基質結合部位予測に向けたタンパク質局所構造の高速比較法の開発
【研究分野】生体生命情報学
【研究キーワード】
タンパク質 / 基質結合部位 / 機能部位 / 低分子医薬品 / 低分子化合物 / データベース
【研究成果の概要】
本研究では、タンパク質基質結合部位の粗視化と高速なソートアルゴリズムの適用により、大量の結合部位の比較を可能とする新たな手法を開発した。タンパク質立体構造データベース全体の規模の既知及び潜在的基質結合部位に対して開発手法を適用し、その比較結果を収載したデータベースPoSSuMを構築と公開を行った。現在PoSSuMは、550万の既知及び潜在的基質結合部位を比較して得られた4,900万の類似結合部位ペアを収載するまでに成長している。また、ドラッグリポジショニング、副作用予測などへの応用を目指し、ChEMBLのアッセイ情報へのリンクを付加した新たなデータベースPoSSuMdsの構築と公開を行った。
【研究代表者】
【研究連携者】 |
| 津田 宏治 | 東京大学 | 大学院新領域創成科学研究科・情報生命科学専攻 | 教授 | (Kakenデータベース) |
| 清水 佳奈 | 産業技術総合研究所 | ゲノム情報研究センター | 主任研究員 | (Kakenデータベース) |
| 伊東 純一 | 医薬基盤研究所 | 特任研究員 |
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【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011-04-28 - 2015-03-31
【配分額】5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)