【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】ゲノム情報科学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2008 - 2009

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 講師 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】生命の動態を理解するためには、既知の知見やデータから構成論的アプローチにより再構築した細胞モデルのシミュレーションが欠かせない。本研究では細胞のモデリング及びシミュレーションを支援するためのソフトウェアシステムとして、モデルのプロトタイピングのためのウェブアプリケーション、動的モデリングのために必要な式やパラメータなど定量情報のデータベースシステム、そしてシミュレーション実行及び解析のためのウェブ...

【研究テーマ】応用ゲノム科学

【研究種目】若手研究(スタートアップ)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】荒川 和晴 慶應大, 助教 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】ポストゲノムにおける中心的課題の一つがシステムバイオロジーのアプローチ及び細胞シミュレーションによる統合的な生命システムの理解であり、このために研究対象を数学的・情報学的に記述する「モデリング」が不可欠となる。本研究では現在システムバイオロジー研究においてボトルネックとなっているこのモデリングを支援するためのソフトウェア環境を開発している。本年度、我々はまず、ゲノム情報をもとにして各種公共データベ...

【研究テーマ】ゲノム情報科学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2008 - 2009

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 講師 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】生命の動態を理解するためには、既知の知見やデータから構成論的アプローチにより再構築した細胞モデルのシミュレーションが欠かせない。本研究では細胞のモデリング及びシミュレーションを支援するためのソフトウェアシステムとして、モデルのプロトタイピングのためのウェブアプリケーション、動的モデリングのために必要な式やパラメータなど定量情報のデータベースシステム、そしてシミュレーション実行及び解析のためのウェブ...

【研究テーマ】応用ゲノム科学

【研究種目】若手研究(スタートアップ)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】荒川 和晴 慶應大, 助教 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】ポストゲノムにおける中心的課題の一つがシステムバイオロジーのアプローチ及び細胞シミュレーションによる統合的な生命システムの理解であり、このために研究対象を数学的・情報学的に記述する「モデリング」が不可欠となる。本研究では現在システムバイオロジー研究においてボトルネックとなっているこのモデリングを支援するためのソフトウェア環境を開発している。本年度、我々はまず、ゲノム情報をもとにして各種公共データベ...

【研究テーマ】ゲノム情報科学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2008 - 2009

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 講師 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】生命の動態を理解するためには、既知の知見やデータから構成論的アプローチにより再構築した細胞モデルのシミュレーションが欠かせない。本研究では細胞のモデリング及びシミュレーションを支援するためのソフトウェアシステムとして、モデルのプロトタイピングのためのウェブアプリケーション、動的モデリングのために必要な式やパラメータなど定量情報のデータベースシステム、そしてシミュレーション実行及び解析のためのウェブ...

【研究テーマ】応用ゲノム科学

【研究種目】若手研究(スタートアップ)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】荒川 和晴 慶應大, 助教 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】ポストゲノムにおける中心的課題の一つがシステムバイオロジーのアプローチ及び細胞シミュレーションによる統合的な生命システムの理解であり、このために研究対象を数学的・情報学的に記述する「モデリング」が不可欠となる。本研究では現在システムバイオロジー研究においてボトルネックとなっているこのモデリングを支援するためのソフトウェア環境を開発している。本年度、我々はまず、ゲノム情報をもとにして各種公共データベ...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】ゲノム情報科学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2008 - 2009

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 講師 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】生命の動態を理解するためには、既知の知見やデータから構成論的アプローチにより再構築した細胞モデルのシミュレーションが欠かせない。本研究では細胞のモデリング及びシミュレーションを支援するためのソフトウェアシステムとして、モデルのプロトタイピングのためのウェブアプリケーション、動的モデリングのために必要な式やパラメータなど定量情報のデータベースシステム、そしてシミュレーション実行及び解析のためのウェブ...

【研究テーマ】応用ゲノム科学

【研究種目】若手研究(スタートアップ)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】荒川 和晴 慶應大, 助教 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】ポストゲノムにおける中心的課題の一つがシステムバイオロジーのアプローチ及び細胞シミュレーションによる統合的な生命システムの理解であり、このために研究対象を数学的・情報学的に記述する「モデリング」が不可欠となる。本研究では現在システムバイオロジー研究においてボトルネックとなっているこのモデリングを支援するためのソフトウェア環境を開発している。本年度、我々はまず、ゲノム情報をもとにして各種公共データベ...

【研究テーマ】ゲノム情報科学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2008 - 2009

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 講師 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】生命の動態を理解するためには、既知の知見やデータから構成論的アプローチにより再構築した細胞モデルのシミュレーションが欠かせない。本研究では細胞のモデリング及びシミュレーションを支援するためのソフトウェアシステムとして、モデルのプロトタイピングのためのウェブアプリケーション、動的モデリングのために必要な式やパラメータなど定量情報のデータベースシステム、そしてシミュレーション実行及び解析のためのウェブ...

