【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】清水 佳奈 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (60367050)

【キーワード】次世代シークエンサー / アルゴリズム / アラインメントフリー / ゲノム配列 / パターン (他8件)

【概要】近年の研究により，ゲノム配列は非常に多様であることが示唆された．しかし，現在主流となっている情報解析の手法では，シークエンサーから出力された断片配列をまずはじめに参照ゲノムに対して貼り付けて，その結果から統計情報を得る方策がとられているため，得られる解析結果は参照ゲノムの特徴に左右されて，ゲノムの多様性を見落としてしまう問題点があった．そこで本研究では，複数のデータセットを直接的に比較して，データ...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】清水 佳奈 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (60367050)

【キーワード】次世代シークエンサー / アルゴリズム / アラインメントフリー / ゲノム配列 / パターン (他8件)

【概要】近年の研究により，ゲノム配列は非常に多様であることが示唆された．しかし，現在主流となっている情報解析の手法では，シークエンサーから出力された断片配列をまずはじめに参照ゲノムに対して貼り付けて，その結果から統計情報を得る方策がとられているため，得られる解析結果は参照ゲノムの特徴に左右されて，ゲノムの多様性を見落としてしまう問題点があった．そこで本研究では，複数のデータセットを直接的に比較して，データ...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】清水 佳奈 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (60367050)

【キーワード】次世代シークエンサー / アルゴリズム / アラインメントフリー / ゲノム配列 / パターン (他8件)

【概要】近年の研究により，ゲノム配列は非常に多様であることが示唆された．しかし，現在主流となっている情報解析の手法では，シークエンサーから出力された断片配列をまずはじめに参照ゲノムに対して貼り付けて，その結果から統計情報を得る方策がとられているため，得られる解析結果は参照ゲノムの特徴に左右されて，ゲノムの多様性を見落としてしまう問題点があった．そこで本研究では，複数のデータセットを直接的に比較して，データ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2001 - 2002

【研究代表者】由良 敬 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員 (50252226)

【キーワード】モジュール / ゲノム配列 / 3Dキーノート / 機能予測 / シアノバクテリア (他12件)

【概要】全ゲノム配列が発表されている生物種は、100種を越えた。生体で機能している高分子は大部分がタンパク質であるため、集積されたゲノム配列にどのような機能を持ったタンパク質があるかを知る必要がある。しかし、ゲノム配列からタンパク質の機能を推定する方法はまだ確立していない。ゲノムにあるORFの約半数は機能が推定できていない。申請者は立体構造が類似であり、機能部位の詳細な構造が類似のリン酸基結合モジュールを...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】清水 佳奈 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (60367050)

【キーワード】次世代シークエンサー / アルゴリズム / アラインメントフリー / ゲノム配列 / パターン (他8件)

【概要】近年の研究により，ゲノム配列は非常に多様であることが示唆された．しかし，現在主流となっている情報解析の手法では，シークエンサーから出力された断片配列をまずはじめに参照ゲノムに対して貼り付けて，その結果から統計情報を得る方策がとられているため，得られる解析結果は参照ゲノムの特徴に左右されて，ゲノムの多様性を見落としてしまう問題点があった．そこで本研究では，複数のデータセットを直接的に比較して，データ...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】清水 佳奈 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (60367050)

【キーワード】次世代シークエンサー / アルゴリズム / アラインメントフリー / ゲノム配列 / パターン (他8件)

【概要】近年の研究により，ゲノム配列は非常に多様であることが示唆された．しかし，現在主流となっている情報解析の手法では，シークエンサーから出力された断片配列をまずはじめに参照ゲノムに対して貼り付けて，その結果から統計情報を得る方策がとられているため，得られる解析結果は参照ゲノムの特徴に左右されて，ゲノムの多様性を見落としてしまう問題点があった．そこで本研究では，複数のデータセットを直接的に比較して，データ...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】清水 佳奈 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (60367050)

【キーワード】次世代シークエンサー / アルゴリズム / アラインメントフリー / ゲノム配列 / パターン (他8件)

【概要】近年の研究により，ゲノム配列は非常に多様であることが示唆された．しかし，現在主流となっている情報解析の手法では，シークエンサーから出力された断片配列をまずはじめに参照ゲノムに対して貼り付けて，その結果から統計情報を得る方策がとられているため，得られる解析結果は参照ゲノムの特徴に左右されて，ゲノムの多様性を見落としてしまう問題点があった．そこで本研究では，複数のデータセットを直接的に比較して，データ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2001 - 2002

【研究代表者】由良 敬 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員 (50252226)

