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「ブロテオーム」とサイレントキーワードを含む研究
【情報学】情報基礎学：関数データ解析 ／ブロテオームを含む研究件
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
❏統計学,ニューラルネット,機械学習の新しい融合(13480071)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 統計基礎研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】バイオインフォマチックス / SNPハプロタイピング / 遺伝子発現データ / アダブースト / 独立成分分析 (他19件)
【概要】1.バイオインフォマチックスへの挑戦 癌研究会ゲノムセンターとの共同研究で行ったSNPハプロタイピングの研究がBioinformaticsに掲載予定,国際特許申請中である.次なるプロジェクト,SNPハプロタイプブロックの同定問題について藤澤主導で進行中で論文準備の段階にある.さらに月例のゲノム研究会においてプロテオームの関数データ解析についても同時進行している.日本統計関連学会連合大会2003・企...
【情報学】人間情報学：ブースティング(Boosting) ／ブロテオームを含む研究件
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
❏統計学,ニューラルネット,機械学習の新しい融合(13480071)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 統計基礎研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】バイオインフォマチックス / SNPハプロタイピング / 遺伝子発現データ / アダブースト / 独立成分分析 (他19件)
【概要】1.バイオインフォマチックスへの挑戦 癌研究会ゲノムセンターとの共同研究で行ったSNPハプロタイピングの研究がBioinformaticsに掲載予定,国際特許申請中である.次なるプロジェクト,SNPハプロタイプブロックの同定問題について藤澤主導で進行中で論文準備の段階にある.さらに月例のゲノム研究会においてプロテオームの関数データ解析についても同時進行している.日本統計関連学会連合大会2003・企...
【情報学】人間情報学：独立成分分析 ／ブロテオームを含む研究件
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
❏統計学,ニューラルネット,機械学習の新しい融合(13480071)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 統計基礎研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】バイオインフォマチックス / SNPハプロタイピング / 遺伝子発現データ / アダブースト / 独立成分分析 (他19件)
【概要】1.バイオインフォマチックスへの挑戦 癌研究会ゲノムセンターとの共同研究で行ったSNPハプロタイピングの研究がBioinformaticsに掲載予定,国際特許申請中である.次なるプロジェクト,SNPハプロタイプブロックの同定問題について藤澤主導で進行中で論文準備の段階にある.さらに月例のゲノム研究会においてプロテオームの関数データ解析についても同時進行している.日本統計関連学会連合大会2003・企...
【情報学】情報学フロンティア：機械学習 ／ブロテオームを含む研究件
❏多様な半構造化データからのデータ構造推定(24300054)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】馬見塚 拓 京都大学, 化学研究所, 教授 (00346107)
【キーワード】知識発見とデータマイニング / グラフマイニング / 機械学習 / 生体生命情報学 / 人工知能 (他7件)
【概要】本研究では、グラフやネットワークに代表される半構造化データの様々な問題設定に対する解決手法を構築することを目指してきた。特に、ノードとリンクで表されるグラフにおいて、ノードに付けられたラベルに関する「ラベル伝搬」、さらに、リンクを予測する「リンク予測」という二つの問題に着目した。さらに、手法構築のみならず実データへの適用及び有効性実証を行った。この応用においては、特に生命科学におけるグラフデータ等...
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
❏統計学,ニューラルネット,機械学習の新しい融合(13480071)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 統計基礎研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】バイオインフォマチックス / SNPハプロタイピング / 遺伝子発現データ / アダブースト / 独立成分分析 (他19件)
【概要】1.バイオインフォマチックスへの挑戦 癌研究会ゲノムセンターとの共同研究で行ったSNPハプロタイピングの研究がBioinformaticsに掲載予定,国際特許申請中である.次なるプロジェクト,SNPハプロタイプブロックの同定問題について藤澤主導で進行中で論文準備の段階にある.さらに月例のゲノム研究会においてプロテオームの関数データ解析についても同時進行している.日本統計関連学会連合大会2003・企...
