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「ブロテオーム」とサイレントキーワードを含む研究
【情報学】情報基礎学：関数データ解析 ／ブロテオームを含む研究件
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
❏統計学,ニューラルネット,機械学習の新しい融合(13480071)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 統計基礎研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】バイオインフォマチックス / SNPハプロタイピング / 遺伝子発現データ / アダブースト / 独立成分分析 (他19件)
【概要】1.バイオインフォマチックスへの挑戦 癌研究会ゲノムセンターとの共同研究で行ったSNPハプロタイピングの研究がBioinformaticsに掲載予定,国際特許申請中である.次なるプロジェクト,SNPハプロタイプブロックの同定問題について藤澤主導で進行中で論文準備の段階にある.さらに月例のゲノム研究会においてプロテオームの関数データ解析についても同時進行している.日本統計関連学会連合大会2003・企...
【情報学】人間情報学：ブースティング(Boosting) ／ブロテオームを含む研究件
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
❏統計学,ニューラルネット,機械学習の新しい融合(13480071)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 統計基礎研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】バイオインフォマチックス / SNPハプロタイピング / 遺伝子発現データ / アダブースト / 独立成分分析 (他19件)
【概要】1.バイオインフォマチックスへの挑戦 癌研究会ゲノムセンターとの共同研究で行ったSNPハプロタイピングの研究がBioinformaticsに掲載予定,国際特許申請中である.次なるプロジェクト,SNPハプロタイプブロックの同定問題について藤澤主導で進行中で論文準備の段階にある.さらに月例のゲノム研究会においてプロテオームの関数データ解析についても同時進行している.日本統計関連学会連合大会2003・企...
【情報学】人間情報学：独立成分分析 ／ブロテオームを含む研究件
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
❏統計学,ニューラルネット,機械学習の新しい融合(13480071)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 統計基礎研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】バイオインフォマチックス / SNPハプロタイピング / 遺伝子発現データ / アダブースト / 独立成分分析 (他19件)
【概要】1.バイオインフォマチックスへの挑戦 癌研究会ゲノムセンターとの共同研究で行ったSNPハプロタイピングの研究がBioinformaticsに掲載予定,国際特許申請中である.次なるプロジェクト,SNPハプロタイプブロックの同定問題について藤澤主導で進行中で論文準備の段階にある.さらに月例のゲノム研究会においてプロテオームの関数データ解析についても同時進行している.日本統計関連学会連合大会2003・企...
【情報学】情報学フロンティア：機械学習 ／ブロテオームを含む研究件
❏多様な半構造化データからのデータ構造推定(24300054)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】馬見塚 拓 京都大学, 化学研究所, 教授 (00346107)
【キーワード】知識発見とデータマイニング / グラフマイニング / 機械学習 / 生体生命情報学 / 人工知能 (他7件)
【概要】本研究では、グラフやネットワークに代表される半構造化データの様々な問題設定に対する解決手法を構築することを目指してきた。特に、ノードとリンクで表されるグラフにおいて、ノードに付けられたラベルに関する「ラベル伝搬」、さらに、リンクを予測する「リンク予測」という二つの問題に着目した。さらに、手法構築のみならず実データへの適用及び有効性実証を行った。この応用においては、特に生命科学におけるグラフデータ等...
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
❏統計学,ニューラルネット,機械学習の新しい融合(13480071)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 統計基礎研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】バイオインフォマチックス / SNPハプロタイピング / 遺伝子発現データ / アダブースト / 独立成分分析 (他19件)
【概要】1.バイオインフォマチックスへの挑戦 癌研究会ゲノムセンターとの共同研究で行ったSNPハプロタイピングの研究がBioinformaticsに掲載予定,国際特許申請中である.次なるプロジェクト,SNPハプロタイプブロックの同定問題について藤澤主導で進行中で論文準備の段階にある.さらに月例のゲノム研究会においてプロテオームの関数データ解析についても同時進行している.日本統計関連学会連合大会2003・企...
【複合領域】一般理論：個人差 ／ブロテオームを含む研究件
❏プロテオーム解析による抗がん剤反応性関連タンパク質の解明とバイオマーカーへの応用(21590176)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 薬学部, 講師 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗がん剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他8件)
【概要】抗がん剤治療の個別化には個々の患者の薬剤反応性を治療開始前に見極めるバイオマーカーの確立が必須である。本研究では、研究代表者が大腸癌におけるオキサリプラチン感受性予測候補タンパク質として見出した細胞内タンパク質S100A10の機能解析と臨床応用に向けた基礎的検討を行なった。その結果、S100A10が抗腫瘍メカニズムの異なる抗がん剤に対して異なる挙動を示しその発現変化はオキサリプラチン特異的であるこ...
❏抗がん剤反応性の個体差解明とバイオマーカー開発をめざしたプロテオーム解析(20390049)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他9件)
【概要】本研究では、プロテオーム解析手法により癌細胞の抗がん剤感受性と相関して発現変動するタンパク質を網羅的に探索し、抗腫瘍効果の個人差解明と薬剤反応性の指標となるバイオマーカーの開発をめざした。研究の結果、ヒト大腸癌細胞における発現量がオキサリプラチンに対する感受性と相関を示すタンパク質を発見し、S100A10タンパク質と同定した。さらに、5-フルオロウラシルやイリノテカン活性代謝物曝露に対して特徴的な...
❏抗癌剤感受性に関連するタンパク質(ペプチド)バイオマーカーの研究(19659041)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤感受性 / 個人差 / バイオマーカー (他10件)
【概要】本研究では、抗癌剤反応性の個人差解明を目指し、薬効発現本体であるタンパク質を標的としたプロテオーム解析により抗癌剤感受性バイオマーカーを見出すことを目的とした。初年度(平成19年度)は、Surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (SELDI-TOF MS)を用いて、オキサリプラチン(L...
【数物系科学】地球惑星科学：軟体動物 ／ブロテオームを含む研究件
❏盗葉緑体現象における遺伝子伝搬に依らない形質伝搬機構をタンパク質解析から解明する(22K06345)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2022-04-01 - 2027-03-31
【研究代表者】前田 太郎 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任助教 (50631404)
【キーワード】盗葉緑体現象 / プロテオーム / 種間相互作用 / 光合成 / 軟体動物
【概要】
❏貝殻らせん成長メカニズムの解明：進化発生古生物学創成に向けて(18H01323)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (80251411)
【キーワード】形態形成 / 軟体動物 / 進化発生学 / 貝殻形成 / らせん成長 (他14件)
【概要】本年度は以下の4つの項目の研究を主に行った。(1)軟体動物の貝殻基質タンパク質(SMP)の分子進化学的研究、(2) Wnt遺伝子の貝殻形成への関与の分析、(3)クサイロアオガイ（Nipponacmea fuscoviridis）胚への遺伝子導入の技術開発、（４）L. stagnalisのSMP遺伝子の発現非対称性を利用した貝殻形成で重要なSMPの同定。(1)では軟体動物におけるZona pellu...
❏系統ゲノム学による頭足類の進化の統合的理解(12F02330)
【研究テーマ】層位・古生物学
【研究種目】特別研究員奨励費
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)
【キーワード】系統ゲノム解析 / 頭足類 / 生体鉱物 / オウムガイ / 貝殻タンパク質 (他13件)
【概要】本研究の主な目的は、頭足類の進化を総合的に理解することである。目的を達成するためには、以下の二つのサブテーマで研究を進めて行く。 1.頭足類オウムガイの貝殻基質タンパク質の同定 本研究で，オウムガイ Nautilus pompilius の貝殻基質タンパク質の同定をした．具体的には，61個の貝殻基質水溶性タンパク質を同定した．そのうちの36タンパクについて，保存的機能ドメインの同定が出来た．また，...
【生物学】基礎生物学：タンパク質間相互作用 ／ブロテオームを含む研究件
❏大腸菌プロテオームチップによる大規模タンパク質間相互作用解析(17201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / マイクロアレイ / 微生物ゲノム / 蛍光ラベル化法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】申請者らが独自に開発した「タンパク質C末端ラベル化法」を用いて、大腸菌の全タンパク質約4400を1枚のチップに固定化したプロテオームチップによる大規模なタンパク質問相互作用解析を行うために、(1)プローブとする大腸菌タンパク質のC末端蛍光ラベル化、(2)大腸菌全タンパク質約4400種類を固定化したプロテオームチップの作製、(3)タンパク質問相互作用の検出および解析の各ステップにおいてハイスループッ...
❏選択的スプライシングに起因する疾患遺伝子のプロテオーム解析(16201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】柳川 弘志 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (40327672)
【キーワード】選択的スプライシング / 疾患遺伝子 / プロテオーム / In vitro virus法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】(1)スプライス・バリアント情報の収集:選択的スプライシングが疾患に関連すると考えられる遺伝子の抽出を行った。ASDBから選択的スプライシングによって複数のタンパク質が発現している遺伝子を、OMIMから癌・アルツハイマーなどの疾患に関連する遺伝子をそれぞれ抽出し、これら両方に含まれる候補遺伝子の絞込みを行った。(2)IVV法のハイスループット・スクリーニングシステムの構築:96個のベイトタンパク質...
【総合理工】応用物理学：質量分析 ／ブロテオームを含む研究件
❏タンパク質量の均一化による微量タンパク質の網羅的解析(15K13750)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】松本 桂彦 国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 特別研究員 (60632859)
【キーワード】プロテオーム / 質量分析 / プロテオミクス
【概要】細胞の機能を調節している転写因子などの重要なタンパク質のおおくは、細胞内で微量にしか発現していないことが多く、これらを質量分析によって検出することは困難であった。そこで、無細胞翻訳系を用いた簡便な同位体標識標準ペプチドと、静電相互作用、疎水性相互作用を用いたクロマトグラフィーによる多次元の分離により、標的タンパク質フラグメントの純度を高めることで、微量タンパク質の高感度な絶対定量法であるMS-QB...
❏加齢に伴い変動するアミロイド凝集体の網羅的プロテオーム解析(23659150)
【研究テーマ】医化学一般
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】樋口 京一 信州大学, 医学系研究科, 教授 (20173156)
【キーワード】加齢医学 / 老化 / アミロイド / 疾患モデル動物 / 質量分析 (他14件)
【概要】若齢から老齢に至るマウスからアミロイド線維／凝集体を分取し、網羅的プロテオーム解析を行った。 マウスを２ヶ月齡～28ヶ月齡で屠殺し、肝臓、脳、心臓及び筋肉を採取した。またマウスにアミロイド線維を投与しアミロイドーシスを誘発して4～10ヶ月後に臓器を採取した。これらの臓器よりアミロイド線維／凝集体を分取し、LC/MS/MSシステムで蛋白質の網羅的同定と定量を行った。 1. 老齢マウス脳で有意に増加す...
❏精子膜全タンパク質のレクチンを併用したプロテオーム解析と精子機能との関連(15591777)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2003 - 2004
【研究代表者】久慈 直昭 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (80169987)
【キーワード】ヒト / 精子 / プロテオーム / タンパク質リン酸化 / 凍結保存 (他8件)
【概要】本研究ではヒト精子に発現する全タンパクのプロファイリングに加え、レクチンを用いた糖タンパクの解析、凍結保存の影響、不妊との関連、そして精子機能とリン酸化の関連を検討した。ヒト、およびマウス精子膜抽出タンパクよりヒトでは560個、マウスでは318個の独立したスポットを認め、各々118個、94個についてタンパク質の同定が可能であった。マウスとヒト精子両方ともに確認されたタンパクは、すでにプロテオーム解...
【総合生物】生体分子化学：乾眠 ／ブロテオームを含む研究件
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏マルチオミクス解析によるクマムシの乾燥耐性・極限環境耐性分子機構の解明(22681029)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任講師 (40453550)
【キーワード】メタボローム / システム生物学 / プロテオーム / 乾眠 / クマムシ (他15件)
【概要】陸生のクマムシの多くは周囲の環境の乾燥により、ほぼ完全な脱水を伴って生命活動を可逆的停止する「乾眠」という機構を持つが、その分子機構は未だ明らかではない。そこで、本研究ではヨコヅナクマムシ乾眠前後の主にメタボロームとリン酸化プロテオームによるマルチオミクスにより、有意に変動を示す鍵分子を特定すると共に、その制御機構を解析した。結果、CE-TOFMSとLC-TOFMSを組み合わせたメタボロミクスによ...
❏動物における乾燥耐性・極限環境耐性機構のプロテオーム解析(21710223)
【研究テーマ】生物分子科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教 (10463879)
【キーワード】プロテオミクス / クマムシ / 極限環境耐性 / 乾眠 / 放射線耐性 (他13件)
【概要】ヨコヅナクマムシの持つ高い乾燥耐性・極限環境耐性を支えるタンパク質の候補として、加熱しても凝集しないクマムシ固有のタンパク質群を初めて同定しこれらのタンパク質群が乾燥前から大量に発現していることを明らかにした。また、同様の性質を持つタンパク質が乾燥耐性の弱いクマムシにおいても存在することを見出し、その凝集温度と乾燥耐性との間に一部相関関係が見られることを明らかにした。また、放射線耐性に関わるタンパ...
