lncRNAを中心とした生体分子間相互作用ネットワークの予測と機能推定法の開発
【研究分野】生命・健康・医療情報学
【研究キーワード】
長鎖ノンコーディングRNA / lncRNA / RNA-RNA相互作用 / 核内構造体 / 長鎖非コードRNA / RNA-seq / 2次構造 / long non-coding RNA / RNA-タンパク質相互作用 / CLIP-seq / 機械学習 / lncRNAの機能
【研究成果の概要】
本研究では、lncRNAの機能を推定するための情報基盤として、lncRNAの分子間相互作用予測を塩基配列およびRNA-seqの大規模な実験データから高精度に予測できる仕組みを構築し、ヒトおよびマウスのlncRNAの相互作用予測結果を網羅したWebサーバーを開発した。このWebサーバーを用いることで、いくつかのヒトlncRNAについて、lncRNA-RNA相互作用が核内構造体形成に関与していることが示唆される結果が得られた。
【研究の社会的意義】
ヒトの生体内には数万種類にも及ぶ機能未知の長鎖ノンコーディングRNA（lncRNA）が様々な体組織で特異的に発現し、複雑な分子間相互作用のネットワークを形成し、多様な生体制御を実現していると考えられている。本研究では、分子間相互作用の観点からlncRNAの機能を明らかにするために、lncRNAの分子間相互作用を配列および実験データから高精度に予測し、ヒトおよびマウスの全てのlncRNAの相互作用を網羅したWebサーバー（http://rtools.cbrc.jp/LncRRIsearch/）として公開した。これにより、lncRNAの機能解析研究を加速することが期待される。
【研究代表者】
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【配分額】4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)