【複合領域】一般理論：個人差 ／ブロテオームを含む研究件
❏プロテオーム解析による抗がん剤反応性関連タンパク質の解明とバイオマーカーへの応用(21590176)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 薬学部, 講師 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗がん剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他8件)
【概要】抗がん剤治療の個別化には個々の患者の薬剤反応性を治療開始前に見極めるバイオマーカーの確立が必須である。本研究では、研究代表者が大腸癌におけるオキサリプラチン感受性予測候補タンパク質として見出した細胞内タンパク質S100A10の機能解析と臨床応用に向けた基礎的検討を行なった。その結果、S100A10が抗腫瘍メカニズムの異なる抗がん剤に対して異なる挙動を示しその発現変化はオキサリプラチン特異的であるこ...
❏抗がん剤反応性の個体差解明とバイオマーカー開発をめざしたプロテオーム解析(20390049)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】谷川原 祐介 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30179832)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / プロテオーム (他9件)
【概要】本研究では、プロテオーム解析手法により癌細胞の抗がん剤感受性と相関して発現変動するタンパク質を網羅的に探索し、抗腫瘍効果の個人差解明と薬剤反応性の指標となるバイオマーカーの開発をめざした。研究の結果、ヒト大腸癌細胞における発現量がオキサリプラチンに対する感受性と相関を示すタンパク質を発見し、S100A10タンパク質と同定した。さらに、5-フルオロウラシルやイリノテカン活性代謝物曝露に対して特徴的な...
❏抗癌剤感受性に関連するタンパク質(ペプチド)バイオマーカーの研究(19659041)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】鈴木 小夜 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (90424134)
【キーワード】個別化医療 / 抗癌剤 / 薬剤感受性 / 個人差 / バイオマーカー (他10件)
【概要】本研究では、抗癌剤反応性の個人差解明を目指し、薬効発現本体であるタンパク質を標的としたプロテオーム解析により抗癌剤感受性バイオマーカーを見出すことを目的とした。初年度(平成19年度)は、Surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (SELDI-TOF MS)を用いて、オキサリプラチン(L...
【数物系科学】地球惑星科学：軟体動物 ／ブロテオームを含む研究件
❏盗葉緑体現象における遺伝子伝搬に依らない形質伝搬機構をタンパク質解析から解明する(22K06345)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2022-04-01 - 2027-03-31
【研究代表者】前田 太郎 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任助教 (50631404)
【キーワード】盗葉緑体現象 / プロテオーム / 種間相互作用 / 光合成 / 軟体動物
【概要】
❏貝殻らせん成長メカニズムの解明：進化発生古生物学創成に向けて(18H01323)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (80251411)
【キーワード】形態形成 / 軟体動物 / 進化発生学 / 貝殻形成 / らせん成長 (他14件)
【概要】本年度は以下の4つの項目の研究を主に行った。(1)軟体動物の貝殻基質タンパク質(SMP)の分子進化学的研究、(2) Wnt遺伝子の貝殻形成への関与の分析、(3)クサイロアオガイ（Nipponacmea fuscoviridis）胚への遺伝子導入の技術開発、（４）L. stagnalisのSMP遺伝子の発現非対称性を利用した貝殻形成で重要なSMPの同定。(1)では軟体動物におけるZona pellu...
❏系統ゲノム学による頭足類の進化の統合的理解(12F02330)
【研究テーマ】層位・古生物学
【研究種目】特別研究員奨励費
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)
【キーワード】系統ゲノム解析 / 頭足類 / 生体鉱物 / オウムガイ / 貝殻タンパク質 (他13件)
【概要】本研究の主な目的は、頭足類の進化を総合的に理解することである。目的を達成するためには、以下の二つのサブテーマで研究を進めて行く。 1.頭足類オウムガイの貝殻基質タンパク質の同定 本研究で，オウムガイ Nautilus pompilius の貝殻基質タンパク質の同定をした．具体的には，61個の貝殻基質水溶性タンパク質を同定した．そのうちの36タンパクについて，保存的機能ドメインの同定が出来た．また，...