【総合生物】生体医工学・生体材料学：構造精密化 ／ブロテオームを含む研究件
❏タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析(20500269)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】プロテオーム / 生体生命情報学 / タンパク質 / 不規則領域 / 蛋白質 (他9件)
【概要】PDBに登録されている各タンパク質構造に対し、disorderの「程度」を評価する基準を求め、データベースとしてまとめた。また、disorder 領域と機能部位との関係について解析を行った。 ...
❏高精度タンパク質構造モデリングおよび構造評価手法の開発(17500191)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】生体生命情報学 / プロテオーム / 蛋白質構造予測 / 蛋白質構造精密化 / 蛋白質構造評価 (他11件)
【概要】タンパク質の詳細な機能の解析、酵素、薬剤設計などの応用には、全原子レベルの精度の高い構造予測(モデリング)が重要である。本研究では、ホモロジーモデリングなど、既存の構造予測手法で得られた構造に対して、重要な部位について重点的に予測精度を向上させることが目的とする高精度タンパク質構造モデリングシステムを開発した。本研究で開発した構造モデリング手法は、(1)局所構造情報を利用した側鎖モデリング、(2)...
【総合生物】生体医工学・生体材料学：構造評価 ／ブロテオームを含む研究件
❏タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析(20500269)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】プロテオーム / 生体生命情報学 / タンパク質 / 不規則領域 / 蛋白質 (他9件)
【概要】PDBに登録されている各タンパク質構造に対し、disorderの「程度」を評価する基準を求め、データベースとしてまとめた。また、disorder 領域と機能部位との関係について解析を行った。 ...
❏高精度タンパク質構造モデリングおよび構造評価手法の開発(17500191)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】生体生命情報学 / プロテオーム / 蛋白質構造予測 / 蛋白質構造精密化 / 蛋白質構造評価 (他11件)
【概要】タンパク質の詳細な機能の解析、酵素、薬剤設計などの応用には、全原子レベルの精度の高い構造予測(モデリング)が重要である。本研究では、ホモロジーモデリングなど、既存の構造予測手法で得られた構造に対して、重要な部位について重点的に予測精度を向上させることが目的とする高精度タンパク質構造モデリングシステムを開発した。本研究で開発した構造モデリング手法は、(1)局所構造情報を利用した側鎖モデリング、(2)...
【総合生物】生体医工学・生体材料学：構造予測 ／ブロテオームを含む研究件
❏タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析(20500269)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】プロテオーム / 生体生命情報学 / タンパク質 / 不規則領域 / 蛋白質 (他9件)
【概要】PDBに登録されている各タンパク質構造に対し、disorderの「程度」を評価する基準を求め、データベースとしてまとめた。また、disorder 領域と機能部位との関係について解析を行った。 ...
❏高精度タンパク質構造モデリングおよび構造評価手法の開発(17500191)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】生体生命情報学 / プロテオーム / 蛋白質構造予測 / 蛋白質構造精密化 / 蛋白質構造評価 (他11件)
【概要】タンパク質の詳細な機能の解析、酵素、薬剤設計などの応用には、全原子レベルの精度の高い構造予測(モデリング)が重要である。本研究では、ホモロジーモデリングなど、既存の構造予測手法で得られた構造に対して、重要な部位について重点的に予測精度を向上させることが目的とする高精度タンパク質構造モデリングシステムを開発した。本研究で開発した構造モデリング手法は、(1)局所構造情報を利用した側鎖モデリング、(2)...
【総合生物】放射線生物学：クマムシ ／ブロテオームを含む研究件
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏ミトコンドリアをモデルとしたクマムシの極限環境耐性メカニズムの解析(26660288)
【研究テーマ】応用分子細胞生物学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (10463879)
【キーワード】ミトコンドリア / クマムシ / 乾燥耐性 / プロテオーム / 乾燥休眠
【概要】陸生クマムシの一部は乾眠と呼ばれる脱水状態になって乾燥に耐えるが、その分子基盤には不明な点が多い。本研究では耐性の単純モデルとしてクマムシのミトコンドリアに着目し、ストレス耐性に関わる候補タンパク質として2種の熱可溶性タンパク質を初めて同定した。これらのタンパク質はヒト培養細胞の高浸透圧耐性を向上させることを示した。さらに、クマムシ個体から高純度のミトコンドリア分画を分離する方法を確立し、ショット...
❏マルチオミクス解析によるクマムシの乾燥耐性・極限環境耐性分子機構の解明(22681029)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任講師 (40453550)
【キーワード】メタボローム / システム生物学 / プロテオーム / 乾眠 / クマムシ (他15件)
【概要】陸生のクマムシの多くは周囲の環境の乾燥により、ほぼ完全な脱水を伴って生命活動を可逆的停止する「乾眠」という機構を持つが、その分子機構は未だ明らかではない。そこで、本研究ではヨコヅナクマムシ乾眠前後の主にメタボロームとリン酸化プロテオームによるマルチオミクスにより、有意に変動を示す鍵分子を特定すると共に、その制御機構を解析した。結果、CE-TOFMSとLC-TOFMSを組み合わせたメタボロミクスによ...
【農学】境界農学：乾燥耐性 ／ブロテオームを含む研究件
❏ミトコンドリアをモデルとしたクマムシの極限環境耐性メカニズムの解析(26660288)
【研究テーマ】応用分子細胞生物学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (10463879)
【キーワード】ミトコンドリア / クマムシ / 乾燥耐性 / プロテオーム / 乾燥休眠
【概要】陸生クマムシの一部は乾眠と呼ばれる脱水状態になって乾燥に耐えるが、その分子基盤には不明な点が多い。本研究では耐性の単純モデルとしてクマムシのミトコンドリアに着目し、ストレス耐性に関わる候補タンパク質として2種の熱可溶性タンパク質を初めて同定した。これらのタンパク質はヒト培養細胞の高浸透圧耐性を向上させることを示した。さらに、クマムシ個体から高純度のミトコンドリア分画を分離する方法を確立し、ショット...
❏マルチオミクス解析によるクマムシの乾燥耐性・極限環境耐性分子機構の解明(22681029)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任講師 (40453550)
【キーワード】メタボローム / システム生物学 / プロテオーム / 乾眠 / クマムシ (他15件)
【概要】陸生のクマムシの多くは周囲の環境の乾燥により、ほぼ完全な脱水を伴って生命活動を可逆的停止する「乾眠」という機構を持つが、その分子機構は未だ明らかではない。そこで、本研究ではヨコヅナクマムシ乾眠前後の主にメタボロームとリン酸化プロテオームによるマルチオミクスにより、有意に変動を示す鍵分子を特定すると共に、その制御機構を解析した。結果、CE-TOFMSとLC-TOFMSを組み合わせたメタボロミクスによ...
【農学】森林圏科学：担子菌 ／ブロテオームを含む研究件
❏担子菌による木材分解の引き金となるヘミセルロース分子構造の認識と応答機構(20380100)
【研究テーマ】木質科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】木質バイオマス / 木材分解 / セルロース / ヘミセルロース / 担子菌 (他13件)
【概要】担子菌Phanerochaete chrysosporiumによるセルロースの分解はキシランの存在によって促進される。キシランの分解によって生成したキシロオリゴ糖がいくつかのセルロース分解関連酵素の遺伝子発現を増強し、このことがセルロース分解の促進の一因となると示唆された。また、キシラン中のアセチル残基のエステル結合の開裂と引き続くキシロオリゴ糖の生成によるセルロース分解酵素系の誘導が本菌による木...
❏担子菌がセルロース分解過程で生産する多様な菌体外酵素の網羅的解析(17380102)
【研究テーマ】林産科学・木質工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】遺伝子 / 糖質加水分解酵素 / バイオマス / プロテオーム / セルロース (他10件)
【概要】本研究の成果により、担子菌Phanerochaete chrysosporiumがセルロース分解培養系において分泌する菌体外酵素について、二次元電気泳動法による分離、さらに分離されたそれぞれの酵素についてのLS-MS/MS解析、また、これらより得られたアミノ酸配列情報について同菌のゲノム塩基配列データベースへの検索により、網羅的に同定することが可能であることが示された。また、それぞれの研究目的に応...
❏糸状菌における多様なセルロース分解酵素の機能と遺伝子発現の解析(14360094)
【研究テーマ】林産学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2002 - 2004
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】セルロース / 糖質分解酵素 / セルラーゼ / 糸状菌 / プロテオーム (他16件)
【概要】糸状菌によるセルロース分解は菌体外においてセルラーゼによりセルロースがセロビオースに変換され,さらにβ-グルコシダーゼによってセロビオースはグルコースに変換されたのち,菌体内に取り込まれてエネルギー源として代謝されていくと考えられてきた。しかしながら,多くの糸状菌ではβ-グルコシダーゼに加えて,セロビオース脱水素酵素と呼ばれる酸化還元酵素がセルロース分解過程で生産されてくることが知られている。 そ...
【農学】森林圏科学：セルロース ／ブロテオームを含む研究件
❏担子菌による木材分解の引き金となるヘミセルロース分子構造の認識と応答機構(20380100)
【研究テーマ】木質科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】木質バイオマス / 木材分解 / セルロース / ヘミセルロース / 担子菌 (他13件)
【概要】担子菌Phanerochaete chrysosporiumによるセルロースの分解はキシランの存在によって促進される。キシランの分解によって生成したキシロオリゴ糖がいくつかのセルロース分解関連酵素の遺伝子発現を増強し、このことがセルロース分解の促進の一因となると示唆された。また、キシラン中のアセチル残基のエステル結合の開裂と引き続くキシロオリゴ糖の生成によるセルロース分解酵素系の誘導が本菌による木...
❏担子菌がセルロース分解過程で生産する多様な菌体外酵素の網羅的解析(17380102)
【研究テーマ】林産科学・木質工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】遺伝子 / 糖質加水分解酵素 / バイオマス / プロテオーム / セルロース (他10件)
【概要】本研究の成果により、担子菌Phanerochaete chrysosporiumがセルロース分解培養系において分泌する菌体外酵素について、二次元電気泳動法による分離、さらに分離されたそれぞれの酵素についてのLS-MS/MS解析、また、これらより得られたアミノ酸配列情報について同菌のゲノム塩基配列データベースへの検索により、網羅的に同定することが可能であることが示された。また、それぞれの研究目的に応...
❏糸状菌における多様なセルロース分解酵素の機能と遺伝子発現の解析(14360094)
【研究テーマ】林産学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2002 - 2004
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】セルロース / 糖質分解酵素 / セルラーゼ / 糸状菌 / プロテオーム (他16件)
【概要】糸状菌によるセルロース分解は菌体外においてセルラーゼによりセルロースがセロビオースに変換され,さらにβ-グルコシダーゼによってセロビオースはグルコースに変換されたのち,菌体内に取り込まれてエネルギー源として代謝されていくと考えられてきた。しかしながら,多くの糸状菌ではβ-グルコシダーゼに加えて,セロビオース脱水素酵素と呼ばれる酸化還元酵素がセルロース分解過程で生産されてくることが知られている。 そ...
【農学】森林圏科学：Phanerochaete chrysosporium ／ブロテオームを含む研究件
❏担子菌による木材分解の引き金となるヘミセルロース分子構造の認識と応答機構(20380100)
【研究テーマ】木質科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】木質バイオマス / 木材分解 / セルロース / ヘミセルロース / 担子菌 (他13件)
【概要】担子菌Phanerochaete chrysosporiumによるセルロースの分解はキシランの存在によって促進される。キシランの分解によって生成したキシロオリゴ糖がいくつかのセルロース分解関連酵素の遺伝子発現を増強し、このことがセルロース分解の促進の一因となると示唆された。また、キシラン中のアセチル残基のエステル結合の開裂と引き続くキシロオリゴ糖の生成によるセルロース分解酵素系の誘導が本菌による木...
❏担子菌がセルロース分解過程で生産する多様な菌体外酵素の網羅的解析(17380102)
【研究テーマ】林産科学・木質工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】遺伝子 / 糖質加水分解酵素 / バイオマス / プロテオーム / セルロース (他10件)
【概要】本研究の成果により、担子菌Phanerochaete chrysosporiumがセルロース分解培養系において分泌する菌体外酵素について、二次元電気泳動法による分離、さらに分離されたそれぞれの酵素についてのLS-MS/MS解析、また、これらより得られたアミノ酸配列情報について同菌のゲノム塩基配列データベースへの検索により、網羅的に同定することが可能であることが示された。また、それぞれの研究目的に応...
❏糸状菌における多様なセルロース分解酵素の機能と遺伝子発現の解析(14360094)
【研究テーマ】林産学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2002 - 2004
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】セルロース / 糖質分解酵素 / セルラーゼ / 糸状菌 / プロテオーム (他16件)
【概要】糸状菌によるセルロース分解は菌体外においてセルラーゼによりセルロースがセロビオースに変換され,さらにβ-グルコシダーゼによってセロビオースはグルコースに変換されたのち,菌体内に取り込まれてエネルギー源として代謝されていくと考えられてきた。しかしながら,多くの糸状菌ではβ-グルコシダーゼに加えて,セロビオース脱水素酵素と呼ばれる酸化還元酵素がセルロース分解過程で生産されてくることが知られている。 そ...
