCa^<2+>)の結晶を用いて、原子分解能で決定し、さらに他の生理的状態に関しても結晶化を進めることであった。本研究は我々の期待を上回る速度で進行し、3つの状態について原子モデルを構築でき、さらに他の2つのカルシウム結合状態(E1ATPとE1Pの...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 大量発現 (他8件)

【概要】本研究の目的はP型イオンポンプによる能動輸送のメカニズムを構造面から理解しようとするものであった。計画立案時には、結晶が小さく、電子顕微鏡による解析しか不可能であったが、X線結晶解析に適用しうる三次元結晶の作製に成功したため、将来の発展を考え、部位特異的変異体の構造解析のための準備に重点を置くことにした。そのため、アデノウイルスによる発現系を用いてカルシウムATPaseの大量生産に成功している、米...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】松沢 洋 青森大学, 工学部, 教授 (00011966)

【キーワード】糖転移酵素 / 遺伝子発現 / コドン使用頻度 / 耐熱性酵素 / 結晶構造解析 (他14件)

【概要】Thermococcus litoralisの4-α-グルカン転移酵素は、オリゴマルトースならびにアミロースを基質にして、糖転移反応によりα-1,4-結合をもつ直鎖糖ならびに環状糖(サイクロアミロース)を生成する。本研究により以下のことが明らかになった。 1.本酵素遺伝子の大腸菌発現系では、可溶性酵素の生産量は低く、大量の封入体が蓄積する。本酵素遺伝子は大腸菌のアルギニンRare codonである...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】松沢 洋 青森大学, 工学部, 教授 (00011966)

【キーワード】糖転移酵素 / 遺伝子発現 / コドン使用頻度 / 耐熱性酵素 / 結晶構造解析 (他14件)

【概要】Thermococcus litoralisの4-α-グルカン転移酵素は、オリゴマルトースならびにアミロースを基質にして、糖転移反応によりα-1,4-結合をもつ直鎖糖ならびに環状糖(サイクロアミロース)を生成する。本研究により以下のことが明らかになった。 1.本酵素遺伝子の大腸菌発現系では、可溶性酵素の生産量は低く、大量の封入体が蓄積する。本酵素遺伝子は大腸菌のアルギニンRare codonである...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】松沢 洋 青森大学, 工学部, 教授 (00011966)

【キーワード】糖転移酵素 / 遺伝子発現 / コドン使用頻度 / 耐熱性酵素 / 結晶構造解析 (他14件)

【概要】Thermococcus litoralisの4-α-グルカン転移酵素は、オリゴマルトースならびにアミロースを基質にして、糖転移反応によりα-1,4-結合をもつ直鎖糖ならびに環状糖(サイクロアミロース)を生成する。本研究により以下のことが明らかになった。 1.本酵素遺伝子の大腸菌発現系では、可溶性酵素の生産量は低く、大量の封入体が蓄積する。本酵素遺伝子は大腸菌のアルギニンRare codonである...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】松沢 洋 青森大学, 工学部, 教授 (00011966)

【キーワード】糖転移酵素 / 遺伝子発現 / コドン使用頻度 / 耐熱性酵素 / 結晶構造解析 (他14件)

【概要】Thermococcus litoralisの4-α-グルカン転移酵素は、オリゴマルトースならびにアミロースを基質にして、糖転移反応によりα-1,4-結合をもつ直鎖糖ならびに環状糖(サイクロアミロース)を生成する。本研究により以下のことが明らかになった。 1.本酵素遺伝子の大腸菌発現系では、可溶性酵素の生産量は低く、大量の封入体が蓄積する。本酵素遺伝子は大腸菌のアルギニンRare codonである...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】松沢 洋 青森大学, 工学部, 教授 (00011966)

【キーワード】糖転移酵素 / 遺伝子発現 / コドン使用頻度 / 耐熱性酵素 / 結晶構造解析 (他14件)

