【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】遠藤 秀紀 東京大学, 総合研究博物館, 教授 (30249908)

【キーワード】家畜化 / 動物遺残身体 / 分子系統解析 / 機能形態 / 農村社会 (他9件)

【概要】タイ、ラオス、ベトナム、中国、スリランカ、トルコ、マダガスカル等を想定した中規模な現地調査計画をもち、またハンガリー、イタリアなどの古典的家畜育種地域との比較を考えていたが、コロナ情勢により、調査計画は期待通りには進まなかった。そこで用意した手法のうち、文化人類学、農村社会学、人類生態学、人文地理学、現地での文化財科学に関わる部分を縮小、代わりに博物館に既存の貴重資料の解析や、日本国内の移動によっ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】半澤 直人 山形大学, 理学部, 助教授 (40292411)

【キーワード】パラオ諸島 / 海産動物 / 海水湖集団 / 遺伝的多様性 / タンパク質 (他8件)

【概要】「海洋で生物はどのように進化するのか?」を解明するために、古くから研究が行われてきた。しかし、海洋ではgene flowが広範囲で起こるため解析がむずかしい。実際、我々が研究したアイゴ科魚類(Kuriiwa et al.,in press)でも、地域集団間や異種間で大規模なgene flowが生じるため進化の解析はむずかしかった。 そこで、我々はパラオ諸島の海水湖群に着目した。パラオには、サンゴ礁...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2007

【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系・研究科, 准教授 (20241771)

【キーワード】生物地理 / 分子系統 / 生物種多様性 / 保全 / 分子系統学 (他10件)

【概要】琉球列島は九州から台湾にかけての島嶼群で、140以上もの島から形成される。琉球列島には数多くの固有動植物が生息し、日本で最も生物種多様性の高い地域となっている。これは、琉球列島の複雑な地史(大陸との陸橋形成に伴う祖先種の移住や海水面の変動による島の分離、融合等)によって固有種形成が促進されたためであると考えられている。琉球列島に生息する陸上動物の分子系統地理学的研究は主に脊椎動物で行われて来た。本...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】遠藤 秀紀 東京大学, 総合研究博物館, 教授 (30249908)

【キーワード】家畜化 / 動物遺残身体 / 分子系統解析 / 機能形態 / 農村社会 (他9件)

【概要】タイ、ラオス、ベトナム、中国、スリランカ、トルコ、マダガスカル等を想定した中規模な現地調査計画をもち、またハンガリー、イタリアなどの古典的家畜育種地域との比較を考えていたが、コロナ情勢により、調査計画は期待通りには進まなかった。そこで用意した手法のうち、文化人類学、農村社会学、人類生態学、人文地理学、現地での文化財科学に関わる部分を縮小、代わりに博物館に既存の貴重資料の解析や、日本国内の移動によっ...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2009 - 2010

【研究代表者】小林 肇 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教 (50549269)

【キーワード】地下微生物 / 油田 / メタン菌 / 石油 / 共生 (他10件)

【概要】原油を分解しメタンを生成する油田内の微生物共生系の産業利用のための基礎的知見を得る事を目的として、油田から地下水を採集、含まれる微生物群の群集構造とメタン生成活性を解析した。その結果、原油生分解が起こっている油田内の微生物系では、酢酸資化性メタン菌が重要な役割を果たしている事が示唆された。さらに、複合栄養分の添加により、枯渇油田内の微生物系のメタン生成活性が賦活化される事が示唆された。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2018-11-09 - 2021-03-31

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)

【キーワード】クマムシ / 緩歩動物 / 分子系統解析 / 年代推定 / オプシン (他8件)

【概要】前年度までの解析の結果、より詳細な解析が必要と考えられる特定の分岐に該当する系統のクマムシであるThulinius ruffoi (真クマムシで、 祖先型は陸生で乾眠能力を持つが、本種は淡水生となり、乾眠能力を失っている)のゲノム解析を進め、研究結果を論文にまとめた。これまでに解析が済んでいる約50種のクマムシゲノムを用いて、クマムシの系統分類をBUSCO遺伝子を用いて再検証した結果、近年その系統...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】松岡 數充 長崎大学, 環東シナ海海洋環境資源研究センター, 教授 (00047416)

【キーワード】分子系統解析 / SSUrDNA / LSUrDNA / 系統分類 / 渦鞭毛藻 (他11件)

【概要】従来の研究でも生シストから遺伝子情報を取得する方法はあり, それによって栄養細胞(プランクトン) とシストの対応関係を明らかにする研究はあった. しかし, それらは人工培養が可能な独立栄養性種のみであり, 従属栄養性種について遺伝子情報の抽出は困難とされてきた. 本研究ではこの点を改良すべく単細胞PCR法を活用して渦鞭毛藻の生シストから遺伝子情報を取得する方法の確立に取り組んだ. その結果, 独立...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】半澤 直人 山形大学, 理学部, 助教授 (40292411)

【キーワード】パラオ諸島 / 海産動物 / 海水湖集団 / 遺伝的多様性 / タンパク質 (他8件)

【概要】「海洋で生物はどのように進化するのか?」を解明するために、古くから研究が行われてきた。しかし、海洋ではgene flowが広範囲で起こるため解析がむずかしい。実際、我々が研究したアイゴ科魚類(Kuriiwa et al.,in press)でも、地域集団間や異種間で大規模なgene flowが生じるため進化の解析はむずかしかった。 そこで、我々はパラオ諸島の海水湖群に着目した。パラオには、サンゴ礁...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】松岡 數充 長崎大学, 環東シナ海海洋環境資源研究センター, 教授 (00047416)

【キーワード】分子系統解析 / SSUrDNA / LSUrDNA / 系統分類 / 渦鞭毛藻 (他11件)

【概要】従来の研究でも生シストから遺伝子情報を取得する方法はあり, それによって栄養細胞(プランクトン) とシストの対応関係を明らかにする研究はあった. しかし, それらは人工培養が可能な独立栄養性種のみであり, 従属栄養性種について遺伝子情報の抽出は困難とされてきた. 本研究ではこの点を改良すべく単細胞PCR法を活用して渦鞭毛藻の生シストから遺伝子情報を取得する方法の確立に取り組んだ. その結果, 独立...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】佐々木 猛智 東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)

【キーワード】系統地理 / 生物地理 / 種分類 / 貝類 / 軟体動物 (他8件)

【概要】浅海、深海に生息する様々な貝類を用いて、系統地理的解析を行った。その結果、多くの種は何らかの地理的構造を持っていることが分かったが、地理的境界の位置は種によってかなり異なっていることが明らかになった。太平洋側と日本海側で集団が分かれる例もあれば、東北日本と南西日本で分かれるものもあり、種特異的な地理的分布のパターンを示すものも見られた。現在の分布域が類似している種間で比較した場合でも、集団の形成様...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】松岡 數充 長崎大学, 環東シナ海海洋環境資源研究センター, 教授 (00047416)

【キーワード】分子系統解析 / SSUrDNA / LSUrDNA / 系統分類 / 渦鞭毛藻 (他11件)

【概要】従来の研究でも生シストから遺伝子情報を取得する方法はあり, それによって栄養細胞(プランクトン) とシストの対応関係を明らかにする研究はあった. しかし, それらは人工培養が可能な独立栄養性種のみであり, 従属栄養性種について遺伝子情報の抽出は困難とされてきた. 本研究ではこの点を改良すべく単細胞PCR法を活用して渦鞭毛藻の生シストから遺伝子情報を取得する方法の確立に取り組んだ. その結果, 独立...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】松岡 數充 長崎大学, 環東シナ海海洋環境資源研究センター, 教授 (00047416)

【キーワード】分子系統解析 / SSUrDNA / LSUrDNA / 系統分類 / 渦鞭毛藻 (他11件)

【概要】従来の研究でも生シストから遺伝子情報を取得する方法はあり, それによって栄養細胞(プランクトン) とシストの対応関係を明らかにする研究はあった. しかし, それらは人工培養が可能な独立栄養性種のみであり, 従属栄養性種について遺伝子情報の抽出は困難とされてきた. 本研究ではこの点を改良すべく単細胞PCR法を活用して渦鞭毛藻の生シストから遺伝子情報を取得する方法の確立に取り組んだ. その結果, 独立...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】松岡 數充 長崎大学, 環東シナ海海洋環境資源研究センター, 教授 (00047416)

【キーワード】分子系統解析 / SSUrDNA / LSUrDNA / 系統分類 / 渦鞭毛藻 (他11件)

【概要】従来の研究でも生シストから遺伝子情報を取得する方法はあり, それによって栄養細胞(プランクトン) とシストの対応関係を明らかにする研究はあった. しかし, それらは人工培養が可能な独立栄養性種のみであり, 従属栄養性種について遺伝子情報の抽出は困難とされてきた. 本研究ではこの点を改良すべく単細胞PCR法を活用して渦鞭毛藻の生シストから遺伝子情報を取得する方法の確立に取り組んだ. その結果, 独立...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】松岡 數充 長崎大学, 環東シナ海海洋環境資源研究センター, 教授 (00047416)

【キーワード】分子系統解析 / SSUrDNA / LSUrDNA / 系統分類 / 渦鞭毛藻 (他11件)