【生物学】基礎生物学：タンパク質間相互作用 ／ブロテオームを含む研究件
❏大腸菌プロテオームチップによる大規模タンパク質間相互作用解析(17201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / マイクロアレイ / 微生物ゲノム / 蛍光ラベル化法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】申請者らが独自に開発した「タンパク質C末端ラベル化法」を用いて、大腸菌の全タンパク質約4400を1枚のチップに固定化したプロテオームチップによる大規模なタンパク質問相互作用解析を行うために、(1)プローブとする大腸菌タンパク質のC末端蛍光ラベル化、(2)大腸菌全タンパク質約4400種類を固定化したプロテオームチップの作製、(3)タンパク質問相互作用の検出および解析の各ステップにおいてハイスループッ...
❏選択的スプライシングに起因する疾患遺伝子のプロテオーム解析(16201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】柳川 弘志 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (40327672)
【キーワード】選択的スプライシング / 疾患遺伝子 / プロテオーム / In vitro virus法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】(1)スプライス・バリアント情報の収集:選択的スプライシングが疾患に関連すると考えられる遺伝子の抽出を行った。ASDBから選択的スプライシングによって複数のタンパク質が発現している遺伝子を、OMIMから癌・アルツハイマーなどの疾患に関連する遺伝子をそれぞれ抽出し、これら両方に含まれる候補遺伝子の絞込みを行った。(2)IVV法のハイスループット・スクリーニングシステムの構築:96個のベイトタンパク質...
【総合理工】応用物理学：質量分析 ／ブロテオームを含む研究件
❏タンパク質量の均一化による微量タンパク質の網羅的解析(15K13750)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】松本 桂彦 国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 特別研究員 (60632859)
【キーワード】プロテオーム / 質量分析 / プロテオミクス
【概要】細胞の機能を調節している転写因子などの重要なタンパク質のおおくは、細胞内で微量にしか発現していないことが多く、これらを質量分析によって検出することは困難であった。そこで、無細胞翻訳系を用いた簡便な同位体標識標準ペプチドと、静電相互作用、疎水性相互作用を用いたクロマトグラフィーによる多次元の分離により、標的タンパク質フラグメントの純度を高めることで、微量タンパク質の高感度な絶対定量法であるMS-QB...
❏加齢に伴い変動するアミロイド凝集体の網羅的プロテオーム解析(23659150)
【研究テーマ】医化学一般
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】樋口 京一 信州大学, 医学系研究科, 教授 (20173156)
【キーワード】加齢医学 / 老化 / アミロイド / 疾患モデル動物 / 質量分析 (他14件)
【概要】若齢から老齢に至るマウスからアミロイド線維／凝集体を分取し、網羅的プロテオーム解析を行った。 マウスを２ヶ月齡～28ヶ月齡で屠殺し、肝臓、脳、心臓及び筋肉を採取した。またマウスにアミロイド線維を投与しアミロイドーシスを誘発して4～10ヶ月後に臓器を採取した。これらの臓器よりアミロイド線維／凝集体を分取し、LC/MS/MSシステムで蛋白質の網羅的同定と定量を行った。 1. 老齢マウス脳で有意に増加す...
❏精子膜全タンパク質のレクチンを併用したプロテオーム解析と精子機能との関連(15591777)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2003 - 2004
【研究代表者】久慈 直昭 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (80169987)
【キーワード】ヒト / 精子 / プロテオーム / タンパク質リン酸化 / 凍結保存 (他8件)
【概要】本研究ではヒト精子に発現する全タンパクのプロファイリングに加え、レクチンを用いた糖タンパクの解析、凍結保存の影響、不妊との関連、そして精子機能とリン酸化の関連を検討した。ヒト、およびマウス精子膜抽出タンパクよりヒトでは560個、マウスでは318個の独立したスポットを認め、各々118個、94個についてタンパク質の同定が可能であった。マウスとヒト精子両方ともに確認されたタンパクは、すでにプロテオーム解...