【概要】Thermococcus litoralisの4-α-グルカン転移酵素は、オリゴマルトースならびにアミロースを基質にして、糖転移反応によりα-1,4-結合をもつ直鎖糖ならびに環状糖(サイクロアミロース)を生成する。本研究により以下のことが明らかになった。 1.本酵素遺伝子の大腸菌発現系では、可溶性酵素の生産量は低く、大量の封入体が蓄積する。本酵素遺伝子は大腸菌のアルギニンRare codonである...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】一般研究(A)

【研究期間】1989 - 1992

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (50032024)

【キーワード】キメラ酵素 / 立体構造 / 結晶解析 / 耐熱性酵素 / 脱水素酵素 (他11件)

【概要】本研究は酵素の熱安定性を構造化学的に研究し、蛋白質工学等の手法により有用な分子を作り工業的に利用するための基本的原理を明らかにすることを目的とした。このため、3-イソプロピルリンゴ酸脱水素酵素を対象として選び、高度好熱菌由来の分子及び種々の割合で常温菌由来の分子と融合したキメラ酵素とこれらの変異体の立体構造を高分解能で精密に決定した。いづれもデータは1.9A分解能まで測定し精密化は2.1A分解能で...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】松沢 洋 青森大学, 工学部, 教授 (00011966)

【キーワード】糖転移酵素 / 遺伝子発現 / コドン使用頻度 / 耐熱性酵素 / 結晶構造解析 (他14件)

【概要】Thermococcus litoralisの4-α-グルカン転移酵素は、オリゴマルトースならびにアミロースを基質にして、糖転移反応によりα-1,4-結合をもつ直鎖糖ならびに環状糖(サイクロアミロース)を生成する。本研究により以下のことが明らかになった。 1.本酵素遺伝子の大腸菌発現系では、可溶性酵素の生産量は低く、大量の封入体が蓄積する。本酵素遺伝子は大腸菌のアルギニンRare codonである...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】松沢 洋 青森大学, 工学部, 教授 (00011966)

【キーワード】糖転移酵素 / 遺伝子発現 / コドン使用頻度 / 耐熱性酵素 / 結晶構造解析 (他14件)

【概要】Thermococcus litoralisの4-α-グルカン転移酵素は、オリゴマルトースならびにアミロースを基質にして、糖転移反応によりα-1,4-結合をもつ直鎖糖ならびに環状糖(サイクロアミロース)を生成する。本研究により以下のことが明らかになった。 1.本酵素遺伝子の大腸菌発現系では、可溶性酵素の生産量は低く、大量の封入体が蓄積する。本酵素遺伝子は大腸菌のアルギニンRare codonである...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1997 - 1998

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】イオンポンプ / 筋小胞体 / 能動輸送 / 三次元構造 / 電子顕微鏡 (他8件)

【概要】本研究では能動輸送の構造的基盤を解明するために、P型イオンポンプを代表する筋小胞体カルシウムATPaseを対象として、電子線・X線構造解析を行った。この膜蛋白質は本研究を開始した時点で、電子線で解析可能な2つの形態の結晶を作ることが知られていた。すなわち、カルシウムイオン非存在下小胞体膜そのものが変形してつくるチューブ状結晶と高濃度カルシウムイオン存在下で再構成膜がつくる三次元微結晶である。チュー...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】佐藤 能雅 東京大学, 薬学部, 教授 (30150014)

【キーワード】蛋白質 / X線結晶解析 / 蛋蛋白質 / 糖蛋白質 / 抗体 (他15件)

【概要】蛋白質の機能の解明と応用の研究を進展させるため、蛋白質の三次元構造の研究の分担を通じ、X線結晶解析の方法の新展開と、蛋白質の機能構造の迅速な研究体制の構築を本研究の目的とした。 平成6〜7年度の計画として、1 アミノ酸改変蛋白質、2 各種プロテアーゼとその阻害剤との複合体、3 アミラーゼ等とその阻害蛋白質、4 核酸および核酸を認識する蛋白質、5 抗原を認識する抗体と抗原複合体 6 膜蛋白質、結晶化...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】一般研究(A)

【研究期間】1989 - 1992

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (50032024)

【キーワード】キメラ酵素 / 立体構造 / 結晶解析 / 耐熱性酵素 / 脱水素酵素 (他11件)