【農学】水圏応用科学：魚類 ／ブロテオームを含む研究件
❏魚類の飢餓適応における骨格筋タンパク質分解の意義(19K15909)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】小南 友里 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30803572)
【キーワード】飢餓適応 / ペプチドーム解析 / タンパク質分解 / 魚類 / 骨格筋 (他12件)
【概要】魚類は生命活動に係るエネルギー産生をタンパク質の異化に大きく依存しているにも関わらず，飢餓時でも遊泳のために最低限の骨格筋タンパク質量を維持しながら生存できる．このような魚類特有の飢餓適応メカニズムを明らかにすることを目的として，絶食飼育したカンパチの普通筋についてペプチドーム解析を行なった．定量的ペプチドーム解析の結果からは絶食開始2日目にタンパク質分解が亢進することが示唆され，成長ホルモンの分...
❏魚類の筋肉中に存在する脂肪細胞の生理的意義(15H04548)
【研究テーマ】水圏生命科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金子 元 東京大学, 農学生命科学研究科, 助教 (30466809)
【キーワード】代謝フラックス / 脂質 / 糖質 / ホルモン / NMR (他10件)
【概要】魚類は，筋肉に脂質をほとんど含まない寡脂魚と，多量の脂質を含む多脂魚に大別される。両者は単に脂質の含量が異なるだけでなく，筋肉の主要なエネルギー源においても異なっていると考えられる。研究代表者らのこれまでの研究から，本研究は 1) 寡脂魚の筋肉は，エネルギー源として糖質に強く依存する。一方，多脂魚の筋肉は糖質および脂質をバランス良く利用出来る，2) 魚類筋肉中の脂肪細胞は，周辺の筋細胞に遊離脂肪酸...
【医歯薬学】外科系臨床医学：オミックス解析 ／ブロテオームを含む研究件
❏肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明(18H04049)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
【キーワード】肝胆膵がん / ゲノム / オミックス解析 / 分子分類 / 分子標的治療 (他12件)
【概要】肝がんについて、免疫ゲノム解析より腫瘍内の免疫抑制機構の視点で４つの分類を確立した。また、プロテオームとの統合解析を行い、肝臓がんの分子標的薬適応の分類も行った。肝細胞がんと胆管がんが混在する特殊な「混合型肝がん」の統合的ゲノム解析を行い、その可塑性の特徴を明らかにした。胆嚢がんを含む219例の胆道がんのゲノムとRNAデータより、個々の分子標的薬の同定を行い約1/3 の症例について治療薬が見つかっ...
❏グルコース感受性に関わる細菌型mitoNEETシステムの網羅的解析(26670215)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】岩崎 俊雄 日本医科大学, 医学部, 講師 (40277497)
【キーワード】mitoNEET / 鉄硫黄クラスター / 構造生物学 / オミックス解析 / 構造機能 (他13件)
【概要】好熱菌Thermus thermophilusの「細菌型mitoNEET（TthNEET）」は、II型糖尿病改善薬ピオグリタゾン標的候補として発見された哺乳類mitoNEET鉄硫黄蛋白質のホモログであり、クラスター近傍残基も保存されている。先の研究でTthNEET遺伝子完全破壊株につき、「グルコース感受性」が増強され増殖阻害されることを見出した。本研究では、変異導入株の構造解析、表現型解析等を行い...
【医歯薬学】外科系臨床医学：病理学 ／ブロテオームを含む研究件
❏プロテオミクスを応用した神経線維腫発生機構の解析と悪性化因子の同定(21591441)
【研究テーマ】皮膚科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】後藤 孝也 独立行政法人放射線医学総合研究所, 緊急被ばく医療研究センター, 主任研究員 (80284355)
【キーワード】皮膚腫瘍学 / 神経線維腫 / 病態医化学 / 皮膚病理 / 病理学 (他10件)
【概要】神経線維腫症患者から得られた病理標本を用い、神経線維腫の腫瘍部周辺の正常組織と腫瘍部組織から蛋白質試料を抽出し蛍光色素で標識した後、同一ゲル上で1次元、2次元の電気泳動を行い、蛍光強度を比較検討した。腫瘍部と正常部の泳動結果の比較により、一方のみに発現有意を示す蛋白質スポットの同定を行った。同定された分子のみでは、臨床診断や症状との統一的な説明は困難であった。むしろ、組織差より個人差由来とも考えら...
❏パーキンソン症状を自然発症するTUBG2欠損マウスの解析(19890283)
【研究テーマ】実験病理学
【研究種目】若手研究(スタートアップ)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】久保 亜紀子 株式会社三菱化学生命科学研究所, 研究部門・分子加齢医学研究グループ, 特別研究員 (50455573)
【キーワード】脳神経疾患 / 病理学 / 老化 / 神経科学 / プロテオーム
【概要】TUBG2欠損マウスは、パーキンソン様症状を呈する神経変性疾患自然発症マウスである。このマウスの解析を行ったところ、TUBG2欠損の培養線条体神経細胞では野生型よりミトコンドリア機能が低く、細胞内のATPも少なく、細胞内のATP依存的カルシウムチャンネルの活性が落ちており、その結果神経伝達物質の放出が低くなっていることが分かった。TUBG2欠損マウスは線条体から黒質へのGABA性の抑制回路が正常に...
【医歯薬学】外科系臨床医学：マルチオミクス ／ブロテオームを含む研究件
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏マルチオミクス解析によるクマムシの乾燥耐性・極限環境耐性分子機構の解明(22681029)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任講師 (40453550)
【キーワード】メタボローム / システム生物学 / プロテオーム / 乾眠 / クマムシ (他15件)
【概要】陸生のクマムシの多くは周囲の環境の乾燥により、ほぼ完全な脱水を伴って生命活動を可逆的停止する「乾眠」という機構を持つが、その分子機構は未だ明らかではない。そこで、本研究ではヨコヅナクマムシ乾眠前後の主にメタボロームとリン酸化プロテオームによるマルチオミクスにより、有意に変動を示す鍵分子を特定すると共に、その制御機構を解析した。結果、CE-TOFMSとLC-TOFMSを組み合わせたメタボロミクスによ...
【医歯薬学】社会医学：生体生命情報学 ／ブロテオームを含む研究件
❏多様な半構造化データからのデータ構造推定(24300054)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】馬見塚 拓 京都大学, 化学研究所, 教授 (00346107)
【キーワード】知識発見とデータマイニング / グラフマイニング / 機械学習 / 生体生命情報学 / 人工知能 (他7件)
【概要】本研究では、グラフやネットワークに代表される半構造化データの様々な問題設定に対する解決手法を構築することを目指してきた。特に、ノードとリンクで表されるグラフにおいて、ノードに付けられたラベルに関する「ラベル伝搬」、さらに、リンクを予測する「リンク予測」という二つの問題に着目した。さらに、手法構築のみならず実データへの適用及び有効性実証を行った。この応用においては、特に生命科学におけるグラフデータ等...
❏タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析(20500269)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】プロテオーム / 生体生命情報学 / タンパク質 / 不規則領域 / 蛋白質 (他9件)
【概要】PDBに登録されている各タンパク質構造に対し、disorderの「程度」を評価する基準を求め、データベースとしてまとめた。また、disorder 領域と機能部位との関係について解析を行った。 ...
❏高精度タンパク質構造モデリングおよび構造評価手法の開発(17500191)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】生体生命情報学 / プロテオーム / 蛋白質構造予測 / 蛋白質構造精密化 / 蛋白質構造評価 (他11件)
【概要】タンパク質の詳細な機能の解析、酵素、薬剤設計などの応用には、全原子レベルの精度の高い構造予測(モデリング)が重要である。本研究では、ホモロジーモデリングなど、既存の構造予測手法で得られた構造に対して、重要な部位について重点的に予測精度を向上させることが目的とする高精度タンパク質構造モデリングシステムを開発した。本研究で開発した構造モデリング手法は、(1)局所構造情報を利用した側鎖モデリング、(2)...
【医歯薬学】社会医学：マイクロアレイ ／ブロテオームを含む研究件
❏蛍光クエンチ解消原理の天然抗体への適用による革新的免疫測定法の開発(15H04191)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】上田 宏 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (60232758)
【キーワード】バイオセンサー / バイオテクノロジー / 抗体 / 抗原 / 蛍光 (他14件)
【概要】従来の免疫測定法には，測定に多数のステップと最低数時間の時間を要する問題があった。我々は最近，組み換え抗体を用いた蛍光免疫センサータンパク質Quenchbody (Q-body)の構築原理を見いだし，サンプルと混合するだけで低分子からタンパク質まで多くの目的物質（抗原）を蛍光検出することに成功した。今回，その動作原理を精査することで，組換え抗体のみならず天然抗体をもQ-body化しうる方法論を複数...
❏大腸菌プロテオームチップによる大規模タンパク質間相互作用解析(17201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / マイクロアレイ / 微生物ゲノム / 蛍光ラベル化法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】申請者らが独自に開発した「タンパク質C末端ラベル化法」を用いて、大腸菌の全タンパク質約4400を1枚のチップに固定化したプロテオームチップによる大規模なタンパク質問相互作用解析を行うために、(1)プローブとする大腸菌タンパク質のC末端蛍光ラベル化、(2)大腸菌全タンパク質約4400種類を固定化したプロテオームチップの作製、(3)タンパク質問相互作用の検出および解析の各ステップにおいてハイスループッ...
❏階層的統計モデルに基づく異種ゲノム情報の統合手法に関する総合研究(17200020)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2008
【研究代表者】樋口 知之 統計数理研究所, モデリング研究系, 教授 (70202273)
【キーワード】階層ベイズ / 状態空間モデル / グラフィカルモデル / ベイジアンネットワーク / マイクロアレイデータ (他13件)
【概要】一般に生物学的知識は,データベースの形に具現化されることが多い.データベースに登録された情報にも信頼度の属性を与え,つまりそれを確率変数として取り扱うことで,データベースの登録上の過誤やその情報の不確実さをモデル化し,今までのモデルをさらに階層化したベイズモデルを構成した.これにより,マイクロアレイデータからの情報抽出,既存の生物学的知識の有効活用,データベースの信頼性の検証などを統一的に可能にす...
【医歯薬学】歯学：バイオインフォマテイクス ／ブロテオームを含む研究件
❏マルチオミクス解析によるクマムシの乾燥耐性・極限環境耐性分子機構の解明(22681029)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任講師 (40453550)
【キーワード】メタボローム / システム生物学 / プロテオーム / 乾眠 / クマムシ (他15件)
【概要】陸生のクマムシの多くは周囲の環境の乾燥により、ほぼ完全な脱水を伴って生命活動を可逆的停止する「乾眠」という機構を持つが、その分子機構は未だ明らかではない。そこで、本研究ではヨコヅナクマムシ乾眠前後の主にメタボロームとリン酸化プロテオームによるマルチオミクスにより、有意に変動を示す鍵分子を特定すると共に、その制御機構を解析した。結果、CE-TOFMSとLC-TOFMSを組み合わせたメタボロミクスによ...
❏大腸菌プロテオームチップによる大規模タンパク質間相互作用解析(17201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / マイクロアレイ / 微生物ゲノム / 蛍光ラベル化法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】申請者らが独自に開発した「タンパク質C末端ラベル化法」を用いて、大腸菌の全タンパク質約4400を1枚のチップに固定化したプロテオームチップによる大規模なタンパク質問相互作用解析を行うために、(1)プローブとする大腸菌タンパク質のC末端蛍光ラベル化、(2)大腸菌全タンパク質約4400種類を固定化したプロテオームチップの作製、(3)タンパク質問相互作用の検出および解析の各ステップにおいてハイスループッ...
❏選択的スプライシングに起因する疾患遺伝子のプロテオーム解析(16201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】柳川 弘志 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (40327672)
【キーワード】選択的スプライシング / 疾患遺伝子 / プロテオーム / In vitro virus法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】(1)スプライス・バリアント情報の収集:選択的スプライシングが疾患に関連すると考えられる遺伝子の抽出を行った。ASDBから選択的スプライシングによって複数のタンパク質が発現している遺伝子を、OMIMから癌・アルツハイマーなどの疾患に関連する遺伝子をそれぞれ抽出し、これら両方に含まれる候補遺伝子の絞込みを行った。(2)IVV法のハイスループット・スクリーニングシステムの構築:96個のベイトタンパク質...
【医歯薬学】薬学：形態形成 ／ブロテオームを含む研究件
❏貝殻らせん成長メカニズムの解明：進化発生古生物学創成に向けて(18H01323)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (80251411)
【キーワード】形態形成 / 軟体動物 / 進化発生学 / 貝殻形成 / らせん成長 (他14件)
【概要】本年度は以下の4つの項目の研究を主に行った。(1)軟体動物の貝殻基質タンパク質(SMP)の分子進化学的研究、(2) Wnt遺伝子の貝殻形成への関与の分析、(3)クサイロアオガイ（Nipponacmea fuscoviridis）胚への遺伝子導入の技術開発、（４）L. stagnalisのSMP遺伝子の発現非対称性を利用した貝殻形成で重要なSMPの同定。(1)では軟体動物におけるZona pellu...