【総合生物】生体分子化学：乾眠 ／ブロテオームを含む研究件
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏マルチオミクス解析によるクマムシの乾燥耐性・極限環境耐性分子機構の解明(22681029)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任講師 (40453550)
【キーワード】メタボローム / システム生物学 / プロテオーム / 乾眠 / クマムシ (他15件)
【概要】陸生のクマムシの多くは周囲の環境の乾燥により、ほぼ完全な脱水を伴って生命活動を可逆的停止する「乾眠」という機構を持つが、その分子機構は未だ明らかではない。そこで、本研究ではヨコヅナクマムシ乾眠前後の主にメタボロームとリン酸化プロテオームによるマルチオミクスにより、有意に変動を示す鍵分子を特定すると共に、その制御機構を解析した。結果、CE-TOFMSとLC-TOFMSを組み合わせたメタボロミクスによ...
❏動物における乾燥耐性・極限環境耐性機構のプロテオーム解析(21710223)
【研究テーマ】生物分子科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教 (10463879)
【キーワード】プロテオミクス / クマムシ / 極限環境耐性 / 乾眠 / 放射線耐性 (他13件)
【概要】ヨコヅナクマムシの持つ高い乾燥耐性・極限環境耐性を支えるタンパク質の候補として、加熱しても凝集しないクマムシ固有のタンパク質群を初めて同定しこれらのタンパク質群が乾燥前から大量に発現していることを明らかにした。また、同様の性質を持つタンパク質が乾燥耐性の弱いクマムシにおいても存在することを見出し、その凝集温度と乾燥耐性との間に一部相関関係が見られることを明らかにした。また、放射線耐性に関わるタンパ...
【総合生物】生体医工学・生体材料学：構造精密化 ／ブロテオームを含む研究件
❏タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析(20500269)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】プロテオーム / 生体生命情報学 / タンパク質 / 不規則領域 / 蛋白質 (他9件)
【概要】PDBに登録されている各タンパク質構造に対し、disorderの「程度」を評価する基準を求め、データベースとしてまとめた。また、disorder 領域と機能部位との関係について解析を行った。 ...
❏高精度タンパク質構造モデリングおよび構造評価手法の開発(17500191)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】生体生命情報学 / プロテオーム / 蛋白質構造予測 / 蛋白質構造精密化 / 蛋白質構造評価 (他11件)
【概要】タンパク質の詳細な機能の解析、酵素、薬剤設計などの応用には、全原子レベルの精度の高い構造予測(モデリング)が重要である。本研究では、ホモロジーモデリングなど、既存の構造予測手法で得られた構造に対して、重要な部位について重点的に予測精度を向上させることが目的とする高精度タンパク質構造モデリングシステムを開発した。本研究で開発した構造モデリング手法は、(1)局所構造情報を利用した側鎖モデリング、(2)...
【総合生物】生体医工学・生体材料学：構造評価 ／ブロテオームを含む研究件
❏タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析(20500269)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】プロテオーム / 生体生命情報学 / タンパク質 / 不規則領域 / 蛋白質 (他9件)
【概要】PDBに登録されている各タンパク質構造に対し、disorderの「程度」を評価する基準を求め、データベースとしてまとめた。また、disorder 領域と機能部位との関係について解析を行った。 ...
❏高精度タンパク質構造モデリングおよび構造評価手法の開発(17500191)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】生体生命情報学 / プロテオーム / 蛋白質構造予測 / 蛋白質構造精密化 / 蛋白質構造評価 (他11件)
【概要】タンパク質の詳細な機能の解析、酵素、薬剤設計などの応用には、全原子レベルの精度の高い構造予測(モデリング)が重要である。本研究では、ホモロジーモデリングなど、既存の構造予測手法で得られた構造に対して、重要な部位について重点的に予測精度を向上させることが目的とする高精度タンパク質構造モデリングシステムを開発した。本研究で開発した構造モデリング手法は、(1)局所構造情報を利用した側鎖モデリング、(2)...
