【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1996

【研究代表者】小島 茂明 東京大学, 海洋研究所, 助手 (20242175)

【キーワード】シロウリガイ / 種分化 / 分子系統学 / 深海性還元環境 / 冷〓水域 (他8件)

【概要】相模湾で発見された深海性二枚貝シロウリガイ(Calyptogena soyoae)集団は、単一種から成ると考えられていたが、ミトコンドリアDNAの塩基配列解析から、遺伝的に異なる2種類のタイプの個体が混在していることが示された(以下、A型・B型とする)。また、沖縄トラフ伊平屋海嶺で、A型個体のみからなる個体群が発見されている。さらに、昨年度南海トラフ竜洋海底谷からもシロウリガイが発見された。 本研...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 理学部, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / タンパク質立体構造 / 機能部品 (他12件)

【概要】イントロンはタンパク質の部品「モジュール」の境界によく対応していることから、分子進化において、モジュールが「かき混ぜられた」基本構造部品であることが明らかになってきた。本研究の目的はモジュールを分類し、機能の異なるタンパク質間の共有されるモジュールを明らかにすることであった。本研究の成果はモジュールを分類できる見通しが得られ、すでにモジュールの一部分がカタログ化できたことである。モジュール図鑑の電...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 理学部, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / タンパク質立体構造 / 機能部品 (他12件)

【概要】イントロンはタンパク質の部品「モジュール」の境界によく対応していることから、分子進化において、モジュールが「かき混ぜられた」基本構造部品であることが明らかになってきた。本研究の目的はモジュールを分類し、機能の異なるタンパク質間の共有されるモジュールを明らかにすることであった。本研究の成果はモジュールを分類できる見通しが得られ、すでにモジュールの一部分がカタログ化できたことである。モジュール図鑑の電...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 理学部, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / タンパク質立体構造 / 機能部品 (他12件)

【概要】イントロンはタンパク質の部品「モジュール」の境界によく対応していることから、分子進化において、モジュールが「かき混ぜられた」基本構造部品であることが明らかになってきた。本研究の目的はモジュールを分類し、機能の異なるタンパク質間の共有されるモジュールを明らかにすることであった。本研究の成果はモジュールを分類できる見通しが得られ、すでにモジュールの一部分がカタログ化できたことである。モジュール図鑑の電...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 理学部, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / タンパク質立体構造 / 機能部品 (他12件)

【概要】イントロンはタンパク質の部品「モジュール」の境界によく対応していることから、分子進化において、モジュールが「かき混ぜられた」基本構造部品であることが明らかになってきた。本研究の目的はモジュールを分類し、機能の異なるタンパク質間の共有されるモジュールを明らかにすることであった。本研究の成果はモジュールを分類できる見通しが得られ、すでにモジュールの一部分がカタログ化できたことである。モジュール図鑑の電...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 理学部, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / タンパク質立体構造 / 機能部品 (他12件)

【概要】イントロンはタンパク質の部品「モジュール」の境界によく対応していることから、分子進化において、モジュールが「かき混ぜられた」基本構造部品であることが明らかになってきた。本研究の目的はモジュールを分類し、機能の異なるタンパク質間の共有されるモジュールを明らかにすることであった。本研究の成果はモジュールを分類できる見通しが得られ、すでにモジュールの一部分がカタログ化できたことである。モジュール図鑑の電...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 理学部, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / タンパク質立体構造 / 機能部品 (他12件)

【概要】イントロンはタンパク質の部品「モジュール」の境界によく対応していることから、分子進化において、モジュールが「かき混ぜられた」基本構造部品であることが明らかになってきた。本研究の目的はモジュールを分類し、機能の異なるタンパク質間の共有されるモジュールを明らかにすることであった。本研究の成果はモジュールを分類できる見通しが得られ、すでにモジュールの一部分がカタログ化できたことである。モジュール図鑑の電...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】応用生物化学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2009-05-11 - 2014-03-31

