生体反応の量子ハイブリッド分子動力学シミュレーション
【研究分野】数理物理・物性基礎
【研究キーワード】
ハイブリッドQM/MM / 分子動力学 / RNA / タンパク質 / 第一原理計算 / 触媒反応 / 酵素反応 / 機能解析 / QM/MMハイブリッド / 生物機能 / QM / MMハイブリッド
【研究成果の概要】
本研究では,生物機能に不可欠な役割を果たしている重要な生体高分子に対して,ハイブリッドQM/MM分子動力学計算などを適用し,生体反応の機構を理論的に解析することによって,以下の成果を得た。すなわち,リボザイムにタンパク質が直接関与することによって酵素反応が生じる「ハイブリッド触媒」の発見,リパーゼの活性部位における新規のタンパク質・機能構造単位(Na電子の結合によるの発見,タンパク質内・物質輸送のための逆止弁(世界最小サイズのバルブ)の発見,シトクローム酸化酵素(Cuサイト)における電子移動機構の解析と従来の実験結果にみられた矛盾の解決など,重要な成果を得た。
【研究代表者】
【研究分担者】 |
| 木野 日織 | 独立行政法人物質・材料研究機構 | 計算科学センター | 主任研究員 | (Kakenデータベース) |
| 濡木 理 | 東京大学 | 大学院・理学系研究科 | 教授 | (Kakenデータベース) |
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【研究連携者】 |
| 濡木 理 | 東京大学 | 大学院・理学系・研究科 | 教授 | (Kakenデータベース) |
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【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2009 - 2011
【配分額】18,980千円 (直接経費: 14,600千円、間接経費: 4,380千円)