【総合生物】生体医工学・生体材料学：構造予測 ／ブロテオームを含む研究件
❏タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析(20500269)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】プロテオーム / 生体生命情報学 / タンパク質 / 不規則領域 / 蛋白質 (他9件)
【概要】PDBに登録されている各タンパク質構造に対し、disorderの「程度」を評価する基準を求め、データベースとしてまとめた。また、disorder 領域と機能部位との関係について解析を行った。 ...
❏高精度タンパク質構造モデリングおよび構造評価手法の開発(17500191)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
【キーワード】生体生命情報学 / プロテオーム / 蛋白質構造予測 / 蛋白質構造精密化 / 蛋白質構造評価 (他11件)
【概要】タンパク質の詳細な機能の解析、酵素、薬剤設計などの応用には、全原子レベルの精度の高い構造予測(モデリング)が重要である。本研究では、ホモロジーモデリングなど、既存の構造予測手法で得られた構造に対して、重要な部位について重点的に予測精度を向上させることが目的とする高精度タンパク質構造モデリングシステムを開発した。本研究で開発した構造モデリング手法は、(1)局所構造情報を利用した側鎖モデリング、(2)...
【総合生物】放射線生物学：クマムシ ／ブロテオームを含む研究件
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏ミトコンドリアをモデルとしたクマムシの極限環境耐性メカニズムの解析(26660288)
【研究テーマ】応用分子細胞生物学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (10463879)
【キーワード】ミトコンドリア / クマムシ / 乾燥耐性 / プロテオーム / 乾燥休眠
【概要】陸生クマムシの一部は乾眠と呼ばれる脱水状態になって乾燥に耐えるが、その分子基盤には不明な点が多い。本研究では耐性の単純モデルとしてクマムシのミトコンドリアに着目し、ストレス耐性に関わる候補タンパク質として2種の熱可溶性タンパク質を初めて同定した。これらのタンパク質はヒト培養細胞の高浸透圧耐性を向上させることを示した。さらに、クマムシ個体から高純度のミトコンドリア分画を分離する方法を確立し、ショット...
❏マルチオミクス解析によるクマムシの乾燥耐性・極限環境耐性分子機構の解明(22681029)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任講師 (40453550)
【キーワード】メタボローム / システム生物学 / プロテオーム / 乾眠 / クマムシ (他15件)
【概要】陸生のクマムシの多くは周囲の環境の乾燥により、ほぼ完全な脱水を伴って生命活動を可逆的停止する「乾眠」という機構を持つが、その分子機構は未だ明らかではない。そこで、本研究ではヨコヅナクマムシ乾眠前後の主にメタボロームとリン酸化プロテオームによるマルチオミクスにより、有意に変動を示す鍵分子を特定すると共に、その制御機構を解析した。結果、CE-TOFMSとLC-TOFMSを組み合わせたメタボロミクスによ...
【農学】境界農学：乾燥耐性 ／ブロテオームを含む研究件
❏ミトコンドリアをモデルとしたクマムシの極限環境耐性メカニズムの解析(26660288)
【研究テーマ】応用分子細胞生物学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (10463879)
【キーワード】ミトコンドリア / クマムシ / 乾燥耐性 / プロテオーム / 乾燥休眠
【概要】陸生クマムシの一部は乾眠と呼ばれる脱水状態になって乾燥に耐えるが、その分子基盤には不明な点が多い。本研究では耐性の単純モデルとしてクマムシのミトコンドリアに着目し、ストレス耐性に関わる候補タンパク質として2種の熱可溶性タンパク質を初めて同定した。これらのタンパク質はヒト培養細胞の高浸透圧耐性を向上させることを示した。さらに、クマムシ個体から高純度のミトコンドリア分画を分離する方法を確立し、ショット...
