分子動力学計算を駆使した脂肪酸を用いた多様な生物活性構造の創出手法の開拓
【研究キーワード】
分子動力学 / 脂肪酸 / 構造固定 / 膜タンパク質 / 化合物ライブラリー / 分子動力学創薬 / 深層学習 / メディシナルケミストリー / 動的構造ライブラリー
【研究成果の概要】
多数のコンフォメーションを取る脂肪酸を動的構造ライブラリーと見なし１つの分子が持つ多様な構造を利用する。分子動力学計算を用い、その 中の特定のコンフォメーションを構造固定化した分子を構築し、その構造固定化分子が各受容体に対応する生物活性コンフォメーションである可能性を検証する ことを目的とする。脂肪酸の代表構造を表すための構造固定化合物(サロゲート)の探索として，化学的な直感でデザインしたサロゲートは脂肪酸が関与する膜タ ンパク質の活性化を測定したところ、化学的な直感でデザインしたサロゲートの中に脂肪酸と類似の活性を示す化合物があることが判明した。
【研究の社会的意義】
創薬シード化合物を発見するために多数の無関係な化合物が集められ、ライブラリーとして用いれているが過去30年以上にわたる知見の蓄積によって、無関係な化合物の関係性の質が重要であると認識されるようになった。このらライブラリーの概念は生きずまり、新たな化合物空間が求められている。本研究は、自由度の高い分子が提供する構造空間こそが重要であることを示しつつある。創薬手法にあたらな方法論を提出する萌芽的な研究である。
【研究代表者】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2018-06-29 - 2020-03-31
【配分額】6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)