タンパク質の動的特性を特徴づけるための分子内動的構造ネットワーク解析法の開発
【研究分野】生命・健康・医療情報学
【研究キーワード】
生物物理学 / バイオインフォ―マティクス / 計算化学 / タンパク質の立体構造 / 基準振動解析 / 動的構造 / ネットワーク解析 / タンパク質の動的構造 / Protein Data Bank / 多量体 / T細胞受容体 / 中心性指標 / アロステリック効果 / 生物物理 / 生体生命情報学 / 計算物理
【研究成果の概要】
タンパク質の動的構造を理解するために基準振動解析計算を行い、低周波数の基準振動モードそれぞれについて、隣接し、大きな正の相関をもって動くアミノ酸残基対を結合して分子内動的構造ネットワークを定義した。そしてそれらネットワークの特性からタンパク質の動的構造を特徴づけることを考えた。酵素、アロステリックタンパク質、多量体などに応用し、ネットワーク解析で使われる中心性指標の一つbetweennessがタンパク質の構造特性や機能とよい相関をもつことを見出した。低振動モードの動きは機能と関係することが知られており、タンパク質の動的構造と機能の相関をより的確に表現することが可能となった。
【研究代表者】
【研究協力者】 |
| 猿渡 茂 | |
| 土屋 裕子 | |
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【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【配分額】2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)