【キーワード】モジュール / ゲノム配列 / 3Dキーノート / 機能予測 / シアノバクテリア (他12件)

【概要】全ゲノム配列が発表されている生物種は、100種を越えた。生体で機能している高分子は大部分がタンパク質であるため、集積されたゲノム配列にどのような機能を持ったタンパク質があるかを知る必要がある。しかし、ゲノム配列からタンパク質の機能を推定する方法はまだ確立していない。ゲノムにあるORFの約半数は機能が推定できていない。申請者は立体構造が類似であり、機能部位の詳細な構造が類似のリン酸基結合モジュールを...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2001 - 2002

【研究代表者】由良 敬 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員 (50252226)

【キーワード】モジュール / ゲノム配列 / 3Dキーノート / 機能予測 / シアノバクテリア (他12件)

【概要】全ゲノム配列が発表されている生物種は、100種を越えた。生体で機能している高分子は大部分がタンパク質であるため、集積されたゲノム配列にどのような機能を持ったタンパク質があるかを知る必要がある。しかし、ゲノム配列からタンパク質の機能を推定する方法はまだ確立していない。ゲノムにあるORFの約半数は機能が推定できていない。申請者は立体構造が類似であり、機能部位の詳細な構造が類似のリン酸基結合モジュールを...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2011 - 2013

【研究代表者】金原 和秀 静岡大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (30225122)

【キーワード】バイオフィルム / 流れ場 / 毒性物質分解 / シミュレーション / 芳香族化合物 (他8件)

【概要】本研究は、芳香族化合物分解菌が分解過程でバイオフィルムを形成することに着目し、バイオフィルム内での特異的な発現解析を目指したゲノム解析を行うと共に、流路デバイスを用いたシミュレーションを行い、形成メカニズムの解明を目的とした。その結果、ビフェニルの水酸化代謝物を添加すると、バイオフィルム形成の促進と生細胞率の増加が観察された。また、ビフェニル分解菌TK102株の完全長ゲノム配列（約6.06 Mb）...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2001 - 2002

【研究代表者】由良 敬 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員 (50252226)

【キーワード】モジュール / ゲノム配列 / 3Dキーノート / 機能予測 / シアノバクテリア (他12件)

【概要】全ゲノム配列が発表されている生物種は、100種を越えた。生体で機能している高分子は大部分がタンパク質であるため、集積されたゲノム配列にどのような機能を持ったタンパク質があるかを知る必要がある。しかし、ゲノム配列からタンパク質の機能を推定する方法はまだ確立していない。ゲノムにあるORFの約半数は機能が推定できていない。申請者は立体構造が類似であり、機能部位の詳細な構造が類似のリン酸基結合モジュールを...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2001 - 2002

【研究代表者】由良 敬 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員 (50252226)

【キーワード】モジュール / ゲノム配列 / 3Dキーノート / 機能予測 / シアノバクテリア (他12件)

【概要】全ゲノム配列が発表されている生物種は、100種を越えた。生体で機能している高分子は大部分がタンパク質であるため、集積されたゲノム配列にどのような機能を持ったタンパク質があるかを知る必要がある。しかし、ゲノム配列からタンパク質の機能を推定する方法はまだ確立していない。ゲノムにあるORFの約半数は機能が推定できていない。申請者は立体構造が類似であり、機能部位の詳細な構造が類似のリン酸基結合モジュールを...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2001 - 2002

【研究代表者】由良 敬 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員 (50252226)

【キーワード】モジュール / ゲノム配列 / 3Dキーノート / 機能予測 / シアノバクテリア (他12件)

【概要】全ゲノム配列が発表されている生物種は、100種を越えた。生体で機能している高分子は大部分がタンパク質であるため、集積されたゲノム配列にどのような機能を持ったタンパク質があるかを知る必要がある。しかし、ゲノム配列からタンパク質の機能を推定する方法はまだ確立していない。ゲノムにあるORFの約半数は機能が推定できていない。申請者は立体構造が類似であり、機能部位の詳細な構造が類似のリン酸基結合モジュールを...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2001 - 2002

【研究代表者】由良 敬 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員 (50252226)

【キーワード】モジュール / ゲノム配列 / 3Dキーノート / 機能予測 / シアノバクテリア (他12件)

【概要】全ゲノム配列が発表されている生物種は、100種を越えた。生体で機能している高分子は大部分がタンパク質であるため、集積されたゲノム配列にどのような機能を持ったタンパク質があるかを知る必要がある。しかし、ゲノム配列からタンパク質の機能を推定する方法はまだ確立していない。ゲノムにあるORFの約半数は機能が推定できていない。申請者は立体構造が類似であり、機能部位の詳細な構造が類似のリン酸基結合モジュールを...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2001 - 2002

