臨床・ゲノムデータを含む多層データの臨床応用基盤構築と有用性の検証
【研究キーワード】
オミックスデータ解析 / がんゲノム医療 / 癌ゲノム医療 / がんゲノム / 遺伝子発現 / バイオインフォマティクス / クリニカルシーケンス / プレシジョンメディシン / オミックスデータ
【研究成果の概要】
本邦ではがんゲノム医療推進のため、慶應義塾大学病院を含む11施設を「がんゲノム医療中核拠点病院」と定め、癌領域におけるクリニカルシークエンスが保険適応となった。申請者の教室ではDNA情報に加え、RNA情報・エピジェネティック情報等を同一検体から収集して多層データ（オミックスデータ）を構築し、腫瘍の全体像を統合的に捉える次世代型クリニカルシークエンスの構築を開始している。この際にゲノム情報と合わせて、患者の転帰を含めた臨床情報を収集することは、より精度の高いゲノム医療の構築のために最も重要な役割を果たす。しかし通常は臨床情報とゲノムオミックス情報を統合解析するためには複雑なバイオインフォマティクスの知識とプログラミング技術が求められ、医療従事者の適切な理解の上で大きな障害となっている。そのため、申請者らはゲノム情報と臨床情報を直感的なマウス操作で解析可能なアプリケーションを使用し、クリニカルシークエンスの結果を臨床情報と合わせて、臨床医のみならず、医療従事者全てが得られた臨床情報をゲノム情報と合わせて、容易に解析する環境を構築した。本研究はゲノム医療時代に、臨床情報の収集を行い、ゲノムオミックス情報と合わせて、カンファレンスなどでオンタイムに統合解析することが可能なシステムを開発し、がんゲノム医療の治療戦略決定システムに対する基盤形成を行なっていくことを目的とした。
この目的のため、臨床情報・副作用情報・PRO(Patient Reported Outcomes)情報をゲノム・遺伝子発現情報と統合解析可能なソフトウェアであるSocratesを開発し、日本IBMの協力を得てIBMクラウド上で走らせることが可能であった。現在、乳がん・食道がんの情報蓄積を行い、クラウド上で自在に解析が可能なシステムを目指して研究が進行中である。
【研究代表者】