【研究領域課題番号】19K12424 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

分子系統 / 生物多様性 / 博物館標本 / DNAバーコーディング / ミューゼオミックス / 環境変動 / ミトゲノム / 貝殻 / ビッグデータ / ミトコンドリアゲノム / フィールドワーク / 貝殻標本 / 次世代シーケンサー / 多様性変動

【研究成果の概要】

本研究では、次世代シーケンサーで多数の腹足類の博物館標本からミトコンドリアゲノム全長配列（ミトゲノム）及び18S-rRNA・28srDNA全長配列の決定に加え、それらから有用な部分遺伝子の断片配列マーカーの開発をする。得られたマーカーを更に軟体部や貝殻の博物館収蔵標本のDNA実験に活用をする。最大目標としては、大量なDNA情報や化石・地質学的情報を含むビッグデータセットで腹足類の大系統の解析を行い、腹足類の多様性変動のパターンと地史に起きた環境変動との関連を解明する。
１～２年目の目標には：(1) 博物館標本やフィールドワークからのサンプル採取；（2）一部のサンプルの次世代シーケンサーによるミトゲノム全長配列決定である。目標(1)については、東京大学博物館からのサンプル採取や、インドネシアや日本でのフィールドワークで、ほぼ達成できたと言える。目標(2)については、プロトコルの再確認実験がうまく行ったものの、コロナ禍の影響で実際に決定したサンプル数はまだ１サンプルのみである。この成果について論文報告をして、R3年度の４月ごろに３本の論文が出版された。さらには、手法の確認など派生的な実験の一部からも成果が出ており、それらの論文発表・学会発表も行った。
その後２年目以降には、得られた残りのサンプルの約半分（約800サンプル）のgDNAの抽出が終わったが、コロナ禍の影響でミトゲノム全長配列決定までは全く進んでいない。しかし、本研究にはDNA配列の情報が必要であるため、本研究で開発したプライマーも含むそれらのサンプルの３ー６遺伝子マーカーの部分配列のデータ採取を進めている。従って、２年目から開始する予定の実験（軟体部からのDNAの断片配列の獲得）が順調に進んでいると言える。その１部の結果を学会の査読付きプロシーディングス論文に報告した。

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【配分額】4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)

【研究分野】船舶海洋工学

【研究領域課題番号】24404023 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

Ganges river dolphin / River dolphin / Bio-sonar / PAM / Click / ICI / Bio-divesrity / 生物多様性 / 環境変動 / 淡水棲イルカ類 / ガンジスカワイルカ / エコーロケーション / Inter-Click Interval / センサス / ビイオソナー / PMS / クリック音 / CF解析 / データベース

【研究成果の概要】

絶滅危惧種であるガンガンジスカワイルカの生態情報を高精度で取得し、イルカのエコーロケーション戦略を明らにして、人的および外的環境変化に適応するためのイルカ行動を理解しイルカの保護・保全に資する長期音響計測システムを開発した。定点での長期音響計測により、イルカの高周波クリック音を取得しサーバに集積。ICI(Inter-click Interval)をパラメタとした解析により、子供のいるイルカのグループの自動抽出に成功した。また、河川の広範囲を移動するイルカ行動のダイナミクスを理解できる移動型音響計測システムを開発、定点観測と組み合わせた高精度な広域イルカ音響計測システムを構築した。

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【配分額】18,200千円 (直接経費: 14,000千円、間接経費: 4,200千円)

【研究分野】生物多様性・分類

【研究領域課題番号】23247012 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

環境変動 / 極限環境 / 生態学 / 生物多様性 / 分類学 / 極地 / 移入種

【研究成果の概要】

南極湖底のコケ坊主については、原核・真核生物を網羅するメタゲノム解析等により多様性解析がほぼ完了した。微生物の多様性とそれらによる物質循環構造が再構築されたことで、モデル生態系としての意義が確立した。コケ植物、珪藻類、菌類に関しては、南極の広範囲に渡る多様性解析が進み、地域間比較や種間関係に関する研究へと発展した。クマムシについては昭和基地周辺の多様性の概要が明らかになったほか、飼育系を確立し繁殖生態に関する研究が進んだ。南極における外来種問題では、外来種子植物の起源が判明すると共に、生物多様性を脅かしうる重要なファクターとしての危険性評価を行うことが出来た。

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31

【配分額】52,780千円 (直接経費: 40,600千円、間接経費: 12,180千円)

【研究分野】生態

【研究領域課題番号】07304081 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

遺伝的劣化 / 生息地細分化 / 病原体 / 環境変動 / 波及効果 / 遺伝的多様性 / 生物多様性 / 絶滅リスク評価 / 生息地細分性 / 遺伝系多様性 / 生物多様化 / 人口学的確率性 / 環境確率性 / メタ個体群 / レッドデータブック

【研究成果の概要】

本総合研究は、絶滅危惧種保全のための基礎研究として、個体群生態学・群集生態学に加え、疫学・集団遺伝学など関連分野の研究者が集中的に討議することにより、個体群の絶滅プロセスを解明することを目的とした。最初に全体での会議をもって保全生態学分野の問題点を討議した。
各分担者はとくに次のテーマについて研究をすすめた:
1.多摩地区で蔓延して野性食肉目を減少させているジステンバーウイルスについて、疫学調査と遺伝子解析を行なった。多年草ヒヨドリバナとジェミニウイルスの系についてゲノム解析により共進化をしらべた。
2.サラワク低木林から送粉シンドロームの異なる植物について遺伝的多様性の維持機構を追求した。小笠原諸島の侵入送粉者であるセイヨウミツバチと在来ハナバチについて、訪花行動を調査し、植物の結実率・生存率などへの影響を見積もった。変動し不均一な生息地で侵入生物の定着過程と既存種の絶滅への影響をみつもった。
3.野性メダカにより近親交配と外交配の影響を測定し、左右対称性の可能性をさぐる。カワラノギク個体群について、遺伝多様性と子孫生存力の関連を調べた。近交弱勢の進化を弱有害遺伝子系として理論的に解明した。
4.絶滅危惧植物と昆虫の系について空間構造の影響、局所集団の関連をメタ個体群の観点から検討した。齢による集団存続への貢献度を理論的に解明した。
5.現存種の分子系統樹や遺伝情報から過去に生じた種の絶滅や集団サイズの変動を推測する。諸要因に関する研究成果を総括して絶滅率を予測する理論の構築を試みた。

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1995 - 1996

【配分額】7,000千円 (直接経費: 7,000千円)