【研究代表者】由良 敬 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員 (50252226)

【キーワード】モジュール / ゲノム配列 / 3Dキーノート / 機能予測 / シアノバクテリア (他12件)

【概要】全ゲノム配列が発表されている生物種は、100種を越えた。生体で機能している高分子は大部分がタンパク質であるため、集積されたゲノム配列にどのような機能を持ったタンパク質があるかを知る必要がある。しかし、ゲノム配列からタンパク質の機能を推定する方法はまだ確立していない。ゲノムにあるORFの約半数は機能が推定できていない。申請者は立体構造が類似であり、機能部位の詳細な構造が類似のリン酸基結合モジュールを...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2011 - 2013

【研究代表者】金原 和秀 静岡大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (30225122)

【キーワード】バイオフィルム / 流れ場 / 毒性物質分解 / シミュレーション / 芳香族化合物 (他8件)

【概要】本研究は、芳香族化合物分解菌が分解過程でバイオフィルムを形成することに着目し、バイオフィルム内での特異的な発現解析を目指したゲノム解析を行うと共に、流路デバイスを用いたシミュレーションを行い、形成メカニズムの解明を目的とした。その結果、ビフェニルの水酸化代謝物を添加すると、バイオフィルム形成の促進と生細胞率の増加が観察された。また、ビフェニル分解菌TK102株の完全長ゲノム配列（約6.06 Mb）...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2001 - 2002

【研究代表者】由良 敬 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員 (50252226)

【キーワード】モジュール / ゲノム配列 / 3Dキーノート / 機能予測 / シアノバクテリア (他12件)

【概要】全ゲノム配列が発表されている生物種は、100種を越えた。生体で機能している高分子は大部分がタンパク質であるため、集積されたゲノム配列にどのような機能を持ったタンパク質があるかを知る必要がある。しかし、ゲノム配列からタンパク質の機能を推定する方法はまだ確立していない。ゲノムにあるORFの約半数は機能が推定できていない。申請者は立体構造が類似であり、機能部位の詳細な構造が類似のリン酸基結合モジュールを...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2011 - 2013

【研究代表者】金原 和秀 静岡大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (30225122)

【キーワード】バイオフィルム / 流れ場 / 毒性物質分解 / シミュレーション / 芳香族化合物 (他8件)

【概要】本研究は、芳香族化合物分解菌が分解過程でバイオフィルムを形成することに着目し、バイオフィルム内での特異的な発現解析を目指したゲノム解析を行うと共に、流路デバイスを用いたシミュレーションを行い、形成メカニズムの解明を目的とした。その結果、ビフェニルの水酸化代謝物を添加すると、バイオフィルム形成の促進と生細胞率の増加が観察された。また、ビフェニル分解菌TK102株の完全長ゲノム配列（約6.06 Mb）...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2011 - 2013

【研究代表者】金原 和秀 静岡大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (30225122)

【キーワード】バイオフィルム / 流れ場 / 毒性物質分解 / シミュレーション / 芳香族化合物 (他8件)

【概要】本研究は、芳香族化合物分解菌が分解過程でバイオフィルムを形成することに着目し、バイオフィルム内での特異的な発現解析を目指したゲノム解析を行うと共に、流路デバイスを用いたシミュレーションを行い、形成メカニズムの解明を目的とした。その結果、ビフェニルの水酸化代謝物を添加すると、バイオフィルム形成の促進と生細胞率の増加が観察された。また、ビフェニル分解菌TK102株の完全長ゲノム配列（約6.06 Mb）...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2011 - 2013

【研究代表者】金原 和秀 静岡大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (30225122)

【キーワード】バイオフィルム / 流れ場 / 毒性物質分解 / シミュレーション / 芳香族化合物 (他8件)

【概要】本研究は、芳香族化合物分解菌が分解過程でバイオフィルムを形成することに着目し、バイオフィルム内での特異的な発現解析を目指したゲノム解析を行うと共に、流路デバイスを用いたシミュレーションを行い、形成メカニズムの解明を目的とした。その結果、ビフェニルの水酸化代謝物を添加すると、バイオフィルム形成の促進と生細胞率の増加が観察された。また、ビフェニル分解菌TK102株の完全長ゲノム配列（約6.06 Mb）...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2001 - 2002

【研究代表者】由良 敬 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員 (50252226)

【キーワード】モジュール / ゲノム配列 / 3Dキーノート / 機能予測 / シアノバクテリア (他12件)