【概要】従来の研究でも生シストから遺伝子情報を取得する方法はあり, それによって栄養細胞(プランクトン) とシストの対応関係を明らかにする研究はあった. しかし, それらは人工培養が可能な独立栄養性種のみであり, 従属栄養性種について遺伝子情報の抽出は困難とされてきた. 本研究ではこの点を改良すべく単細胞PCR法を活用して渦鞭毛藻の生シストから遺伝子情報を取得する方法の確立に取り組んだ. その結果, 独立...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】松岡 數充 長崎大学, 環東シナ海海洋環境資源研究センター, 教授 (00047416)

【キーワード】分子系統解析 / SSUrDNA / LSUrDNA / 系統分類 / 渦鞭毛藻 (他11件)

【概要】従来の研究でも生シストから遺伝子情報を取得する方法はあり, それによって栄養細胞(プランクトン) とシストの対応関係を明らかにする研究はあった. しかし, それらは人工培養が可能な独立栄養性種のみであり, 従属栄養性種について遺伝子情報の抽出は困難とされてきた. 本研究ではこの点を改良すべく単細胞PCR法を活用して渦鞭毛藻の生シストから遺伝子情報を取得する方法の確立に取り組んだ. その結果, 独立...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2009 - 2010

【研究代表者】小林 肇 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教 (50549269)

【キーワード】地下微生物 / 油田 / メタン菌 / 石油 / 共生 (他10件)

【概要】原油を分解しメタンを生成する油田内の微生物共生系の産業利用のための基礎的知見を得る事を目的として、油田から地下水を採集、含まれる微生物群の群集構造とメタン生成活性を解析した。その結果、原油生分解が起こっている油田内の微生物系では、酢酸資化性メタン菌が重要な役割を果たしている事が示唆された。さらに、複合栄養分の添加により、枯渇油田内の微生物系のメタン生成活性が賦活化される事が示唆された。 ...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】佐々木 猛智 東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)

【キーワード】系統地理 / 生物地理 / 種分類 / 貝類 / 軟体動物 (他8件)

【概要】浅海、深海に生息する様々な貝類を用いて、系統地理的解析を行った。その結果、多くの種は何らかの地理的構造を持っていることが分かったが、地理的境界の位置は種によってかなり異なっていることが明らかになった。太平洋側と日本海側で集団が分かれる例もあれば、東北日本と南西日本で分かれるものもあり、種特異的な地理的分布のパターンを示すものも見られた。現在の分布域が類似している種間で比較した場合でも、集団の形成様...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2007

【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系・研究科, 准教授 (20241771)

【キーワード】生物地理 / 分子系統 / 生物種多様性 / 保全 / 分子系統学 (他10件)

【概要】琉球列島は九州から台湾にかけての島嶼群で、140以上もの島から形成される。琉球列島には数多くの固有動植物が生息し、日本で最も生物種多様性の高い地域となっている。これは、琉球列島の複雑な地史(大陸との陸橋形成に伴う祖先種の移住や海水面の変動による島の分離、融合等)によって固有種形成が促進されたためであると考えられている。琉球列島に生息する陸上動物の分子系統地理学的研究は主に脊椎動物で行われて来た。本...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】今市 涼子 日本女子大学, 理学部, 教授 (60112752)

【キーワード】一葉植物 / イワタバコ科 / ウシノシタ属 / モノフィレア属 / 形態形成 (他13件)

【概要】一葉植物とは一枚の子葉だけで一生を終え、茎も普通葉もつくらない植物で、イワタバコ科のウシノシタ属とモノフィレア属にみられる。本研究では平成11年度にボルネオ島、マレー半島部、タイにおいて主にモノフィレア属ならび近縁属(チリタ属、エピセマ属など、イワタバコ亜科)を、平成12年度にはマダガスカルと南アフリカにおいてウシノシタ属の一葉種、ロゼット種および有茎種を、そして平成13年度にはブラジルにて同形子...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】今市 涼子 日本女子大学, 理学部, 教授 (60112752)

【キーワード】一葉植物 / イワタバコ科 / ウシノシタ属 / モノフィレア属 / 形態形成 (他13件)

【概要】一葉植物とは一枚の子葉だけで一生を終え、茎も普通葉もつくらない植物で、イワタバコ科のウシノシタ属とモノフィレア属にみられる。本研究では平成11年度にボルネオ島、マレー半島部、タイにおいて主にモノフィレア属ならび近縁属(チリタ属、エピセマ属など、イワタバコ亜科)を、平成12年度にはマダガスカルと南アフリカにおいてウシノシタ属の一葉種、ロゼット種および有茎種を、そして平成13年度にはブラジルにて同形子...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】今市 涼子 日本女子大学, 理学部, 教授 (60112752)

【キーワード】一葉植物 / イワタバコ科 / ウシノシタ属 / モノフィレア属 / 形態形成 (他13件)

【概要】一葉植物とは一枚の子葉だけで一生を終え、茎も普通葉もつくらない植物で、イワタバコ科のウシノシタ属とモノフィレア属にみられる。本研究では平成11年度にボルネオ島、マレー半島部、タイにおいて主にモノフィレア属ならび近縁属(チリタ属、エピセマ属など、イワタバコ亜科)を、平成12年度にはマダガスカルと南アフリカにおいてウシノシタ属の一葉種、ロゼット種および有茎種を、そして平成13年度にはブラジルにて同形子...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】今市 涼子 日本女子大学, 理学部, 教授 (60112752)

【キーワード】一葉植物 / イワタバコ科 / ウシノシタ属 / モノフィレア属 / 形態形成 (他13件)

【概要】一葉植物とは一枚の子葉だけで一生を終え、茎も普通葉もつくらない植物で、イワタバコ科のウシノシタ属とモノフィレア属にみられる。本研究では平成11年度にボルネオ島、マレー半島部、タイにおいて主にモノフィレア属ならび近縁属(チリタ属、エピセマ属など、イワタバコ亜科)を、平成12年度にはマダガスカルと南アフリカにおいてウシノシタ属の一葉種、ロゼット種および有茎種を、そして平成13年度にはブラジルにて同形子...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】今市 涼子 日本女子大学, 理学部, 教授 (60112752)

【キーワード】一葉植物 / イワタバコ科 / ウシノシタ属 / モノフィレア属 / 形態形成 (他13件)

【概要】一葉植物とは一枚の子葉だけで一生を終え、茎も普通葉もつくらない植物で、イワタバコ科のウシノシタ属とモノフィレア属にみられる。本研究では平成11年度にボルネオ島、マレー半島部、タイにおいて主にモノフィレア属ならび近縁属(チリタ属、エピセマ属など、イワタバコ亜科)を、平成12年度にはマダガスカルと南アフリカにおいてウシノシタ属の一葉種、ロゼット種および有茎種を、そして平成13年度にはブラジルにて同形子...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】今市 涼子 日本女子大学, 理学部, 教授 (60112752)

【キーワード】一葉植物 / イワタバコ科 / ウシノシタ属 / モノフィレア属 / 形態形成 (他13件)

【概要】一葉植物とは一枚の子葉だけで一生を終え、茎も普通葉もつくらない植物で、イワタバコ科のウシノシタ属とモノフィレア属にみられる。本研究では平成11年度にボルネオ島、マレー半島部、タイにおいて主にモノフィレア属ならび近縁属(チリタ属、エピセマ属など、イワタバコ亜科)を、平成12年度にはマダガスカルと南アフリカにおいてウシノシタ属の一葉種、ロゼット種および有茎種を、そして平成13年度にはブラジルにて同形子...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2010 - 2011

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】送粉 / 共生 / 共進化 / 多様化 / 分子系統解析 (他10件)

【概要】本研究では、植物と、その花粉を運ぶ送粉者との間で高度に特殊化が進んだ絶対送粉共生とよばれる関係を例に、植物と送粉者の相互作用が両者の多様化をどれほど加速するのかを、系統学的アプローチによって分析した。コミカンソウ科に含まれる植物のうち、ハナホソガ属のガと絶対送粉共生を結んだものは、そうでないものより顕著に多様化速度が大きく、本研究の結果は、送粉者との相互作用が植物の多様化を促したことを明確に示す数...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】コミカンソウ属 / ハナホソガ属 / 絶対送粉共生系 / 異所的種分化 / 生殖隔離 (他11件)

【概要】密接な共生関係を保ちながら多様化を遂げたコミカンソウ科植物と，その送粉者であるハナホソガ属ガ類を用い，植物の多様化過程における送粉者の役割を分析した。ニューカレドニアのコミカンソウ属とハナホソガ属では，相互作用をもつ植物と送粉者の分布はほとんどの場合一致せず，送粉者は植物の種分化を直接引き起こしてはいないことが示唆された。また，奄美大島に生育する4種のカンコノキ属植物は，送粉者が種特異性であること...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】コミカンソウ属 / ハナホソガ属 / 絶対送粉共生系 / 異所的種分化 / 生殖隔離 (他11件)

【概要】密接な共生関係を保ちながら多様化を遂げたコミカンソウ科植物と，その送粉者であるハナホソガ属ガ類を用い，植物の多様化過程における送粉者の役割を分析した。ニューカレドニアのコミカンソウ属とハナホソガ属では，相互作用をもつ植物と送粉者の分布はほとんどの場合一致せず，送粉者は植物の種分化を直接引き起こしてはいないことが示唆された。また，奄美大島に生育する4種のカンコノキ属植物は，送粉者が種特異性であること...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】コミカンソウ属 / ハナホソガ属 / 絶対送粉共生系 / 異所的種分化 / 生殖隔離 (他11件)

