第3世代密度汎関数法の展開とタンパク質ボルン-オッペンハイマー分子動力学法の研究
【研究分野】計算科学
【研究キーワード】
ハイパフォーマンス・コンピューティング / タンパク質 / 物性理論 / 量子化学 / 密度汎関数法 / 分子動力学法 / 原子電荷 / 蛋白質 / 量子化学計算 / 大規模計算 / 量子分子動力学法
【研究成果の概要】
超並列計算環境に適したタンパク質の正準(標準)分子軌道計算・分子動力学シミュレーションに関する基盤技術の研究開発を行った。第３世代密度汎関数法に基づく正準分子軌道計算ソフトウェアProteinDFの改良と力計算機能の追加・並列化を行った。ProteinDFと分子動力学計算ソフトウェアGromacsとの連成システムを開発し、本システムが小規模タンパク質において動作することを確認した。また、分子動力学シミュレーションの有効性を高めるため、正準分子軌道計算に基づく新規原子電荷の開発を行った。
【研究代表者】
【研究連携者】 |
| 平野 敏行 | 東京大学 | 生産技術研究所 | 助教 | (Kakenデータベース) |
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【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【配分額】38,740千円 (直接経費: 29,800千円、間接経費: 8,940千円)