❏顎顔面形態形成に関わるリン酸化シグナル伝達機構のプロテオーム解析(15390559)
【研究テーマ】機能系基礎歯科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2003 - 2004
【研究代表者】武田 弘資 東京大学, 大学院・薬学系研究科, 講師 (10313230)
【キーワード】リン酸化 / シグナル伝達 / プロテオーム / 形態形成
【概要】p38 MAPキナーゼ経路はリン酸化反応を用いた細胞内情報伝達系であり、分化の制御や発生過程でのアポトーシスの制御に重要な役割を担っていることが明らかとなっている。われわれは、この経路の上流の制御分子であるASK1の恒常的活性化型変異体を発現させ、p38 MAPキナーゼを選択的かつ恒常的に活性化させることによりPC12細胞を神経細胞様に分化させる系を確立した。この細胞を用いたプロテオーム解析の結果...
【医歯薬学】薬学：りん酸化 ／ブロテオームを含む研究件
❏複合体ダイナミクスと機能プロテオミクスの融合による放射線感受性制御機構の解明(26461880)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】榎本 敦 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 講師 (20323602)
【キーワード】Proteomics / STK38 / Radiation sensitivity / DNA damage responses / DNA損傷応答 (他11件)
【概要】研究代表者の複合体形成と機能プロテオーム情報を基盤とした放射線感受性制御のメカニズムの研究においては、放射線によって活性化するタンパク質リン酸化酵素STK38がCDC25Aの76番目のセリン残基をリン酸化すること、STK38 shRNA発現ベクターを導入して、STK38を発現抑制させたノックダウン細胞ではX線照射後のCDC25Aのリン酸化やG2/M期の細胞の割合が減少していることが明らかとなった。...
❏発達障害原因遺伝子ＣＤＫＬ５のプロテオミクスとＫＯマウス解析による包括的機能解明(23500381)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】田中 輝幸 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (10246647)
【キーワード】発達障害 / てんかん / シナプス / ノックアウトマウス / プロテオーム解析 (他15件)
【概要】神経発達障害の原因遺伝子CDKL5の生体内分子機能と遺伝子変異による病態機序の解明を目的として、私はCdkl5 ノックアウト (KO)マウスを独自に作製し、神経科学的表現型解析を行った。その結果Cdkl5 KOマウスにおいて、海馬神経細胞樹状突起スパインの形態・密度異常、情動・記憶障害等の行動異常、易痙攣性、更にシナプス機能・蛋白質の異常を同定した。酵母ツーハイブリッド法とプロテオミクス解析を用い...
❏新規に同定したＥＲＫ基質群のリン酸化による制御メカニズムの包括的解明(23570231)
【研究テーマ】細胞生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011-04-28 - 2015-03-31
【研究代表者】小迫 英尊 徳島大学, 藤井節郎記念医科学センター, 教授 (10291171)
【キーワード】ERK / MAPキナーゼ / リン酸化 / 細胞内情報伝達 / 細胞運動 (他12件)
【概要】真核生物に普遍的に存在するERK/MAPキナーゼは、様々な基質をリン酸化することによって細胞内で多彩かつ重要な役割を果たしている。本研究では、独自のリン酸化プロテオーム解析法によって研究代表者らが新たに同定した複数のERK基質について、ERKによるリン酸化部位を同定した後、リン酸化による機能制御を生化学的に検討した。さらにERKによる細胞機能の制御における、それぞれのERK基質の役割を明らかにした...
【医歯薬学】薬学：細胞内情報伝達 ／ブロテオームを含む研究件
❏新規に同定したＥＲＫ基質群のリン酸化による制御メカニズムの包括的解明(23570231)
【研究テーマ】細胞生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011-04-28 - 2015-03-31
【研究代表者】小迫 英尊 徳島大学, 藤井節郎記念医科学センター, 教授 (10291171)
【キーワード】ERK / MAPキナーゼ / リン酸化 / 細胞内情報伝達 / 細胞運動 (他12件)
【概要】真核生物に普遍的に存在するERK/MAPキナーゼは、様々な基質をリン酸化することによって細胞内で多彩かつ重要な役割を果たしている。本研究では、独自のリン酸化プロテオーム解析法によって研究代表者らが新たに同定した複数のERK基質について、ERKによるリン酸化部位を同定した後、リン酸化による機能制御を生化学的に検討した。さらにERKによる細胞機能の制御における、それぞれのERK基質の役割を明らかにした...
❏プロテオミクスを応用した神経線維腫発生機構の解析と悪性化因子の同定(21591441)
【研究テーマ】皮膚科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】後藤 孝也 独立行政法人放射線医学総合研究所, 緊急被ばく医療研究センター, 主任研究員 (80284355)
【キーワード】皮膚腫瘍学 / 神経線維腫 / 病態医化学 / 皮膚病理 / 病理学 (他10件)
【概要】神経線維腫症患者から得られた病理標本を用い、神経線維腫の腫瘍部周辺の正常組織と腫瘍部組織から蛋白質試料を抽出し蛍光色素で標識した後、同一ゲル上で1次元、2次元の電気泳動を行い、蛍光強度を比較検討した。腫瘍部と正常部の泳動結果の比較により、一方のみに発現有意を示す蛋白質スポットの同定を行った。同定された分子のみでは、臨床診断や症状との統一的な説明は困難であった。むしろ、組織差より個人差由来とも考えら...
❏プロテオーム解析によるネフローゼ症候群の病因・病態の解明(19390281)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2007 - 2009
【研究代表者】五十嵐 隆 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (70151256)
【キーワード】ネフローゼ症候群 / 蛋白尿 / プロテオミクス / 腎臓 / 糸球体上皮細胞 (他14件)
【概要】小児期発症の腎疾患の代表的存在であるネフローゼ症候群は、糸球体血管係蹄に存在する蛋白濾過障壁の破綻により発症する。近年、podocyte(糸球体上皮細胞)およびpodocyteを連結するslit膜が蛋白尿濾過障壁の実体であることが明らかになってきた。特に腎特異的発現分子であるnephrinがslit膜の機能と構造維持に中心的役割を担う。本研究において私共はnephrinやNeph1などのスリット膜...
【医歯薬学】薬学：ミトコンドリア ／ブロテオームを含む研究件
❏遺伝子非コード領域ORFから翻訳される機能性タンパク質の探索(16K15116)
【研究テーマ】生物系薬学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】相澤 康則 東京工業大学, バイオ研究基盤支援総合センター, 講師 (90418674)
【キーワード】非コードゲノム / ORF / ミトコンドリア / 膜電位 / ペプチドモチーフ (他10件)
【概要】ヒトゲノムは解読されてから15年以上経っているが、未だその中に幾つの遺伝子があり、ヒトゲノムに何種類のタンパク質がコードされているのか未解明のままである。当研究室では、これまでの通説ではタンパク質をコードしていないと考えられていたヒトゲノム領域（非コード領域）から、タンパク質が産生される例を１つ発見している。本研究では、この発見の経緯で得られた経験をもとに、２つめの事例を探索した結果、ミトコンドリ...
❏ミトコンドリアをモデルとしたクマムシの極限環境耐性メカニズムの解析(26660288)
【研究テーマ】応用分子細胞生物学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (10463879)
【キーワード】ミトコンドリア / クマムシ / 乾燥耐性 / プロテオーム / 乾燥休眠
【概要】陸生クマムシの一部は乾眠と呼ばれる脱水状態になって乾燥に耐えるが、その分子基盤には不明な点が多い。本研究では耐性の単純モデルとしてクマムシのミトコンドリアに着目し、ストレス耐性に関わる候補タンパク質として2種の熱可溶性タンパク質を初めて同定した。これらのタンパク質はヒト培養細胞の高浸透圧耐性を向上させることを示した。さらに、クマムシ個体から高純度のミトコンドリア分画を分離する方法を確立し、ショット...
【医歯薬学】薬学：生体分子 ／ブロテオームを含む研究件
❏機能性非コードRNA結合蛋白質を網羅的に同定する新たな基盤技術の開発(16K15212)
【研究テーマ】医化学一般
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】武川 睦寛 東京大学, 医科学研究所, 教授 (30322332)
【キーワード】非コードRNA / 蛋白質 / 機能性RNA / 核酸 / 細胞 (他8件)
【概要】近年、miRNAやlncRNA等に代表されるノンコーディング(nc)RNAが、細胞内で核酸や蛋白質と相互作用して、多彩な生命機能の制御に寄与すること、また、その異常が疾病発症に関与することが明らかにされ、注目を集めている。しかし、個々のncRNAの機能に関しては依然として不明な点が多い。本研究では、ncRNAの機能解析に資する新たな基盤技術の確立を目指して、生細胞内でncRNAと特異的に結合する分...
❏アバカビルによる過敏症発症機構の解析(22659029)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】鈴木 洋史 東京大学, 医学部・附属病院, 教授 (80206523)
【キーワード】薬剤反応性 / 特異体質性毒性 / プロテオーム / 免疫応答 / HLA (他8件)
【概要】HLA-B* 5701保因者におけるアバカビル過敏症では、従来の知見より想定されたプロテインアダクト由来のペプチドではなく、アバカビルそのものが異常抗原として抗原提示されている可能性が示唆された。同様の機序により副作用が発生する場合、従来のプロテインアダクト量に基づいたスクリーニング系では、リスク評価が不能であり、HLA多型特異的に薬物(もしくは代謝物)が提示されるか否かを判別する評価系を組み合わ...
❏リン酸化プロテオーム解析による白血病細胞のリン酸化異常の解明および治療への応用(22591168)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】嶋田 博之 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (80265868)
【キーワード】小児腫瘍学 / 癌 / 生体分子 / プロテオーム / リン酸化 (他6件)
【概要】種々の病型の白血病細胞株(25 種程度)およびレトロウィルス感染系を用いてBCR-ABL を導入したマウス骨髄細胞のトリプシン消化物から、HAMMOC法を用いてリン酸化ペプチドを濃縮し、LC-MS/MS法によりリン酸化タンパク質の同定ならびにリン酸化部位の同定を行った。その結果、BCR-ABL陽性細胞において4500以上のリン酸化部位を同定した。BCR-ABL陰性の白血病細胞株を並べて解析すると、...
【医歯薬学】薬学：イリノテカン ／ブロテオームを含む研究件
❏抗がん剤反応性の個体差解明とバイオマーカー開発をめざしたプロテオーム解析(20390049)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他9件)
【概要】本研究では、プロテオーム解析手法により癌細胞の抗がん剤感受性と相関して発現変動するタンパク質を網羅的に探索し、抗腫瘍効果の個人差解明と薬剤反応性の指標となるバイオマーカーの開発をめざした。研究の結果、ヒト大腸癌細胞における発現量がオキサリプラチンに対する感受性と相関を示すタンパク質を発見し、S100A10タンパク質と同定した。さらに、5-フルオロウラシルやイリノテカン活性代謝物曝露に対して特徴的な...
❏抗がん剤反応性の個人差解明をめざしたプロテオーム解析(18390053)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】個別化医療 / プロテオーム / メタボローム / バイオマーカー / 薬剤感受性 (他12件)
【概要】薬剤の反応性には個人差(レスポンダー/ノンレスポンダー)がある。本研究では、がん薬物治療の個別化を目指し、タンパク質発現、細胞内代謝物の変動といった薬剤に対する生体反応の統合的解析による薬剤反応性指標マーカーを見出すことを目的とする。大腸癌治療におけるkey drugであるオキサリプラチン(L-OHP)、イリノテカン(CPT-11)、フルオロウラシル(5-FU)を対象に、ヒト大腸癌細胞株を用いたプ...
【医歯薬学】薬学：細胞 ／ブロテオームを含む研究件
❏機能性非コードRNA結合蛋白質を網羅的に同定する新たな基盤技術の開発(16K15212)
【研究テーマ】医化学一般
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】武川 睦寛 東京大学, 医科学研究所, 教授 (30322332)
【キーワード】非コードRNA / 蛋白質 / 機能性RNA / 核酸 / 細胞 (他8件)
【概要】近年、miRNAやlncRNA等に代表されるノンコーディング(nc)RNAが、細胞内で核酸や蛋白質と相互作用して、多彩な生命機能の制御に寄与すること、また、その異常が疾病発症に関与することが明らかにされ、注目を集めている。しかし、個々のncRNAの機能に関しては依然として不明な点が多い。本研究では、ncRNAの機能解析に資する新たな基盤技術の確立を目指して、生細胞内でncRNAと特異的に結合する分...
❏単純ヘルペスウイルスの統一的多因子機能解析(26293102)
【研究テーマ】ウイルス学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】川口 寧 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60292984)
【キーワード】ウイルス / HSV / VP26 / カプシド成熟 / 細胞 (他10件)
【概要】HSV因子ICP22、gB、ICP0が、HSV因子複合体UL31/UL34、宿主因子NMHC-IIB、宿主転写因子RanBP10とそれぞれ相互作用し、HSVカプシドの核外輸送、細胞侵入、遺伝子発現を制御することを明らかにした。また、HSVがコードするDNA分解酵素UL12の酵素活性が、リン酸化で制御され、その制御がHSVの病態発現に極めて重要であることを明らかにした。さらに、機能が未知のHSV因子...
【医歯薬学】薬学：プロテインチップ ／ブロテオームを含む研究件
❏抗癌剤感受性に関連するタンパク質(ペプチド)バイオマーカーの研究(19659041)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤感受性 / 個人差 / バイオマーカー (他10件)
【概要】本研究では、抗癌剤反応性の個人差解明を目指し、薬効発現本体であるタンパク質を標的としたプロテオーム解析により抗癌剤感受性バイオマーカーを見出すことを目的とした。初年度(平成19年度)は、Surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (SELDI-TOF MS)を用いて、オキサリプラチン(L...
