piRNAシステムズバイオロジー:人工産生系を用いた機械学習的アプローチ
【研究分野】構成的システム生物学
【研究キーワード】
piRNA / 小分子RNA / カイコ / BmN-4 / ピンポンサイクル / 機械学習 / 培養細胞 / カイコ培養細胞
【研究成果の概要】
小分子RNAの一つであるPIWI-interacting RNA (piRNA)は、生殖細胞において利己的な配列から自身を守る役割を果たす。カイコ培養細胞BmN-4はpiRNAの生合成経路の一つであるピンポンサイクルを保持する細胞である。私たちは、前年度にBmN-4を用いた「人工piRNA産生系」を確立し、それを利用してpiRNA-PIWI複合体の認識に必要な塩基数を同定した(Shoji et al., RNA, 2017)。今年度は以下の知見を得た。
1.人工piRNA産生系にランダムなpiRNA前駆体配列を発現するライブラリーを導入し、piRNAの末端付近の規則性について検討した。そこで見出されたルールについて、現在生化学的な検証を行っている。
2.BmN-4細胞に持続感染しているカイコマキュラウイルスの量がRNAi及びpiRNA経路によって抑制されていることが明らかになった。現在、論文投稿中である。
【研究代表者】
【研究分担者】 |
鈴木 穣 | 東京大学 | 大学院新領域創成科学研究科 | 教授 | (Kakenデータベース) |
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【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-07-19 - 2018-03-31
【配分額】18,590千円 (直接経費: 14,300千円、間接経費: 4,290千円)