超高速空間モデルシミュレータの実装
【研究分野】生体生命情報学
【研究キーワード】
情報工学 / 並列処理 / GPGPU / 空間モデル / 偏微分方程式 / 数値積分 / SBML / ハイパフォーマンス・コンピューティング / システムバイオロジー / 生体生命情報学 / バイオテクノロジー
【研究成果の概要】
細胞・組織 レベルにおける空間モデルシミュレーションは数時間から数日と計算時間がかかり、高速化の必要性が高まっていた。本研究課題では、GPU(Graphics Processing Unit) を利用することで、細胞・組織レベルにおける空間モデルシミュレーションを高速化するソフトウェア基盤を構築した。空間モデルシミュレーションは偏微分方程式ベースの拡散方程式、移流方程式、反応拡散方程式の3種類を対象とし、高速化を行った。本研究課題の実装により、移流方程式では52倍、反応方程式では64倍、拡散方程式では63倍の高速化を達成した。
【研究代表者】
【研究連携者】 |
| 広井 賀子 | 慶應義塾大学 | 理工学部・生命情報学科 | 専任講師 | (Kakenデータベース) |
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【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【配分額】17,940千円 (直接経費: 13,800千円、間接経費: 4,140千円)