❏抗がん剤反応性の個人差解明をめざしたプロテオーム解析(18390053)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】個別化医療 / プロテオーム / メタボローム / バイオマーカー / 薬剤感受性 (他12件)
【概要】薬剤の反応性には個人差(レスポンダー/ノンレスポンダー)がある。本研究では、がん薬物治療の個別化を目指し、タンパク質発現、細胞内代謝物の変動といった薬剤に対する生体反応の統合的解析による薬剤反応性指標マーカーを見出すことを目的とする。大腸癌治療におけるkey drugであるオキサリプラチン(L-OHP)、イリノテカン(CPT-11)、フルオロウラシル(5-FU)を対象に、ヒト大腸癌細胞株を用いたプ...
❏C末端ラベル化法によるタンパク質マイクロアレイの作出(13559007)
【研究テーマ】広領域
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】柳川 弘志 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (40327672)
【キーワード】プロテオミクス / プロテオーム / マイクロアレイ / プロテインチップ / 蛍光ラベル (他7件)
【概要】本研究は,(1)タンパク質のC末端ラベル化,(2)タンパク質のマイクロアレイ化,(3)タンパク質間相互作用の解析という手順で行う。前年度は,これら各ステップについての基盤技術を,Fos-Junをモデルタンパク質としてほぼ確立できたので,本年度は,ラベル化およびマイクロアレイ化のハイスループット化を図るために,他のタンパク質について種類を増やして条件検討を行った. まず,ポリコーム遺伝子群の中からR...
【医歯薬学】薬学：プロテオミクス ／ブロテオームを含む研究件
❏タンパク質量の均一化による微量タンパク質の網羅的解析(15K13750)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】松本 桂彦 国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 特別研究員 (60632859)
【キーワード】プロテオーム / 質量分析 / プロテオミクス
【概要】細胞の機能を調節している転写因子などの重要なタンパク質のおおくは、細胞内で微量にしか発現していないことが多く、これらを質量分析によって検出することは困難であった。そこで、無細胞翻訳系を用いた簡便な同位体標識標準ペプチドと、静電相互作用、疎水性相互作用を用いたクロマトグラフィーによる多次元の分離により、標的タンパク質フラグメントの純度を高めることで、微量タンパク質の高感度な絶対定量法であるMS-QB...
❏複合体ダイナミクスと機能プロテオミクスの融合による放射線感受性制御機構の解明(26461880)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】榎本 敦 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 講師 (20323602)
【キーワード】Proteomics / STK38 / Radiation sensitivity / DNA damage responses / DNA損傷応答 (他11件)
【概要】研究代表者の複合体形成と機能プロテオーム情報を基盤とした放射線感受性制御のメカニズムの研究においては、放射線によって活性化するタンパク質リン酸化酵素STK38がCDC25Aの76番目のセリン残基をリン酸化すること、STK38 shRNA発現ベクターを導入して、STK38を発現抑制させたノックダウン細胞ではX線照射後のCDC25Aのリン酸化やG2/M期の細胞の割合が減少していることが明らかとなった。...
❏動物における乾燥耐性・極限環境耐性機構のプロテオーム解析(21710223)
【研究テーマ】生物分子科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教 (10463879)
【キーワード】プロテオミクス / クマムシ / 極限環境耐性 / 乾眠 / 放射線耐性 (他13件)
【概要】ヨコヅナクマムシの持つ高い乾燥耐性・極限環境耐性を支えるタンパク質の候補として、加熱しても凝集しないクマムシ固有のタンパク質群を初めて同定しこれらのタンパク質群が乾燥前から大量に発現していることを明らかにした。また、同様の性質を持つタンパク質が乾燥耐性の弱いクマムシにおいても存在することを見出し、その凝集温度と乾燥耐性との間に一部相関関係が見られることを明らかにした。また、放射線耐性に関わるタンパ...
【医歯薬学】薬学：遺伝子ネットワーク ／ブロテオームを含む研究件
❏大腸菌プロテオームチップによる大規模タンパク質間相互作用解析(17201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / マイクロアレイ / 微生物ゲノム / 蛍光ラベル化法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】申請者らが独自に開発した「タンパク質C末端ラベル化法」を用いて、大腸菌の全タンパク質約4400を1枚のチップに固定化したプロテオームチップによる大規模なタンパク質問相互作用解析を行うために、(1)プローブとする大腸菌タンパク質のC末端蛍光ラベル化、(2)大腸菌全タンパク質約4400種類を固定化したプロテオームチップの作製、(3)タンパク質問相互作用の検出および解析の各ステップにおいてハイスループッ...
❏階層的統計モデルに基づく異種ゲノム情報の統合手法に関する総合研究(17200020)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2008
【研究代表者】樋口 知之 統計数理研究所, モデリング研究系, 教授 (70202273)
【キーワード】階層ベイズ / 状態空間モデル / グラフィカルモデル / ベイジアンネットワーク / マイクロアレイデータ (他13件)
【概要】一般に生物学的知識は,データベースの形に具現化されることが多い.データベースに登録された情報にも信頼度の属性を与え,つまりそれを確率変数として取り扱うことで,データベースの登録上の過誤やその情報の不確実さをモデル化し,今までのモデルをさらに階層化したベイズモデルを構成した.これにより,マイクロアレイデータからの情報抽出,既存の生物学的知識の有効活用,データベースの信頼性の検証などを統一的に可能にす...
❏選択的スプライシングに起因する疾患遺伝子のプロテオーム解析(16201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】柳川 弘志 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (40327672)
【キーワード】選択的スプライシング / 疾患遺伝子 / プロテオーム / In vitro virus法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】(1)スプライス・バリアント情報の収集:選択的スプライシングが疾患に関連すると考えられる遺伝子の抽出を行った。ASDBから選択的スプライシングによって複数のタンパク質が発現している遺伝子を、OMIMから癌・アルツハイマーなどの疾患に関連する遺伝子をそれぞれ抽出し、これら両方に含まれる候補遺伝子の絞込みを行った。(2)IVV法のハイスループット・スクリーニングシステムの構築:96個のベイトタンパク質...
【医歯薬学】薬学：オートファジー ／ブロテオームを含む研究件
❏オートファゴソーム外膜因子の同定と膜融合過程の解析(16K14720)
【研究テーマ】細胞生物学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】山本 林 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 講師 (80551283)
【キーワード】オートファジー / 膜融合 / SNARE / プロテオーム / 膜動態
【概要】オートファゴソームとリソソームの膜融合に関わる因子を同定するため、オートファゴソーム外膜因子の網羅的同定を行った。STX17変異体過剰発現、OptiPrep密度勾配遠心、LC3を標的とした短時間精製を組み合わせることでオートファゴソームを高純度・高効率に精製する方法を確立した。水溶性ビオチン化試薬で外膜因子を特異的に修飾・精製した後、質量分析に供することで複数の外膜因子候補を得た。これらの因子につ...
❏オートファゴソーム膜伸展機構の解明(19570189)
【研究テーマ】細胞生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2007 - 2009
【研究代表者】鈴木 邦律 東京工業大学, 統合研究院, 特任助教 (20373194)
【キーワード】オートファジー / オートファゴソーム / ATG遺伝子 / タンパク質分解 / 出芽酵母 (他9件)
【概要】オートファジーの中心を担うオートファゴソームという細胞内小器官が発見されてから今日まで,オートファゴソームを単離してタンパク質組成や脂質組成を分析しようとする様々な試みがなされてきた.しかしながら今まではっきりとした報告はなかった.報告者は,本研究課題を通じてオートファゴソーム濃縮画分を得る方法を確立し,ショットガンプロテオミクスにより,オートファゴソーム内部に取り込まれるタンパク質を網羅的に同定...
【医歯薬学】薬学：オキサリプラチン ／ブロテオームを含む研究件
❏抗がん剤反応性のプロテオーム・メタボローム解析に基づく個別化投薬の新戦略(23390037)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】抗がん剤 / 薬剤反応性 / プロテオーム / メタボローム / オーダーメイド医療 (他8件)
【概要】抗がん剤の効果にみられる個人差はがん治療における大きな課題のひとつである。本研究は、タンパク質を介する応答を分析するプロテオーム解析と細胞内代謝を介する応答を分析するメタボローム解析という最新手法を用いて、癌に対する化学療法薬の作用機序と耐性メカニズムの解明を目的とした。薬理作用と耐性に関与する細胞内応答解析によって、抗がん剤反応性の個人差（有効または無効）を予測しうるバイオマーカー分子を複数見出...
❏プロテオーム解析による抗がん剤反応性関連タンパク質の解明とバイオマーカーへの応用(21590176)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 薬学部, 講師 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗がん剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他8件)
【概要】抗がん剤治療の個別化には個々の患者の薬剤反応性を治療開始前に見極めるバイオマーカーの確立が必須である。本研究では、研究代表者が大腸癌におけるオキサリプラチン感受性予測候補タンパク質として見出した細胞内タンパク質S100A10の機能解析と臨床応用に向けた基礎的検討を行なった。その結果、S100A10が抗腫瘍メカニズムの異なる抗がん剤に対して異なる挙動を示しその発現変化はオキサリプラチン特異的であるこ...
❏抗がん剤反応性の個体差解明とバイオマーカー開発をめざしたプロテオーム解析(20390049)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他9件)
【概要】本研究では、プロテオーム解析手法により癌細胞の抗がん剤感受性と相関して発現変動するタンパク質を網羅的に探索し、抗腫瘍効果の個人差解明と薬剤反応性の指標となるバイオマーカーの開発をめざした。研究の結果、ヒト大腸癌細胞における発現量がオキサリプラチンに対する感受性と相関を示すタンパク質を発見し、S100A10タンパク質と同定した。さらに、5-フルオロウラシルやイリノテカン活性代謝物曝露に対して特徴的な...
【医歯薬学】薬学：タンパク質 ／ブロテオームを含む研究件
❏翻訳速度リズムの変動が翻訳共役的フォールディングに与える影響(17K15073)
【研究テーマ】構造生物化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】丹羽 達也 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 助教 (50588530)
【キーワード】タンパク質フォールディング / タンパク質翻訳 / ショットガンプロテオミクス / 翻訳共役的フォールディング / 蛋白質 (他8件)
【概要】タンパク質翻訳の速度変化のリズムがタンパク質フォールディングに与える影響を網羅的に調べるために、プロリンが連続する配列の翻訳を促進する因子であるEF-Pの有無、および細胞内でのコピー数が少ないtRNA（レアtRNA）の補完による影響をショットガンプロテオミクスなどの手法で解析した。しかしながら、EF-Pについてはフォールディングに影響するようなモデルタンパク質を見つけることができず、レアtRNA補...
❏機能性非コードRNA結合蛋白質を網羅的に同定する新たな基盤技術の開発(16K15212)
【研究テーマ】医化学一般
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】武川 睦寛 東京大学, 医科学研究所, 教授 (30322332)
【キーワード】非コードRNA / 蛋白質 / 機能性RNA / 核酸 / 細胞 (他8件)
【概要】近年、miRNAやlncRNA等に代表されるノンコーディング(nc)RNAが、細胞内で核酸や蛋白質と相互作用して、多彩な生命機能の制御に寄与すること、また、その異常が疾病発症に関与することが明らかにされ、注目を集めている。しかし、個々のncRNAの機能に関しては依然として不明な点が多い。本研究では、ncRNAの機能解析に資する新たな基盤技術の確立を目指して、生細胞内でncRNAと特異的に結合する分...
❏蛍光クエンチ解消原理の天然抗体への適用による革新的免疫測定法の開発(15H04191)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】上田 宏 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (60232758)
【キーワード】バイオセンサー / バイオテクノロジー / 抗体 / 抗原 / 蛍光 (他14件)
【概要】従来の免疫測定法には，測定に多数のステップと最低数時間の時間を要する問題があった。我々は最近，組み換え抗体を用いた蛍光免疫センサータンパク質Quenchbody (Q-body)の構築原理を見いだし，サンプルと混合するだけで低分子からタンパク質まで多くの目的物質（抗原）を蛍光検出することに成功した。今回，その動作原理を精査することで，組換え抗体のみならず天然抗体をもQ-body化しうる方法論を複数...
【医歯薬学】薬学：タンパク質分解 ／ブロテオームを含む研究件
❏魚類の飢餓適応における骨格筋タンパク質分解の意義(19K15909)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】小南 友里 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30803572)
【キーワード】飢餓適応 / ペプチドーム解析 / タンパク質分解 / 魚類 / 骨格筋 (他12件)
【概要】魚類は生命活動に係るエネルギー産生をタンパク質の異化に大きく依存しているにも関わらず，飢餓時でも遊泳のために最低限の骨格筋タンパク質量を維持しながら生存できる．このような魚類特有の飢餓適応メカニズムを明らかにすることを目的として，絶食飼育したカンパチの普通筋についてペプチドーム解析を行なった．定量的ペプチドーム解析の結果からは絶食開始2日目にタンパク質分解が亢進することが示唆され，成長ホルモンの分...