【概要】密接な共生関係を保ちながら多様化を遂げたコミカンソウ科植物と，その送粉者であるハナホソガ属ガ類を用い，植物の多様化過程における送粉者の役割を分析した。ニューカレドニアのコミカンソウ属とハナホソガ属では，相互作用をもつ植物と送粉者の分布はほとんどの場合一致せず，送粉者は植物の種分化を直接引き起こしてはいないことが示唆された。また，奄美大島に生育する4種のカンコノキ属植物は，送粉者が種特異性であること...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2010 - 2011

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】送粉 / 共生 / 共進化 / 多様化 / 分子系統解析 (他10件)

【概要】本研究では、植物と、その花粉を運ぶ送粉者との間で高度に特殊化が進んだ絶対送粉共生とよばれる関係を例に、植物と送粉者の相互作用が両者の多様化をどれほど加速するのかを、系統学的アプローチによって分析した。コミカンソウ科に含まれる植物のうち、ハナホソガ属のガと絶対送粉共生を結んだものは、そうでないものより顕著に多様化速度が大きく、本研究の結果は、送粉者との相互作用が植物の多様化を促したことを明確に示す数...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)

【キーワード】全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 (他14件)

【概要】交付申請書に記載した目的と計画は以下である。 研究の目的：全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する． 研究実施計画：A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて，系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い，オタマボヤ類...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】佐々木 猛智 東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)

【キーワード】系統地理 / 生物地理 / 種分類 / 貝類 / 軟体動物 (他8件)

【概要】浅海、深海に生息する様々な貝類を用いて、系統地理的解析を行った。その結果、多くの種は何らかの地理的構造を持っていることが分かったが、地理的境界の位置は種によってかなり異なっていることが明らかになった。太平洋側と日本海側で集団が分かれる例もあれば、東北日本と南西日本で分かれるものもあり、種特異的な地理的分布のパターンを示すものも見られた。現在の分布域が類似している種間で比較した場合でも、集団の形成様...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】コミカンソウ属 / ハナホソガ属 / 絶対送粉共生系 / 異所的種分化 / 生殖隔離 (他11件)

【概要】密接な共生関係を保ちながら多様化を遂げたコミカンソウ科植物と，その送粉者であるハナホソガ属ガ類を用い，植物の多様化過程における送粉者の役割を分析した。ニューカレドニアのコミカンソウ属とハナホソガ属では，相互作用をもつ植物と送粉者の分布はほとんどの場合一致せず，送粉者は植物の種分化を直接引き起こしてはいないことが示唆された。また，奄美大島に生育する4種のカンコノキ属植物は，送粉者が種特異性であること...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2007

【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系・研究科, 准教授 (20241771)

【キーワード】生物地理 / 分子系統 / 生物種多様性 / 保全 / 分子系統学 (他10件)

【概要】琉球列島は九州から台湾にかけての島嶼群で、140以上もの島から形成される。琉球列島には数多くの固有動植物が生息し、日本で最も生物種多様性の高い地域となっている。これは、琉球列島の複雑な地史(大陸との陸橋形成に伴う祖先種の移住や海水面の変動による島の分離、融合等)によって固有種形成が促進されたためであると考えられている。琉球列島に生息する陸上動物の分子系統地理学的研究は主に脊椎動物で行われて来た。本...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】有川 智己 慶應義塾大学, 経済学部, 助手 (30363039)

【キーワード】ナンジャモンジャゴケ類 / コケ植物 / セン類 / タイ類 / ミズゴケ類 (他9件)

【概要】これまでコケ植物では,セン類のヒメツリガネゴケ,タイ類のゼニゴケ,ツノゴケ類のホウライツノゴケの3種類でしか葉緑体ゲノムが解析されておらず,比較の対象となる他の分類群のデータが十分ではなかった.この状況では,本研究でナンジャモンジャゴケ類の葉緑体遣伝子データを蓄積したとしても,信頼のおける系統樹は構築できないということが,平成17年度の解析の結果示唆されたので,系統的に議論の対象となる他のコケ植物...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】半澤 直人 山形大学, 理学部, 助教授 (40292411)

【キーワード】パラオ諸島 / 海産動物 / 海水湖集団 / 遺伝的多様性 / タンパク質 (他8件)

【概要】「海洋で生物はどのように進化するのか?」を解明するために、古くから研究が行われてきた。しかし、海洋ではgene flowが広範囲で起こるため解析がむずかしい。実際、我々が研究したアイゴ科魚類(Kuriiwa et al.,in press)でも、地域集団間や異種間で大規模なgene flowが生じるため進化の解析はむずかしかった。 そこで、我々はパラオ諸島の海水湖群に着目した。パラオには、サンゴ礁...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】半澤 直人 山形大学, 理学部, 助教授 (40292411)

【キーワード】パラオ諸島 / 海産動物 / 海水湖集団 / 遺伝的多様性 / タンパク質 (他8件)

【概要】「海洋で生物はどのように進化するのか?」を解明するために、古くから研究が行われてきた。しかし、海洋ではgene flowが広範囲で起こるため解析がむずかしい。実際、我々が研究したアイゴ科魚類(Kuriiwa et al.,in press)でも、地域集団間や異種間で大規模なgene flowが生じるため進化の解析はむずかしかった。 そこで、我々はパラオ諸島の海水湖群に着目した。パラオには、サンゴ礁...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2007

【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系・研究科, 准教授 (20241771)

【キーワード】生物地理 / 分子系統 / 生物種多様性 / 保全 / 分子系統学 (他10件)

【概要】琉球列島は九州から台湾にかけての島嶼群で、140以上もの島から形成される。琉球列島には数多くの固有動植物が生息し、日本で最も生物種多様性の高い地域となっている。これは、琉球列島の複雑な地史(大陸との陸橋形成に伴う祖先種の移住や海水面の変動による島の分離、融合等)によって固有種形成が促進されたためであると考えられている。琉球列島に生息する陸上動物の分子系統地理学的研究は主に脊椎動物で行われて来た。本...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】佐々木 猛智 東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)

【キーワード】系統地理 / 生物地理 / 種分類 / 貝類 / 軟体動物 (他8件)

【概要】浅海、深海に生息する様々な貝類を用いて、系統地理的解析を行った。その結果、多くの種は何らかの地理的構造を持っていることが分かったが、地理的境界の位置は種によってかなり異なっていることが明らかになった。太平洋側と日本海側で集団が分かれる例もあれば、東北日本と南西日本で分かれるものもあり、種特異的な地理的分布のパターンを示すものも見られた。現在の分布域が類似している種間で比較した場合でも、集団の形成様...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2007

【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系・研究科, 准教授 (20241771)

【キーワード】生物地理 / 分子系統 / 生物種多様性 / 保全 / 分子系統学 (他10件)

【概要】琉球列島は九州から台湾にかけての島嶼群で、140以上もの島から形成される。琉球列島には数多くの固有動植物が生息し、日本で最も生物種多様性の高い地域となっている。これは、琉球列島の複雑な地史(大陸との陸橋形成に伴う祖先種の移住や海水面の変動による島の分離、融合等)によって固有種形成が促進されたためであると考えられている。琉球列島に生息する陸上動物の分子系統地理学的研究は主に脊椎動物で行われて来た。本...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】星野 卓二 岡山理科大学, 総合情報学部, 教授 (10122392)

【キーワード】系統 / スゲ属植物 / 染色体 / 核リボソーム遺伝子 / 葉緑体trnT-L-F領域 (他8件)

【概要】カヤツリグサ科スゲ属植物213種の核および葉緑体遺伝子を解析し、現在広く採用されている形態に基づく分類体系と比較した。日本から韓国および中国東北部に分布するタガネソウ節が祖先型であり、属または亜属に分類できることが明らかになった。スゲ属植物の染色体は、異数的に染色体数が増加する方向に進化したことが明らかになった。また、節の分類が分子系統から強く支持されたものと、分類体系を見直す必要がある節が明らか...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】星野 卓二 岡山理科大学, 総合情報学部, 教授 (10122392)

【キーワード】系統 / スゲ属植物 / 染色体 / 核リボソーム遺伝子 / 葉緑体trnT-L-F領域 (他8件)

【概要】カヤツリグサ科スゲ属植物213種の核および葉緑体遺伝子を解析し、現在広く採用されている形態に基づく分類体系と比較した。日本から韓国および中国東北部に分布するタガネソウ節が祖先型であり、属または亜属に分類できることが明らかになった。スゲ属植物の染色体は、異数的に染色体数が増加する方向に進化したことが明らかになった。また、節の分類が分子系統から強く支持されたものと、分類体系を見直す必要がある節が明らか...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)

【キーワード】全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 (他14件)

【概要】交付申請書に記載した目的と計画は以下である。 研究の目的：全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する． 研究実施計画：A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて，系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い，オタマボヤ類...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】

【キーワード】クモヒメバチ / クモ / 産卵行動 / 種分化 / 寄主操作 (他11件)

【概要】本年度は、既往調査によって野外で発見したクモヒメバチ一種の産卵行動を飼育下で再現させる系の構築に着手したが、うまくいかず課題を残した。野外で成熟メスを確保することが難しく、羽化させたメスを飼育することで成熟させ供試したが、この手法では産卵しなかった。今後、野外個体による追試を行う必要がある。本種を含め、本研究で発見されたクモヒメバチ二種の野外での産卵行動は、例数の少なさから学術誌への報告は控えてい...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】佐々木 猛智 東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)

【キーワード】系統地理 / 生物地理 / 種分類 / 貝類 / 軟体動物 (他8件)

