超並列シーケンサが描く未知の海洋微生物圏多様性とダイナミクス
【研究分野】環境動態解析
【研究キーワード】
微生物 / 多様性 / 西部北太平洋 / 細菌群集構造 / 時系列観測 / 454シーケンス / 国際生物センサス / 微生物多様性 / BrdU
【研究成果の概要】
本研究では、従来法の百倍の解析速度を有する454パイロシーケンス法及びハロゲン化ヌクレオシドをトレーサーとする増殖活性測定法を利用するなどして、大洋スケールでの海洋細菌群集構造のダイナミクスを明らかにした。現状では、系統解析を行うには短すぎるリード長や、シーケンスエラーによる見かけの多様度増大の問題など、さらに検討すべき課題も指摘されているが、16SrRNA遺伝子の大量リードによって、予想以上に多様かつ活発に増殖する稀少細菌グループの存在が明らかとなってきた。
【研究代表者】
【研究協力者】 |
| 三木 健 | 国立台湾大学 | 海洋研究所 | 准教授 |
|
【研究種目】新学術領域研究(研究課題提案型)
【研究期間】2009 - 2011
【配分額】31,980千円 (直接経費: 24,600千円、間接経費: 7,380千円)