【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】笹井 理生 名古屋大学, 大学院工学研究科, 教授 (30178628)

【キーワード】粗視化シミュレーション / 機能ファネル / 主成分分析 / エネルギーランドスケープ / 分子モーター (他11件)

【概要】3年間の研究期間を通じて、以下のような研究の進展があった。 (1)フォールディング研究で開発されたシミュレーション法を拡張して適用した。この方法をアクトミオシンに適用し、ミオシンがアクチンフィラメント上を動く機構を分析し、レバーアーム的な運動を示すもの、偏ったブラウン運動に相当するすべり運動を示すものなどが混在していることが示された。 (2)Goモデル、および類似のモデルを用いて蛋白質のフォールデ...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1993 - 1995

【研究代表者】杉 晴夫 帝京大学, 医学部, 教授 (20082076)

【キーワード】筋収縮 / 筋フィラメント / アクトミオシン / Santan-clothing

【概要】平成5〜7年度にわたる本研究の主な研究成果は以下のように要約される。 1.Caged ATP光分解法によるアクチン・ミオシン間の単位滑り距離の測定:山田、杉らは単一グリセリン筋線維を、caged ATPのレーザー光分解により筋線維内のミオシン分子の数と等しいATP分子を放出させることにより活性化し、その結果起こる力学反応を解析した。この結果、単位滑り距離は等尺性条件下で約10nmであることが示され...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1993 - 1995

【研究代表者】杉 晴夫 帝京大学, 医学部, 教授 (20082076)

【キーワード】筋収縮 / 筋フィラメント / アクトミオシン / Santan-clothing

【概要】平成5〜7年度にわたる本研究の主な研究成果は以下のように要約される。 1.Caged ATP光分解法によるアクチン・ミオシン間の単位滑り距離の測定:山田、杉らは単一グリセリン筋線維を、caged ATPのレーザー光分解により筋線維内のミオシン分子の数と等しいATP分子を放出させることにより活性化し、その結果起こる力学反応を解析した。この結果、単位滑り距離は等尺性条件下で約10nmであることが示され...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2002 - 2004

【研究代表者】高野 光則 早稲田大学, 理工学術院, 講師 (40313168)

【キーワード】蛋白質 / 揺らぎ / 分子動力学シミュレーション / 粗視化モデル / 分子モーター (他13件)

【概要】これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2002 - 2004

【研究代表者】高野 光則 早稲田大学, 理工学術院, 講師 (40313168)

【キーワード】蛋白質 / 揺らぎ / 分子動力学シミュレーション / 粗視化モデル / 分子モーター (他13件)

【概要】これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2002 - 2004

【研究代表者】高野 光則 早稲田大学, 理工学術院, 講師 (40313168)

【キーワード】蛋白質 / 揺らぎ / 分子動力学シミュレーション / 粗視化モデル / 分子モーター (他13件)

【概要】これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】笹井 理生 名古屋大学, 大学院工学研究科, 教授 (30178628)

【キーワード】粗視化シミュレーション / 機能ファネル / 主成分分析 / エネルギーランドスケープ / 分子モーター (他11件)

【概要】3年間の研究期間を通じて、以下のような研究の進展があった。 (1)フォールディング研究で開発されたシミュレーション法を拡張して適用した。この方法をアクトミオシンに適用し、ミオシンがアクチンフィラメント上を動く機構を分析し、レバーアーム的な運動を示すもの、偏ったブラウン運動に相当するすべり運動を示すものなどが混在していることが示された。 (2)Goモデル、および類似のモデルを用いて蛋白質のフォールデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】笹井 理生 名古屋大学, 大学院工学研究科, 教授 (30178628)

【キーワード】粗視化シミュレーション / 機能ファネル / 主成分分析 / エネルギーランドスケープ / 分子モーター (他11件)

【概要】3年間の研究期間を通じて、以下のような研究の進展があった。 (1)フォールディング研究で開発されたシミュレーション法を拡張して適用した。この方法をアクトミオシンに適用し、ミオシンがアクチンフィラメント上を動く機構を分析し、レバーアーム的な運動を示すもの、偏ったブラウン運動に相当するすべり運動を示すものなどが混在していることが示された。 (2)Goモデル、および類似のモデルを用いて蛋白質のフォールデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2002 - 2004

【研究代表者】高野 光則 早稲田大学, 理工学術院, 講師 (40313168)