【研究代表者】吉田 稔 独立行政法人理化学研究所, 吉田化学遺伝学研究室, 主任研究員 (80191617)

【キーワード】スプライシング / イントロン / 転写 / 核-細胞質間輸送 / 非コードRNA (他8件)

【概要】Spliceostatin A（SSA）は抗がん抗生物質FR901464 の化学的に安定な誘導体であり、研究代表者らはSSAがスプライシング因子SF3bに特異的に結合する世界初のスプライシング阻害剤であることを明らかにしてきた。SSAを用いることでスプライシング因子やイントロンの新しい機能の同定につながると考えられる。そこで本研究はSSAによって引き起こされる多様な表現型の作用機構を解析し、スプラ...

【研究テーマ】応用生物化学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2009-05-11 - 2014-03-31

【研究代表者】吉田 稔 独立行政法人理化学研究所, 吉田化学遺伝学研究室, 主任研究員 (80191617)

【キーワード】スプライシング / イントロン / 転写 / 核-細胞質間輸送 / 非コードRNA (他8件)

【概要】Spliceostatin A（SSA）は抗がん抗生物質FR901464 の化学的に安定な誘導体であり、研究代表者らはSSAがスプライシング因子SF3bに特異的に結合する世界初のスプライシング阻害剤であることを明らかにしてきた。SSAを用いることでスプライシング因子やイントロンの新しい機能の同定につながると考えられる。そこで本研究はSSAによって引き起こされる多様な表現型の作用機構を解析し、スプラ...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1996

【研究代表者】小島 茂明 東京大学, 海洋研究所, 助手 (20242175)

【キーワード】シロウリガイ / 種分化 / 分子系統学 / 深海性還元環境 / 冷〓水域 (他8件)

【概要】相模湾で発見された深海性二枚貝シロウリガイ(Calyptogena soyoae)集団は、単一種から成ると考えられていたが、ミトコンドリアDNAの塩基配列解析から、遺伝的に異なる2種類のタイプの個体が混在していることが示された(以下、A型・B型とする)。また、沖縄トラフ伊平屋海嶺で、A型個体のみからなる個体群が発見されている。さらに、昨年度南海トラフ竜洋海底谷からもシロウリガイが発見された。 本研...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1996

【研究代表者】小島 茂明 東京大学, 海洋研究所, 助手 (20242175)

【キーワード】シロウリガイ / 種分化 / 分子系統学 / 深海性還元環境 / 冷〓水域 (他8件)

【概要】相模湾で発見された深海性二枚貝シロウリガイ(Calyptogena soyoae)集団は、単一種から成ると考えられていたが、ミトコンドリアDNAの塩基配列解析から、遺伝的に異なる2種類のタイプの個体が混在していることが示された(以下、A型・B型とする)。また、沖縄トラフ伊平屋海嶺で、A型個体のみからなる個体群が発見されている。さらに、昨年度南海トラフ竜洋海底谷からもシロウリガイが発見された。 本研...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1996

【研究代表者】小島 茂明 東京大学, 海洋研究所, 助手 (20242175)

【キーワード】シロウリガイ / 種分化 / 分子系統学 / 深海性還元環境 / 冷〓水域 (他8件)

【概要】相模湾で発見された深海性二枚貝シロウリガイ(Calyptogena soyoae)集団は、単一種から成ると考えられていたが、ミトコンドリアDNAの塩基配列解析から、遺伝的に異なる2種類のタイプの個体が混在していることが示された(以下、A型・B型とする)。また、沖縄トラフ伊平屋海嶺で、A型個体のみからなる個体群が発見されている。さらに、昨年度南海トラフ竜洋海底谷からもシロウリガイが発見された。 本研...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】萌芽研究

【研究期間】2002

【研究代表者】吉田 稔 理化学研究所, 科学遺伝学研究室, 主任研究員 (80191617)

