【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1999 - 2000

【研究代表者】伏信 進矢 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (00302589)

【キーワード】キシラナーゼ / 白麹菌 / X線結晶構造解析 / タンパク質工学 / 好酸性 (他6件)

【概要】キシラナーゼCの至適pHが大幅に上昇した変異体であるD37NのX線結晶構造解析を行った。その結果、Asn37の側鎖は野生型のAsp側鎖に比べて電子密度が不明瞭になっており、酸・塩基触媒であるGlu170との水素結合が弱くなっていることが示唆された。これは、これまで筆者らが示したキシラナーゼCの好酸性機構を支持するものである。 キシラナーゼCの基質結合クレフトの入り口に存在するGlu118の変異体と...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】有岡 学 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20242159)

【キーワード】シロアリ / 共生微生物 / 糸状菌 / セロビオヒドロラーゼ / キシラナーゼ (他11件)

【概要】オオシロアリ共生原生生物が持つセロビオヒドロラーゼの麹菌を用いた生産を試みた。A. aculeatus由来のbeta-グルコシダーゼ (BG) と共発現させたところ、共発現させない場合に比べ多く生産が認められた。材食性ゴキブリ由来BGであるPaBG1b、A. fumigatus由来グルクロン酸エステラーゼAfGE、およびシロアリ共生原生生物由来マンナナーゼの生産も行い、PaBG1bとAfGEがとも...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学部, 助教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / アルカリ酵素 / キシラナーゼ / 遺伝子クローニング / タンパク質工学 (他7件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株が生産するキシラナーゼの触媒機構やアルカリ性への適応機構を分子レベルで明らかにすることを目的として,遺伝子クローニングとタンパク質工学検討を行った. (1)キシラナーゼ遺伝子のクローニングと解析 41M-1株染色体よりキシラナーゼ遺伝子をクローニングし,塩基配列決定を行った.本遺伝子には27アミノ酸のリーダー配列と327アミノ酸の成熟型酵素がコードされていた....

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学部, 助教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / アルカリ酵素 / キシラナーゼ / 遺伝子クローニング / タンパク質工学 (他7件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株が生産するキシラナーゼの触媒機構やアルカリ性への適応機構を分子レベルで明らかにすることを目的として,遺伝子クローニングとタンパク質工学検討を行った. (1)キシラナーゼ遺伝子のクローニングと解析 41M-1株染色体よりキシラナーゼ遺伝子をクローニングし,塩基配列決定を行った.本遺伝子には27アミノ酸のリーダー配列と327アミノ酸の成熟型酵素がコードされていた....

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】萌芽的研究

【研究期間】1997 - 1998

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学部, 助教授 (50227899)

【キーワード】キシラナーゼ / 耐アルカリ性 / 分子進化工学 / 枯草菌 / 好アルカリ性細菌

【概要】β-1,4-キシランは陸上植物細胞壁中に多く含まれる多糖であり,単糖であるD-キシロースがβ-1,4一結合を介して鎖状に連なった構造をとる.キシランのβ-1,4一結合を加水分解する酵素がキシラナーゼである.本研究では,枯草菌が生産するキシラナーゼAの分子進化工学による耐(好)アルカリ性化を目的としている. キシラナーゼA遺伝子の好アルカリ性細菌における発現効率の向上を目的として,Bacillus ...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】萌芽的研究

【研究期間】1997 - 1998

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学部, 助教授 (50227899)

【キーワード】キシラナーゼ / 耐アルカリ性 / 分子進化工学 / 枯草菌 / 好アルカリ性細菌

【概要】β-1,4-キシランは陸上植物細胞壁中に多く含まれる多糖であり,単糖であるD-キシロースがβ-1,4一結合を介して鎖状に連なった構造をとる.キシランのβ-1,4一結合を加水分解する酵素がキシラナーゼである.本研究では,枯草菌が生産するキシラナーゼAの分子進化工学による耐(好)アルカリ性化を目的としている. キシラナーゼA遺伝子の好アルカリ性細菌における発現効率の向上を目的として,Bacillus ...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学部, 助教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / アルカリ酵素 / キシラナーゼ / 遺伝子クローニング / タンパク質工学 (他7件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株が生産するキシラナーゼの触媒機構やアルカリ性への適応機構を分子レベルで明らかにすることを目的として,遺伝子クローニングとタンパク質工学検討を行った. (1)キシラナーゼ遺伝子のクローニングと解析 41M-1株染色体よりキシラナーゼ遺伝子をクローニングし,塩基配列決定を行った.本遺伝子には27アミノ酸のリーダー配列と327アミノ酸の成熟型酵素がコードされていた....