【概要】全ゲノム配列が発表されている生物種は、100種を越えた。生体で機能している高分子は大部分がタンパク質であるため、集積されたゲノム配列にどのような機能を持ったタンパク質があるかを知る必要がある。しかし、ゲノム配列からタンパク質の機能を推定する方法はまだ確立していない。ゲノムにあるORFの約半数は機能が推定できていない。申請者は立体構造が類似であり、機能部位の詳細な構造が類似のリン酸基結合モジュールを...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2011 - 2013

【研究代表者】金原 和秀 静岡大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (30225122)

【キーワード】バイオフィルム / 流れ場 / 毒性物質分解 / シミュレーション / 芳香族化合物 (他8件)

【概要】本研究は、芳香族化合物分解菌が分解過程でバイオフィルムを形成することに着目し、バイオフィルム内での特異的な発現解析を目指したゲノム解析を行うと共に、流路デバイスを用いたシミュレーションを行い、形成メカニズムの解明を目的とした。その結果、ビフェニルの水酸化代謝物を添加すると、バイオフィルム形成の促進と生細胞率の増加が観察された。また、ビフェニル分解菌TK102株の完全長ゲノム配列（約6.06 Mb）...

【研究テーマ】植物栄養学・土壌学

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】藤原 徹 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (80242163)

【キーワード】ホウ素 / 細菌 / ゲノム配列 / 変異

【概要】本研究はホウ素過剰に耐性の微生物のホウ素耐性機構を明らかにするとともに、ホウ素耐性微生物を新たに検索することを目的とし進めて来た。これまでのAhmed博士の研究によって、複数のホウ素過剰性を示す新種細菌が同定されており、これを基にして、二つの柱で研究を進めてきた。一つ目はこれまでにAhmed氏が同定した飽和濃度のホウ酸に耐性かつホウ素要求性の細菌のゲノム配列解析と、変異株の解析を通じて、超高濃度の...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (20292790)

【キーワード】トラフグ / 比較ゲノム / 連鎖地図 / 育種 / 養殖 (他7件)

【概要】【背景】近年ゲノム情報を活用した効率的な育種法の確立が養殖産業において強く求められている。トラフグはゲノムドラフト配列が解読されているため,連鎖地図を利用することで,効率的な育種が可能となるが、連鎖地図の報告はこれまでない.本研究ではトラフグのゲノム全領域をカヴァーする連鎖地図を得るため,昨年度作製した連鎖地図にマーカーを付け加え、トラフグの染色体数に対応した数の連鎖群を得ることを目的とした。また...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (20292790)

【キーワード】トラフグ / 比較ゲノム / 連鎖地図 / 育種 / 養殖 (他7件)

【概要】【背景】近年ゲノム情報を活用した効率的な育種法の確立が養殖産業において強く求められている。トラフグはゲノムドラフト配列が解読されているため,連鎖地図を利用することで,効率的な育種が可能となるが、連鎖地図の報告はこれまでない.本研究ではトラフグのゲノム全領域をカヴァーする連鎖地図を得るため,昨年度作製した連鎖地図にマーカーを付け加え、トラフグの染色体数に対応した数の連鎖群を得ることを目的とした。また...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (20292790)

【キーワード】トラフグ / 比較ゲノム / 連鎖地図 / 育種 / 養殖 (他7件)

【概要】【背景】近年ゲノム情報を活用した効率的な育種法の確立が養殖産業において強く求められている。トラフグはゲノムドラフト配列が解読されているため,連鎖地図を利用することで,効率的な育種が可能となるが、連鎖地図の報告はこれまでない.本研究ではトラフグのゲノム全領域をカヴァーする連鎖地図を得るため,昨年度作製した連鎖地図にマーカーを付け加え、トラフグの染色体数に対応した数の連鎖群を得ることを目的とした。また...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (20292790)

【キーワード】トラフグ / 比較ゲノム / 連鎖地図 / 育種 / 養殖 (他7件)

【概要】【背景】近年ゲノム情報を活用した効率的な育種法の確立が養殖産業において強く求められている。トラフグはゲノムドラフト配列が解読されているため,連鎖地図を利用することで,効率的な育種が可能となるが、連鎖地図の報告はこれまでない.本研究ではトラフグのゲノム全領域をカヴァーする連鎖地図を得るため,昨年度作製した連鎖地図にマーカーを付け加え、トラフグの染色体数に対応した数の連鎖群を得ることを目的とした。また...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (20292790)

【キーワード】トラフグ / 比較ゲノム / 連鎖地図 / 育種 / 養殖 (他7件)