【キーワード】ハーボキシジエン / イントロン / mRNA / 翻訳 / 細胞周期

【概要】ハーボキシジエンは除草剤として報告のあった放線菌の代謝産物であるが、申請者らは細胞周期のG1,G2期の進行を阻害する化合物として再発見した。この化合物の細胞周期阻害のメカニズムを解析していく中で、イントロンを含む未成熟mRNAが翻訳され、異常なタンパク質が生産されることがわかってきた。しかし、スプライシングを直接阻害するものではないと考えられた。このことから核内で合成されたmRNA前駆体は成熟する...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1996

【研究代表者】小島 茂明 東京大学, 海洋研究所, 助手 (20242175)

【キーワード】シロウリガイ / 種分化 / 分子系統学 / 深海性還元環境 / 冷〓水域 (他8件)

【概要】相模湾で発見された深海性二枚貝シロウリガイ(Calyptogena soyoae)集団は、単一種から成ると考えられていたが、ミトコンドリアDNAの塩基配列解析から、遺伝的に異なる2種類のタイプの個体が混在していることが示された(以下、A型・B型とする)。また、沖縄トラフ伊平屋海嶺で、A型個体のみからなる個体群が発見されている。さらに、昨年度南海トラフ竜洋海底谷からもシロウリガイが発見された。 本研...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】奨励研究(A)

【研究期間】1996

【研究代表者】小島 茂明 東京大学, 海洋研究所, 助手 (20242175)

【キーワード】シロウリガイ / 種分化 / 分子系統学 / 深海性還元環境 / 冷〓水域 (他8件)

【概要】相模湾で発見された深海性二枚貝シロウリガイ(Calyptogena soyoae)集団は、単一種から成ると考えられていたが、ミトコンドリアDNAの塩基配列解析から、遺伝的に異なる2種類のタイプの個体が混在していることが示された(以下、A型・B型とする)。また、沖縄トラフ伊平屋海嶺で、A型個体のみからなる個体群が発見されている。さらに、昨年度南海トラフ竜洋海底谷からもシロウリガイが発見された。 本研...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 理学部, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / タンパク質立体構造 / 機能部品 (他12件)

【概要】イントロンはタンパク質の部品「モジュール」の境界によく対応していることから、分子進化において、モジュールが「かき混ぜられた」基本構造部品であることが明らかになってきた。本研究の目的はモジュールを分類し、機能の異なるタンパク質間の共有されるモジュールを明らかにすることであった。本研究の成果はモジュールを分類できる見通しが得られ、すでにモジュールの一部分がカタログ化できたことである。モジュール図鑑の電...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 理学部, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / タンパク質立体構造 / 機能部品 (他12件)

【概要】イントロンはタンパク質の部品「モジュール」の境界によく対応していることから、分子進化において、モジュールが「かき混ぜられた」基本構造部品であることが明らかになってきた。本研究の目的はモジュールを分類し、機能の異なるタンパク質間の共有されるモジュールを明らかにすることであった。本研究の成果はモジュールを分類できる見通しが得られ、すでにモジュールの一部分がカタログ化できたことである。モジュール図鑑の電...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】一般研究(C)

【研究期間】1994

【研究代表者】高野 哲夫 東京大学, 農学部, 助手 (30183057)

【キーワード】ダイズ / アレルゲン / 形質転転 / アンチセンスRNA / 遺伝子 (他6件)

【概要】Bd30Kを低減化してアレルゲン性を低減化したダイズを育成することを目指しているが、そのためにはこのタンパク質の機能や遺伝子発現について基礎的な知見を得ることが必要である。また、このタンパク質の遺伝子のプロモーターは、遺伝子操作などを試みる際に有用であると考えられる。そこでBd30K遺伝子のクローニングを行った。 Bd30KのcDNAをプローブとして、ダイズ・ゲノミックライブラリーをスクリーニング...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】萌芽研究

【研究期間】2002

【研究代表者】吉田 稔 理化学研究所, 科学遺伝学研究室, 主任研究員 (80191617)