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学部, 助教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / アルカリ酵素 / キシラナーゼ / 遺伝子クローニング / タンパク質工学 (他7件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株が生産するキシラナーゼの触媒機構やアルカリ性への適応機構を分子レベルで明らかにすることを目的として,遺伝子クローニングとタンパク質工学検討を行った. (1)キシラナーゼ遺伝子のクローニングと解析 41M-1株染色体よりキシラナーゼ遺伝子をクローニングし,塩基配列決定を行った.本遺伝子には27アミノ酸のリーダー配列と327アミノ酸の成熟型酵素がコードされていた....

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】萌芽的研究

【研究期間】1997 - 1998

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学部, 助教授 (50227899)

【キーワード】キシラナーゼ / 耐アルカリ性 / 分子進化工学 / 枯草菌 / 好アルカリ性細菌

【概要】β-1,4-キシランは陸上植物細胞壁中に多く含まれる多糖であり,単糖であるD-キシロースがβ-1,4一結合を介して鎖状に連なった構造をとる.キシランのβ-1,4一結合を加水分解する酵素がキシラナーゼである.本研究では,枯草菌が生産するキシラナーゼAの分子進化工学による耐(好)アルカリ性化を目的としている. キシラナーゼA遺伝子の好アルカリ性細菌における発現効率の向上を目的として,Bacillus ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】有岡 学 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20242159)

【キーワード】シロアリ / 共生微生物 / 糸状菌 / セロビオヒドロラーゼ / キシラナーゼ (他11件)

【概要】オオシロアリ共生原生生物が持つセロビオヒドロラーゼの麹菌を用いた生産を試みた。A. aculeatus由来のbeta-グルコシダーゼ (BG) と共発現させたところ、共発現させない場合に比べ多く生産が認められた。材食性ゴキブリ由来BGであるPaBG1b、A. fumigatus由来グルクロン酸エステラーゼAfGE、およびシロアリ共生原生生物由来マンナナーゼの生産も行い、PaBG1bとAfGEがとも...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】有岡 学 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20242159)

【キーワード】シロアリ / 共生微生物 / 糸状菌 / セロビオヒドロラーゼ / キシラナーゼ (他11件)

【概要】オオシロアリ共生原生生物が持つセロビオヒドロラーゼの麹菌を用いた生産を試みた。A. aculeatus由来のbeta-グルコシダーゼ (BG) と共発現させたところ、共発現させない場合に比べ多く生産が認められた。材食性ゴキブリ由来BGであるPaBG1b、A. fumigatus由来グルクロン酸エステラーゼAfGE、およびシロアリ共生原生生物由来マンナナーゼの生産も行い、PaBG1bとAfGEがとも...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1999 - 2000

【研究代表者】伏信 進矢 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (00302589)

【キーワード】キシラナーゼ / 白麹菌 / X線結晶構造解析 / タンパク質工学 / 好酸性 (他6件)

【概要】キシラナーゼCの至適pHが大幅に上昇した変異体であるD37NのX線結晶構造解析を行った。その結果、Asn37の側鎖は野生型のAsp側鎖に比べて電子密度が不明瞭になっており、酸・塩基触媒であるGlu170との水素結合が弱くなっていることが示唆された。これは、これまで筆者らが示したキシラナーゼCの好酸性機構を支持するものである。 キシラナーゼCの基質結合クレフトの入り口に存在するGlu118の変異体と...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】有岡 学 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20242159)

【キーワード】シロアリ / 共生微生物 / 糸状菌 / セロビオヒドロラーゼ / キシラナーゼ (他11件)

【概要】オオシロアリ共生原生生物が持つセロビオヒドロラーゼの麹菌を用いた生産を試みた。A. aculeatus由来のbeta-グルコシダーゼ (BG) と共発現させたところ、共発現させない場合に比べ多く生産が認められた。材食性ゴキブリ由来BGであるPaBG1b、A. fumigatus由来グルクロン酸エステラーゼAfGE、およびシロアリ共生原生生物由来マンナナーゼの生産も行い、PaBG1bとAfGEがとも...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1999 - 2000

【研究代表者】伏信 進矢 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (00302589)