【概要】本研究は酵素の熱安定性を構造化学的に研究し、蛋白質工学等の手法により有用な分子を作り工業的に利用するための基本的原理を明らかにすることを目的とした。このため、3-イソプロピルリンゴ酸脱水素酵素を対象として選び、高度好熱菌由来の分子及び種々の割合で常温菌由来の分子と融合したキメラ酵素とこれらの変異体の立体構造を高分解能で精密に決定した。いづれもデータは1.9A分解能まで測定し精密化は2.1A分解能で...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1998 - 2000

【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)

【キーワード】異物排出蛋白 / 薬剤耐性 / 部位特異変異導入 / 排出 / 排出蛋白 (他14件)

【概要】(1)テトラサイクリン排出タンパク構造機能解析では、タンパク質を構成する全400アミノ酸残基すべてを一つずつCysに置換する完全Cys走査変異体セットを構築し、おのおのの残基の役割、所在場所(膜の内外表面または二重層内)などを正確に決定したマップを分子全体に渡って作成できた。その結果、テトラサイクリン排出蛋白は内側6本、外側6本のへリックスが環状に束ねられ、中央に水で満たされたチャネルがあること、...

【研究テーマ】有機化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1995

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 理学部, 助手 (60242260)

【キーワード】結晶相反応 / 固相反応 / X線結晶解析 / 迅速測定 / 四員環開裂反応 (他8件)

【概要】本研究は、近年注目されている結晶相反応の動的過程について、特に反応部位周りの環境つまり反応場の形状が反応におよぼす影響を調べる事を目的とした。結晶相反応には反応速度が速かったり、反応の進行にしたがって結晶状態が悪くなるものもあるため、通常の4軸型のX線回折計では反応過程の分子構造を観測することが困難である。そこで、本研究では低分子結晶用に開発された、イメージングプレート・ワイセンベルグカメラを使い...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】一般研究(A)

【研究期間】1989 - 1992

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (50032024)

【キーワード】キメラ酵素 / 立体構造 / 結晶解析 / 耐熱性酵素 / 脱水素酵素 (他11件)

【概要】本研究は酵素の熱安定性を構造化学的に研究し、蛋白質工学等の手法により有用な分子を作り工業的に利用するための基本的原理を明らかにすることを目的とした。このため、3-イソプロピルリンゴ酸脱水素酵素を対象として選び、高度好熱菌由来の分子及び種々の割合で常温菌由来の分子と融合したキメラ酵素とこれらの変異体の立体構造を高分解能で精密に決定した。いづれもデータは1.9A分解能まで測定し精密化は2.1A分解能で...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 助教授 (30273858)

【キーワード】CBL2 / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / CIPK (他10件)

【概要】植物においては光、塩など様々なストレス因子がシグナルとなり細胞内のカルシウム濃度が上昇する。カルシウムセンサー蛋白質は細胞内のカルシウム濃度の上昇に伴い活性化されシグナルを下流へと伝える。最近CBLという新規な蛋白質が同定され、引き続きCBLの標的蛋白質としてCIPKが同定された。CBL/CIPK経路は塩ストレスなどで深く関与していることが示されており、生理学的な重要性も次々と解明されてきている。...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1998 - 2000

【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)

【キーワード】異物排出蛋白 / 薬剤耐性 / 部位特異変異導入 / 排出 / 排出蛋白 (他14件)

【概要】(1)テトラサイクリン排出タンパク構造機能解析では、タンパク質を構成する全400アミノ酸残基すべてを一つずつCysに置換する完全Cys走査変異体セットを構築し、おのおのの残基の役割、所在場所(膜の内外表面または二重層内)などを正確に決定したマップを分子全体に渡って作成できた。その結果、テトラサイクリン排出蛋白は内側6本、外側6本のへリックスが環状に束ねられ、中央に水で満たされたチャネルがあること、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 電子線結晶解析 (他7件)

