【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2021-04-05 - 2024-03-31

【研究代表者】浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

【キーワード】RNA修飾塩基 / RNA２次構造 / 翻訳効率

【概要】

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2021-04-05 - 2024-03-31

【研究代表者】浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

【キーワード】RNA修飾塩基 / RNA２次構造 / 翻訳効率

【概要】

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】RNA2次構造 / 特徴抽出 / 回帰モデル / 機械学習

【概要】RNAの２次構造は様々な生命現象で重要な役割を果たしており、その役割を正確に理解することは学術的にも工学的にも重要である。近年、実験技術の進歩によりRNA２次構造が関与する生命現象に関するデータが蓄積されつつある。具体的には、RNAの塩基配列と、その活性についての大規模データが蓄積されつつある。本研究では、大規模データの背後にあるRNA２次構造の確率的振る舞いを考慮しつつ、特徴抽出や予測モデルの構...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

【キーワード】RNA２次構造 / RNA-タンパク質相互作用 / ドッキング計算 / RNAタンパク質相互作用 / RNA・タンパク質相互作用 (他7件)

【概要】RNAとタンパク質の相互作用の有無及び複合体構造予測を行うことを目指した。PDBのRNA-タンパク質複合体の情報解析から、２次構造で塩基対を形成せずアミノ酸と水素結合を形成する塩基は、２次構造での塩基対形成もアミノ酸との水素結合もない塩基に比べて，低い塩基対確率を持つことがわかった。RNA２次構造を多面的に解析するため、参照構造からの２次構造のハミング距離毎の構造全ての確率の合計の分布を高速に計算...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

【キーワード】RNA２次構造 / RNA-タンパク質相互作用 / ドッキング計算 / RNAタンパク質相互作用 / RNA・タンパク質相互作用 (他7件)

【概要】RNAとタンパク質の相互作用の有無及び複合体構造予測を行うことを目指した。PDBのRNA-タンパク質複合体の情報解析から、２次構造で塩基対を形成せずアミノ酸と水素結合を形成する塩基は、２次構造での塩基対形成もアミノ酸との水素結合もない塩基に比べて，低い塩基対確率を持つことがわかった。RNA２次構造を多面的に解析するため、参照構造からの２次構造のハミング距離毎の構造全ての確率の合計の分布を高速に計算...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】RNA2次構造 / 特徴抽出 / 回帰モデル / 機械学習

【概要】RNAの２次構造は様々な生命現象で重要な役割を果たしており、その役割を正確に理解することは学術的にも工学的にも重要である。近年、実験技術の進歩によりRNA２次構造が関与する生命現象に関するデータが蓄積されつつある。具体的には、RNAの塩基配列と、その活性についての大規模データが蓄積されつつある。本研究では、大規模データの背後にあるRNA２次構造の確率的振る舞いを考慮しつつ、特徴抽出や予測モデルの構...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

【キーワード】RNA２次構造 / RNA-タンパク質相互作用 / ドッキング計算 / RNAタンパク質相互作用 / RNA・タンパク質相互作用 (他7件)

【概要】RNAとタンパク質の相互作用の有無及び複合体構造予測を行うことを目指した。PDBのRNA-タンパク質複合体の情報解析から、２次構造で塩基対を形成せずアミノ酸と水素結合を形成する塩基は、２次構造での塩基対形成もアミノ酸との水素結合もない塩基に比べて，低い塩基対確率を持つことがわかった。RNA２次構造を多面的に解析するため、参照構造からの２次構造のハミング距離毎の構造全ての確率の合計の分布を高速に計算...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】RNA2次構造 / 特徴抽出 / 回帰モデル / 機械学習

【概要】RNAの２次構造は様々な生命現象で重要な役割を果たしており、その役割を正確に理解することは学術的にも工学的にも重要である。近年、実験技術の進歩によりRNA２次構造が関与する生命現象に関するデータが蓄積されつつある。具体的には、RNAの塩基配列と、その活性についての大規模データが蓄積されつつある。本研究では、大規模データの背後にあるRNA２次構造の確率的振る舞いを考慮しつつ、特徴抽出や予測モデルの構...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1994

【研究代表者】金井 昭夫 財団法人東京都臨床医学総合研究所, 微生物研究部門, 研究員 (60260329)