【キーワード】キシラナーゼ / 白麹菌 / X線結晶構造解析 / タンパク質工学 / 好酸性 (他6件)

【概要】キシラナーゼCの至適pHが大幅に上昇した変異体であるD37NのX線結晶構造解析を行った。その結果、Asn37の側鎖は野生型のAsp側鎖に比べて電子密度が不明瞭になっており、酸・塩基触媒であるGlu170との水素結合が弱くなっていることが示唆された。これは、これまで筆者らが示したキシラナーゼCの好酸性機構を支持するものである。 キシラナーゼCの基質結合クレフトの入り口に存在するGlu118の変異体と...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】有岡 学 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20242159)

【キーワード】シロアリ / 共生微生物 / 糸状菌 / セロビオヒドロラーゼ / キシラナーゼ (他11件)

【概要】オオシロアリ共生原生生物が持つセロビオヒドロラーゼの麹菌を用いた生産を試みた。A. aculeatus由来のbeta-グルコシダーゼ (BG) と共発現させたところ、共発現させない場合に比べ多く生産が認められた。材食性ゴキブリ由来BGであるPaBG1b、A. fumigatus由来グルクロン酸エステラーゼAfGE、およびシロアリ共生原生生物由来マンナナーゼの生産も行い、PaBG1bとAfGEがとも...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1999 - 2000

【研究代表者】伏信 進矢 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (00302589)

【キーワード】キシラナーゼ / 白麹菌 / X線結晶構造解析 / タンパク質工学 / 好酸性 (他6件)

【概要】キシラナーゼCの至適pHが大幅に上昇した変異体であるD37NのX線結晶構造解析を行った。その結果、Asn37の側鎖は野生型のAsp側鎖に比べて電子密度が不明瞭になっており、酸・塩基触媒であるGlu170との水素結合が弱くなっていることが示唆された。これは、これまで筆者らが示したキシラナーゼCの好酸性機構を支持するものである。 キシラナーゼCの基質結合クレフトの入り口に存在するGlu118の変異体と...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1999 - 2000

【研究代表者】伏信 進矢 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (00302589)

【キーワード】キシラナーゼ / 白麹菌 / X線結晶構造解析 / タンパク質工学 / 好酸性 (他6件)

【概要】キシラナーゼCの至適pHが大幅に上昇した変異体であるD37NのX線結晶構造解析を行った。その結果、Asn37の側鎖は野生型のAsp側鎖に比べて電子密度が不明瞭になっており、酸・塩基触媒であるGlu170との水素結合が弱くなっていることが示唆された。これは、これまで筆者らが示したキシラナーゼCの好酸性機構を支持するものである。 キシラナーゼCの基質結合クレフトの入り口に存在するGlu118の変異体と...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】萌芽的研究

【研究期間】1997 - 1998

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学部, 助教授 (50227899)

【キーワード】キシラナーゼ / 耐アルカリ性 / 分子進化工学 / 枯草菌 / 好アルカリ性細菌

【概要】β-1,4-キシランは陸上植物細胞壁中に多く含まれる多糖であり,単糖であるD-キシロースがβ-1,4一結合を介して鎖状に連なった構造をとる.キシランのβ-1,4一結合を加水分解する酵素がキシラナーゼである.本研究では,枯草菌が生産するキシラナーゼAの分子進化工学による耐(好)アルカリ性化を目的としている. キシラナーゼA遺伝子の好アルカリ性細菌における発現効率の向上を目的として,Bacillus ...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】有岡 学 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20242159)

【キーワード】シロアリ / 共生微生物 / 糸状菌 / セロビオヒドロラーゼ / キシラナーゼ (他11件)

【概要】オオシロアリ共生原生生物が持つセロビオヒドロラーゼの麹菌を用いた生産を試みた。A. aculeatus由来のbeta-グルコシダーゼ (BG) と共発現させたところ、共発現させない場合に比べ多く生産が認められた。材食性ゴキブリ由来BGであるPaBG1b、A. fumigatus由来グルクロン酸エステラーゼAfGE、およびシロアリ共生原生生物由来マンナナーゼの生産も行い、PaBG1bとAfGEがとも...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】有岡 学 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20242159)

【キーワード】シロアリ / 共生微生物 / 糸状菌 / セロビオヒドロラーゼ / キシラナーゼ (他11件)