【概要】本研究の目標は筋小胞体カルシウムATPaseの三次元構造をまずは、既に薄いながらもX線レベルの三次元結晶が得られていたカルシウム結合状態(ElCa^<2+>)の結晶を用いて、原子分解能で決定し、さらに他の生理的状態に関しても結晶化を進めることであった。本研究は我々の期待を上回る速度で進行し、3つの状態について原子モデルを構築でき、さらに他の2つのカルシウム結合状態(E1ATPとE1Pの...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 大量発現 (他8件)

【概要】本研究の目的はP型イオンポンプによる能動輸送のメカニズムを構造面から理解しようとするものであった。計画立案時には、結晶が小さく、電子顕微鏡による解析しか不可能であったが、X線結晶解析に適用しうる三次元結晶の作製に成功したため、将来の発展を考え、部位特異的変異体の構造解析のための準備に重点を置くことにした。そのため、アデノウイルスによる発現系を用いてカルシウムATPaseの大量生産に成功している、米...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1997 - 1998

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】イオンポンプ / 筋小胞体 / 能動輸送 / 三次元構造 / 電子顕微鏡 (他8件)

【概要】本研究では能動輸送の構造的基盤を解明するために、P型イオンポンプを代表する筋小胞体カルシウムATPaseを対象として、電子線・X線構造解析を行った。この膜蛋白質は本研究を開始した時点で、電子線で解析可能な2つの形態の結晶を作ることが知られていた。すなわち、カルシウムイオン非存在下小胞体膜そのものが変形してつくるチューブ状結晶と高濃度カルシウムイオン存在下で再構成膜がつくる三次元微結晶である。チュー...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1998 - 2000

【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)

【キーワード】異物排出蛋白 / 薬剤耐性 / 部位特異変異導入 / 排出 / 排出蛋白 (他14件)

【概要】(1)テトラサイクリン排出タンパク構造機能解析では、タンパク質を構成する全400アミノ酸残基すべてを一つずつCysに置換する完全Cys走査変異体セットを構築し、おのおのの残基の役割、所在場所(膜の内外表面または二重層内)などを正確に決定したマップを分子全体に渡って作成できた。その結果、テトラサイクリン排出蛋白は内側6本、外側6本のへリックスが環状に束ねられ、中央に水で満たされたチャネルがあること、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 電子線結晶解析 (他7件)

【概要】本研究の目標は筋小胞体カルシウムATPaseの三次元構造をまずは、既に薄いながらもX線レベルの三次元結晶が得られていたカルシウム結合状態(ElCa^<2+>)の結晶を用いて、原子分解能で決定し、さらに他の生理的状態に関しても結晶化を進めることであった。本研究は我々の期待を上回る速度で進行し、3つの状態について原子モデルを構築でき、さらに他の2つのカルシウム結合状態(E1ATPとE1Pの...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 大量発現 (他8件)

【概要】本研究の目的はP型イオンポンプによる能動輸送のメカニズムを構造面から理解しようとするものであった。計画立案時には、結晶が小さく、電子顕微鏡による解析しか不可能であったが、X線結晶解析に適用しうる三次元結晶の作製に成功したため、将来の発展を考え、部位特異的変異体の構造解析のための準備に重点を置くことにした。そのため、アデノウイルスによる発現系を用いてカルシウムATPaseの大量生産に成功している、米...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1997 - 1998

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】イオンポンプ / 筋小胞体 / 能動輸送 / 三次元構造 / 電子顕微鏡 (他8件)

【概要】本研究では能動輸送の構造的基盤を解明するために、P型イオンポンプを代表する筋小胞体カルシウムATPaseを対象として、電子線・X線構造解析を行った。この膜蛋白質は本研究を開始した時点で、電子線で解析可能な2つの形態の結晶を作ることが知られていた。すなわち、カルシウムイオン非存在下小胞体膜そのものが変形してつくるチューブ状結晶と高濃度カルシウムイオン存在下で再構成膜がつくる三次元微結晶である。チュー...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / 構造生物学 / Toll様受容体 / クライオ電子顕微鏡 / 構造生物 (他8件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】

【研究種目】挑戦的研究(開拓)

【研究期間】2020-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 定量生命科学研究所, 特任教授 (70172210)

