【研究分野】環境農学(含ランドスケープ科学)

【研究領域課題番号】15H04620 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

窒素固定 / サツマイモ / 共生細菌 / 多様性 / 16S rRNA遺伝子 / Alphaproteobacteria / メタノール培地 / Rhizobiales / Rhodopseudomonas / 微生物生態 / 共生 / NMR / メタボローム解析 / 微生物 / 細菌 / 応用微生物 / 環境 / 生態学 / 微生物多様性

【研究成果の概要】

サツマイモの茎、塊根の表面と内部の共生細菌群集について非培養法による多様性解析を行った結果、各組織に共通して他の作物種よりもアルファプロテオバクテリアの優占化が観察された。また、多様性指数は塊根表面、茎、塊根内部、の順番で小さくなることが明らかにされた。上記と対応する組織から共生細菌の網羅的な分離培養を実施した。約2000株の分離菌について16S rRNA遺伝子に基づくクラスタリング解析を行った結果、約320個のグループが得られた。これらのグループの代表的な菌株について培養法により空中窒素固定活性を測定した結果、塊根に共生するダイズ根粒菌に類似した１菌株について活性を検知した。

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【配分額】16,120千円 (直接経費: 12,400千円、間接経費: 3,720千円)

【研究分野】環境動態解析

【研究領域課題番号】21200029 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

微生物 / 多様性 / 西部北太平洋 / 細菌群集構造 / 時系列観測 / 454シーケンス / 国際生物センサス / 微生物多様性 / BrdU

【研究成果の概要】

本研究では、従来法の百倍の解析速度を有する454パイロシーケンス法及びハロゲン化ヌクレオシドをトレーサーとする増殖活性測定法を利用するなどして、大洋スケールでの海洋細菌群集構造のダイナミクスを明らかにした。現状では、系統解析を行うには短すぎるリード長や、シーケンスエラーによる見かけの多様度増大の問題など、さらに検討すべき課題も指摘されているが、16SrRNA遺伝子の大量リードによって、予想以上に多様かつ活発に増殖する稀少細菌グループの存在が明らかとなってきた。

【研究種目】新学術領域研究(研究課題提案型)

【研究期間】2009 - 2011

【配分額】31,980千円 (直接経費: 24,600千円、間接経費: 7,380千円)