【キーワード】蛋白質 / 揺らぎ / 分子動力学シミュレーション / 粗視化モデル / 分子モーター (他13件)

【概要】これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】笹井 理生 名古屋大学, 大学院工学研究科, 教授 (30178628)

【キーワード】粗視化シミュレーション / 機能ファネル / 主成分分析 / エネルギーランドスケープ / 分子モーター (他11件)

【概要】3年間の研究期間を通じて、以下のような研究の進展があった。 (1)フォールディング研究で開発されたシミュレーション法を拡張して適用した。この方法をアクトミオシンに適用し、ミオシンがアクチンフィラメント上を動く機構を分析し、レバーアーム的な運動を示すもの、偏ったブラウン運動に相当するすべり運動を示すものなどが混在していることが示された。 (2)Goモデル、および類似のモデルを用いて蛋白質のフォールデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】笹井 理生 名古屋大学, 大学院工学研究科, 教授 (30178628)

【キーワード】粗視化シミュレーション / 機能ファネル / 主成分分析 / エネルギーランドスケープ / 分子モーター (他11件)

【概要】3年間の研究期間を通じて、以下のような研究の進展があった。 (1)フォールディング研究で開発されたシミュレーション法を拡張して適用した。この方法をアクトミオシンに適用し、ミオシンがアクチンフィラメント上を動く機構を分析し、レバーアーム的な運動を示すもの、偏ったブラウン運動に相当するすべり運動を示すものなどが混在していることが示された。 (2)Goモデル、および類似のモデルを用いて蛋白質のフォールデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】笹井 理生 名古屋大学, 大学院工学研究科, 教授 (30178628)

【キーワード】粗視化シミュレーション / 機能ファネル / 主成分分析 / エネルギーランドスケープ / 分子モーター (他11件)

【概要】3年間の研究期間を通じて、以下のような研究の進展があった。 (1)フォールディング研究で開発されたシミュレーション法を拡張して適用した。この方法をアクトミオシンに適用し、ミオシンがアクチンフィラメント上を動く機構を分析し、レバーアーム的な運動を示すもの、偏ったブラウン運動に相当するすべり運動を示すものなどが混在していることが示された。 (2)Goモデル、および類似のモデルを用いて蛋白質のフォールデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】笹井 理生 名古屋大学, 大学院工学研究科, 教授 (30178628)

【キーワード】粗視化シミュレーション / 機能ファネル / 主成分分析 / エネルギーランドスケープ / 分子モーター (他11件)

【概要】3年間の研究期間を通じて、以下のような研究の進展があった。 (1)フォールディング研究で開発されたシミュレーション法を拡張して適用した。この方法をアクトミオシンに適用し、ミオシンがアクチンフィラメント上を動く機構を分析し、レバーアーム的な運動を示すもの、偏ったブラウン運動に相当するすべり運動を示すものなどが混在していることが示された。 (2)Goモデル、および類似のモデルを用いて蛋白質のフォールデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2002 - 2004

【研究代表者】高野 光則 早稲田大学, 理工学術院, 講師 (40313168)

【キーワード】蛋白質 / 揺らぎ / 分子動力学シミュレーション / 粗視化モデル / 分子モーター (他13件)

【概要】これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2002 - 2004

【研究代表者】高野 光則 早稲田大学, 理工学術院, 講師 (40313168)

【キーワード】蛋白質 / 揺らぎ / 分子動力学シミュレーション / 粗視化モデル / 分子モーター (他13件)

【概要】これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2002 - 2004

【研究代表者】高野 光則 早稲田大学, 理工学術院, 講師 (40313168)

【キーワード】蛋白質 / 揺らぎ / 分子動力学シミュレーション / 粗視化モデル / 分子モーター (他13件)

【概要】これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】片山 栄作 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50111505)

【キーワード】滑り運動 / アクトミオシン / 急速凍結電子顕微鏡法 / 3次元再構成 / 構造差分検出法 (他16件)

【概要】アクチン滑り運動に伴うミオシン頭部の構造変化を捉えるために、急速凍結ディープエッチ・レプリカ電子顕微鏡像から対象の3次元構造を高精度で解析する手法の開発を続けてきた。再構成法の開発に並行して、蛋白質表面の凹凸を反映すると推定されるレプリカ像の表面パターンを対象蛋白質の原子モデルからのシミュレーション像と定量的に比較する構造差分検出法を開発し、機能中のアクト重メロミオシン-llの構造解析に応用した。...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】笹井 理生 名古屋大学, 大学院工学研究科, 教授 (30178628)