【キーワード】ハーボキシジエン / イントロン / mRNA / 翻訳 / 細胞周期

【概要】ハーボキシジエンは除草剤として報告のあった放線菌の代謝産物であるが、申請者らは細胞周期のG1,G2期の進行を阻害する化合物として再発見した。この化合物の細胞周期阻害のメカニズムを解析していく中で、イントロンを含む未成熟mRNAが翻訳され、異常なタンパク質が生産されることがわかってきた。しかし、スプライシングを直接阻害するものではないと考えられた。このことから核内で合成されたmRNA前駆体は成熟する...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 理学部, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / タンパク質立体構造 / 機能部品 (他12件)

【概要】イントロンはタンパク質の部品「モジュール」の境界によく対応していることから、分子進化において、モジュールが「かき混ぜられた」基本構造部品であることが明らかになってきた。本研究の目的はモジュールを分類し、機能の異なるタンパク質間の共有されるモジュールを明らかにすることであった。本研究の成果はモジュールを分類できる見通しが得られ、すでにモジュールの一部分がカタログ化できたことである。モジュール図鑑の電...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】一般研究(C)

【研究期間】1994

【研究代表者】高野 哲夫 東京大学, 農学部, 助手 (30183057)

【キーワード】ダイズ / アレルゲン / 形質転転 / アンチセンスRNA / 遺伝子 (他6件)

【概要】Bd30Kを低減化してアレルゲン性を低減化したダイズを育成することを目指しているが、そのためにはこのタンパク質の機能や遺伝子発現について基礎的な知見を得ることが必要である。また、このタンパク質の遺伝子のプロモーターは、遺伝子操作などを試みる際に有用であると考えられる。そこでBd30K遺伝子のクローニングを行った。 Bd30KのcDNAをプローブとして、ダイズ・ゲノミックライブラリーをスクリーニング...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】一般研究(C)

【研究期間】1994

【研究代表者】高野 哲夫 東京大学, 農学部, 助手 (30183057)

【キーワード】ダイズ / アレルゲン / 形質転転 / アンチセンスRNA / 遺伝子 (他6件)

【概要】Bd30Kを低減化してアレルゲン性を低減化したダイズを育成することを目指しているが、そのためにはこのタンパク質の機能や遺伝子発現について基礎的な知見を得ることが必要である。また、このタンパク質の遺伝子のプロモーターは、遺伝子操作などを試みる際に有用であると考えられる。そこでBd30K遺伝子のクローニングを行った。 Bd30KのcDNAをプローブとして、ダイズ・ゲノミックライブラリーをスクリーニング...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】一般研究(C)

【研究期間】1994

【研究代表者】高野 哲夫 東京大学, 農学部, 助手 (30183057)

【キーワード】ダイズ / アレルゲン / 形質転転 / アンチセンスRNA / 遺伝子 (他6件)

【概要】Bd30Kを低減化してアレルゲン性を低減化したダイズを育成することを目指しているが、そのためにはこのタンパク質の機能や遺伝子発現について基礎的な知見を得ることが必要である。また、このタンパク質の遺伝子のプロモーターは、遺伝子操作などを試みる際に有用であると考えられる。そこでBd30K遺伝子のクローニングを行った。 Bd30KのcDNAをプローブとして、ダイズ・ゲノミックライブラリーをスクリーニング...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1996 - 1998

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)

【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...

【研究テーマ】応用生物化学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2009-05-11 - 2014-03-31

【研究代表者】吉田 稔 独立行政法人理化学研究所, 吉田化学遺伝学研究室, 主任研究員 (80191617)

【キーワード】スプライシング / イントロン / 転写 / 核-細胞質間輸送 / 非コードRNA (他8件)

【概要】Spliceostatin A（SSA）は抗がん抗生物質FR901464 の化学的に安定な誘導体であり、研究代表者らはSSAがスプライシング因子SF3bに特異的に結合する世界初のスプライシング阻害剤であることを明らかにしてきた。SSAを用いることでスプライシング因子やイントロンの新しい機能の同定につながると考えられる。そこで本研究はSSAによって引き起こされる多様な表現型の作用機構を解析し、スプラ...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】萌芽研究