【キーワード】脂質二重膜 / X線結晶解析 / 膜蛋白質 / 結晶 / 結晶解析 (他7件)

【概要】膜蛋白質の真の構造生物学を目指し、「脂質二重膜からプロトンまで」の全てを可視化する技術の開発に取り組んでいる。第一の目標は膜蛋白質結晶中の脂質二重膜の可視化であり、具体的課題は分解能10Åよりも低角の反射点の位相決定である。溶媒コントラスト変調法の拡張と多重同型置換法、その両者の組み合わせの適用を考え、技術開発とデータ収集を行った。さらに、中性子回折への発展を考え、膜蛋白質の大型結晶の作製技術の開...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1998 - 1999

【研究代表者】松沢 洋 青森大学, 工学部, 教授 (00011966)

【キーワード】糖転移酵素 / 遺伝子発現 / コドン使用頻度 / 耐熱性酵素 / 結晶構造解析 (他14件)

【概要】Thermococcus litoralisの4-α-グルカン転移酵素は、オリゴマルトースならびにアミロースを基質にして、糖転移反応によりα-1,4-結合をもつ直鎖糖ならびに環状糖(サイクロアミロース)を生成する。本研究により以下のことが明らかになった。 1.本酵素遺伝子の大腸菌発現系では、可溶性酵素の生産量は低く、大量の封入体が蓄積する。本酵素遺伝子は大腸菌のアルギニンRare codonである...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / 構造生物学 / Toll様受容体 / クライオ電子顕微鏡 / 構造生物 (他8件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / X線結晶構造解析 / Nod様受容体 / Toll様受容体 / TLR (他9件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】富田 耕造 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

【キーワード】X線結晶構造解析 / タンパク質 / ＲＮＡ / 複合体 / 分子機構 (他21件)

【概要】本研究では、高次生命現象を支配する鋳型非依存的ＲＮＡ合成酵素のうち、let7 miRNAの発現を制御するTUT4/7によるポリU付加の分子機構をLin28と相互作用するTUT4/7の領域の構造解析、生化学的解析より明らかにした。また、U6 snRNAの成熟化に関わるTUT1によるポリU付加の分子機構をTUT1とU6 snRNAの複合体構造解析、生化学的解析より明らかにした。RNAのポリA鎖にA/G...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】村木 則文 分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 助教 (20723828)

【キーワード】X線結晶解析 / 光センサー / 光受容体 / 結晶構造解析 / ビタミンB12 (他9件)

【概要】本研究では、ビタミンB12を利用する新規な光受容体CarHとAerRにおける光応答の分子機構を解明するために、これらの構造機能解析を行なった。暗所において、アデノシルコバラミン (補酵素型ビタミンB12) が結合したCarHを調製、結晶化することで、光応答前のCarHの結晶構造解析に成功した。CarHはN末端側のDNA結合ドメインとC末端側のセンサードメインから構成されていた。センサードメインに結...

【研究テーマ】機能生物化学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】大戸 梅治 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 准教授 (90451856)

【キーワード】ダイオキシン / 環境ホルモン / 構造生物学 / Ｘ線結晶構造解析 / Ｘ線結晶解析

【概要】ダイオキシン受容体として知られる芳香族炭化水素受容体（AhR）の構造生物学的研究を進めた。核移行前複合体の調製を試みたが成功しなかった。AhR抑制複合体であるAhRR/ARNT複合体の結晶化を進め、その結晶構造を明らかにした。転写活性化複合体であるAhR/ARNT複合体の構造解析に向けて、種々の生物種由来のAhR/ARNT複合体の調製や、様々な変異体の発現と精製を試みた。 ...