【キーワード】C型肝炎ウイルス / RNAヘリカーゼ / RNA依存性RNA合成酵素 / RNA結合蛋白質 / RNA2次構造 (他6件)

【概要】1.C型肝炎ウイルス(HCV)遺伝子3'末端の2次構造解析。患者血清よりクローニングしたHCVの3'末端RNA(約250b)に対し、塩基配列あるいは、構造特異的なRNA分解酵素(RNaseT1,RNaseV1等)を用いて2次構造をマッピングした。同領域はステム及びループよりなる特徴的な2次構造とポリU鎖が存在していた。 2.HCV遺伝子がコードするヘリカーゼ様蛋白質NS3のRNA結...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1994

【研究代表者】金井 昭夫 財団法人東京都臨床医学総合研究所, 微生物研究部門, 研究員 (60260329)

【キーワード】C型肝炎ウイルス / RNAヘリカーゼ / RNA依存性RNA合成酵素 / RNA結合蛋白質 / RNA2次構造 (他6件)

【概要】1.C型肝炎ウイルス(HCV)遺伝子3'末端の2次構造解析。患者血清よりクローニングしたHCVの3'末端RNA(約250b)に対し、塩基配列あるいは、構造特異的なRNA分解酵素(RNaseT1,RNaseV1等)を用いて2次構造をマッピングした。同領域はステム及びループよりなる特徴的な2次構造とポリU鎖が存在していた。 2.HCV遺伝子がコードするヘリカーゼ様蛋白質NS3のRNA結...

【研究テーマ】システムゲノム科学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

【キーワード】修飾塩基 / RNA２次構造 / エピトランスクリプトーム / バイオインフォマティクス / 分子動力学 (他11件)

【概要】重要な修飾塩基であるイノシンとN6メチルアデノシンの２次構造エネルギーパラメタを、熱測定実験と分子シミュレーションの組合せで同定した。推定誤差の構造予測への影響は理論的解析と計算機実験で評価して発表した。同定したイノシンのパラメタを用いて、miRNAによる翻訳抑制効率に対する A-to-I 編集の影響のモデルを共同研究で構築して発表した。 2次構造確率分布の解析ツールRintDを改良し、塩基対確率...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】システムゲノム科学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

【キーワード】修飾塩基 / RNA２次構造 / エピトランスクリプトーム / バイオインフォマティクス / 分子動力学 (他11件)

【概要】重要な修飾塩基であるイノシンとN6メチルアデノシンの２次構造エネルギーパラメタを、熱測定実験と分子シミュレーションの組合せで同定した。推定誤差の構造予測への影響は理論的解析と計算機実験で評価して発表した。同定したイノシンのパラメタを用いて、miRNAによる翻訳抑制効率に対する A-to-I 編集の影響のモデルを共同研究で構築して発表した。 2次構造確率分布の解析ツールRintDを改良し、塩基対確率...

【研究テーマ】システムゲノム科学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

【キーワード】修飾塩基 / RNA２次構造 / エピトランスクリプトーム / バイオインフォマティクス / 分子動力学 (他11件)

【概要】重要な修飾塩基であるイノシンとN6メチルアデノシンの２次構造エネルギーパラメタを、熱測定実験と分子シミュレーションの組合せで同定した。推定誤差の構造予測への影響は理論的解析と計算機実験で評価して発表した。同定したイノシンのパラメタを用いて、miRNAによる翻訳抑制効率に対する A-to-I 編集の影響のモデルを共同研究で構築して発表した。 2次構造確率分布の解析ツールRintDを改良し、塩基対確率...

【研究テーマ】システムゲノム科学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

【キーワード】修飾塩基 / RNA２次構造 / エピトランスクリプトーム / バイオインフォマティクス / 分子動力学 (他11件)

【概要】重要な修飾塩基であるイノシンとN6メチルアデノシンの２次構造エネルギーパラメタを、熱測定実験と分子シミュレーションの組合せで同定した。推定誤差の構造予測への影響は理論的解析と計算機実験で評価して発表した。同定したイノシンのパラメタを用いて、miRNAによる翻訳抑制効率に対する A-to-I 編集の影響のモデルを共同研究で構築して発表した。 2次構造確率分布の解析ツールRintDを改良し、塩基対確率...