❏マルチオミクス解析によるクマムシの乾燥耐性・極限環境耐性分子機構の解明(22681029)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任講師 (40453550)
【キーワード】メタボローム / システム生物学 / プロテオーム / 乾眠 / クマムシ (他15件)
【概要】陸生のクマムシの多くは周囲の環境の乾燥により、ほぼ完全な脱水を伴って生命活動を可逆的停止する「乾眠」という機構を持つが、その分子機構は未だ明らかではない。そこで、本研究ではヨコヅナクマムシ乾眠前後の主にメタボロームとリン酸化プロテオームによるマルチオミクスにより、有意に変動を示す鍵分子を特定すると共に、その制御機構を解析した。結果、CE-TOFMSとLC-TOFMSを組み合わせたメタボロミクスによ...
【農学】森林圏科学：担子菌 ／ブロテオームを含む研究件
❏担子菌による木材分解の引き金となるヘミセルロース分子構造の認識と応答機構(20380100)
【研究テーマ】木質科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】木質バイオマス / 木材分解 / セルロース / ヘミセルロース / 担子菌 (他13件)
【概要】担子菌Phanerochaete chrysosporiumによるセルロースの分解はキシランの存在によって促進される。キシランの分解によって生成したキシロオリゴ糖がいくつかのセルロース分解関連酵素の遺伝子発現を増強し、このことがセルロース分解の促進の一因となると示唆された。また、キシラン中のアセチル残基のエステル結合の開裂と引き続くキシロオリゴ糖の生成によるセルロース分解酵素系の誘導が本菌による木...
❏担子菌がセルロース分解過程で生産する多様な菌体外酵素の網羅的解析(17380102)
【研究テーマ】林産科学・木質工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】遺伝子 / 糖質加水分解酵素 / バイオマス / プロテオーム / セルロース (他10件)
【概要】本研究の成果により、担子菌Phanerochaete chrysosporiumがセルロース分解培養系において分泌する菌体外酵素について、二次元電気泳動法による分離、さらに分離されたそれぞれの酵素についてのLS-MS/MS解析、また、これらより得られたアミノ酸配列情報について同菌のゲノム塩基配列データベースへの検索により、網羅的に同定することが可能であることが示された。また、それぞれの研究目的に応...
❏糸状菌における多様なセルロース分解酵素の機能と遺伝子発現の解析(14360094)
【研究テーマ】林産学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2002 - 2004
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】セルロース / 糖質分解酵素 / セルラーゼ / 糸状菌 / プロテオーム (他16件)
【概要】糸状菌によるセルロース分解は菌体外においてセルラーゼによりセルロースがセロビオースに変換され,さらにβ-グルコシダーゼによってセロビオースはグルコースに変換されたのち,菌体内に取り込まれてエネルギー源として代謝されていくと考えられてきた。しかしながら,多くの糸状菌ではβ-グルコシダーゼに加えて,セロビオース脱水素酵素と呼ばれる酸化還元酵素がセルロース分解過程で生産されてくることが知られている。 そ...
【農学】森林圏科学：セルロース ／ブロテオームを含む研究件
❏担子菌による木材分解の引き金となるヘミセルロース分子構造の認識と応答機構(20380100)
【研究テーマ】木質科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】木質バイオマス / 木材分解 / セルロース / ヘミセルロース / 担子菌 (他13件)
【概要】担子菌Phanerochaete chrysosporiumによるセルロースの分解はキシランの存在によって促進される。キシランの分解によって生成したキシロオリゴ糖がいくつかのセルロース分解関連酵素の遺伝子発現を増強し、このことがセルロース分解の促進の一因となると示唆された。また、キシラン中のアセチル残基のエステル結合の開裂と引き続くキシロオリゴ糖の生成によるセルロース分解酵素系の誘導が本菌による木...