【研究期間】2002

【研究代表者】吉田 稔 理化学研究所, 科学遺伝学研究室, 主任研究員 (80191617)

【キーワード】ハーボキシジエン / イントロン / mRNA / 翻訳 / 細胞周期

【概要】ハーボキシジエンは除草剤として報告のあった放線菌の代謝産物であるが、申請者らは細胞周期のG1,G2期の進行を阻害する化合物として再発見した。この化合物の細胞周期阻害のメカニズムを解析していく中で、イントロンを含む未成熟mRNAが翻訳され、異常なタンパク質が生産されることがわかってきた。しかし、スプライシングを直接阻害するものではないと考えられた。このことから核内で合成されたmRNA前駆体は成熟する...

【研究テーマ】応用生物化学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2009-05-11 - 2014-03-31

【研究代表者】吉田 稔 独立行政法人理化学研究所, 吉田化学遺伝学研究室, 主任研究員 (80191617)

【キーワード】スプライシング / イントロン / 転写 / 核-細胞質間輸送 / 非コードRNA (他8件)

【概要】Spliceostatin A（SSA）は抗がん抗生物質FR901464 の化学的に安定な誘導体であり、研究代表者らはSSAがスプライシング因子SF3bに特異的に結合する世界初のスプライシング阻害剤であることを明らかにしてきた。SSAを用いることでスプライシング因子やイントロンの新しい機能の同定につながると考えられる。そこで本研究はSSAによって引き起こされる多様な表現型の作用機構を解析し、スプラ...

【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学

【研究種目】萌芽研究

【研究期間】2002

【研究代表者】吉田 稔 理化学研究所, 科学遺伝学研究室, 主任研究員 (80191617)

【キーワード】ハーボキシジエン / イントロン / mRNA / 翻訳 / 細胞周期

【概要】ハーボキシジエンは除草剤として報告のあった放線菌の代謝産物であるが、申請者らは細胞周期のG1,G2期の進行を阻害する化合物として再発見した。この化合物の細胞周期阻害のメカニズムを解析していく中で、イントロンを含む未成熟mRNAが翻訳され、異常なタンパク質が生産されることがわかってきた。しかし、スプライシングを直接阻害するものではないと考えられた。このことから核内で合成されたmRNA前駆体は成熟する...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】一般研究(B)

【研究期間】1994 - 1995

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 理学部, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / タンパク質立体構造 / 機能部品 (他12件)

【概要】イントロンはタンパク質の部品「モジュール」の境界によく対応していることから、分子進化において、モジュールが「かき混ぜられた」基本構造部品であることが明らかになってきた。本研究の目的はモジュールを分類し、機能の異なるタンパク質間の共有されるモジュールを明らかにすることであった。本研究の成果はモジュールを分類できる見通しが得られ、すでにモジュールの一部分がカタログ化できたことである。モジュール図鑑の電...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール分類 / シャッフリング / イントロン / 膜タンパク質 / ペルオキシターゼ (他24件)

【概要】タンパク質の機能は全体構造に担われているわけではなく、(1)むしろ局所構造としてのモジュールが機能を担うこと、(2)モジュールを部品として生物が進化の過程で行ってきたタンパク質デザインの実体を明らかとする目的で本研究を開始した。結果として、タンパク質の各種の機能は局所的であり、ほとんどの機能はモジュールにアサインできることがわかった。例えば、(1)ファミリー10キシラナーゼの触媒ドメインにおいて、...