【研究テーマ】システムゲノム科学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

【キーワード】修飾塩基 / RNA２次構造 / エピトランスクリプトーム / バイオインフォマティクス / 分子動力学 (他11件)

【概要】重要な修飾塩基であるイノシンとN6メチルアデノシンの２次構造エネルギーパラメタを、熱測定実験と分子シミュレーションの組合せで同定した。推定誤差の構造予測への影響は理論的解析と計算機実験で評価して発表した。同定したイノシンのパラメタを用いて、miRNAによる翻訳抑制効率に対する A-to-I 編集の影響のモデルを共同研究で構築して発表した。 2次構造確率分布の解析ツールRintDを改良し、塩基対確率...

【研究テーマ】システムゲノム科学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

【キーワード】修飾塩基 / RNA２次構造 / エピトランスクリプトーム / バイオインフォマティクス / 分子動力学 (他11件)

【概要】重要な修飾塩基であるイノシンとN6メチルアデノシンの２次構造エネルギーパラメタを、熱測定実験と分子シミュレーションの組合せで同定した。推定誤差の構造予測への影響は理論的解析と計算機実験で評価して発表した。同定したイノシンのパラメタを用いて、miRNAによる翻訳抑制効率に対する A-to-I 編集の影響のモデルを共同研究で構築して発表した。 2次構造確率分布の解析ツールRintDを改良し、塩基対確率...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1994

【研究代表者】金井 昭夫 財団法人東京都臨床医学総合研究所, 微生物研究部門, 研究員 (60260329)

【キーワード】C型肝炎ウイルス / RNAヘリカーゼ / RNA依存性RNA合成酵素 / RNA結合蛋白質 / RNA2次構造 (他6件)

【概要】1.C型肝炎ウイルス(HCV)遺伝子3'末端の2次構造解析。患者血清よりクローニングしたHCVの3'末端RNA(約250b)に対し、塩基配列あるいは、構造特異的なRNA分解酵素(RNaseT1,RNaseV1等)を用いて2次構造をマッピングした。同領域はステム及びループよりなる特徴的な2次構造とポリU鎖が存在していた。 2.HCV遺伝子がコードするヘリカーゼ様蛋白質NS3のRNA結...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】システムゲノム科学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

【キーワード】修飾塩基 / RNA２次構造 / エピトランスクリプトーム / バイオインフォマティクス / 分子動力学 (他11件)

【概要】重要な修飾塩基であるイノシンとN6メチルアデノシンの２次構造エネルギーパラメタを、熱測定実験と分子シミュレーションの組合せで同定した。推定誤差の構造予測への影響は理論的解析と計算機実験で評価して発表した。同定したイノシンのパラメタを用いて、miRNAによる翻訳抑制効率に対する A-to-I 編集の影響のモデルを共同研究で構築して発表した。 2次構造確率分布の解析ツールRintDを改良し、塩基対確率...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1994

【研究代表者】金井 昭夫 財団法人東京都臨床医学総合研究所, 微生物研究部門, 研究員 (60260329)

【キーワード】C型肝炎ウイルス / RNAヘリカーゼ / RNA依存性RNA合成酵素 / RNA結合蛋白質 / RNA2次構造 (他6件)

【概要】1.C型肝炎ウイルス(HCV)遺伝子3'末端の2次構造解析。患者血清よりクローニングしたHCVの3'末端RNA(約250b)に対し、塩基配列あるいは、構造特異的なRNA分解酵素(RNaseT1,RNaseV1等)を用いて2次構造をマッピングした。同領域はステム及びループよりなる特徴的な2次構造とポリU鎖が存在していた。 2.HCV遺伝子がコードするヘリカーゼ様蛋白質NS3のRNA結...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1994

【研究代表者】金井 昭夫 財団法人東京都臨床医学総合研究所, 微生物研究部門, 研究員 (60260329)

【キーワード】C型肝炎ウイルス / RNAヘリカーゼ / RNA依存性RNA合成酵素 / RNA結合蛋白質 / RNA2次構造 (他6件)

【概要】1.C型肝炎ウイルス(HCV)遺伝子3'末端の2次構造解析。患者血清よりクローニングしたHCVの3'末端RNA(約250b)に対し、塩基配列あるいは、構造特異的なRNA分解酵素(RNaseT1,RNaseV1等)を用いて2次構造をマッピングした。同領域はステム及びループよりなる特徴的な2次構造とポリU鎖が存在していた。 2.HCV遺伝子がコードするヘリカーゼ様蛋白質NS3のRNA結...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...