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京都大学 研究Discovery Saga
2026年8月28日

タンパク質機能を決める「隠れた水の構造」を世界初可視化に成功

—タンパク質と水を一体で捉える新概念「タンパク質超構造」を提唱—

【注目の成果:共同研究・産学連携のためのチェックポイント】
タンパク質機能の理解を大きく前進させるとともに、創薬、タンパク質工学、バイオマテリアル開発など幅広い分野への応用が期待
【産学連携対象 全学共通分野 Discovery Saga】
情報学数物系科学化学総合理工工学総合生物農学医歯薬学
【Sagaキーワード】
AI/オープンアクセス/プロファイル/人工知能(AI)/水分子/水和構造/分子構造/芳香族/自己組織/タンパク質構造/超構造/AFM/ナノメートル/ナノ構造/原子間力顕微鏡/分解能/バイオマテリアル/構造予測/生体内/マッピング/タンパク質工学/アミノ酸配列/組織化/アミノ酸/プローブ/創薬/立体構造
この研究の主な対象者
企業・研究者の方
公開日

研究者情報

研究者名
炭竈 享司

京都大学 教育研究活動データベース 

概要

金沢大学ナノ生命科学研究所(WPI-NanoLSI)の福間剛士教授、アイハン・ユルトセベル特任助教、京都大学大学院生命科学研究科/金沢大学ナノ生命科学研究所の炭竈享司特定講師、米国ワシントン大学のMehmet Sarikaya教授らによる国際共同研究グループは、タンパク質表面を取り囲む水分子がアミノ酸配列に応じて高度に秩序化された立体構造を形成していることを、世界で初めて直接可視化することに成功しました。
 近年、人工知能(AI)によるタンパク質構造予測技術の進展により、タンパク質の立体構造を高精度に予測できるようになりました。しかし、アミノ酸配列や立体構造が分かっていても、その機能や分子間相互作用、生体内での振る舞いを正確に予測することは依然として困難です。本研究では、最先端の三次元原子間力顕微鏡(3D-AFM)を用いて、ペプチド集合体周辺の水和構造をサブナノメートル分解能で観察しました。その結果、水は単なる溶媒ではなく、疎水性、極性、芳香族性、電荷を持つアミノ酸残基の特性に応じて、多層的かつ規則的な構造を形成していることを明らかにしました。
 さらに本研究グループは、タンパク質本体とその周囲に形成される固有の水和構造を不可分な一体構造とみなし、「タンパク質超構造(Protein Superstructure)」という新しい概念を提唱しました。 
 本研究成果は、タンパク質機能の理解を大きく前進させるとともに、創薬、タンパク質工学、バイオマテリアル開発など幅広い分野への応用が期待されます。
 本研究成果は、2026年8月26日に国際学術誌『Nature Communications』のオンライン版(オープンアクセス)に掲載されました。
画像

自己組織化したペプチドの水和構造の3D-AFMによる可視化。(a)球棒モデルで示したGrBP5-WTペプチドの分子構造。(b)HOPG上の自己組織化ペプチドのナノ構造への3D-AFMの適用の模式図。3次元マップから2次元のxz断面およびxy断面を抽出する様子を示している。画像取得および力マッピングの際にはプローブを水平(xy)方向と垂直(z)方向に同期して走査させ、z位置を正弦波で高速に変調する。プローブが表面に近づくと、特徴的な振動状の力プロファイル(c)が現れる。これは、自己組織化ペプチド構造の表面での秩序だった水和層を反映している。(d)ペプチド集合体を取り囲む界面水の空間配置を分子分解能で示した3D-AFMマップ。

詳しい研究内容について

タンパク質機能を決める「隠れた水の構造」を世界初可視化に成功—タンパク質と水を一体で捉える新概念「タンパク質超構造」を提唱—

書誌情報

【DOI】
https://doi.org/10.1038/s41467-026-76923-4

【書誌情報】
Ayhan Yurtsever, Fabio Priante, Linhao Sun, Djamel Eddine Chafai, Kaito Hirata, Keisuke Miyazawa, Leonardo Puppulin, Kazuki Miyata, Takashi Sumikama, Adam S. Foster, Takeshi Fukuma, Mehmet Sarikaya (2026). Peptides display multilayered hydration shell substructures dictated by sequence-specific surface chemistry.Nature Communications.

関連部局

生命科学研究科