【概要】浅海、深海に生息する様々な貝類を用いて、系統地理的解析を行った。その結果、多くの種は何らかの地理的構造を持っていることが分かったが、地理的境界の位置は種によってかなり異なっていることが明らかになった。太平洋側と日本海側で集団が分かれる例もあれば、東北日本と南西日本で分かれるものもあり、種特異的な地理的分布のパターンを示すものも見られた。現在の分布域が類似している種間で比較した場合でも、集団の形成様...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】松岡 數充 長崎大学, 環東シナ海海洋環境資源研究センター, 教授 (00047416)

【キーワード】分子系統解析 / SSUrDNA / LSUrDNA / 系統分類 / 渦鞭毛藻 (他11件)

【概要】従来の研究でも生シストから遺伝子情報を取得する方法はあり, それによって栄養細胞(プランクトン) とシストの対応関係を明らかにする研究はあった. しかし, それらは人工培養が可能な独立栄養性種のみであり, 従属栄養性種について遺伝子情報の抽出は困難とされてきた. 本研究ではこの点を改良すべく単細胞PCR法を活用して渦鞭毛藻の生シストから遺伝子情報を取得する方法の確立に取り組んだ. その結果, 独立...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】今市 涼子 日本女子大学, 理学部, 教授 (60112752)

【キーワード】一葉植物 / イワタバコ科 / ウシノシタ属 / モノフィレア属 / 形態形成 (他13件)

【概要】一葉植物とは一枚の子葉だけで一生を終え、茎も普通葉もつくらない植物で、イワタバコ科のウシノシタ属とモノフィレア属にみられる。本研究では平成11年度にボルネオ島、マレー半島部、タイにおいて主にモノフィレア属ならび近縁属(チリタ属、エピセマ属など、イワタバコ亜科)を、平成12年度にはマダガスカルと南アフリカにおいてウシノシタ属の一葉種、ロゼット種および有茎種を、そして平成13年度にはブラジルにて同形子...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】星野 卓二 岡山理科大学, 総合情報学部, 教授 (10122392)

【キーワード】系統 / スゲ属植物 / 染色体 / 核リボソーム遺伝子 / 葉緑体trnT-L-F領域 (他8件)

【概要】カヤツリグサ科スゲ属植物213種の核および葉緑体遺伝子を解析し、現在広く採用されている形態に基づく分類体系と比較した。日本から韓国および中国東北部に分布するタガネソウ節が祖先型であり、属または亜属に分類できることが明らかになった。スゲ属植物の染色体は、異数的に染色体数が増加する方向に進化したことが明らかになった。また、節の分類が分子系統から強く支持されたものと、分類体系を見直す必要がある節が明らか...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】星野 卓二 岡山理科大学, 総合情報学部, 教授 (10122392)

【キーワード】系統 / スゲ属植物 / 染色体 / 核リボソーム遺伝子 / 葉緑体trnT-L-F領域 (他8件)

【概要】カヤツリグサ科スゲ属植物213種の核および葉緑体遺伝子を解析し、現在広く採用されている形態に基づく分類体系と比較した。日本から韓国および中国東北部に分布するタガネソウ節が祖先型であり、属または亜属に分類できることが明らかになった。スゲ属植物の染色体は、異数的に染色体数が増加する方向に進化したことが明らかになった。また、節の分類が分子系統から強く支持されたものと、分類体系を見直す必要がある節が明らか...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2007

【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系・研究科, 准教授 (20241771)

【キーワード】生物地理 / 分子系統 / 生物種多様性 / 保全 / 分子系統学 (他10件)

【概要】琉球列島は九州から台湾にかけての島嶼群で、140以上もの島から形成される。琉球列島には数多くの固有動植物が生息し、日本で最も生物種多様性の高い地域となっている。これは、琉球列島の複雑な地史(大陸との陸橋形成に伴う祖先種の移住や海水面の変動による島の分離、融合等)によって固有種形成が促進されたためであると考えられている。琉球列島に生息する陸上動物の分子系統地理学的研究は主に脊椎動物で行われて来た。本...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】佐々木 猛智 東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)

【キーワード】系統地理 / 生物地理 / 種分類 / 貝類 / 軟体動物 (他8件)

【概要】浅海、深海に生息する様々な貝類を用いて、系統地理的解析を行った。その結果、多くの種は何らかの地理的構造を持っていることが分かったが、地理的境界の位置は種によってかなり異なっていることが明らかになった。太平洋側と日本海側で集団が分かれる例もあれば、東北日本と南西日本で分かれるものもあり、種特異的な地理的分布のパターンを示すものも見られた。現在の分布域が類似している種間で比較した場合でも、集団の形成様...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2007

【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系・研究科, 准教授 (20241771)

【キーワード】生物地理 / 分子系統 / 生物種多様性 / 保全 / 分子系統学 (他10件)

【概要】琉球列島は九州から台湾にかけての島嶼群で、140以上もの島から形成される。琉球列島には数多くの固有動植物が生息し、日本で最も生物種多様性の高い地域となっている。これは、琉球列島の複雑な地史(大陸との陸橋形成に伴う祖先種の移住や海水面の変動による島の分離、融合等)によって固有種形成が促進されたためであると考えられている。琉球列島に生息する陸上動物の分子系統地理学的研究は主に脊椎動物で行われて来た。本...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】松岡 數充 長崎大学, 環東シナ海海洋環境資源研究センター, 教授 (00047416)

【キーワード】分子系統解析 / SSUrDNA / LSUrDNA / 系統分類 / 渦鞭毛藻 (他11件)

【概要】従来の研究でも生シストから遺伝子情報を取得する方法はあり, それによって栄養細胞(プランクトン) とシストの対応関係を明らかにする研究はあった. しかし, それらは人工培養が可能な独立栄養性種のみであり, 従属栄養性種について遺伝子情報の抽出は困難とされてきた. 本研究ではこの点を改良すべく単細胞PCR法を活用して渦鞭毛藻の生シストから遺伝子情報を取得する方法の確立に取り組んだ. その結果, 独立...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】有川 智己 慶應義塾大学, 経済学部, 助手 (30363039)

【キーワード】ナンジャモンジャゴケ類 / コケ植物 / セン類 / タイ類 / ミズゴケ類 (他9件)

【概要】これまでコケ植物では,セン類のヒメツリガネゴケ,タイ類のゼニゴケ,ツノゴケ類のホウライツノゴケの3種類でしか葉緑体ゲノムが解析されておらず,比較の対象となる他の分類群のデータが十分ではなかった.この状況では,本研究でナンジャモンジャゴケ類の葉緑体遣伝子データを蓄積したとしても,信頼のおける系統樹は構築できないということが,平成17年度の解析の結果示唆されたので,系統的に議論の対象となる他のコケ植物...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)

【キーワード】全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 (他14件)

【概要】交付申請書に記載した目的と計画は以下である。 研究の目的：全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する． 研究実施計画：A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて，系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い，オタマボヤ類...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)

【キーワード】全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 (他14件)

【概要】交付申請書に記載した目的と計画は以下である。 研究の目的：全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する． 研究実施計画：A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて，系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い，オタマボヤ類...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)

【キーワード】全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 (他14件)

【概要】交付申請書に記載した目的と計画は以下である。 研究の目的：全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する． 研究実施計画：A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて，系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い，オタマボヤ類...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】有川 智己 慶應義塾大学, 経済学部, 助手 (30363039)

【キーワード】ナンジャモンジャゴケ類 / コケ植物 / セン類 / タイ類 / ミズゴケ類 (他9件)

【概要】これまでコケ植物では,セン類のヒメツリガネゴケ,タイ類のゼニゴケ,ツノゴケ類のホウライツノゴケの3種類でしか葉緑体ゲノムが解析されておらず,比較の対象となる他の分類群のデータが十分ではなかった.この状況では,本研究でナンジャモンジャゴケ類の葉緑体遣伝子データを蓄積したとしても,信頼のおける系統樹は構築できないということが,平成17年度の解析の結果示唆されたので,系統的に議論の対象となる他のコケ植物...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)

【キーワード】全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 (他14件)

【概要】交付申請書に記載した目的と計画は以下である。 研究の目的：全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する． 研究実施計画：A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて，系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い，オタマボヤ類...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】半澤 直人 山形大学, 理学部, 助教授 (40292411)

【キーワード】パラオ諸島 / 海産動物 / 海水湖集団 / 遺伝的多様性 / タンパク質 (他8件)

【概要】「海洋で生物はどのように進化するのか?」を解明するために、古くから研究が行われてきた。しかし、海洋ではgene flowが広範囲で起こるため解析がむずかしい。実際、我々が研究したアイゴ科魚類(Kuriiwa et al.,in press)でも、地域集団間や異種間で大規模なgene flowが生じるため進化の解析はむずかしかった。 そこで、我々はパラオ諸島の海水湖群に着目した。パラオには、サンゴ礁...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】

【キーワード】クモヒメバチ / クモ / 産卵行動 / 種分化 / 寄主操作 (他11件)

【概要】本年度は、既往調査によって野外で発見したクモヒメバチ一種の産卵行動を飼育下で再現させる系の構築に着手したが、うまくいかず課題を残した。野外で成熟メスを確保することが難しく、羽化させたメスを飼育することで成熟させ供試したが、この手法では産卵しなかった。今後、野外個体による追試を行う必要がある。本種を含め、本研究で発見されたクモヒメバチ二種の野外での産卵行動は、例数の少なさから学術誌への報告は控えてい...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2010 - 2011