【研究テーマ】応用ゲノム科学

【研究種目】若手研究(スタートアップ)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】荒川 和晴 慶應大, 助教 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】ポストゲノムにおける中心的課題の一つがシステムバイオロジーのアプローチ及び細胞シミュレーションによる統合的な生命システムの理解であり、このために研究対象を数学的・情報学的に記述する「モデリング」が不可欠となる。本研究では現在システムバイオロジー研究においてボトルネックとなっているこのモデリングを支援するためのソフトウェア環境を開発している。本年度、我々はまず、ゲノム情報をもとにして各種公共データベ...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】ゲノム情報科学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2008 - 2009

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 講師 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】生命の動態を理解するためには、既知の知見やデータから構成論的アプローチにより再構築した細胞モデルのシミュレーションが欠かせない。本研究では細胞のモデリング及びシミュレーションを支援するためのソフトウェアシステムとして、モデルのプロトタイピングのためのウェブアプリケーション、動的モデリングのために必要な式やパラメータなど定量情報のデータベースシステム、そしてシミュレーション実行及び解析のためのウェブ...

【研究テーマ】応用ゲノム科学

【研究種目】若手研究(スタートアップ)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】荒川 和晴 慶應大, 助教 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】ポストゲノムにおける中心的課題の一つがシステムバイオロジーのアプローチ及び細胞シミュレーションによる統合的な生命システムの理解であり、このために研究対象を数学的・情報学的に記述する「モデリング」が不可欠となる。本研究では現在システムバイオロジー研究においてボトルネックとなっているこのモデリングを支援するためのソフトウェア環境を開発している。本年度、我々はまず、ゲノム情報をもとにして各種公共データベ...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】高橋 裕 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30835377)

【キーワード】iPS細胞 / 小腸オルガノイド / Caco-2細胞 / レンチウイルス / CYP誘導 (他13件)

【概要】生理機能が高いとされるヒト小腸オルガノイドを用いた解析を行った。サイトカインを恒常的に発現するL細胞の培養上清を使用し，オルガノイド培養のコストの大幅な削減，および高効率な遺伝子導入に成功した。薬物代謝酵素の誘導，糖取り込み，カイロミクロン分泌といったヒト小腸で重要な生理機能は，従来の株化細胞であるCaco-2細胞では低いが，オルガノイドより作製した単層の腸管上皮細胞では高いことが示された。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】高橋 裕 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30835377)

【キーワード】iPS細胞 / 小腸オルガノイド / Caco-2細胞 / レンチウイルス / CYP誘導 (他13件)

【概要】生理機能が高いとされるヒト小腸オルガノイドを用いた解析を行った。サイトカインを恒常的に発現するL細胞の培養上清を使用し，オルガノイド培養のコストの大幅な削減，および高効率な遺伝子導入に成功した。薬物代謝酵素の誘導，糖取り込み，カイロミクロン分泌といったヒト小腸で重要な生理機能は，従来の株化細胞であるCaco-2細胞では低いが，オルガノイドより作製した単層の腸管上皮細胞では高いことが示された。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】高橋 裕 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30835377)

【キーワード】iPS細胞 / 小腸オルガノイド / Caco-2細胞 / レンチウイルス / CYP誘導 (他13件)

【概要】生理機能が高いとされるヒト小腸オルガノイドを用いた解析を行った。サイトカインを恒常的に発現するL細胞の培養上清を使用し，オルガノイド培養のコストの大幅な削減，および高効率な遺伝子導入に成功した。薬物代謝酵素の誘導，糖取り込み，カイロミクロン分泌といったヒト小腸で重要な生理機能は，従来の株化細胞であるCaco-2細胞では低いが，オルガノイドより作製した単層の腸管上皮細胞では高いことが示された。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】高橋 裕 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30835377)

【キーワード】iPS細胞 / 小腸オルガノイド / Caco-2細胞 / レンチウイルス / CYP誘導 (他13件)

【概要】生理機能が高いとされるヒト小腸オルガノイドを用いた解析を行った。サイトカインを恒常的に発現するL細胞の培養上清を使用し，オルガノイド培養のコストの大幅な削減，および高効率な遺伝子導入に成功した。薬物代謝酵素の誘導，糖取り込み，カイロミクロン分泌といったヒト小腸で重要な生理機能は，従来の株化細胞であるCaco-2細胞では低いが，オルガノイドより作製した単層の腸管上皮細胞では高いことが示された。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】高橋 裕 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30835377)

【キーワード】iPS細胞 / 小腸オルガノイド / Caco-2細胞 / レンチウイルス / CYP誘導 (他13件)

【概要】生理機能が高いとされるヒト小腸オルガノイドを用いた解析を行った。サイトカインを恒常的に発現するL細胞の培養上清を使用し，オルガノイド培養のコストの大幅な削減，および高効率な遺伝子導入に成功した。薬物代謝酵素の誘導，糖取り込み，カイロミクロン分泌といったヒト小腸で重要な生理機能は，従来の株化細胞であるCaco-2細胞では低いが，オルガノイドより作製した単層の腸管上皮細胞では高いことが示された。 ...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】高橋 裕 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30835377)

【キーワード】iPS細胞 / 小腸オルガノイド / Caco-2細胞 / レンチウイルス / CYP誘導 (他13件)

【概要】生理機能が高いとされるヒト小腸オルガノイドを用いた解析を行った。サイトカインを恒常的に発現するL細胞の培養上清を使用し，オルガノイド培養のコストの大幅な削減，および高効率な遺伝子導入に成功した。薬物代謝酵素の誘導，糖取り込み，カイロミクロン分泌といったヒト小腸で重要な生理機能は，従来の株化細胞であるCaco-2細胞では低いが，オルガノイドより作製した単層の腸管上皮細胞では高いことが示された。 ...