【概要】オオシロアリ共生原生生物が持つセロビオヒドロラーゼの麹菌を用いた生産を試みた。A. aculeatus由来のbeta-グルコシダーゼ (BG) と共発現させたところ、共発現させない場合に比べ多く生産が認められた。材食性ゴキブリ由来BGであるPaBG1b、A. fumigatus由来グルクロン酸エステラーゼAfGE、およびシロアリ共生原生生物由来マンナナーゼの生産も行い、PaBG1bとAfGEがとも...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】有岡 学 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20242159)

【キーワード】シロアリ / 共生微生物 / 糸状菌 / セロビオヒドロラーゼ / キシラナーゼ (他11件)

【概要】オオシロアリ共生原生生物が持つセロビオヒドロラーゼの麹菌を用いた生産を試みた。A. aculeatus由来のbeta-グルコシダーゼ (BG) と共発現させたところ、共発現させない場合に比べ多く生産が認められた。材食性ゴキブリ由来BGであるPaBG1b、A. fumigatus由来グルクロン酸エステラーゼAfGE、およびシロアリ共生原生生物由来マンナナーゼの生産も行い、PaBG1bとAfGEがとも...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】有岡 学 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20242159)

【キーワード】シロアリ / 共生微生物 / 糸状菌 / セロビオヒドロラーゼ / キシラナーゼ (他11件)

【概要】オオシロアリ共生原生生物が持つセロビオヒドロラーゼの麹菌を用いた生産を試みた。A. aculeatus由来のbeta-グルコシダーゼ (BG) と共発現させたところ、共発現させない場合に比べ多く生産が認められた。材食性ゴキブリ由来BGであるPaBG1b、A. fumigatus由来グルクロン酸エステラーゼAfGE、およびシロアリ共生原生生物由来マンナナーゼの生産も行い、PaBG1bとAfGEがとも...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】生体関連化学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / 極限酵素 / 分子表面電荷 / タンパク質工学 / 進化分子工学 (他14件)

【概要】GHファミリー11アルカリキシラナーゼXynJの分子表面への塩基性アミノ酸の導入により，耐アルカリ性，耐熱性および耐塩性が向上した。また，GHファミリー18耐塩キチナーゼChiN1の分子表面への酸性アミノ酸の導入により，耐塩性ないし有機溶媒耐性が向上した。一方，GHファミリー10超耐熱性キシラナーゼXynTBについては，進化分子工学による耐アルカリ性および比活性の向上に成功した。 ...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】有岡 学 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20242159)

【キーワード】シロアリ / 共生微生物 / 糸状菌 / セロビオヒドロラーゼ / キシラナーゼ (他11件)

【概要】オオシロアリ共生原生生物が持つセロビオヒドロラーゼの麹菌を用いた生産を試みた。A. aculeatus由来のbeta-グルコシダーゼ (BG) と共発現させたところ、共発現させない場合に比べ多く生産が認められた。材食性ゴキブリ由来BGであるPaBG1b、A. fumigatus由来グルクロン酸エステラーゼAfGE、およびシロアリ共生原生生物由来マンナナーゼの生産も行い、PaBG1bとAfGEがとも...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1995 - 1996

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 生命理工学部, 助教授 (50227899)

【キーワード】極限環境微生物 / アルカリ酵素 / キシラナーゼ / 遺伝子クローニング / タンパク質工学 (他7件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株が生産するキシラナーゼの触媒機構やアルカリ性への適応機構を分子レベルで明らかにすることを目的として,遺伝子クローニングとタンパク質工学検討を行った. (1)キシラナーゼ遺伝子のクローニングと解析 41M-1株染色体よりキシラナーゼ遺伝子をクローニングし,塩基配列決定を行った.本遺伝子には27アミノ酸のリーダー配列と327アミノ酸の成熟型酵素がコードされていた....

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2000 - 2002

【研究代表者】中村 聡 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (50227899)

【キーワード】生物・生体工学 / バイオテクノロジー / タンパク質 / 多糖分解酵素 / 極限微生物 (他14件)

【概要】好アルカリ性バシラス属細菌41M-1株に由来するキシラナーゼ(多糖キシランの加水分解酵素)に注目し,その好アルカリ性機構および基質認識・識別機構の分子レベルでの解明と,反応至適pHならびに基質特異性の変換を目的として,以下の研究を実施した。 (1)触媒ドメインに存在する基質の認識・識別に関与するアミノ酸残基の特定 41M-1株キシラナーゼの触媒残基近傍にアミノ酸置換を導入した各種変異型酵素を調製し...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...