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】送粉 / 共生 / 共進化 / 多様化 / 分子系統解析 (他10件)

【概要】本研究では、植物と、その花粉を運ぶ送粉者との間で高度に特殊化が進んだ絶対送粉共生とよばれる関係を例に、植物と送粉者の相互作用が両者の多様化をどれほど加速するのかを、系統学的アプローチによって分析した。コミカンソウ科に含まれる植物のうち、ハナホソガ属のガと絶対送粉共生を結んだものは、そうでないものより顕著に多様化速度が大きく、本研究の結果は、送粉者との相互作用が植物の多様化を促したことを明確に示す数...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】

【キーワード】クモヒメバチ / クモ / 産卵行動 / 種分化 / 寄主操作 (他11件)

【概要】本年度は、既往調査によって野外で発見したクモヒメバチ一種の産卵行動を飼育下で再現させる系の構築に着手したが、うまくいかず課題を残した。野外で成熟メスを確保することが難しく、羽化させたメスを飼育することで成熟させ供試したが、この手法では産卵しなかった。今後、野外個体による追試を行う必要がある。本種を含め、本研究で発見されたクモヒメバチ二種の野外での産卵行動は、例数の少なさから学術誌への報告は控えてい...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】

【キーワード】クモヒメバチ / クモ / 産卵行動 / 種分化 / 寄主操作 (他11件)

【概要】本年度は、既往調査によって野外で発見したクモヒメバチ一種の産卵行動を飼育下で再現させる系の構築に着手したが、うまくいかず課題を残した。野外で成熟メスを確保することが難しく、羽化させたメスを飼育することで成熟させ供試したが、この手法では産卵しなかった。今後、野外個体による追試を行う必要がある。本種を含め、本研究で発見されたクモヒメバチ二種の野外での産卵行動は、例数の少なさから学術誌への報告は控えてい...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)

【キーワード】全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 (他14件)

【概要】交付申請書に記載した目的と計画は以下である。 研究の目的：全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する． 研究実施計画：A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて，系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い，オタマボヤ類...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】コミカンソウ属 / ハナホソガ属 / 絶対送粉共生系 / 異所的種分化 / 生殖隔離 (他11件)

【概要】密接な共生関係を保ちながら多様化を遂げたコミカンソウ科植物と，その送粉者であるハナホソガ属ガ類を用い，植物の多様化過程における送粉者の役割を分析した。ニューカレドニアのコミカンソウ属とハナホソガ属では，相互作用をもつ植物と送粉者の分布はほとんどの場合一致せず，送粉者は植物の種分化を直接引き起こしてはいないことが示唆された。また，奄美大島に生育する4種のカンコノキ属植物は，送粉者が種特異性であること...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2010 - 2011

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】送粉 / 共生 / 共進化 / 多様化 / 分子系統解析 (他10件)

【概要】本研究では、植物と、その花粉を運ぶ送粉者との間で高度に特殊化が進んだ絶対送粉共生とよばれる関係を例に、植物と送粉者の相互作用が両者の多様化をどれほど加速するのかを、系統学的アプローチによって分析した。コミカンソウ科に含まれる植物のうち、ハナホソガ属のガと絶対送粉共生を結んだものは、そうでないものより顕著に多様化速度が大きく、本研究の結果は、送粉者との相互作用が植物の多様化を促したことを明確に示す数...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】

【キーワード】クモヒメバチ / クモ / 産卵行動 / 種分化 / 寄主操作 (他11件)

【概要】本年度は、既往調査によって野外で発見したクモヒメバチ一種の産卵行動を飼育下で再現させる系の構築に着手したが、うまくいかず課題を残した。野外で成熟メスを確保することが難しく、羽化させたメスを飼育することで成熟させ供試したが、この手法では産卵しなかった。今後、野外個体による追試を行う必要がある。本種を含め、本研究で発見されたクモヒメバチ二種の野外での産卵行動は、例数の少なさから学術誌への報告は控えてい...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】

【キーワード】クモヒメバチ / クモ / 産卵行動 / 種分化 / 寄主操作 (他11件)

【概要】本年度は、既往調査によって野外で発見したクモヒメバチ一種の産卵行動を飼育下で再現させる系の構築に着手したが、うまくいかず課題を残した。野外で成熟メスを確保することが難しく、羽化させたメスを飼育することで成熟させ供試したが、この手法では産卵しなかった。今後、野外個体による追試を行う必要がある。本種を含め、本研究で発見されたクモヒメバチ二種の野外での産卵行動は、例数の少なさから学術誌への報告は控えてい...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】

【キーワード】クモヒメバチ / クモ / 産卵行動 / 種分化 / 寄主操作 (他11件)

【概要】本年度は、既往調査によって野外で発見したクモヒメバチ一種の産卵行動を飼育下で再現させる系の構築に着手したが、うまくいかず課題を残した。野外で成熟メスを確保することが難しく、羽化させたメスを飼育することで成熟させ供試したが、この手法では産卵しなかった。今後、野外個体による追試を行う必要がある。本種を含め、本研究で発見されたクモヒメバチ二種の野外での産卵行動は、例数の少なさから学術誌への報告は控えてい...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】有川 智己 慶應義塾大学, 経済学部, 助手 (30363039)

【キーワード】ナンジャモンジャゴケ類 / コケ植物 / セン類 / タイ類 / ミズゴケ類 (他9件)

【概要】これまでコケ植物では,セン類のヒメツリガネゴケ,タイ類のゼニゴケ,ツノゴケ類のホウライツノゴケの3種類でしか葉緑体ゲノムが解析されておらず,比較の対象となる他の分類群のデータが十分ではなかった.この状況では,本研究でナンジャモンジャゴケ類の葉緑体遣伝子データを蓄積したとしても,信頼のおける系統樹は構築できないということが,平成17年度の解析の結果示唆されたので,系統的に議論の対象となる他のコケ植物...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】有川 智己 慶應義塾大学, 経済学部, 助手 (30363039)

【キーワード】ナンジャモンジャゴケ類 / コケ植物 / セン類 / タイ類 / ミズゴケ類 (他9件)

【概要】これまでコケ植物では,セン類のヒメツリガネゴケ,タイ類のゼニゴケ,ツノゴケ類のホウライツノゴケの3種類でしか葉緑体ゲノムが解析されておらず,比較の対象となる他の分類群のデータが十分ではなかった.この状況では,本研究でナンジャモンジャゴケ類の葉緑体遣伝子データを蓄積したとしても,信頼のおける系統樹は構築できないということが,平成17年度の解析の結果示唆されたので,系統的に議論の対象となる他のコケ植物...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)

【キーワード】全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 (他14件)

【概要】交付申請書に記載した目的と計画は以下である。 研究の目的：全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する． 研究実施計画：A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて，系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い，オタマボヤ類...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】コミカンソウ属 / ハナホソガ属 / 絶対送粉共生系 / 異所的種分化 / 生殖隔離 (他11件)

【概要】密接な共生関係を保ちながら多様化を遂げたコミカンソウ科植物と，その送粉者であるハナホソガ属ガ類を用い，植物の多様化過程における送粉者の役割を分析した。ニューカレドニアのコミカンソウ属とハナホソガ属では，相互作用をもつ植物と送粉者の分布はほとんどの場合一致せず，送粉者は植物の種分化を直接引き起こしてはいないことが示唆された。また，奄美大島に生育する4種のカンコノキ属植物は，送粉者が種特異性であること...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2010 - 2011

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】送粉 / 共生 / 共進化 / 多様化 / 分子系統解析 (他10件)

【概要】本研究では、植物と、その花粉を運ぶ送粉者との間で高度に特殊化が進んだ絶対送粉共生とよばれる関係を例に、植物と送粉者の相互作用が両者の多様化をどれほど加速するのかを、系統学的アプローチによって分析した。コミカンソウ科に含まれる植物のうち、ハナホソガ属のガと絶対送粉共生を結んだものは、そうでないものより顕著に多様化速度が大きく、本研究の結果は、送粉者との相互作用が植物の多様化を促したことを明確に示す数...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】有川 智己 慶應義塾大学, 経済学部, 助手 (30363039)

【キーワード】ナンジャモンジャゴケ類 / コケ植物 / セン類 / タイ類 / ミズゴケ類 (他9件)

【概要】これまでコケ植物では,セン類のヒメツリガネゴケ,タイ類のゼニゴケ,ツノゴケ類のホウライツノゴケの3種類でしか葉緑体ゲノムが解析されておらず,比較の対象となる他の分類群のデータが十分ではなかった.この状況では,本研究でナンジャモンジャゴケ類の葉緑体遣伝子データを蓄積したとしても,信頼のおける系統樹は構築できないということが,平成17年度の解析の結果示唆されたので,系統的に議論の対象となる他のコケ植物...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】コミカンソウ属 / ハナホソガ属 / 絶対送粉共生系 / 異所的種分化 / 生殖隔離 (他11件)

【概要】密接な共生関係を保ちながら多様化を遂げたコミカンソウ科植物と，その送粉者であるハナホソガ属ガ類を用い，植物の多様化過程における送粉者の役割を分析した。ニューカレドニアのコミカンソウ属とハナホソガ属では，相互作用をもつ植物と送粉者の分布はほとんどの場合一致せず，送粉者は植物の種分化を直接引き起こしてはいないことが示唆された。また，奄美大島に生育する4種のカンコノキ属植物は，送粉者が種特異性であること...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)