【研究テーマ】応用生物化学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2009-05-11 - 2014-03-31

【研究代表者】吉田 稔 独立行政法人理化学研究所, 吉田化学遺伝学研究室, 主任研究員 (80191617)

【キーワード】スプライシング / イントロン / 転写 / 核-細胞質間輸送 / 非コードRNA (他8件)

【概要】Spliceostatin A（SSA）は抗がん抗生物質FR901464 の化学的に安定な誘導体であり、研究代表者らはSSAがスプライシング因子SF3bに特異的に結合する世界初のスプライシング阻害剤であることを明らかにしてきた。SSAを用いることでスプライシング因子やイントロンの新しい機能の同定につながると考えられる。そこで本研究はSSAによって引き起こされる多様な表現型の作用機構を解析し、スプラ...

【研究テーマ】応用生物化学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2009-05-11 - 2014-03-31

【研究代表者】吉田 稔 独立行政法人理化学研究所, 吉田化学遺伝学研究室, 主任研究員 (80191617)

【キーワード】スプライシング / イントロン / 転写 / 核-細胞質間輸送 / 非コードRNA (他8件)

【概要】Spliceostatin A（SSA）は抗がん抗生物質FR901464 の化学的に安定な誘導体であり、研究代表者らはSSAがスプライシング因子SF3bに特異的に結合する世界初のスプライシング阻害剤であることを明らかにしてきた。SSAを用いることでスプライシング因子やイントロンの新しい機能の同定につながると考えられる。そこで本研究はSSAによって引き起こされる多様な表現型の作用機構を解析し、スプラ...

【研究テーマ】広領域

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2002

【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

【キーワード】モジュール / 機能予測 / 3Dキーノート / ヒトゲノム / ゲノム情報 (他18件)

【概要】本研究の目的はモジュールに基づいてプロテオームの機能を予測する技術を研究開発することであった。モジュールは空間情報であるため、進化の過程でアミノ酸配列よりも保存されることから、モジュールを使えばモチーフを使うよりも高感度に機能予測ができる。モジュールの知識情報を見通しよく整理して分類することにより、ゲノム情報からタンパク質機能を予測する方法の確立と実用化を目的とした。立体構造が解析されたタンパク質...

【研究テーマ】応用生物化学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2009-05-11 - 2014-03-31

【研究代表者】吉田 稔 独立行政法人理化学研究所, 吉田化学遺伝学研究室, 主任研究員 (80191617)

【キーワード】スプライシング / イントロン / 転写 / 核-細胞質間輸送 / 非コードRNA (他8件)

【概要】Spliceostatin A（SSA）は抗がん抗生物質FR901464 の化学的に安定な誘導体であり、研究代表者らはSSAがスプライシング因子SF3bに特異的に結合する世界初のスプライシング阻害剤であることを明らかにしてきた。SSAを用いることでスプライシング因子やイントロンの新しい機能の同定につながると考えられる。そこで本研究はSSAによって引き起こされる多様な表現型の作用機構を解析し、スプラ...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】一般研究(C)

【研究期間】1994

【研究代表者】高野 哲夫 東京大学, 農学部, 助手 (30183057)

【キーワード】ダイズ / アレルゲン / 形質転転 / アンチセンスRNA / 遺伝子 (他6件)

【概要】Bd30Kを低減化してアレルゲン性を低減化したダイズを育成することを目指しているが、そのためにはこのタンパク質の機能や遺伝子発現について基礎的な知見を得ることが必要である。また、このタンパク質の遺伝子のプロモーターは、遺伝子操作などを試みる際に有用であると考えられる。そこでBd30K遺伝子のクローニングを行った。 Bd30KのcDNAをプローブとして、ダイズ・ゲノミックライブラリーをスクリーニング...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】金井 昭夫 慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)

【キーワード】RNA連結 / RNAリガーゼ / 超好熱性アーキア / 再構成系 / tRNA (他17件)

【概要】超好熱性アーキアであるPyrococcus furiosusをモデル生物として用い、同アーキア由来でRNA鎖の連結に関わると考えられる3種の酵素に対応する遺伝子を単離し、その組換え体タンパク質を大腸菌にて産生、精製した。これらは、我々が発現クローニング法にて見いだした(a)2'-5' RNAリガーゼ様のPF0027タンパク質。また既に報告がある酵素のホモログとして同定した(b) T...