❏担子菌がセルロース分解過程で生産する多様な菌体外酵素の網羅的解析(17380102)
【研究テーマ】林産科学・木質工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】遺伝子 / 糖質加水分解酵素 / バイオマス / プロテオーム / セルロース (他10件)
【概要】本研究の成果により、担子菌Phanerochaete chrysosporiumがセルロース分解培養系において分泌する菌体外酵素について、二次元電気泳動法による分離、さらに分離されたそれぞれの酵素についてのLS-MS/MS解析、また、これらより得られたアミノ酸配列情報について同菌のゲノム塩基配列データベースへの検索により、網羅的に同定することが可能であることが示された。また、それぞれの研究目的に応...
❏糸状菌における多様なセルロース分解酵素の機能と遺伝子発現の解析(14360094)
【研究テーマ】林産学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2002 - 2004
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】セルロース / 糖質分解酵素 / セルラーゼ / 糸状菌 / プロテオーム (他16件)
【概要】糸状菌によるセルロース分解は菌体外においてセルラーゼによりセルロースがセロビオースに変換され,さらにβ-グルコシダーゼによってセロビオースはグルコースに変換されたのち,菌体内に取り込まれてエネルギー源として代謝されていくと考えられてきた。しかしながら,多くの糸状菌ではβ-グルコシダーゼに加えて,セロビオース脱水素酵素と呼ばれる酸化還元酵素がセルロース分解過程で生産されてくることが知られている。 そ...
【農学】森林圏科学：Phanerochaete chrysosporium ／ブロテオームを含む研究件
❏担子菌による木材分解の引き金となるヘミセルロース分子構造の認識と応答機構(20380100)
【研究テーマ】木質科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】木質バイオマス / 木材分解 / セルロース / ヘミセルロース / 担子菌 (他13件)
【概要】担子菌Phanerochaete chrysosporiumによるセルロースの分解はキシランの存在によって促進される。キシランの分解によって生成したキシロオリゴ糖がいくつかのセルロース分解関連酵素の遺伝子発現を増強し、このことがセルロース分解の促進の一因となると示唆された。また、キシラン中のアセチル残基のエステル結合の開裂と引き続くキシロオリゴ糖の生成によるセルロース分解酵素系の誘導が本菌による木...
❏担子菌がセルロース分解過程で生産する多様な菌体外酵素の網羅的解析(17380102)
【研究テーマ】林産科学・木質工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】遺伝子 / 糖質加水分解酵素 / バイオマス / プロテオーム / セルロース (他10件)
【概要】本研究の成果により、担子菌Phanerochaete chrysosporiumがセルロース分解培養系において分泌する菌体外酵素について、二次元電気泳動法による分離、さらに分離されたそれぞれの酵素についてのLS-MS/MS解析、また、これらより得られたアミノ酸配列情報について同菌のゲノム塩基配列データベースへの検索により、網羅的に同定することが可能であることが示された。また、それぞれの研究目的に応...
❏糸状菌における多様なセルロース分解酵素の機能と遺伝子発現の解析(14360094)
【研究テーマ】林産学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2002 - 2004
【研究代表者】鮫島 正浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30162530)
【キーワード】セルロース / 糖質分解酵素 / セルラーゼ / 糸状菌 / プロテオーム (他16件)
【概要】糸状菌によるセルロース分解は菌体外においてセルラーゼによりセルロースがセロビオースに変換され,さらにβ-グルコシダーゼによってセロビオースはグルコースに変換されたのち,菌体内に取り込まれてエネルギー源として代謝されていくと考えられてきた。しかしながら,多くの糸状菌ではβ-グルコシダーゼに加えて,セロビオース脱水素酵素と呼ばれる酸化還元酵素がセルロース分解過程で生産されてくることが知られている。 そ...
【農学】森林圏科学：