【キーワード】全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 (他14件)

【概要】交付申請書に記載した目的と計画は以下である。 研究の目的：全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する． 研究実施計画：A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて，系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い，オタマボヤ類...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)

【キーワード】全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 (他14件)

【概要】交付申請書に記載した目的と計画は以下である。 研究の目的：全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する． 研究実施計画：A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて，系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い，オタマボヤ類...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】星野 卓二 岡山理科大学, 総合情報学部, 教授 (10122392)

【キーワード】系統 / スゲ属植物 / 染色体 / 核リボソーム遺伝子 / 葉緑体trnT-L-F領域 (他8件)

【概要】カヤツリグサ科スゲ属植物213種の核および葉緑体遺伝子を解析し、現在広く採用されている形態に基づく分類体系と比較した。日本から韓国および中国東北部に分布するタガネソウ節が祖先型であり、属または亜属に分類できることが明らかになった。スゲ属植物の染色体は、異数的に染色体数が増加する方向に進化したことが明らかになった。また、節の分類が分子系統から強く支持されたものと、分類体系を見直す必要がある節が明らか...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】有川 智己 慶應義塾大学, 経済学部, 助手 (30363039)

【キーワード】ナンジャモンジャゴケ類 / コケ植物 / セン類 / タイ類 / ミズゴケ類 (他9件)

【概要】これまでコケ植物では,セン類のヒメツリガネゴケ,タイ類のゼニゴケ,ツノゴケ類のホウライツノゴケの3種類でしか葉緑体ゲノムが解析されておらず,比較の対象となる他の分類群のデータが十分ではなかった.この状況では,本研究でナンジャモンジャゴケ類の葉緑体遣伝子データを蓄積したとしても,信頼のおける系統樹は構築できないということが,平成17年度の解析の結果示唆されたので,系統的に議論の対象となる他のコケ植物...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】コミカンソウ属 / ハナホソガ属 / 絶対送粉共生系 / 異所的種分化 / 生殖隔離 (他11件)

【概要】密接な共生関係を保ちながら多様化を遂げたコミカンソウ科植物と，その送粉者であるハナホソガ属ガ類を用い，植物の多様化過程における送粉者の役割を分析した。ニューカレドニアのコミカンソウ属とハナホソガ属では，相互作用をもつ植物と送粉者の分布はほとんどの場合一致せず，送粉者は植物の種分化を直接引き起こしてはいないことが示唆された。また，奄美大島に生育する4種のカンコノキ属植物は，送粉者が種特異性であること...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2010 - 2011

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】送粉 / 共生 / 共進化 / 多様化 / 分子系統解析 (他10件)

【概要】本研究では、植物と、その花粉を運ぶ送粉者との間で高度に特殊化が進んだ絶対送粉共生とよばれる関係を例に、植物と送粉者の相互作用が両者の多様化をどれほど加速するのかを、系統学的アプローチによって分析した。コミカンソウ科に含まれる植物のうち、ハナホソガ属のガと絶対送粉共生を結んだものは、そうでないものより顕著に多様化速度が大きく、本研究の結果は、送粉者との相互作用が植物の多様化を促したことを明確に示す数...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】

【キーワード】クモヒメバチ / クモ / 産卵行動 / 種分化 / 寄主操作 (他11件)

【概要】本年度は、既往調査によって野外で発見したクモヒメバチ一種の産卵行動を飼育下で再現させる系の構築に着手したが、うまくいかず課題を残した。野外で成熟メスを確保することが難しく、羽化させたメスを飼育することで成熟させ供試したが、この手法では産卵しなかった。今後、野外個体による追試を行う必要がある。本種を含め、本研究で発見されたクモヒメバチ二種の野外での産卵行動は、例数の少なさから学術誌への報告は控えてい...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】コミカンソウ属 / ハナホソガ属 / 絶対送粉共生系 / 異所的種分化 / 生殖隔離 (他11件)

【概要】密接な共生関係を保ちながら多様化を遂げたコミカンソウ科植物と，その送粉者であるハナホソガ属ガ類を用い，植物の多様化過程における送粉者の役割を分析した。ニューカレドニアのコミカンソウ属とハナホソガ属では，相互作用をもつ植物と送粉者の分布はほとんどの場合一致せず，送粉者は植物の種分化を直接引き起こしてはいないことが示唆された。また，奄美大島に生育する4種のカンコノキ属植物は，送粉者が種特異性であること...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】星野 卓二 岡山理科大学, 総合情報学部, 教授 (10122392)

【キーワード】系統 / スゲ属植物 / 染色体 / 核リボソーム遺伝子 / 葉緑体trnT-L-F領域 (他8件)

【概要】カヤツリグサ科スゲ属植物213種の核および葉緑体遺伝子を解析し、現在広く採用されている形態に基づく分類体系と比較した。日本から韓国および中国東北部に分布するタガネソウ節が祖先型であり、属または亜属に分類できることが明らかになった。スゲ属植物の染色体は、異数的に染色体数が増加する方向に進化したことが明らかになった。また、節の分類が分子系統から強く支持されたものと、分類体系を見直す必要がある節が明らか...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2010 - 2011

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】送粉 / 共生 / 共進化 / 多様化 / 分子系統解析 (他10件)

【概要】本研究では、植物と、その花粉を運ぶ送粉者との間で高度に特殊化が進んだ絶対送粉共生とよばれる関係を例に、植物と送粉者の相互作用が両者の多様化をどれほど加速するのかを、系統学的アプローチによって分析した。コミカンソウ科に含まれる植物のうち、ハナホソガ属のガと絶対送粉共生を結んだものは、そうでないものより顕著に多様化速度が大きく、本研究の結果は、送粉者との相互作用が植物の多様化を促したことを明確に示す数...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2007

【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系・研究科, 准教授 (20241771)

【キーワード】生物地理 / 分子系統 / 生物種多様性 / 保全 / 分子系統学 (他10件)

【概要】琉球列島は九州から台湾にかけての島嶼群で、140以上もの島から形成される。琉球列島には数多くの固有動植物が生息し、日本で最も生物種多様性の高い地域となっている。これは、琉球列島の複雑な地史(大陸との陸橋形成に伴う祖先種の移住や海水面の変動による島の分離、融合等)によって固有種形成が促進されたためであると考えられている。琉球列島に生息する陸上動物の分子系統地理学的研究は主に脊椎動物で行われて来た。本...

【研究テーマ】

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2018-11-09 - 2021-03-31

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)

【キーワード】クマムシ / 緩歩動物 / 分子系統解析 / 年代推定 / オプシン (他8件)

【概要】前年度までの解析の結果、より詳細な解析が必要と考えられる特定の分岐に該当する系統のクマムシであるThulinius ruffoi (真クマムシで、 祖先型は陸生で乾眠能力を持つが、本種は淡水生となり、乾眠能力を失っている)のゲノム解析を進め、研究結果を論文にまとめた。これまでに解析が済んでいる約50種のクマムシゲノムを用いて、クマムシの系統分類をBUSCO遺伝子を用いて再検証した結果、近年その系統...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】今市 涼子 日本女子大学, 理学部, 教授 (60112752)

【キーワード】一葉植物 / イワタバコ科 / ウシノシタ属 / モノフィレア属 / 形態形成 (他13件)

【概要】一葉植物とは一枚の子葉だけで一生を終え、茎も普通葉もつくらない植物で、イワタバコ科のウシノシタ属とモノフィレア属にみられる。本研究では平成11年度にボルネオ島、マレー半島部、タイにおいて主にモノフィレア属ならび近縁属(チリタ属、エピセマ属など、イワタバコ亜科)を、平成12年度にはマダガスカルと南アフリカにおいてウシノシタ属の一葉種、ロゼット種および有茎種を、そして平成13年度にはブラジルにて同形子...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】遠藤 秀紀 東京大学, 総合研究博物館, 教授 (30249908)

【キーワード】家畜化 / 動物遺残身体 / 分子系統解析 / 機能形態 / 農村社会 (他9件)

【概要】タイ、ラオス、ベトナム、中国、スリランカ、トルコ、マダガスカル等を想定した中規模な現地調査計画をもち、またハンガリー、イタリアなどの古典的家畜育種地域との比較を考えていたが、コロナ情勢により、調査計画は期待通りには進まなかった。そこで用意した手法のうち、文化人類学、農村社会学、人類生態学、人文地理学、現地での文化財科学に関わる部分を縮小、代わりに博物館に既存の貴重資料の解析や、日本国内の移動によっ...