❏オートファゴソーム膜伸展機構の解明(19570189)
【研究テーマ】細胞生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2007 - 2009
【研究代表者】鈴木 邦律 東京工業大学, 統合研究院, 特任助教 (20373194)
【キーワード】オートファジー / オートファゴソーム / ATG遺伝子 / タンパク質分解 / 出芽酵母 (他9件)
【概要】オートファジーの中心を担うオートファゴソームという細胞内小器官が発見されてから今日まで,オートファゴソームを単離してタンパク質組成や脂質組成を分析しようとする様々な試みがなされてきた.しかしながら今まではっきりとした報告はなかった.報告者は,本研究課題を通じてオートファゴソーム濃縮画分を得る方法を確立し,ショットガンプロテオミクスにより,オートファゴソーム内部に取り込まれるタンパク質を網羅的に同定...
【医歯薬学】薬学：DNAマイクロアレイ ／ブロテオームを含む研究件
❏食品機能のニュートリゲノミクス解析における情報利用の高度化と体系化(18380077)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (40211164)
【キーワード】DNAマイクロアレイ / カロリー制限 / タンパク質栄養 / データベース / ニュートリゲノミクス (他16件)
【概要】様々なタンパク質栄養条件に応答した肝臓や皮膚での遺伝子発現の網羅的応答を幅広く明らかにした。それらのデータを有効に解析するためのバイオインフォマティクス手法を高度活用し、栄養研究における情報の有効利用を推進した。また、高脂肪食摂食や運動、抗肥満食品因子、マイルドなカロリー制限等に対する網羅的遺伝子発現やタンパク質量の応答に関する情報を蓄積した。従来から構築して維持しているニュートリゲノミクスデータ...
❏統計学,ニューラルネット,機械学習の新しい融合(13480071)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 統計基礎研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】バイオインフォマチックス / SNPハプロタイピング / 遺伝子発現データ / アダブースト / 独立成分分析 (他19件)
【概要】1.バイオインフォマチックスへの挑戦 癌研究会ゲノムセンターとの共同研究で行ったSNPハプロタイピングの研究がBioinformaticsに掲載予定,国際特許申請中である.次なるプロジェクト,SNPハプロタイプブロックの同定問題について藤澤主導で進行中で論文準備の段階にある.さらに月例のゲノム研究会においてプロテオームの関数データ解析についても同時進行している.日本統計関連学会連合大会2003・企...
【医歯薬学】薬学：SELDI-TOFMS ／ブロテオームを含む研究件
❏抗がん剤反応性の個体差解明とバイオマーカー開発をめざしたプロテオーム解析(20390049)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他9件)
【概要】本研究では、プロテオーム解析手法により癌細胞の抗がん剤感受性と相関して発現変動するタンパク質を網羅的に探索し、抗腫瘍効果の個人差解明と薬剤反応性の指標となるバイオマーカーの開発をめざした。研究の結果、ヒト大腸癌細胞における発現量がオキサリプラチンに対する感受性と相関を示すタンパク質を発見し、S100A10タンパク質と同定した。さらに、5-フルオロウラシルやイリノテカン活性代謝物曝露に対して特徴的な...
❏抗癌剤感受性に関連するタンパク質(ペプチド)バイオマーカーの研究(19659041)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤感受性 / 個人差 / バイオマーカー (他10件)
【概要】本研究では、抗癌剤反応性の個人差解明を目指し、薬効発現本体であるタンパク質を標的としたプロテオーム解析により抗癌剤感受性バイオマーカーを見出すことを目的とした。初年度(平成19年度)は、Surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (SELDI-TOF MS)を用いて、オキサリプラチン(L...
❏抗がん剤反応性の個人差解明をめざしたプロテオーム解析(18390053)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】個別化医療 / プロテオーム / メタボローム / バイオマーカー / 薬剤感受性 (他12件)
【概要】薬剤の反応性には個人差(レスポンダー/ノンレスポンダー)がある。本研究では、がん薬物治療の個別化を目指し、タンパク質発現、細胞内代謝物の変動といった薬剤に対する生体反応の統合的解析による薬剤反応性指標マーカーを見出すことを目的とする。大腸癌治療におけるkey drugであるオキサリプラチン(L-OHP)、イリノテカン(CPT-11)、フルオロウラシル(5-FU)を対象に、ヒト大腸癌細胞株を用いたプ...
【医歯薬学】薬学：発現制御 ／ブロテオームを含む研究件
❏翻訳速度リズムの変動が翻訳共役的フォールディングに与える影響(17K15073)
【研究テーマ】構造生物化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】丹羽 達也 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 助教 (50588530)
【キーワード】タンパク質フォールディング / タンパク質翻訳 / ショットガンプロテオミクス / 翻訳共役的フォールディング / 蛋白質 (他8件)
【概要】タンパク質翻訳の速度変化のリズムがタンパク質フォールディングに与える影響を網羅的に調べるために、プロリンが連続する配列の翻訳を促進する因子であるEF-Pの有無、および細胞内でのコピー数が少ないtRNA（レアtRNA）の補完による影響をショットガンプロテオミクスなどの手法で解析した。しかしながら、EF-Pについてはフォールディングに影響するようなモデルタンパク質を見つけることができず、レアtRNA補...
❏オンチップ共発現マイクロアレイによる転写制御ネットワークの精密解析(22658111)
【研究テーマ】応用分子細胞生物学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 准教授 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / 蛋白質 / 遺伝子 / バイオテクノロジー / 発現制御
【概要】プロテインマイクロアレイは、1枚のスライド上に数千種類のタンパク質を固定したもので、大規模なタンパク質相互作用の検出などに利用されている。我々は、鋳型DNAと抗体をスライド上に固定し、スライド上でタンパク質を合成・捕捉するオンチップ転写翻訳マイクロアレイを開発した。さらに我々は、1つのスポット内で2種類のタンパク質を同時に発現させ、相互作用解析を行うオンチップ共発現マイクロアレイを開発した。この手...
【医歯薬学】薬学：がん ／ブロテオームを含む研究件
❏GTPの駆動する増殖ストレス緩和システムの分子基盤の解明(20H03165)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】佐々木 敦朗 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任教授 (80620385)
【キーワード】GTP / ストレス応答 / イノシトールリン脂質 / がん / 代謝 (他9件)
【概要】昨年度までに多層的オミックス解析により取得したデータから、GTP濃度依存に変動する遺伝子群についての解析を行った。用いた細胞はGTPセンサーキナーゼであるPI5P4Kβの野生型を発現している細胞、そしてGTP感知機能を喪失した変異体を発現しているアイソジェニックな細胞を用いた。 GTP濃度低下において20分から24時間までの６つのタイムポイント;０ h, 20 min, 40 min, 1h, 2...
❏リン酸化プロテオーム解析による白血病細胞のリン酸化異常の解明および治療への応用(22591168)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】嶋田 博之 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (80265868)
【キーワード】小児腫瘍学 / 癌 / 生体分子 / プロテオーム / リン酸化 (他6件)
【概要】種々の病型の白血病細胞株(25 種程度)およびレトロウィルス感染系を用いてBCR-ABL を導入したマウス骨髄細胞のトリプシン消化物から、HAMMOC法を用いてリン酸化ペプチドを濃縮し、LC-MS/MS法によりリン酸化タンパク質の同定ならびにリン酸化部位の同定を行った。その結果、BCR-ABL陽性細胞において4500以上のリン酸化部位を同定した。BCR-ABL陰性の白血病細胞株を並べて解析すると、...
❏乳癌の発生と悪性化を制御する新規癌遺伝子の同定と機能解析(18591825)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】仙波 憲太郎 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (70206663)
【キーワード】癌 / 遺伝子増幅 / ErbB2 / プロテオーム / シグナル伝達
【概要】近年、転写因子FoxA1が乳腺のluminal cellの分化マーカーとして同定された。FoxA1の発現の高い乳癌は予後が良いことが報告されているが、一方で、食道癌や肺癌ではFoxA1の遺伝子増幅が見つかっている。したがって、FoxA1は癌の進展を促進するのか、抑制するのかについては結論が得られていない。本研究課題で我々は、ヒト乳癌細胞株35種における遺伝子発現プロファイルを解析し(Ito et ...
【医歯薬学】薬学：トランスクリプトーム ／ブロテオームを含む研究件
❏GTPの駆動する増殖ストレス緩和システムの分子基盤の解明(20H03165)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】佐々木 敦朗 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任教授 (80620385)
【キーワード】GTP / ストレス応答 / イノシトールリン脂質 / がん / 代謝 (他9件)
【概要】昨年度までに多層的オミックス解析により取得したデータから、GTP濃度依存に変動する遺伝子群についての解析を行った。用いた細胞はGTPセンサーキナーゼであるPI5P4Kβの野生型を発現している細胞、そしてGTP感知機能を喪失した変異体を発現しているアイソジェニックな細胞を用いた。 GTP濃度低下において20分から24時間までの６つのタイムポイント;０ h, 20 min, 40 min, 1h, 2...
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏系統ゲノム学による頭足類の進化の統合的理解(12F02330)
【研究テーマ】層位・古生物学
【研究種目】特別研究員奨励費
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)
【キーワード】系統ゲノム解析 / 頭足類 / 生体鉱物 / オウムガイ / 貝殻タンパク質 (他13件)
【概要】本研究の主な目的は、頭足類の進化を総合的に理解することである。目的を達成するためには、以下の二つのサブテーマで研究を進めて行く。 1.頭足類オウムガイの貝殻基質タンパク質の同定 本研究で，オウムガイ Nautilus pompilius の貝殻基質タンパク質の同定をした．具体的には，61個の貝殻基質水溶性タンパク質を同定した．そのうちの36タンパクについて，保存的機能ドメインの同定が出来た．また，...
【医歯薬学】薬学：非コードRNA ／ブロテオームを含む研究件
❏遺伝子非コード領域ORFから翻訳される機能性タンパク質の探索(16K15116)
【研究テーマ】生物系薬学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】相澤 康則 東京工業大学, バイオ研究基盤支援総合センター, 講師 (90418674)
【キーワード】非コードゲノム / ORF / ミトコンドリア / 膜電位 / ペプチドモチーフ (他10件)
【概要】ヒトゲノムは解読されてから15年以上経っているが、未だその中に幾つの遺伝子があり、ヒトゲノムに何種類のタンパク質がコードされているのか未解明のままである。当研究室では、これまでの通説ではタンパク質をコードしていないと考えられていたヒトゲノム領域（非コード領域）から、タンパク質が産生される例を１つ発見している。本研究では、この発見の経緯で得られた経験をもとに、２つめの事例を探索した結果、ミトコンドリ...
❏機能性非コードRNA結合蛋白質を網羅的に同定する新たな基盤技術の開発(16K15212)
【研究テーマ】医化学一般
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】武川 睦寛 東京大学, 医科学研究所, 教授 (30322332)
【キーワード】非コードRNA / 蛋白質 / 機能性RNA / 核酸 / 細胞 (他8件)
【概要】近年、miRNAやlncRNA等に代表されるノンコーディング(nc)RNAが、細胞内で核酸や蛋白質と相互作用して、多彩な生命機能の制御に寄与すること、また、その異常が疾病発症に関与することが明らかにされ、注目を集めている。しかし、個々のncRNAの機能に関しては依然として不明な点が多い。本研究では、ncRNAの機能解析に資する新たな基盤技術の確立を目指して、生細胞内でncRNAと特異的に結合する分...
【医歯薬学】薬学：薬剤感受性 ／ブロテオームを含む研究件
❏抗癌剤感受性に関連するタンパク質(ペプチド)バイオマーカーの研究(19659041)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤感受性 / 個人差 / バイオマーカー (他10件)
【概要】本研究では、抗癌剤反応性の個人差解明を目指し、薬効発現本体であるタンパク質を標的としたプロテオーム解析により抗癌剤感受性バイオマーカーを見出すことを目的とした。初年度(平成19年度)は、Surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (SELDI-TOF MS)を用いて、オキサリプラチン(L...
❏抗がん剤反応性の個人差解明をめざしたプロテオーム解析(18390053)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】個別化医療 / プロテオーム / メタボローム / バイオマーカー / 薬剤感受性 (他12件)
【概要】薬剤の反応性には個人差(レスポンダー/ノンレスポンダー)がある。本研究では、がん薬物治療の個別化を目指し、タンパク質発現、細胞内代謝物の変動といった薬剤に対する生体反応の統合的解析による薬剤反応性指標マーカーを見出すことを目的とする。大腸癌治療におけるkey drugであるオキサリプラチン(L-OHP)、イリノテカン(CPT-11)、フルオロウラシル(5-FU)を対象に、ヒト大腸癌細胞株を用いたプ...
【医歯薬学】薬学：薬剤反応性 ／ブロテオームを含む研究件
❏抗がん剤反応性のプロテオーム・メタボローム解析に基づく個別化投薬の新戦略(23390037)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】抗がん剤 / 薬剤反応性 / プロテオーム / メタボローム / オーダーメイド医療 (他8件)
【概要】抗がん剤の効果にみられる個人差はがん治療における大きな課題のひとつである。本研究は、タンパク質を介する応答を分析するプロテオーム解析と細胞内代謝を介する応答を分析するメタボローム解析という最新手法を用いて、癌に対する化学療法薬の作用機序と耐性メカニズムの解明を目的とした。薬理作用と耐性に関与する細胞内応答解析によって、抗がん剤反応性の個人差（有効または無効）を予測しうるバイオマーカー分子を複数見出...