【研究テーマ】触媒・化学プロセス

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】青山 安宏 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (00038093)

【キーワード】有機ゼオライト / エノール化 / 固体触媒 / 自己相補性 / メタン吸着 (他23件)

【概要】アントラセンのビスレゾルシンを基盤とする"有機ゼオライト"の多孔性、ゲスト捕捉、触媒作用に関する研究を遂行し、以下の成果を得た。 (1)ランタン含有有機ゼオライトが水中において、カルボニル基質のエノール化を経由する様々な反応の有効な触媒になることが明らかになった。但し、ケトンのCO_2による直接カルボニル化や糖の異性化の場合には生成物がキレート効果により強い金属配位能を有し、ターン...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】佐藤 能雅 東京大学, 薬学部, 教授 (30150014)

【キーワード】蛋白質 / X線結晶解析 / 蛋蛋白質 / 糖蛋白質 / 抗体 (他15件)

【概要】蛋白質の機能の解明と応用の研究を進展させるため、蛋白質の三次元構造の研究の分担を通じ、X線結晶解析の方法の新展開と、蛋白質の機能構造の迅速な研究体制の構築を本研究の目的とした。 平成6〜7年度の計画として、1 アミノ酸改変蛋白質、2 各種プロテアーゼとその阻害剤との複合体、3 アミラーゼ等とその阻害蛋白質、4 核酸および核酸を認識する蛋白質、5 抗原を認識する抗体と抗原複合体 6 膜蛋白質、結晶化...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)

【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)

【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)

【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)

【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 准教授 (30273858)

【キーワード】CHP / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / NHE1 (他7件)

【概要】細胞内pH環境や浸透圧の維持は細胞の正常な活動にとって非常に重要で、H^+, Na^+に関するイオン代謝を行うNa^+/H^+交換輸送体(NHE)が主にこの役割を担う。NHEは、N末端側に12回膜貫通領域からなる活性部位とC末端細胞質側に活性制御領域をもっ。高等動物のNHEはその一次構造や発現する組織の違いから、様々なアイソフォームが存在する。なかでも普遍的な発現パターンを示すNHE1は細胞内pH...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 助教授 (30273858)

【キーワード】CBL2 / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / CIPK (他10件)

【概要】植物においては光、塩など様々なストレス因子がシグナルとなり細胞内のカルシウム濃度が上昇する。カルシウムセンサー蛋白質は細胞内のカルシウム濃度の上昇に伴い活性化されシグナルを下流へと伝える。最近CBLという新規な蛋白質が同定され、引き続きCBLの標的蛋白質としてCIPKが同定された。CBL/CIPK経路は塩ストレスなどで深く関与していることが示されており、生理学的な重要性も次々と解明されてきている。...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 准教授 (30273858)

【キーワード】CHP / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / NHE1 (他7件)

【概要】細胞内pH環境や浸透圧の維持は細胞の正常な活動にとって非常に重要で、H^+, Na^+に関するイオン代謝を行うNa^+/H^+交換輸送体(NHE)が主にこの役割を担う。NHEは、N末端側に12回膜貫通領域からなる活性部位とC末端細胞質側に活性制御領域をもっ。高等動物のNHEはその一次構造や発現する組織の違いから、様々なアイソフォームが存在する。なかでも普遍的な発現パターンを示すNHE1は細胞内pH...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】清水 敏之 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 助教授 (30273858)

【キーワード】CBL2 / EF-hand / カルシウム / X線結晶解析 / CIPK (他10件)

【概要】植物においては光、塩など様々なストレス因子がシグナルとなり細胞内のカルシウム濃度が上昇する。カルシウムセンサー蛋白質は細胞内のカルシウム濃度の上昇に伴い活性化されシグナルを下流へと伝える。最近CBLという新規な蛋白質が同定され、引き続きCBLの標的蛋白質としてCIPKが同定された。CBL/CIPK経路は塩ストレスなどで深く関与していることが示されており、生理学的な重要性も次々と解明されてきている。...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)

【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)

【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / 構造生物学 / Toll様受容体 / クライオ電子顕微鏡 / 構造生物 (他8件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / X線結晶構造解析 / Nod様受容体 / Toll様受容体 / TLR (他9件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (30273858)

【キーワード】Toll様受容体 / 自然免疫 / X線結晶解析 / 一本鎖核酸 / １本鎖核酸 (他7件)