【研究テーマ】

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2018-11-09 - 2021-03-31

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)

【キーワード】クマムシ / 緩歩動物 / 分子系統解析 / 年代推定 / オプシン (他8件)

【概要】前年度までの解析の結果、より詳細な解析が必要と考えられる特定の分岐に該当する系統のクマムシであるThulinius ruffoi (真クマムシで、 祖先型は陸生で乾眠能力を持つが、本種は淡水生となり、乾眠能力を失っている)のゲノム解析を進め、研究結果を論文にまとめた。これまでに解析が済んでいる約50種のクマムシゲノムを用いて、クマムシの系統分類をBUSCO遺伝子を用いて再検証した結果、近年その系統...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】今市 涼子 日本女子大学, 理学部, 教授 (60112752)

【キーワード】一葉植物 / イワタバコ科 / ウシノシタ属 / モノフィレア属 / 形態形成 (他13件)

【概要】一葉植物とは一枚の子葉だけで一生を終え、茎も普通葉もつくらない植物で、イワタバコ科のウシノシタ属とモノフィレア属にみられる。本研究では平成11年度にボルネオ島、マレー半島部、タイにおいて主にモノフィレア属ならび近縁属(チリタ属、エピセマ属など、イワタバコ亜科)を、平成12年度にはマダガスカルと南アフリカにおいてウシノシタ属の一葉種、ロゼット種および有茎種を、そして平成13年度にはブラジルにて同形子...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】佐々木 猛智 東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)

【キーワード】系統地理 / 生物地理 / 種分類 / 貝類 / 軟体動物 (他8件)

【概要】浅海、深海に生息する様々な貝類を用いて、系統地理的解析を行った。その結果、多くの種は何らかの地理的構造を持っていることが分かったが、地理的境界の位置は種によってかなり異なっていることが明らかになった。太平洋側と日本海側で集団が分かれる例もあれば、東北日本と南西日本で分かれるものもあり、種特異的な地理的分布のパターンを示すものも見られた。現在の分布域が類似している種間で比較した場合でも、集団の形成様...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2009 - 2010

【研究代表者】小林 肇 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教 (50549269)

【キーワード】地下微生物 / 油田 / メタン菌 / 石油 / 共生 (他10件)

【概要】原油を分解しメタンを生成する油田内の微生物共生系の産業利用のための基礎的知見を得る事を目的として、油田から地下水を採集、含まれる微生物群の群集構造とメタン生成活性を解析した。その結果、原油生分解が起こっている油田内の微生物系では、酢酸資化性メタン菌が重要な役割を果たしている事が示唆された。さらに、複合栄養分の添加により、枯渇油田内の微生物系のメタン生成活性が賦活化される事が示唆された。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2018-11-09 - 2021-03-31

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)

【キーワード】クマムシ / 緩歩動物 / 分子系統解析 / 年代推定 / オプシン (他8件)

【概要】前年度までの解析の結果、より詳細な解析が必要と考えられる特定の分岐に該当する系統のクマムシであるThulinius ruffoi (真クマムシで、 祖先型は陸生で乾眠能力を持つが、本種は淡水生となり、乾眠能力を失っている)のゲノム解析を進め、研究結果を論文にまとめた。これまでに解析が済んでいる約50種のクマムシゲノムを用いて、クマムシの系統分類をBUSCO遺伝子を用いて再検証した結果、近年その系統...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】今市 涼子 日本女子大学, 理学部, 教授 (60112752)

【キーワード】一葉植物 / イワタバコ科 / ウシノシタ属 / モノフィレア属 / 形態形成 (他13件)

【概要】一葉植物とは一枚の子葉だけで一生を終え、茎も普通葉もつくらない植物で、イワタバコ科のウシノシタ属とモノフィレア属にみられる。本研究では平成11年度にボルネオ島、マレー半島部、タイにおいて主にモノフィレア属ならび近縁属(チリタ属、エピセマ属など、イワタバコ亜科)を、平成12年度にはマダガスカルと南アフリカにおいてウシノシタ属の一葉種、ロゼット種および有茎種を、そして平成13年度にはブラジルにて同形子...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2018-11-09 - 2021-03-31

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)

【キーワード】クマムシ / 緩歩動物 / 分子系統解析 / 年代推定 / オプシン (他8件)

【概要】前年度までの解析の結果、より詳細な解析が必要と考えられる特定の分岐に該当する系統のクマムシであるThulinius ruffoi (真クマムシで、 祖先型は陸生で乾眠能力を持つが、本種は淡水生となり、乾眠能力を失っている)のゲノム解析を進め、研究結果を論文にまとめた。これまでに解析が済んでいる約50種のクマムシゲノムを用いて、クマムシの系統分類をBUSCO遺伝子を用いて再検証した結果、近年その系統...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2018-11-09 - 2021-03-31

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)

【キーワード】クマムシ / 緩歩動物 / 分子系統解析 / 年代推定 / オプシン (他8件)

【概要】前年度までの解析の結果、より詳細な解析が必要と考えられる特定の分岐に該当する系統のクマムシであるThulinius ruffoi (真クマムシで、 祖先型は陸生で乾眠能力を持つが、本種は淡水生となり、乾眠能力を失っている)のゲノム解析を進め、研究結果を論文にまとめた。これまでに解析が済んでいる約50種のクマムシゲノムを用いて、クマムシの系統分類をBUSCO遺伝子を用いて再検証した結果、近年その系統...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2009 - 2010

【研究代表者】小林 肇 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教 (50549269)

【キーワード】地下微生物 / 油田 / メタン菌 / 石油 / 共生 (他10件)

【概要】原油を分解しメタンを生成する油田内の微生物共生系の産業利用のための基礎的知見を得る事を目的として、油田から地下水を採集、含まれる微生物群の群集構造とメタン生成活性を解析した。その結果、原油生分解が起こっている油田内の微生物系では、酢酸資化性メタン菌が重要な役割を果たしている事が示唆された。さらに、複合栄養分の添加により、枯渇油田内の微生物系のメタン生成活性が賦活化される事が示唆された。 ...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2009 - 2010

【研究代表者】小林 肇 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教 (50549269)

【キーワード】地下微生物 / 油田 / メタン菌 / 石油 / 共生 (他10件)

【概要】原油を分解しメタンを生成する油田内の微生物共生系の産業利用のための基礎的知見を得る事を目的として、油田から地下水を採集、含まれる微生物群の群集構造とメタン生成活性を解析した。その結果、原油生分解が起こっている油田内の微生物系では、酢酸資化性メタン菌が重要な役割を果たしている事が示唆された。さらに、複合栄養分の添加により、枯渇油田内の微生物系のメタン生成活性が賦活化される事が示唆された。 ...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2009 - 2010

【研究代表者】小林 肇 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教 (50549269)

【キーワード】地下微生物 / 油田 / メタン菌 / 石油 / 共生 (他10件)

【概要】原油を分解しメタンを生成する油田内の微生物共生系の産業利用のための基礎的知見を得る事を目的として、油田から地下水を採集、含まれる微生物群の群集構造とメタン生成活性を解析した。その結果、原油生分解が起こっている油田内の微生物系では、酢酸資化性メタン菌が重要な役割を果たしている事が示唆された。さらに、複合栄養分の添加により、枯渇油田内の微生物系のメタン生成活性が賦活化される事が示唆された。 ...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2009 - 2010

【研究代表者】小林 肇 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教 (50549269)

【キーワード】地下微生物 / 油田 / メタン菌 / 石油 / 共生 (他10件)

【概要】原油を分解しメタンを生成する油田内の微生物共生系の産業利用のための基礎的知見を得る事を目的として、油田から地下水を採集、含まれる微生物群の群集構造とメタン生成活性を解析した。その結果、原油生分解が起こっている油田内の微生物系では、酢酸資化性メタン菌が重要な役割を果たしている事が示唆された。さらに、複合栄養分の添加により、枯渇油田内の微生物系のメタン生成活性が賦活化される事が示唆された。 ...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】

【キーワード】クモヒメバチ / クモ / 産卵行動 / 種分化 / 寄主操作 (他11件)

【概要】本年度は、既往調査によって野外で発見したクモヒメバチ一種の産卵行動を飼育下で再現させる系の構築に着手したが、うまくいかず課題を残した。野外で成熟メスを確保することが難しく、羽化させたメスを飼育することで成熟させ供試したが、この手法では産卵しなかった。今後、野外個体による追試を行う必要がある。本種を含め、本研究で発見されたクモヒメバチ二種の野外での産卵行動は、例数の少なさから学術誌への報告は控えてい...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2009 - 2010

【研究代表者】小林 肇 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教 (50549269)

【キーワード】地下微生物 / 油田 / メタン菌 / 石油 / 共生 (他10件)

【概要】原油を分解しメタンを生成する油田内の微生物共生系の産業利用のための基礎的知見を得る事を目的として、油田から地下水を採集、含まれる微生物群の群集構造とメタン生成活性を解析した。その結果、原油生分解が起こっている油田内の微生物系では、酢酸資化性メタン菌が重要な役割を果たしている事が示唆された。さらに、複合栄養分の添加により、枯渇油田内の微生物系のメタン生成活性が賦活化される事が示唆された。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】遠藤 秀紀 東京大学, 総合研究博物館, 教授 (30249908)

【キーワード】家畜化 / 動物遺残身体 / 分子系統解析 / 機能形態 / 農村社会 (他9件)

【概要】タイ、ラオス、ベトナム、中国、スリランカ、トルコ、マダガスカル等を想定した中規模な現地調査計画をもち、またハンガリー、イタリアなどの古典的家畜育種地域との比較を考えていたが、コロナ情勢により、調査計画は期待通りには進まなかった。そこで用意した手法のうち、文化人類学、農村社会学、人類生態学、人文地理学、現地での文化財科学に関わる部分を縮小、代わりに博物館に既存の貴重資料の解析や、日本国内の移動によっ...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】コミカンソウ属 / ハナホソガ属 / 絶対送粉共生系 / 異所的種分化 / 生殖隔離 (他11件)

【概要】密接な共生関係を保ちながら多様化を遂げたコミカンソウ科植物と，その送粉者であるハナホソガ属ガ類を用い，植物の多様化過程における送粉者の役割を分析した。ニューカレドニアのコミカンソウ属とハナホソガ属では，相互作用をもつ植物と送粉者の分布はほとんどの場合一致せず，送粉者は植物の種分化を直接引き起こしてはいないことが示唆された。また，奄美大島に生育する4種のカンコノキ属植物は，送粉者が種特異性であること...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2010 - 2011

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】送粉 / 共生 / 共進化 / 多様化 / 分子系統解析 (他10件)

【概要】本研究では、植物と、その花粉を運ぶ送粉者との間で高度に特殊化が進んだ絶対送粉共生とよばれる関係を例に、植物と送粉者の相互作用が両者の多様化をどれほど加速するのかを、系統学的アプローチによって分析した。コミカンソウ科に含まれる植物のうち、ハナホソガ属のガと絶対送粉共生を結んだものは、そうでないものより顕著に多様化速度が大きく、本研究の結果は、送粉者との相互作用が植物の多様化を促したことを明確に示す数...