【概要】【背景】近年ゲノム情報を活用した効率的な育種法の確立が養殖産業において強く求められている。トラフグはゲノムドラフト配列が解読されているため,連鎖地図を利用することで,効率的な育種が可能となるが、連鎖地図の報告はこれまでない.本研究ではトラフグのゲノム全領域をカヴァーする連鎖地図を得るため,昨年度作製した連鎖地図にマーカーを付け加え、トラフグの染色体数に対応した数の連鎖群を得ることを目的とした。また...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】清水 佳奈 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (60367050)

【キーワード】次世代シークエンサー / アルゴリズム / アラインメントフリー / ゲノム配列 / パターン (他8件)

【概要】近年の研究により，ゲノム配列は非常に多様であることが示唆された．しかし，現在主流となっている情報解析の手法では，シークエンサーから出力された断片配列をまずはじめに参照ゲノムに対して貼り付けて，その結果から統計情報を得る方策がとられているため，得られる解析結果は参照ゲノムの特徴に左右されて，ゲノムの多様性を見落としてしまう問題点があった．そこで本研究では，複数のデータセットを直接的に比較して，データ...

【研究テーマ】植物栄養学・土壌学

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】藤原 徹 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (80242163)

【キーワード】ホウ素 / 細菌 / ゲノム配列 / 変異

【概要】本研究はホウ素過剰に耐性の微生物のホウ素耐性機構を明らかにするとともに、ホウ素耐性微生物を新たに検索することを目的とし進めて来た。これまでのAhmed博士の研究によって、複数のホウ素過剰性を示す新種細菌が同定されており、これを基にして、二つの柱で研究を進めてきた。一つ目はこれまでにAhmed氏が同定した飽和濃度のホウ酸に耐性かつホウ素要求性の細菌のゲノム配列解析と、変異株の解析を通じて、超高濃度の...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2001 - 2002

【研究代表者】由良 敬 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員 (50252226)

【キーワード】モジュール / ゲノム配列 / 3Dキーノート / 機能予測 / シアノバクテリア (他12件)

【概要】全ゲノム配列が発表されている生物種は、100種を越えた。生体で機能している高分子は大部分がタンパク質であるため、集積されたゲノム配列にどのような機能を持ったタンパク質があるかを知る必要がある。しかし、ゲノム配列からタンパク質の機能を推定する方法はまだ確立していない。ゲノムにあるORFの約半数は機能が推定できていない。申請者は立体構造が類似であり、機能部位の詳細な構造が類似のリン酸基結合モジュールを...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (20292790)

【キーワード】トラフグ / 比較ゲノム / 連鎖地図 / 育種 / 養殖 (他7件)

【概要】【背景】近年ゲノム情報を活用した効率的な育種法の確立が養殖産業において強く求められている。トラフグはゲノムドラフト配列が解読されているため,連鎖地図を利用することで,効率的な育種が可能となるが、連鎖地図の報告はこれまでない.本研究ではトラフグのゲノム全領域をカヴァーする連鎖地図を得るため,昨年度作製した連鎖地図にマーカーを付け加え、トラフグの染色体数に対応した数の連鎖群を得ることを目的とした。また...

【研究テーマ】植物栄養学・土壌学

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】藤原 徹 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (80242163)

【キーワード】ホウ素 / 細菌 / ゲノム配列 / 変異

【概要】本研究はホウ素過剰に耐性の微生物のホウ素耐性機構を明らかにするとともに、ホウ素耐性微生物を新たに検索することを目的とし進めて来た。これまでのAhmed博士の研究によって、複数のホウ素過剰性を示す新種細菌が同定されており、これを基にして、二つの柱で研究を進めてきた。一つ目はこれまでにAhmed氏が同定した飽和濃度のホウ酸に耐性かつホウ素要求性の細菌のゲノム配列解析と、変異株の解析を通じて、超高濃度の...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2011 - 2013

【研究代表者】金原 和秀 静岡大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (30225122)

【キーワード】バイオフィルム / 流れ場 / 毒性物質分解 / シミュレーション / 芳香族化合物 (他8件)

【概要】本研究は、芳香族化合物分解菌が分解過程でバイオフィルムを形成することに着目し、バイオフィルム内での特異的な発現解析を目指したゲノム解析を行うと共に、流路デバイスを用いたシミュレーションを行い、形成メカニズムの解明を目的とした。その結果、ビフェニルの水酸化代謝物を添加すると、バイオフィルム形成の促進と生細胞率の増加が観察された。また、ビフェニル分解菌TK102株の完全長ゲノム配列（約6.06 Mb）...