【キーワード】粗視化シミュレーション / 機能ファネル / 主成分分析 / エネルギーランドスケープ / 分子モーター (他11件)

【概要】3年間の研究期間を通じて、以下のような研究の進展があった。 (1)フォールディング研究で開発されたシミュレーション法を拡張して適用した。この方法をアクトミオシンに適用し、ミオシンがアクチンフィラメント上を動く機構を分析し、レバーアーム的な運動を示すもの、偏ったブラウン運動に相当するすべり運動を示すものなどが混在していることが示された。 (2)Goモデル、および類似のモデルを用いて蛋白質のフォールデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2002 - 2004

【研究代表者】高野 光則 早稲田大学, 理工学術院, 講師 (40313168)

【キーワード】蛋白質 / 揺らぎ / 分子動力学シミュレーション / 粗視化モデル / 分子モーター (他13件)

【概要】これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデ...

【研究テーマ】基礎獣医学・基礎畜産学

【研究種目】萌芽的研究

【研究期間】1999

【研究代表者】甲斐 知恵子 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10167330)

【キーワード】ウイルス / アクトミオシン / アクチン / 重合阻害 / ペクテノトキシンII (他7件)

【概要】本研究での目的はウイルスの感染・増殖機構において宿主細胞のアクトミオシン系が関与する機構を解明することである。本年度は以下の成果を得た。 (1)海洋由来天然生理活性物質の中から、アクチン重合阻害活性を持つ新規化合物、ペクテノトキシンIIの作用についての解析を行った。この化合物は、これまでに我々が発見したミカロライドBとは異なりアクチンに対する積極的な切断作用は示さなかった。ただし、ミカロライドBと...

【研究テーマ】基礎獣医学・基礎畜産学

【研究種目】萌芽的研究

【研究期間】1999

【研究代表者】甲斐 知恵子 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10167330)

【キーワード】ウイルス / アクトミオシン / アクチン / 重合阻害 / ペクテノトキシンII (他7件)

【概要】本研究での目的はウイルスの感染・増殖機構において宿主細胞のアクトミオシン系が関与する機構を解明することである。本年度は以下の成果を得た。 (1)海洋由来天然生理活性物質の中から、アクチン重合阻害活性を持つ新規化合物、ペクテノトキシンIIの作用についての解析を行った。この化合物は、これまでに我々が発見したミカロライドBとは異なりアクチンに対する積極的な切断作用は示さなかった。ただし、ミカロライドBと...

【研究テーマ】基礎獣医学・基礎畜産学

【研究種目】萌芽的研究

【研究期間】1999

【研究代表者】甲斐 知恵子 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10167330)

【キーワード】ウイルス / アクトミオシン / アクチン / 重合阻害 / ペクテノトキシンII (他7件)

【概要】本研究での目的はウイルスの感染・増殖機構において宿主細胞のアクトミオシン系が関与する機構を解明することである。本年度は以下の成果を得た。 (1)海洋由来天然生理活性物質の中から、アクチン重合阻害活性を持つ新規化合物、ペクテノトキシンIIの作用についての解析を行った。この化合物は、これまでに我々が発見したミカロライドBとは異なりアクチンに対する積極的な切断作用は示さなかった。ただし、ミカロライドBと...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】笹井 理生 名古屋大学, 大学院工学研究科, 教授 (30178628)

【キーワード】粗視化シミュレーション / 機能ファネル / 主成分分析 / エネルギーランドスケープ / 分子モーター (他11件)

【概要】3年間の研究期間を通じて、以下のような研究の進展があった。 (1)フォールディング研究で開発されたシミュレーション法を拡張して適用した。この方法をアクトミオシンに適用し、ミオシンがアクチンフィラメント上を動く機構を分析し、レバーアーム的な運動を示すもの、偏ったブラウン運動に相当するすべり運動を示すものなどが混在していることが示された。 (2)Goモデル、および類似のモデルを用いて蛋白質のフォールデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2002 - 2004

【研究代表者】高野 光則 早稲田大学, 理工学術院, 講師 (40313168)

【キーワード】蛋白質 / 揺らぎ / 分子動力学シミュレーション / 粗視化モデル / 分子モーター (他13件)

【概要】これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2002 - 2004

【研究代表者】高野 光則 早稲田大学, 理工学術院, 講師 (40313168)

