【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2009 - 2010

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】進化系統樹 / Alu配列 / RNA二次構造

【概要】RNA二次構造アルゴリズム使い、RNA配列から多種多様な構造情報を抽出するための基礎技術の開発を行った。また、進化系統樹の理論を応用して、これまでに計測されたことがない進化的保存度を計算するアルゴリズムの開発を行なった。 ...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】生体生命情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2009 - 2010

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】進化系統樹 / Alu配列 / RNA二次構造

【概要】RNA二次構造アルゴリズム使い、RNA配列から多種多様な構造情報を抽出するための基礎技術の開発を行った。また、進化系統樹の理論を応用して、これまでに計測されたことがない進化的保存度を計算するアルゴリズムの開発を行なった。 ...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】石津 大嗣 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (40574588)

【キーワード】piRNA / Piwi / CRISPR / tj / 翻訳 (他8件)

【概要】ショウジョウバエ培養細胞株OSCでは、piRNAは一次生合成経路により生成され、Piwiタンパク質に結合する。piRNAは主に転移因子に由来するが、一部のpiRNAはmRNAの3'UTRにコードされている。これまでに、多くのpiRNAを産生するTraffic jam(Tj)の3'UTRにおいて、100塩基長のpiRNA生合成に必須のシス配列が同定された。SHAPE法と呼ばれるRNA...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】石津 大嗣 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (40574588)

【キーワード】piRNA / Piwi / CRISPR / tj / 翻訳 (他8件)

【概要】ショウジョウバエ培養細胞株OSCでは、piRNAは一次生合成経路により生成され、Piwiタンパク質に結合する。piRNAは主に転移因子に由来するが、一部のpiRNAはmRNAの3'UTRにコードされている。これまでに、多くのpiRNAを産生するTraffic jam(Tj)の3'UTRにおいて、100塩基長のpiRNA生合成に必須のシス配列が同定された。SHAPE法と呼ばれるRNA...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】石津 大嗣 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (40574588)

【キーワード】piRNA / Piwi / CRISPR / tj / 翻訳 (他8件)

【概要】ショウジョウバエ培養細胞株OSCでは、piRNAは一次生合成経路により生成され、Piwiタンパク質に結合する。piRNAは主に転移因子に由来するが、一部のpiRNAはmRNAの3'UTRにコードされている。これまでに、多くのpiRNAを産生するTraffic jam(Tj)の3'UTRにおいて、100塩基長のpiRNA生合成に必須のシス配列が同定された。SHAPE法と呼ばれるRNA...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】石津 大嗣 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (40574588)

【キーワード】piRNA / Piwi / CRISPR / tj / 翻訳 (他8件)

【概要】ショウジョウバエ培養細胞株OSCでは、piRNAは一次生合成経路により生成され、Piwiタンパク質に結合する。piRNAは主に転移因子に由来するが、一部のpiRNAはmRNAの3'UTRにコードされている。これまでに、多くのpiRNAを産生するTraffic jam(Tj)の3'UTRにおいて、100塩基長のpiRNA生合成に必須のシス配列が同定された。SHAPE法と呼ばれるRNA...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】石津 大嗣 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (40574588)

【キーワード】piRNA / Piwi / CRISPR / tj / 翻訳 (他8件)

【概要】ショウジョウバエ培養細胞株OSCでは、piRNAは一次生合成経路により生成され、Piwiタンパク質に結合する。piRNAは主に転移因子に由来するが、一部のpiRNAはmRNAの3'UTRにコードされている。これまでに、多くのpiRNAを産生するTraffic jam(Tj)の3'UTRにおいて、100塩基長のpiRNA生合成に必須のシス配列が同定された。SHAPE法と呼ばれるRNA...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】小野口 真広 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) (30645297)

【キーワード】反復配列 / トランスポゾン / RNA binding protein / eCLIP / LINE1 (他10件)

【概要】近年の報告により、遺伝子のイントロンや長鎖非翻訳RNA (long noncoding RNA; lncRNA)に含まれる反復配列がRNA結合タンパク質(RNA binding protein; RBP)の結合標的配列となることで、RNAのスプライシング制御やlncRNAの機能に重要な役割を果たすことが明らかにされつつある。これらの報告は、ゲノム中に散在する反復配列が「RNA機能ドメイン」として重...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】小野口 真広 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) (30645297)

【キーワード】反復配列 / トランスポゾン / RNA binding protein / eCLIP / LINE1 (他10件)

【概要】近年の報告により、遺伝子のイントロンや長鎖非翻訳RNA (long noncoding RNA; lncRNA)に含まれる反復配列がRNA結合タンパク質(RNA binding protein; RBP)の結合標的配列となることで、RNAのスプライシング制御やlncRNAの機能に重要な役割を果たすことが明らかにされつつある。これらの報告は、ゲノム中に散在する反復配列が「RNA機能ドメイン」として重...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】小野口 真広 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) (30645297)

【キーワード】反復配列 / トランスポゾン / RNA binding protein / eCLIP / LINE1 (他10件)