❏アバカビルによる過敏症発症機構の解析(22659029)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】鈴木 洋史 東京大学, 医学部・附属病院, 教授 (80206523)
【キーワード】薬剤反応性 / 特異体質性毒性 / プロテオーム / 免疫応答 / HLA (他8件)
【概要】HLA-B* 5701保因者におけるアバカビル過敏症では、従来の知見より想定されたプロテインアダクト由来のペプチドではなく、アバカビルそのものが異常抗原として抗原提示されている可能性が示唆された。同様の機序により副作用が発生する場合、従来のプロテインアダクト量に基づいたスクリーニング系では、リスク評価が不能であり、HLA多型特異的に薬物(もしくは代謝物)が提示されるか否かを判別する評価系を組み合わ...
❏プロテオーム解析による抗がん剤反応性関連タンパク質の解明とバイオマーカーへの応用(21590176)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 薬学部, 講師 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗がん剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他8件)
【概要】抗がん剤治療の個別化には個々の患者の薬剤反応性を治療開始前に見極めるバイオマーカーの確立が必須である。本研究では、研究代表者が大腸癌におけるオキサリプラチン感受性予測候補タンパク質として見出した細胞内タンパク質S100A10の機能解析と臨床応用に向けた基礎的検討を行なった。その結果、S100A10が抗腫瘍メカニズムの異なる抗がん剤に対して異なる挙動を示しその発現変化はオキサリプラチン特異的であるこ...
【医歯薬学】薬学：バイオテクノロジー ／ブロテオームを含む研究件
❏機能性非コードRNA結合蛋白質を網羅的に同定する新たな基盤技術の開発(16K15212)
【研究テーマ】医化学一般
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】武川 睦寛 東京大学, 医科学研究所, 教授 (30322332)
【キーワード】非コードRNA / 蛋白質 / 機能性RNA / 核酸 / 細胞 (他8件)
【概要】近年、miRNAやlncRNA等に代表されるノンコーディング(nc)RNAが、細胞内で核酸や蛋白質と相互作用して、多彩な生命機能の制御に寄与すること、また、その異常が疾病発症に関与することが明らかにされ、注目を集めている。しかし、個々のncRNAの機能に関しては依然として不明な点が多い。本研究では、ncRNAの機能解析に資する新たな基盤技術の確立を目指して、生細胞内でncRNAと特異的に結合する分...
❏蛍光クエンチ解消原理の天然抗体への適用による革新的免疫測定法の開発(15H04191)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】上田 宏 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (60232758)
【キーワード】バイオセンサー / バイオテクノロジー / 抗体 / 抗原 / 蛍光 (他14件)
【概要】従来の免疫測定法には，測定に多数のステップと最低数時間の時間を要する問題があった。我々は最近，組み換え抗体を用いた蛍光免疫センサータンパク質Quenchbody (Q-body)の構築原理を見いだし，サンプルと混合するだけで低分子からタンパク質まで多くの目的物質（抗原）を蛍光検出することに成功した。今回，その動作原理を精査することで，組換え抗体のみならず天然抗体をもQ-body化しうる方法論を複数...
❏オンチップ共発現マイクロアレイによる転写制御ネットワークの精密解析(22658111)
【研究テーマ】応用分子細胞生物学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 准教授 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / 蛋白質 / 遺伝子 / バイオテクノロジー / 発現制御
【概要】プロテインマイクロアレイは、1枚のスライド上に数千種類のタンパク質を固定したもので、大規模なタンパク質相互作用の検出などに利用されている。我々は、鋳型DNAと抗体をスライド上に固定し、スライド上でタンパク質を合成・捕捉するオンチップ転写翻訳マイクロアレイを開発した。さらに我々は、1つのスポット内で2種類のタンパク質を同時に発現させ、相互作用解析を行うオンチップ共発現マイクロアレイを開発した。この手...
【医歯薬学】看護学：老化 ／ブロテオームを含む研究件
❏加齢に伴い変動するアミロイド凝集体の網羅的プロテオーム解析(23659150)
【研究テーマ】医化学一般
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】樋口 京一 信州大学, 医学系研究科, 教授 (20173156)
【キーワード】加齢医学 / 老化 / アミロイド / 疾患モデル動物 / 質量分析 (他14件)
【概要】若齢から老齢に至るマウスからアミロイド線維／凝集体を分取し、網羅的プロテオーム解析を行った。 マウスを２ヶ月齡～28ヶ月齡で屠殺し、肝臓、脳、心臓及び筋肉を採取した。またマウスにアミロイド線維を投与しアミロイドーシスを誘発して4～10ヶ月後に臓器を採取した。これらの臓器よりアミロイド線維／凝集体を分取し、LC/MS/MSシステムで蛋白質の網羅的同定と定量を行った。 1. 老齢マウス脳で有意に増加す...
❏パーキンソン症状を自然発症するTUBG2欠損マウスの解析(19890283)
【研究テーマ】実験病理学
【研究種目】若手研究(スタートアップ)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】久保 亜紀子 株式会社三菱化学生命科学研究所, 研究部門・分子加齢医学研究グループ, 特別研究員 (50455573)
【キーワード】脳神経疾患 / 病理学 / 老化 / 神経科学 / プロテオーム
【概要】TUBG2欠損マウスは、パーキンソン様症状を呈する神経変性疾患自然発症マウスである。このマウスの解析を行ったところ、TUBG2欠損の培養線条体神経細胞では野生型よりミトコンドリア機能が低く、細胞内のATPも少なく、細胞内のATP依存的カルシウムチャンネルの活性が落ちており、その結果神経伝達物質の放出が低くなっていることが分かった。TUBG2欠損マウスは線条体から黒質へのGABA性の抑制回路が正常に...
❏タウオパチー患者脳のタウ蛋白における異常修飾の検索、同定(12680727)
【研究テーマ】神経解剖学・神経病理学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2000 - 2002
【研究代表者】長谷川 成人 財団法人東京都医学研究機構, 東京都精神医学総合研究所, 副参事研究員 (10251232)
【キーワード】タウ / 微小管 / 神経変性疾患 / リン酸化 / スプライシング (他18件)
【概要】(1)新規タウ遺伝子変異に関する解析 国内外で発見された新規のタウ遺伝子変異の変異効果の解析と、患者剖検脳の可溶性、不溶性タウの解析をおこなった。ミスセンス変異の場合、程度の差はあるがタウの微小管重合促進能を低下させる効果が観察された。 (2)タウ蓄積を伴わない前頭側頭型痴呆患者脳の解析 タウの蓄積が認められない前頭側頭型痴呆患者剖検脳の可溶性タウ、不溶性タウを解析すると共に、その他のマーカー分子...
【医歯薬学】看護学：脳神経疾患 ／ブロテオームを含む研究件
❏パーキンソン症状を自然発症するTUBG2欠損マウスの解析(19890283)
【研究テーマ】実験病理学
【研究種目】若手研究(スタートアップ)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】久保 亜紀子 株式会社三菱化学生命科学研究所, 研究部門・分子加齢医学研究グループ, 特別研究員 (50455573)
【キーワード】脳神経疾患 / 病理学 / 老化 / 神経科学 / プロテオーム
【概要】TUBG2欠損マウスは、パーキンソン様症状を呈する神経変性疾患自然発症マウスである。このマウスの解析を行ったところ、TUBG2欠損の培養線条体神経細胞では野生型よりミトコンドリア機能が低く、細胞内のATPも少なく、細胞内のATP依存的カルシウムチャンネルの活性が落ちており、その結果神経伝達物質の放出が低くなっていることが分かった。TUBG2欠損マウスは線条体から黒質へのGABA性の抑制回路が正常に...
❏タウオパチー患者脳のタウ蛋白における異常修飾の検索、同定(12680727)
【研究テーマ】神経解剖学・神経病理学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2000 - 2002
【研究代表者】長谷川 成人 財団法人東京都医学研究機構, 東京都精神医学総合研究所, 副参事研究員 (10251232)
【キーワード】タウ / 微小管 / 神経変性疾患 / リン酸化 / スプライシング (他18件)
【概要】(1)新規タウ遺伝子変異に関する解析 国内外で発見された新規のタウ遺伝子変異の変異効果の解析と、患者剖検脳の可溶性、不溶性タウの解析をおこなった。ミスセンス変異の場合、程度の差はあるがタウの微小管重合促進能を低下させる効果が観察された。 (2)タウ蓄積を伴わない前頭側頭型痴呆患者脳の解析 タウの蓄積が認められない前頭側頭型痴呆患者剖検脳の可溶性タウ、不溶性タウを解析すると共に、その他のマーカー分子...
【医歯薬学】看護学：ブロテオーム解析 ／ブロテオームを含む研究件
❏便プロテオーム解析を用いた小児外科疾患のトランスレーショナルリサーチ(20K20469)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】藤代 準 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (60528438)
【キーワード】便 / プロテオーム解析 / 胆道閉鎖症 / 早期診断バイオマーカー / 胎便 (他13件)
【概要】胆道閉鎖症（BA）の早期診断と早期治療を目指し非侵襲的に採取可能な便を利用して、かずさDNA研究所と共同して開発したData-independent acquisition mass spectrometry（DIA）ベースの便プロテオーム解析を利用したBAの早期診断バイオマーカーの探索研究を継続している。2020年度は本研究成果を国際誌に発表することができ、2021年度は国内外の学会で多く発表し...
❏抗生物質による無核化現象に関わる分子実体の解明(19K05965)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】西村 明日香 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任研究員 (70767342)
【キーワード】抗生物質 / 無核化 / プロテオーム解析 / 植物 / ブドウ (他9件)
【概要】大粒ブドウ品種の種なし処理には抗生物質ストレプトマイシンが使用されている。しかしながら、その種なし現象が引き起こされるメカニズムについては全く解明されていない。本研究ではストレプトマイシンによる種なし現象の分子機構の解明を目指し、関連する分子の同定を試みた。具体的にはストレプトマイシン処理により存在量が変動する分子の探索を行い、種なし現象への関連が示唆される候補分子を複数単離した。また本種なし現象...
❏膵癌幹細胞の治療抵抗性を制御するトランスポーターの機能解析(25461956)
【研究テーマ】外科学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】上野 康晴 横浜市立大学, 医学部, 助教 (60375235)
【キーワード】癌幹細胞 / 膵癌 / プロテオーム解析 / プロテオーム / トランスポーター
【概要】膵癌の新たな治療法を開発する上では、抗癌剤に耐性を示す膵癌幹細胞の特性を明らかにし、有益なバイオマーカーを同定する必要がある。本研究では、ヒト膵癌組織を移植し担癌マウスにゲムシタビン治療を施すことにより、ヒト膵癌治療モデルを構築した。治療後の組織を解析したところ、癌幹細胞マーカーの発現を示す細胞が高頻度に検出された。残存膵癌組織のプロテオーム解析およびヒト膵癌病理検体を用いた解析により、膵癌幹細胞...
【医歯薬学】看護学：遺伝子 ／ブロテオームを含む研究件
❏遺伝子非コード領域ORFから翻訳される機能性タンパク質の探索(16K15116)
【研究テーマ】生物系薬学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】相澤 康則 東京工業大学, バイオ研究基盤支援総合センター, 講師 (90418674)
【キーワード】非コードゲノム / ORF / ミトコンドリア / 膜電位 / ペプチドモチーフ (他10件)
【概要】ヒトゲノムは解読されてから15年以上経っているが、未だその中に幾つの遺伝子があり、ヒトゲノムに何種類のタンパク質がコードされているのか未解明のままである。当研究室では、これまでの通説ではタンパク質をコードしていないと考えられていたヒトゲノム領域（非コード領域）から、タンパク質が産生される例を１つ発見している。本研究では、この発見の経緯で得られた経験をもとに、２つめの事例を探索した結果、ミトコンドリ...
❏オンチップ共発現マイクロアレイによる転写制御ネットワークの精密解析(22658111)
【研究テーマ】応用分子細胞生物学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 准教授 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / 蛋白質 / 遺伝子 / バイオテクノロジー / 発現制御
【概要】プロテインマイクロアレイは、1枚のスライド上に数千種類のタンパク質を固定したもので、大規模なタンパク質相互作用の検出などに利用されている。我々は、鋳型DNAと抗体をスライド上に固定し、スライド上でタンパク質を合成・捕捉するオンチップ転写翻訳マイクロアレイを開発した。さらに我々は、1つのスポット内で2種類のタンパク質を同時に発現させ、相互作用解析を行うオンチップ共発現マイクロアレイを開発した。この手...
❏担子菌がセルロース分解過程で生産する多様な菌体外酵素の網羅的解析(17380102)
【研究テーマ】林産科学・木質工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】遺伝子 / 糖質加水分解酵素 / バイオマス / プロテオーム / セルロース (他10件)
【概要】本研究の成果により、担子菌Phanerochaete chrysosporiumがセルロース分解培養系において分泌する菌体外酵素について、二次元電気泳動法による分離、さらに分離されたそれぞれの酵素についてのLS-MS/MS解析、また、これらより得られたアミノ酸配列情報について同菌のゲノム塩基配列データベースへの検索により、網羅的に同定することが可能であることが示された。また、それぞれの研究目的に応...