【概要】Toll様受容体(TLR)は細菌やウイルスなど病原体の分子パターンを認識するセンサーとして働く。TLR7/8は一本鎖RNA、TLR9はCpG配列を含む一本鎖DNAによって活性化されるが本研究はこれらのTLRに注目してその構造科学的な研究を行いリガンド認識機構や活性化機構を明らかにすることを目的とする。本研究により、TLR8は一本鎖RNAの分解産物であるウリジンおよび短鎖ssRNAによる協調的な効果...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2002 - 2003

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】ミトコンドリア / tRNA / 翻訳装置 / 最小必須構造 / リボソーム (他14件)

【概要】本研究の目標は、翻訳過程における未解決の根本問題を、動物ミトコンドリア(mt)翻訳システムの特殊性を活用して解明することである。それは良く研究されてきた大腸菌の翻訳系をベースにして、それに特殊な動物ミトコンドリアの翻訳装置を組み合わせて行う。 (1)tRNAの最小必須構造:現存する生物の中で最短のtRNAである、線虫mtのセリンtRNA(tRNA^<Ser>_<UCU>:5...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】渡辺 公綱 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502)

【キーワード】翻訳システム / ミトコンドリア / EF-Tu / tRNA / セリルtRNAシンテターゼ (他21件)

【概要】本研究の目標は、現存する生物のうちでもっとも単純と思われる、動物ミトコンドリアの特異な翻訳システムにおける個々の装置の機能特性と構造的な異常性に焦点を当て、それらの機能構造の詳細な解析と実行可能なものからその立体構造を解明し、機能発現に必要な構造を探ることをにより、ミトコンドリア翻訳システムの構築原理を解明することである。主たる研究成果は以下の通りである。(1)ウシ・ミトコンドリアのin vitr...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)

【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)

【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2003 - 2004

【研究代表者】植草 秀裕 東京工業大学, 大学院・理工学研究科, 助教授 (60242260)

【キーワード】液体化合物 / 結晶構造解析 / 分子間相互作用 / 水素結合 / 結晶融点 (他9件)

【概要】常温で液体である低分子量化合物は、工業材料として、また物性への興味から多数の研究が行われている。しかし、その分子構造はスペクトル的手段でしか調べられなかったため、物性を分子の三次元構造の面から議論することができなかった。 本研究では、これまで開発してきたin situ crystallization法と迅速X線回折測定法を組み合わせることにより、液体化合物を低温下で単結晶化し結晶構造解析により三次...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】佐藤 能雅 東京大学, 薬学部, 教授 (30150014)

【キーワード】蛋白質 / X線結晶解析 / 蛋蛋白質 / 糖蛋白質 / 抗体 (他15件)

【概要】蛋白質の機能の解明と応用の研究を進展させるため、蛋白質の三次元構造の研究の分担を通じ、X線結晶解析の方法の新展開と、蛋白質の機能構造の迅速な研究体制の構築を本研究の目的とした。 平成6〜7年度の計画として、1 アミノ酸改変蛋白質、2 各種プロテアーゼとその阻害剤との複合体、3 アミラーゼ等とその阻害蛋白質、4 核酸および核酸を認識する蛋白質、5 抗原を認識する抗体と抗原複合体 6 膜蛋白質、結晶化...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2001 - 2003

【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)

【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)

【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...

【研究テーマ】

【研究種目】挑戦的研究(開拓)

【研究期間】2020-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 定量生命科学研究所, 特任教授 (70172210)

【キーワード】脂質二重膜 / X線結晶解析 / 膜蛋白質 / 結晶 / 結晶解析 (他7件)

【概要】膜蛋白質の真の構造生物学を目指し、「脂質二重膜からプロトンまで」の全てを可視化する技術の開発に取り組んでいる。第一の目標は膜蛋白質結晶中の脂質二重膜の可視化であり、具体的課題は分解能10Åよりも低角の反射点の位相決定である。溶媒コントラスト変調法の拡張と多重同型置換法、その両者の組み合わせの適用を考え、技術開発とデータ収集を行った。さらに、中性子回折への発展を考え、膜蛋白質の大型結晶の作製技術の開...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】岡田 有意 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (20507181)

【キーワード】構造生物化学 / X線結晶構造解析 / ABC輸送体 / 膜蛋白質 / 薬剤耐性 (他9件)

