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DNA抽出法の検討とDNAシーケンス
植物からのDNA抽出法としてはC-TAB法が一般的に知られているが、スミレ属植物は多糖類やポリフェノール類などを多く含んでいることが原因で、他の植物と比較して抽出効率が悪かった。そこで、スミレ属植物に適したDNA抽出法を検討した。その結果、塩化ベンジル法をベースとした抽出法によって高分子DNAを高効率で抽出可能であることがわかった。本方法によって、異質倍数体スミレの葉から約35 μgのDNAを抽出できたため、Pacbio Sequel IIのCCS (Circular Consensus Sequencing) modeによってゲノムシークエンスを実施した。

2) RNAシーケンス
異質倍数体スミレの組織(葉、根、茎、花、蕾、匍匐枝)からRNAを抽出し、Illumina NovaSeq6000 によってRNA-seqデータを取得した。取得したRNA-seqリードをドラフトゲノムにテストマッピングしたところ約90％のリードがマッピングされていることを確認した。また、Trinityによるde novoアセンブルによって遺伝子セットを作成し、BUSCOを用いて完成度を評価した結果、双子葉植物に共通するSingle copy orthologs（eudicots_odb10）の検出率は96.6%であった。以上の結果から、今回取得したRNA-seqデータは遺伝子アノテーションに使用するうえで十分なクオリティであると考えられる。