発がんゲノムにおける非コードＲＮＡの網羅的機能解析
【研究分野】システムゲノム科学
【研究キーワード】
発がん / 非コードRNA / 遺伝子発現解析 / 次世代シークエンサー / 腫瘍 / マウス
【研究成果の概要】
機能性RNAをプロセシングパターンで分類する手法を，マッピング形状を解析するソフトウェアSHARAKUにグラフ理論的な手法を組合せることで開発した．本手法をマウス発がん実験で採取した腫瘍サンプルから次世代シークエンスにより得られたデータに適用することにより，多段階発がん過程でステージ特異的にプロセシングを受けて導出されるsmall derived RNAの網羅的な解析を世界に先駆けて行うことができた．タンパク質RNAの相互作用における残基塩基間のコンタクト予測を行うプログラムを開発した．発がん遺伝子発現解析の結果をMeis1遺伝子のコンデイショナルノックアウトマウスを用いて検証実験を行った．
【研究代表者】
【研究分担者】 |
| 若林 雄一 | 千葉県がんセンター | 実験動物室 | 室長 | (Kakenデータベース) |
| 佐藤 健吾 | 慶應義塾大学 | 理工学部 | 講師 | (Kakenデータベース) |
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【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【配分額】48,620千円 (直接経費: 37,400千円、間接経費: 11,220千円)