超離散時空間解析と大規模配列解析の融合による遺伝子転写原理の解明
【研究分野】生体生命情報学
【研究キーワード】
超離散 / 配列解析 / 遺伝子転写 / 離散系 / シミュレーション / 数理モデル / 遺伝子 / 転写 / セルオートマトン / 超離散系
【研究成果の概要】
ヒト細胞を用いたRNAPII (RNA polymerase II) 実体の運動情報やエピジェネティック修飾情報の数理解析の研究を行った。これまでの我々の研究では、時間分解能７.５分間隔で細胞実験を行っていたが、本研究課題ではより高い時間分解能の転写におけるRNAデータの取得を行った。さらに、転写ダイナミクスを制御しその運動にも影響を与える因子として、各種タンパク質結合情報とエピジェネティック修飾情報も取得した。これらの細胞実験のデータをもとに、データマイニングの技術を応用し、転写の運動・修飾情報を染色体上の数値データとしてパスプリファレンスを含めた数理解析を行うプログラムを開発した。
【研究代表者】
【研究分担者】 |
| 井原 茂男 | 東京大学 | 先端科学技術研究センター | 特任教授 | (Kakenデータベース) |
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【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【配分額】4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)