【医歯薬学】看護学：個別化医療 ／ブロテオームを含む研究件
❏プロテオーム解析による抗がん剤反応性関連タンパク質の解明とバイオマーカーへの応用(21590176)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 薬学部, 講師 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗がん剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他8件)
【概要】抗がん剤治療の個別化には個々の患者の薬剤反応性を治療開始前に見極めるバイオマーカーの確立が必須である。本研究では、研究代表者が大腸癌におけるオキサリプラチン感受性予測候補タンパク質として見出した細胞内タンパク質S100A10の機能解析と臨床応用に向けた基礎的検討を行なった。その結果、S100A10が抗腫瘍メカニズムの異なる抗がん剤に対して異なる挙動を示しその発現変化はオキサリプラチン特異的であるこ...
❏抗がん剤反応性の個体差解明とバイオマーカー開発をめざしたプロテオーム解析(20390049)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他9件)
【概要】本研究では、プロテオーム解析手法により癌細胞の抗がん剤感受性と相関して発現変動するタンパク質を網羅的に探索し、抗腫瘍効果の個人差解明と薬剤反応性の指標となるバイオマーカーの開発をめざした。研究の結果、ヒト大腸癌細胞における発現量がオキサリプラチンに対する感受性と相関を示すタンパク質を発見し、S100A10タンパク質と同定した。さらに、5-フルオロウラシルやイリノテカン活性代謝物曝露に対して特徴的な...
❏抗癌剤感受性に関連するタンパク質(ペプチド)バイオマーカーの研究(19659041)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤感受性 / 個人差 / バイオマーカー (他10件)
【概要】本研究では、抗癌剤反応性の個人差解明を目指し、薬効発現本体であるタンパク質を標的としたプロテオーム解析により抗癌剤感受性バイオマーカーを見出すことを目的とした。初年度(平成19年度)は、Surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (SELDI-TOF MS)を用いて、オキサリプラチン(L...
【医歯薬学】看護学：ゲノム ／ブロテオームを含む研究件
❏肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明(18H04049)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
【キーワード】肝胆膵がん / ゲノム / オミックス解析 / 分子分類 / 分子標的治療 (他12件)
【概要】肝がんについて、免疫ゲノム解析より腫瘍内の免疫抑制機構の視点で４つの分類を確立した。また、プロテオームとの統合解析を行い、肝臓がんの分子標的薬適応の分類も行った。肝細胞がんと胆管がんが混在する特殊な「混合型肝がん」の統合的ゲノム解析を行い、その可塑性の特徴を明らかにした。胆嚢がんを含む219例の胆道がんのゲノムとRNAデータより、個々の分子標的薬の同定を行い約1/3 の症例について治療薬が見つかっ...
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏多様な半構造化データからのデータ構造推定(24300054)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】馬見塚 拓 京都大学, 化学研究所, 教授 (00346107)
【キーワード】知識発見とデータマイニング / グラフマイニング / 機械学習 / 生体生命情報学 / 人工知能 (他7件)
【概要】本研究では、グラフやネットワークに代表される半構造化データの様々な問題設定に対する解決手法を構築することを目指してきた。特に、ノードとリンクで表されるグラフにおいて、ノードに付けられたラベルに関する「ラベル伝搬」、さらに、リンクを予測する「リンク予測」という二つの問題に着目した。さらに、手法構築のみならず実データへの適用及び有効性実証を行った。この応用においては、特に生命科学におけるグラフデータ等...
【医歯薬学】看護学：メタボローム ／ブロテオームを含む研究件
❏魚類の飢餓適応における骨格筋タンパク質分解の意義(19K15909)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】小南 友里 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (30803572)
【キーワード】飢餓適応 / ペプチドーム解析 / タンパク質分解 / 魚類 / 骨格筋 (他12件)
【概要】魚類は生命活動に係るエネルギー産生をタンパク質の異化に大きく依存しているにも関わらず，飢餓時でも遊泳のために最低限の骨格筋タンパク質量を維持しながら生存できる．このような魚類特有の飢餓適応メカニズムを明らかにすることを目的として，絶食飼育したカンパチの普通筋についてペプチドーム解析を行なった．定量的ペプチドーム解析の結果からは絶食開始2日目にタンパク質分解が亢進することが示唆され，成長ホルモンの分...
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏抗がん剤反応性のプロテオーム・メタボローム解析に基づく個別化投薬の新戦略(23390037)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】抗がん剤 / 薬剤反応性 / プロテオーム / メタボローム / オーダーメイド医療 (他8件)
【概要】抗がん剤の効果にみられる個人差はがん治療における大きな課題のひとつである。本研究は、タンパク質を介する応答を分析するプロテオーム解析と細胞内代謝を介する応答を分析するメタボローム解析という最新手法を用いて、癌に対する化学療法薬の作用機序と耐性メカニズムの解明を目的とした。薬理作用と耐性に関与する細胞内応答解析によって、抗がん剤反応性の個人差（有効または無効）を予測しうるバイオマーカー分子を複数見出...
【医歯薬学】看護学：バイオマーカー ／ブロテオームを含む研究件
❏超高精度プロテオーム解析を用いた圧迫性神経障害の新規血中バイオマーカーの確立(16K15653)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】筑田 博隆 群馬大学, 大学院医学系研究科, 教授 (30345219)
【キーワード】バイオマーカー / 脊椎脊髄疾患 / プロテオーム / 脊椎脊髄病学
【概要】通常の治療の過程で採取した検体の一部を用いて、高感度質量分析器を用いて網羅的に脳脊髄液中のペプチドを同定した。腰部脊柱管狭窄症手術患者と対照群との間で、有意差がみられた29種類のバイオマーカー候補分子について、別セットの検体を用いて再現性を確認した。その結果、腰部脊柱管狭窄症におけるバイオマーカー候補として7種の分子が同定された。 ...
❏プロテオーム解析による抗がん剤反応性関連タンパク質の解明とバイオマーカーへの応用(21590176)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 薬学部, 講師 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗がん剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他8件)
【概要】抗がん剤治療の個別化には個々の患者の薬剤反応性を治療開始前に見極めるバイオマーカーの確立が必須である。本研究では、研究代表者が大腸癌におけるオキサリプラチン感受性予測候補タンパク質として見出した細胞内タンパク質S100A10の機能解析と臨床応用に向けた基礎的検討を行なった。その結果、S100A10が抗腫瘍メカニズムの異なる抗がん剤に対して異なる挙動を示しその発現変化はオキサリプラチン特異的であるこ...
❏抗がん剤反応性の個体差解明とバイオマーカー開発をめざしたプロテオーム解析(20390049)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他9件)
【概要】本研究では、プロテオーム解析手法により癌細胞の抗がん剤感受性と相関して発現変動するタンパク質を網羅的に探索し、抗腫瘍効果の個人差解明と薬剤反応性の指標となるバイオマーカーの開発をめざした。研究の結果、ヒト大腸癌細胞における発現量がオキサリプラチンに対する感受性と相関を示すタンパク質を発見し、S100A10タンパク質と同定した。さらに、5-フルオロウラシルやイリノテカン活性代謝物曝露に対して特徴的な...
【医歯薬学】看護学：相互作用 ／ブロテオームを含む研究件
❏発達障害原因遺伝子ＣＤＫＬ５のプロテオミクスとＫＯマウス解析による包括的機能解明(23500381)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】田中 輝幸 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (10246647)
【キーワード】発達障害 / てんかん / シナプス / ノックアウトマウス / プロテオーム解析 (他15件)
【概要】神経発達障害の原因遺伝子CDKL5の生体内分子機能と遺伝子変異による病態機序の解明を目的として、私はCdkl5 ノックアウト (KO)マウスを独自に作製し、神経科学的表現型解析を行った。その結果Cdkl5 KOマウスにおいて、海馬神経細胞樹状突起スパインの形態・密度異常、情動・記憶障害等の行動異常、易痙攣性、更にシナプス機能・蛋白質の異常を同定した。酵母ツーハイブリッド法とプロテオミクス解析を用い...
❏C末端ラベル化法によるタンパク質マイクロアレイの作出(13559007)
【研究テーマ】広領域
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】柳川 弘志 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (40327672)
【キーワード】プロテオミクス / プロテオーム / マイクロアレイ / プロテインチップ / 蛍光ラベル (他7件)
【概要】本研究は,(1)タンパク質のC末端ラベル化,(2)タンパク質のマイクロアレイ化,(3)タンパク質間相互作用の解析という手順で行う。前年度は,これら各ステップについての基盤技術を,Fos-Junをモデルタンパク質としてほぼ確立できたので,本年度は,ラベル化およびマイクロアレイ化のハイスループット化を図るために,他のタンパク質について種類を増やして条件検討を行った. まず,ポリコーム遺伝子群の中からR...
【医歯薬学】看護学：シグナル伝達 ／ブロテオームを含む研究件
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏定量的リン酸化プロテオーム解析による慢性骨髄増殖性腫瘍の発症機序の解析(25460073)
【研究テーマ】生物系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】多胡 めぐみ 慶應義塾大学, 薬学部, 准教授 (30445192)
【キーワード】JAK2V617F変異体 / 定量的リン酸化プロテオーム解析 / 慢性骨髄増殖性腫瘍 / エリスロポエチン受容体 / DDX5 (他10件)
【概要】チロシンキナーゼJAK2の点変異体 (V617F) は、慢性骨髄増殖性腫瘍の原因遺伝子である。JAK2V617F変異体は恒常的な活性化型であり、異常な細胞増殖や腫瘍形成を誘導することが知られているが、JAK2 V617F変異体が誘導する発がんシグナルの分子機構は不明である。JAK2V617F変異体が誘導する発がんシグナルを理解するには、JAK2V617F変異体の下流における全てのシグナル分子の状態...
❏乳癌の発生と悪性化を制御する新規癌遺伝子の同定と機能解析(18591825)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】仙波 憲太郎 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (70206663)
【キーワード】癌 / 遺伝子増幅 / ErbB2 / プロテオーム / シグナル伝達
【概要】近年、転写因子FoxA1が乳腺のluminal cellの分化マーカーとして同定された。FoxA1の発現の高い乳癌は予後が良いことが報告されているが、一方で、食道癌や肺癌ではFoxA1の遺伝子増幅が見つかっている。したがって、FoxA1は癌の進展を促進するのか、抑制するのかについては結論が得られていない。本研究課題で我々は、ヒト乳癌細胞株35種における遺伝子発現プロファイルを解析し(Ito et ...
【医歯薬学】看護学：遺伝子発現 ／ブロテオームを含む研究件
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
❏糸状菌における多様なセルロース分解酵素の機能と遺伝子発現の解析(14360094)
【研究テーマ】林産学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2002 - 2004
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】セルロース / 糖質分解酵素 / セルラーゼ / 糸状菌 / プロテオーム (他16件)
【概要】糸状菌によるセルロース分解は菌体外においてセルラーゼによりセルロースがセロビオースに変換され,さらにβ-グルコシダーゼによってセロビオースはグルコースに変換されたのち,菌体内に取り込まれてエネルギー源として代謝されていくと考えられてきた。しかしながら,多くの糸状菌ではβ-グルコシダーゼに加えて,セロビオース脱水素酵素と呼ばれる酸化還元酵素がセルロース分解過程で生産されてくることが知られている。 そ...
【医歯薬学】看護学：抗がん剤 ／ブロテオームを含む研究件
❏抗がん剤反応性のプロテオーム・メタボローム解析に基づく個別化投薬の新戦略(23390037)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】抗がん剤 / 薬剤反応性 / プロテオーム / メタボローム / オーダーメイド医療 (他8件)
【概要】抗がん剤の効果にみられる個人差はがん治療における大きな課題のひとつである。本研究は、タンパク質を介する応答を分析するプロテオーム解析と細胞内代謝を介する応答を分析するメタボローム解析という最新手法を用いて、癌に対する化学療法薬の作用機序と耐性メカニズムの解明を目的とした。薬理作用と耐性に関与する細胞内応答解析によって、抗がん剤反応性の個人差（有効または無効）を予測しうるバイオマーカー分子を複数見出...
❏プロテオーム解析による抗がん剤反応性関連タンパク質の解明とバイオマーカーへの応用(21590176)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 薬学部, 講師 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗がん剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他8件)
【概要】抗がん剤治療の個別化には個々の患者の薬剤反応性を治療開始前に見極めるバイオマーカーの確立が必須である。本研究では、研究代表者が大腸癌におけるオキサリプラチン感受性予測候補タンパク質として見出した細胞内タンパク質S100A10の機能解析と臨床応用に向けた基礎的検討を行なった。その結果、S100A10が抗腫瘍メカニズムの異なる抗がん剤に対して異なる挙動を示しその発現変化はオキサリプラチン特異的であるこ...
❏抗がん剤反応性の個体差解明とバイオマーカー開発をめざしたプロテオーム解析(20390049)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他9件)
【概要】本研究では、プロテオーム解析手法により癌細胞の抗がん剤感受性と相関して発現変動するタンパク質を網羅的に探索し、抗腫瘍効果の個人差解明と薬剤反応性の指標となるバイオマーカーの開発をめざした。研究の結果、ヒト大腸癌細胞における発現量がオキサリプラチンに対する感受性と相関を示すタンパク質を発見し、S100A10タンパク質と同定した。さらに、5-フルオロウラシルやイリノテカン活性代謝物曝露に対して特徴的な...
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