【概要】近年の報告により、遺伝子のイントロンや長鎖非翻訳RNA (long noncoding RNA; lncRNA)に含まれる反復配列がRNA結合タンパク質(RNA binding protein; RBP)の結合標的配列となることで、RNAのスプライシング制御やlncRNAの機能に重要な役割を果たすことが明らかにされつつある。これらの報告は、ゲノム中に散在する反復配列が「RNA機能ドメイン」として重...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】小野口 真広 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) (30645297)

【キーワード】反復配列 / トランスポゾン / RNA binding protein / eCLIP / LINE1 (他10件)

【概要】近年の報告により、遺伝子のイントロンや長鎖非翻訳RNA (long noncoding RNA; lncRNA)に含まれる反復配列がRNA結合タンパク質(RNA binding protein; RBP)の結合標的配列となることで、RNAのスプライシング制御やlncRNAの機能に重要な役割を果たすことが明らかにされつつある。これらの報告は、ゲノム中に散在する反復配列が「RNA機能ドメイン」として重...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】小野口 真広 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) (30645297)

【キーワード】反復配列 / トランスポゾン / RNA binding protein / eCLIP / LINE1 (他10件)

【概要】近年の報告により、遺伝子のイントロンや長鎖非翻訳RNA (long noncoding RNA; lncRNA)に含まれる反復配列がRNA結合タンパク質(RNA binding protein; RBP)の結合標的配列となることで、RNAのスプライシング制御やlncRNAの機能に重要な役割を果たすことが明らかにされつつある。これらの報告は、ゲノム中に散在する反復配列が「RNA機能ドメイン」として重...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】石津 大嗣 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (40574588)

【キーワード】piRNA / Piwi / CRISPR / tj / 翻訳 (他8件)

【概要】ショウジョウバエ培養細胞株OSCでは、piRNAは一次生合成経路により生成され、Piwiタンパク質に結合する。piRNAは主に転移因子に由来するが、一部のpiRNAはmRNAの3'UTRにコードされている。これまでに、多くのpiRNAを産生するTraffic jam(Tj)の3'UTRにおいて、100塩基長のpiRNA生合成に必須のシス配列が同定された。SHAPE法と呼ばれるRNA...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】小野口 真広 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) (30645297)

【キーワード】反復配列 / トランスポゾン / RNA binding protein / eCLIP / LINE1 (他10件)

【概要】近年の報告により、遺伝子のイントロンや長鎖非翻訳RNA (long noncoding RNA; lncRNA)に含まれる反復配列がRNA結合タンパク質(RNA binding protein; RBP)の結合標的配列となることで、RNAのスプライシング制御やlncRNAの機能に重要な役割を果たすことが明らかにされつつある。これらの報告は、ゲノム中に散在する反復配列が「RNA機能ドメイン」として重...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】小野口 真広 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) (30645297)

【キーワード】反復配列 / トランスポゾン / RNA binding protein / eCLIP / LINE1 (他10件)

【概要】近年の報告により、遺伝子のイントロンや長鎖非翻訳RNA (long noncoding RNA; lncRNA)に含まれる反復配列がRNA結合タンパク質(RNA binding protein; RBP)の結合標的配列となることで、RNAのスプライシング制御やlncRNAの機能に重要な役割を果たすことが明らかにされつつある。これらの報告は、ゲノム中に散在する反復配列が「RNA機能ドメイン」として重...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】小野口 真広 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) (30645297)

【キーワード】反復配列 / トランスポゾン / RNA binding protein / eCLIP / LINE1 (他10件)

【概要】近年の報告により、遺伝子のイントロンや長鎖非翻訳RNA (long noncoding RNA; lncRNA)に含まれる反復配列がRNA結合タンパク質(RNA binding protein; RBP)の結合標的配列となることで、RNAのスプライシング制御やlncRNAの機能に重要な役割を果たすことが明らかにされつつある。これらの報告は、ゲノム中に散在する反復配列が「RNA機能ドメイン」として重...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】分子生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】石津 大嗣 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (40574588)

【キーワード】piRNA / Piwi / CRISPR / tj / 翻訳 (他8件)

【概要】ショウジョウバエ培養細胞株OSCでは、piRNAは一次生合成経路により生成され、Piwiタンパク質に結合する。piRNAは主に転移因子に由来するが、一部のpiRNAはmRNAの3'UTRにコードされている。これまでに、多くのpiRNAを産生するTraffic jam(Tj)の3'UTRにおいて、100塩基長のpiRNA生合成に必須のシス配列が同定された。SHAPE法と呼ばれるRNA...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31

【研究代表者】木立 尚孝 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)

【キーワード】バイオインフォマティクス / RNA / RNA二次構造 / アルゴリズム / RNA結合タンパク質 (他15件)

【概要】細胞内のRNA分子は、遺伝子に書き込まれた情報がタンパク質になり生理的な機能を発揮する上で非常に重要な役割を持つ。RNA分子の立体構造は、ステムと呼ばれる局所的二重らせん構造（二次構造）の３次元的な配置としてよく理解されることが知られており、二次構造の性質を解明することは、RNAの機能を理解する上で重要である。本研究において、我々は、メッセンジャーRNAや長鎖非コードRNAと呼ばれる長大なRNA分...