超ハイスループットシークエンスデータ解析を目指した高速配列解析環境の構築
【研究分野】ゲノム情報科学
【研究キーワード】
情報工学 / 配列解析 / 並列処理 / ゲノム / GPGPU / バイオインフォマティクス
【研究成果の概要】
本課題では、膨大な配列データの効率的な処理を目的とし、GPUを科学技術計算に用いるGeneral Purpose computation on Graphic Processing Unit(GPGPU)を使ったソフトウェア開発を行った。解析の計算量およびデータサイズから最適だと思われる実装を施すことで高いパフォーマンスを得ることが出来た。いくつかの配列解析アルゴリズムを実装した結果、SSEやマルチコアCPUを使った実装と比較して2桁以上の高速化を達成した。
【研究代表者】
【研究分担者】 |
| 舟橋 啓 | 慶應義塾大学 | 理工学部・生命情報学科 | 准教授 | (Kakenデータベース) |
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【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【配分額】3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)