【研究テーマ】ゲノム情報科学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2008 - 2009

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 講師 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】生命の動態を理解するためには、既知の知見やデータから構成論的アプローチにより再構築した細胞モデルのシミュレーションが欠かせない。本研究では細胞のモデリング及びシミュレーションを支援するためのソフトウェアシステムとして、モデルのプロトタイピングのためのウェブアプリケーション、動的モデリングのために必要な式やパラメータなど定量情報のデータベースシステム、そしてシミュレーション実行及び解析のためのウェブ...

【研究テーマ】応用ゲノム科学

【研究種目】若手研究(スタートアップ)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】荒川 和晴 慶應大, 助教 (40453550)

【キーワード】システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 (他8件)

【概要】ポストゲノムにおける中心的課題の一つがシステムバイオロジーのアプローチ及び細胞シミュレーションによる統合的な生命システムの理解であり、このために研究対象を数学的・情報学的に記述する「モデリング」が不可欠となる。本研究では現在システムバイオロジー研究においてボトルネックとなっているこのモデリングを支援するためのソフトウェア環境を開発している。本年度、我々はまず、ゲノム情報をもとにして各種公共データベ...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】高橋 裕 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30835377)

【キーワード】iPS細胞 / 小腸オルガノイド / Caco-2細胞 / レンチウイルス / CYP誘導 (他13件)

【概要】生理機能が高いとされるヒト小腸オルガノイドを用いた解析を行った。サイトカインを恒常的に発現するL細胞の培養上清を使用し，オルガノイド培養のコストの大幅な削減，および高効率な遺伝子導入に成功した。薬物代謝酵素の誘導，糖取り込み，カイロミクロン分泌といったヒト小腸で重要な生理機能は，従来の株化細胞であるCaco-2細胞では低いが，オルガノイドより作製した単層の腸管上皮細胞では高いことが示された。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】高橋 裕 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30835377)

【キーワード】iPS細胞 / 小腸オルガノイド / Caco-2細胞 / レンチウイルス / CYP誘導 (他13件)

【概要】生理機能が高いとされるヒト小腸オルガノイドを用いた解析を行った。サイトカインを恒常的に発現するL細胞の培養上清を使用し，オルガノイド培養のコストの大幅な削減，および高効率な遺伝子導入に成功した。薬物代謝酵素の誘導，糖取り込み，カイロミクロン分泌といったヒト小腸で重要な生理機能は，従来の株化細胞であるCaco-2細胞では低いが，オルガノイドより作製した単層の腸管上皮細胞では高いことが示された。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】高橋 裕 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30835377)

【キーワード】iPS細胞 / 小腸オルガノイド / Caco-2細胞 / レンチウイルス / CYP誘導 (他13件)

【概要】生理機能が高いとされるヒト小腸オルガノイドを用いた解析を行った。サイトカインを恒常的に発現するL細胞の培養上清を使用し，オルガノイド培養のコストの大幅な削減，および高効率な遺伝子導入に成功した。薬物代謝酵素の誘導，糖取り込み，カイロミクロン分泌といったヒト小腸で重要な生理機能は，従来の株化細胞であるCaco-2細胞では低いが，オルガノイドより作製した単層の腸管上皮細胞では高いことが示された。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】高橋 裕 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30835377)

【キーワード】iPS細胞 / 小腸オルガノイド / Caco-2細胞 / レンチウイルス / CYP誘導 (他13件)

【概要】生理機能が高いとされるヒト小腸オルガノイドを用いた解析を行った。サイトカインを恒常的に発現するL細胞の培養上清を使用し，オルガノイド培養のコストの大幅な削減，および高効率な遺伝子導入に成功した。薬物代謝酵素の誘導，糖取り込み，カイロミクロン分泌といったヒト小腸で重要な生理機能は，従来の株化細胞であるCaco-2細胞では低いが，オルガノイドより作製した単層の腸管上皮細胞では高いことが示された。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31

【研究代表者】高橋 裕 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30835377)

【キーワード】iPS細胞 / 小腸オルガノイド / Caco-2細胞 / レンチウイルス / CYP誘導 (他13件)

【概要】生理機能が高いとされるヒト小腸オルガノイドを用いた解析を行った。サイトカインを恒常的に発現するL細胞の培養上清を使用し，オルガノイド培養のコストの大幅な削減，および高効率な遺伝子導入に成功した。薬物代謝酵素の誘導，糖取り込み，カイロミクロン分泌といったヒト小腸で重要な生理機能は，従来の株化細胞であるCaco-2細胞では低いが，オルガノイドより作製した単層の腸管上皮細胞では高いことが示された。 ...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

【キーワード】転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 (他15件)

【概要】クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調...