【キーワード】蛋白質 / 揺らぎ / 分子動力学シミュレーション / 粗視化モデル / 分子モーター (他13件)

【概要】これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2002 - 2004

【研究代表者】高野 光則 早稲田大学, 理工学術院, 講師 (40313168)

【キーワード】蛋白質 / 揺らぎ / 分子動力学シミュレーション / 粗視化モデル / 分子モーター (他13件)

【概要】これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデ...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1993 - 1995

【研究代表者】杉 晴夫 帝京大学, 医学部, 教授 (20082076)

【キーワード】筋収縮 / 筋フィラメント / アクトミオシン / Santan-clothing

【概要】平成5〜7年度にわたる本研究の主な研究成果は以下のように要約される。 1.Caged ATP光分解法によるアクチン・ミオシン間の単位滑り距離の測定:山田、杉らは単一グリセリン筋線維を、caged ATPのレーザー光分解により筋線維内のミオシン分子の数と等しいATP分子を放出させることにより活性化し、その結果起こる力学反応を解析した。この結果、単位滑り距離は等尺性条件下で約10nmであることが示され...

【研究テーマ】基礎獣医学・基礎畜産学

【研究種目】萌芽的研究

【研究期間】1999

【研究代表者】甲斐 知恵子 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10167330)

【キーワード】ウイルス / アクトミオシン / アクチン / 重合阻害 / ペクテノトキシンII (他7件)

【概要】本研究での目的はウイルスの感染・増殖機構において宿主細胞のアクトミオシン系が関与する機構を解明することである。本年度は以下の成果を得た。 (1)海洋由来天然生理活性物質の中から、アクチン重合阻害活性を持つ新規化合物、ペクテノトキシンIIの作用についての解析を行った。この化合物は、これまでに我々が発見したミカロライドBとは異なりアクチンに対する積極的な切断作用は示さなかった。ただし、ミカロライドBと...

【研究テーマ】基礎獣医学・基礎畜産学

【研究種目】萌芽的研究

【研究期間】1999

【研究代表者】甲斐 知恵子 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10167330)

【キーワード】ウイルス / アクトミオシン / アクチン / 重合阻害 / ペクテノトキシンII (他7件)

【概要】本研究での目的はウイルスの感染・増殖機構において宿主細胞のアクトミオシン系が関与する機構を解明することである。本年度は以下の成果を得た。 (1)海洋由来天然生理活性物質の中から、アクチン重合阻害活性を持つ新規化合物、ペクテノトキシンIIの作用についての解析を行った。この化合物は、これまでに我々が発見したミカロライドBとは異なりアクチンに対する積極的な切断作用は示さなかった。ただし、ミカロライドBと...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】笹井 理生 名古屋大学, 大学院工学研究科, 教授 (30178628)

【キーワード】粗視化シミュレーション / 機能ファネル / 主成分分析 / エネルギーランドスケープ / 分子モーター (他11件)

【概要】3年間の研究期間を通じて、以下のような研究の進展があった。 (1)フォールディング研究で開発されたシミュレーション法を拡張して適用した。この方法をアクトミオシンに適用し、ミオシンがアクチンフィラメント上を動く機構を分析し、レバーアーム的な運動を示すもの、偏ったブラウン運動に相当するすべり運動を示すものなどが混在していることが示された。 (2)Goモデル、および類似のモデルを用いて蛋白質のフォールデ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2002 - 2004

【研究代表者】高野 光則 早稲田大学, 理工学術院, 講師 (40313168)

【キーワード】蛋白質 / 揺らぎ / 分子動力学シミュレーション / 粗視化モデル / 分子モーター (他13件)

【概要】これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデ...

【研究テーマ】基礎獣医学・基礎畜産学

【研究種目】萌芽的研究

【研究期間】1999

【研究代表者】甲斐 知恵子 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10167330)

【キーワード】ウイルス / アクトミオシン / アクチン / 重合阻害 / ペクテノトキシンII (他7件)

【概要】本研究での目的はウイルスの感染・増殖機構において宿主細胞のアクトミオシン系が関与する機構を解明することである。本年度は以下の成果を得た。 (1)海洋由来天然生理活性物質の中から、アクチン重合阻害活性を持つ新規化合物、ペクテノトキシンIIの作用についての解析を行った。この化合物は、これまでに我々が発見したミカロライドBとは異なりアクチンに対する積極的な切断作用は示さなかった。ただし、ミカロライドBと...