【研究テーマ】

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2018-11-09 - 2021-03-31

【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)

【キーワード】クマムシ / 緩歩動物 / 分子系統解析 / 年代推定 / オプシン (他8件)

【概要】前年度までの解析の結果、より詳細な解析が必要と考えられる特定の分岐に該当する系統のクマムシであるThulinius ruffoi (真クマムシで、 祖先型は陸生で乾眠能力を持つが、本種は淡水生となり、乾眠能力を失っている)のゲノム解析を進め、研究結果を論文にまとめた。これまでに解析が済んでいる約50種のクマムシゲノムを用いて、クマムシの系統分類をBUSCO遺伝子を用いて再検証した結果、近年その系統...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】生態・環境

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2010 - 2011

【研究代表者】川北 篤 京都大学, 生態学研究センター, 准教授 (80467399)

【キーワード】送粉 / 共生 / 共進化 / 多様化 / 分子系統解析 (他10件)

【概要】本研究では、植物と、その花粉を運ぶ送粉者との間で高度に特殊化が進んだ絶対送粉共生とよばれる関係を例に、植物と送粉者の相互作用が両者の多様化をどれほど加速するのかを、系統学的アプローチによって分析した。コミカンソウ科に含まれる植物のうち、ハナホソガ属のガと絶対送粉共生を結んだものは、そうでないものより顕著に多様化速度が大きく、本研究の結果は、送粉者との相互作用が植物の多様化を促したことを明確に示す数...

【研究テーマ】応用微生物学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2009 - 2010

【研究代表者】小林 肇 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教 (50549269)

【キーワード】地下微生物 / 油田 / メタン菌 / 石油 / 共生 (他10件)

【概要】原油を分解しメタンを生成する油田内の微生物共生系の産業利用のための基礎的知見を得る事を目的として、油田から地下水を採集、含まれる微生物群の群集構造とメタン生成活性を解析した。その結果、原油生分解が起こっている油田内の微生物系では、酢酸資化性メタン菌が重要な役割を果たしている事が示唆された。さらに、複合栄養分の添加により、枯渇油田内の微生物系のメタン生成活性が賦活化される事が示唆された。 ...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】半澤 直人 山形大学, 理学部, 助教授 (40292411)

【キーワード】パラオ諸島 / 海産動物 / 海水湖集団 / 遺伝的多様性 / タンパク質 (他8件)

【概要】「海洋で生物はどのように進化するのか?」を解明するために、古くから研究が行われてきた。しかし、海洋ではgene flowが広範囲で起こるため解析がむずかしい。実際、我々が研究したアイゴ科魚類(Kuriiwa et al.,in press)でも、地域集団間や異種間で大規模なgene flowが生じるため進化の解析はむずかしかった。 そこで、我々はパラオ諸島の海水湖群に着目した。パラオには、サンゴ礁...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2007

【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系・研究科, 准教授 (20241771)

【キーワード】生物地理 / 分子系統 / 生物種多様性 / 保全 / 分子系統学 (他10件)

【概要】琉球列島は九州から台湾にかけての島嶼群で、140以上もの島から形成される。琉球列島には数多くの固有動植物が生息し、日本で最も生物種多様性の高い地域となっている。これは、琉球列島の複雑な地史(大陸との陸橋形成に伴う祖先種の移住や海水面の変動による島の分離、融合等)によって固有種形成が促進されたためであると考えられている。琉球列島に生息する陸上動物の分子系統地理学的研究は主に脊椎動物で行われて来た。本...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】特別研究員奨励費

【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31

【研究代表者】

【キーワード】クモヒメバチ / クモ / 産卵行動 / 種分化 / 寄主操作 (他11件)

【概要】本年度は、既往調査によって野外で発見したクモヒメバチ一種の産卵行動を飼育下で再現させる系の構築に着手したが、うまくいかず課題を残した。野外で成熟メスを確保することが難しく、羽化させたメスを飼育することで成熟させ供試したが、この手法では産卵しなかった。今後、野外個体による追試を行う必要がある。本種を含め、本研究で発見されたクモヒメバチ二種の野外での産卵行動は、例数の少なさから学術誌への報告は控えてい...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】松岡 數充 長崎大学, 環東シナ海海洋環境資源研究センター, 教授 (00047416)

【キーワード】分子系統解析 / SSUrDNA / LSUrDNA / 系統分類 / 渦鞭毛藻 (他11件)

【概要】従来の研究でも生シストから遺伝子情報を取得する方法はあり, それによって栄養細胞(プランクトン) とシストの対応関係を明らかにする研究はあった. しかし, それらは人工培養が可能な独立栄養性種のみであり, 従属栄養性種について遺伝子情報の抽出は困難とされてきた. 本研究ではこの点を改良すべく単細胞PCR法を活用して渦鞭毛藻の生シストから遺伝子情報を取得する方法の確立に取り組んだ. その結果, 独立...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2005 - 2006

【研究代表者】有川 智己 慶應義塾大学, 経済学部, 助手 (30363039)

【キーワード】ナンジャモンジャゴケ類 / コケ植物 / セン類 / タイ類 / ミズゴケ類 (他9件)

【概要】これまでコケ植物では,セン類のヒメツリガネゴケ,タイ類のゼニゴケ,ツノゴケ類のホウライツノゴケの3種類でしか葉緑体ゲノムが解析されておらず,比較の対象となる他の分類群のデータが十分ではなかった.この状況では,本研究でナンジャモンジャゴケ類の葉緑体遣伝子データを蓄積したとしても,信頼のおける系統樹は構築できないということが,平成17年度の解析の結果示唆されたので,系統的に議論の対象となる他のコケ植物...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2007 - 2008

【研究代表者】星野 卓二 岡山理科大学, 総合情報学部, 教授 (10122392)

【キーワード】系統 / スゲ属植物 / 染色体 / 核リボソーム遺伝子 / 葉緑体trnT-L-F領域 (他8件)

【概要】カヤツリグサ科スゲ属植物213種の核および葉緑体遺伝子を解析し、現在広く採用されている形態に基づく分類体系と比較した。日本から韓国および中国東北部に分布するタガネソウ節が祖先型であり、属または亜属に分類できることが明らかになった。スゲ属植物の染色体は、異数的に染色体数が増加する方向に進化したことが明らかになった。また、節の分類が分子系統から強く支持されたものと、分類体系を見直す必要がある節が明らか...

【研究テーマ】系統・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】1999 - 2001

【研究代表者】今市 涼子 日本女子大学, 理学部, 教授 (60112752)

【キーワード】一葉植物 / イワタバコ科 / ウシノシタ属 / モノフィレア属 / 形態形成 (他13件)

【概要】一葉植物とは一枚の子葉だけで一生を終え、茎も普通葉もつくらない植物で、イワタバコ科のウシノシタ属とモノフィレア属にみられる。本研究では平成11年度にボルネオ島、マレー半島部、タイにおいて主にモノフィレア属ならび近縁属(チリタ属、エピセマ属など、イワタバコ亜科)を、平成12年度にはマダガスカルと南アフリカにおいてウシノシタ属の一葉種、ロゼット種および有茎種を、そして平成13年度にはブラジルにて同形子...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】半澤 直人 山形大学, 理学部, 助教授 (40292411)

【キーワード】パラオ諸島 / 海産動物 / 海水湖集団 / 遺伝的多様性 / タンパク質 (他8件)

【概要】「海洋で生物はどのように進化するのか?」を解明するために、古くから研究が行われてきた。しかし、海洋ではgene flowが広範囲で起こるため解析がむずかしい。実際、我々が研究したアイゴ科魚類(Kuriiwa et al.,in press)でも、地域集団間や異種間で大規模なgene flowが生じるため進化の解析はむずかしかった。 そこで、我々はパラオ諸島の海水湖群に着目した。パラオには、サンゴ礁...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)

【キーワード】全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 (他14件)

【概要】交付申請書に記載した目的と計画は以下である。 研究の目的：全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する． 研究実施計画：A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて，系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い，オタマボヤ類...

【研究テーマ】生物多様性・分類

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】倉林 敦 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00327701)

【キーワード】遺伝子水平伝播 / 生物系統地理 / 爬虫両棲類 / 寄生虫 / ベクター生物 (他22件)

【概要】我々は、ヘビからカエルに水平伝播した奇妙なLINE転移因子(以降TE-X)を発見した。本研究ではこの水平伝播現象について、（1）水平伝播発生地域の解明、（2）水平伝播の系統学的起源、（3）ベクター生物の特定、を目的とした。世界各地からカエル類29科161種194サンプル、ヘビ類17科125種139サンプル、寄生虫類166サンプルを収集し、各サンプルのTE-XをPCRと次世代シークエンサーを用いて解...