【概要】本研究では、ATPを利用して基質を能動輸送するATP-binding cassette（ABC）輸送体のうち、外膜チャネルと膜融合蛋白質と複合体を形成して基質の輸送を行う三者複合体形成型輸送体MacBについて、その基質輸送機構を解明することを目的とした。2017年に我々は分解能3.4オングストロームでMacBの結晶構造を明らかにしたが、本研究では新たに別のMacBホモログで分解能2.0オングストロ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】豊島 近 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (70172210)

【キーワード】能動輸送 / 蛋白質結晶 / 膜蛋白質 / イオンポンプ / 電子線結晶解析 (他7件)

【概要】本研究の目標は筋小胞体カルシウムATPaseの三次元構造をまずは、既に薄いながらもX線レベルの三次元結晶が得られていたカルシウム結合状態(ElCa^<2+>)の結晶を用いて、原子分解能で決定し、さらに他の生理的状態に関しても結晶化を進めることであった。本研究は我々の期待を上回る速度で進行し、3つの状態について原子モデルを構築でき、さらに他の2つのカルシウム結合状態(E1ATPとE1Pの...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / 構造生物学 / Toll様受容体 / クライオ電子顕微鏡 / 構造生物 (他8件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (30273858)

【キーワード】自然免疫 / X線結晶構造解析 / Nod様受容体 / Toll様受容体 / TLR (他9件)

【概要】自然免疫は病原体の感染をいち早く察知し炎症反応を引き起こす一方、後に続く獲得免疫を誘導するという極めて重要な役割を果たす。本研究では自然免疫に関わるタンパク質に注目し、リガンド認識機構、活性制御機構を明らかにすることを目的とした。細胞質型の自然免疫センサーとしてADP結合型のNOD2の構造解析に成功し、詳細な構造を明らかにした。またLRRドメインにリガンド結合部位と思われる領域を同定した。また一本...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】清水 敏之 東京大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (30273858)

【キーワード】Toll様受容体 / 自然免疫 / X線結晶解析 / 一本鎖核酸 / １本鎖核酸 (他7件)

【概要】Toll様受容体(TLR)は細菌やウイルスなど病原体の分子パターンを認識するセンサーとして働く。TLR7/8は一本鎖RNA、TLR9はCpG配列を含む一本鎖DNAによって活性化されるが本研究はこれらのTLRに注目してその構造科学的な研究を行いリガンド認識機構や活性化機構を明らかにすることを目的とする。本研究により、TLR8は一本鎖RNAの分解産物であるウリジンおよび短鎖ssRNAによる協調的な効果...

【研究テーマ】結晶学

【研究種目】一般研究(A)

【研究期間】1989 - 1992

【研究代表者】田中 信夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (50032024)

【キーワード】キメラ酵素 / 立体構造 / 結晶解析 / 耐熱性酵素 / 脱水素酵素 (他11件)

【概要】本研究は酵素の熱安定性を構造化学的に研究し、蛋白質工学等の手法により有用な分子を作り工業的に利用するための基本的原理を明らかにすることを目的とした。このため、3-イソプロピルリンゴ酸脱水素酵素を対象として選び、高度好熱菌由来の分子及び種々の割合で常温菌由来の分子と融合したキメラ酵素とこれらの変異体の立体構造を高分解能で精密に決定した。いづれもデータは1.9A分解能まで測定し精密化は2.1A分解能で...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1998 - 2000

【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)

【キーワード】異物排出蛋白 / 薬剤耐性 / 部位特異変異導入 / 排出 / 排出蛋白 (他14件)

【概要】(1)テトラサイクリン排出タンパク構造機能解析では、タンパク質を構成する全400アミノ酸残基すべてを一つずつCysに置換する完全Cys走査変異体セットを構築し、おのおのの残基の役割、所在場所(膜の内外表面または二重層内)などを正確に決定したマップを分子全体に渡って作成できた。その結果、テトラサイクリン排出蛋白は内側6本、外側6本のへリックスが環状に束ねられ、中央に水で満たされたチャネルがあること、...

【研究テーマ】構造生物化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2005 - 2006